ทำไมยีนแบบซ้ำ (แบบโดดเด่น / แบบถอยกลับ) ไม่ได้ใช้อย่างกว้างขวางในอัลกอริทึมทางพันธุกรรม


20

ในการใช้งานส่วนใหญ่ของอัลกอริธึมทางพันธุกรรมการมุ่งเน้นไปที่ครอสโอเวอร์และการกลายพันธุ์ แต่อย่างใดส่วนใหญ่ของพวกเขาออกลักษณะของยีน (เด่น / ถอย) diploid เท่าที่ความเข้าใจ (จำกัด ) ของฉันไปตามธรรมชาติที่โดดเด่น / ถอยของยีนเป็นปัจจัยที่สำคัญมากในการตัดสินใจลักษณะที่แท้จริงของสิ่งมีชีวิต

ดังนั้นคำถามของฉันคือทำไมธรรมชาติของยีนซ้ำซ้อนที่เหลือจากอัลกอริธึมทางพันธุกรรมในการนำไปใช้ส่วนใหญ่?

เป็นเพราะ:

  • มันไม่ได้ให้ประโยชน์มากนัก
  • มันเพิ่มความซับซ้อนที่ไม่จำเป็นให้กับอัลกอริทึมแบบง่าย
  • มันยากที่จะใช้

หรืออย่างอื่นอย่างสิ้นเชิง?

คำตอบ:


16

ฉันไม่รู้เหตุผลที่แท้จริง แต่มันให้ความรู้สึกเป็นสัญชาตญาณ: ลองคิดดูว่าธรรมชาติของยีนซ้ำใน RL มีอะไรบ้าง ในสาระสำคัญจะช่วยให้ยีนถอยอยู่ในสระว่ายน้ำยีนแม้ว่าในปัจจุบันจะมีข้อเสียอยู่และบางครั้ง resurface ให้สองสิ่ง - ครั้งแรกมันจะไม่สูญพันธุ์และสามารถคูณอีกครั้งถ้ามันกลายเป็นประโยชน์; และอย่างที่สองคือสร้างความมั่นใจว่าประชากรมีความหลากหลายเนื่องจากคุณจะมีฟีโนไทป์ทั้งสองอย่างต่อเนื่องซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของประชากรที่แสดงถึงยีนและส่วนที่ไม่มี

ทั้งสองสิ่งสามารถทำได้ในรูปแบบที่ง่ายขึ้นโดยเครื่องมือกลายพันธุ์ / ครอสโอเวอร์ - คุณสามารถ 'ดึง' ไอเท็มที่มีประสิทธิภาพดีแบบสุ่มได้โดยตรงจาก 100,000 รุ่นที่แล้ว (ซึ่งโดยปกติแล้วไม่สามารถทำได้); และคุณสามารถปกป้องประชากรย่อยที่หลากหลายได้หลายตัวในขณะที่ปกป้องคนที่ไม่ใช่คนหลักจากการสูญพันธุ์ซึ่งปกติธรรมชาติไม่ได้ทำ


2
ดังนั้นคุณกำลังบอกว่า 'ความซ้ำซาก' ของยีนนั้นไม่จำเป็นตราบใดที่เรายังมีความเป็นผู้นำอยู่?
Shayan RC

ความสามารถในการเรียกคืนยีนจากรุ่นที่ผ่านมาเป็นข้อได้เปรียบเพียงอย่างเดียวที่เสนอโดยยีนซ้ำซ้อนหรือไม่ ทั้งในด้านชีววิทยาและอัลกอริทึม?
Shayan RC

6
เท่าที่ฉันรู้ในชีววิทยายีนดิพลอยด์คือการป้องกันประชากรทั้งหมดที่รวมตัวกันเป็นฟีโนไทป์เดียวและต่อมาถูกกำจัดออกทันทีจากการเปลี่ยนแปลงสิ่งแวดล้อม
JDong

1

ดูที่มีดโกนของ Occam

ในบรรดาสมมติฐานที่แข่งขันกันควรเลือกคนที่มีสมมติฐานน้อยที่สุด นอกจากนี้: นิติบุคคลจะต้องไม่ถูกคูณด้วยความจำเป็น

หากสมมติฐานทั้งสองนั้นดีพอ ๆ กันให้เลือกรุ่นที่ง่ายกว่าเพราะรุ่นที่ซับซ้อนกว่าจะทำให้สมมติฐานเกี่ยวกับบางสิ่งที่คุณไม่แน่ใจ

คำถามคือยีนที่โดดเด่นและถอยซ้ำนั้นมีฟังก์ชั่นมากกว่าที่ช่วยให้เราสามารถอธิบายพื้นที่สมมุติฐานที่สมบูรณ์ยิ่งขึ้นได้หรือไม่?

  • เราสามารถทำสิ่งที่ไม่สามารถทำได้ด้วยการกลายพันธุ์แบบง่าย ๆ หรือไม่? ไม่การกลายพันธุ์สามารถสร้างลำดับใหม่ได้
  • เราสามารถทำอะไรบางอย่างกับการกลายพันธุ์ที่ไม่สามารถทำได้ผ่านยีนที่โดดเด่นและถอย ใช่. การผ่าเหล่าช่วยให้ลำดับใหม่แบบสุ่มใด ๆ ในขณะที่ยีนซ้ำจะกู้คืนสิ่งที่เห็นมาก่อนและหายไป

ผลประโยชน์ที่เป็นไปได้เพียงอย่างเดียวที่ยังเหลืออยู่ในการสำรวจคือยีนนั้นจะมีประสิทธิภาพมากขึ้นหรือไม่ ดูเหมือนว่าพวกเขาขาดการใช้งานซึ่งไม่ใช่กรณีนี้ การกลายพันธุ์เป็นการเปลี่ยนแปลงเล็กน้อยในคำตอบ ประโยชน์ของการรักษาอดีตคำตอบที่ดีไว้มีน้อย มันสามารถปรากฏขึ้นอีกครั้งได้อย่างง่ายดาย

ชีววิทยาสามารถใช้เป็นแรงบันดาลใจให้กับแบบจำลองคอมพิวเตอร์ได้ แต่ก็ไม่ค่อยมีคำตอบที่ดีที่สุด ชีววิทยาสร้างวิธีแก้ปัญหาโดยบังเอิญและคัดเลือกโดยธรรมชาติที่ DNA เกี่ยวข้อง ชีววิทยายังแก้ปัญหาต่าง ๆ ด้วยวัตถุดิบและเครื่องมือต่าง ๆ ดูวิธีการบินของนกและค้างคาว เหตุใดเครื่องบินของเราจึงไม่ได้รับการออกแบบมาให้ขยับปีกขึ้นและลงเพื่อขึ้นหรือลง เพราะมันจะไร้ประสิทธิภาพอย่างน่ากลัว แรงขับเจ็ทและเฮลิคอปเตอร์เหมาะกับความต้องการของเรามากขึ้น เราสามารถบรรทุกของที่หนักกว่าและเดินทางด้วยความเร็วที่เร็วกว่านกและค้างคาว


แต่ยีนที่ซ้ำซากและโดดเด่นไม่ได้เป็นสมมติฐานมันเป็นวิธีการใช้งาน มีดโกนของอ็อกคัมนั้นใช้ได้ผลดี แต่มันไม่ใช่สิ่งที่คุณใช้จริงที่นี่
David Richerby

ยีนที่ถอยกลับจะยังคงเป็นส่วนหนึ่งของสมมติฐานเนื่องจากจะต้องเก็บไว้รอบ ๆ เพื่อที่จะได้เห็นอีกครั้ง มันเป็นเพียงส่วนหนึ่งของสมมติฐานที่ซ่อนอยู่เว้นแต่จะจับคู่กับยีนด้อยอีกตัว
การกุศล Leschinski
โดยการใช้ไซต์ของเรา หมายความว่าคุณได้อ่านและทำความเข้าใจนโยบายคุกกี้และนโยบายความเป็นส่วนตัวของเราแล้ว
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.