ฉันเข้าใจว่า Hidden Markov Model ใช้ในลำดับจีโนมเช่นการค้นหายีนอย่างไร แต่ฉันไม่เข้าใจว่าจะเกิดอะไรขึ้นกับโมเดลของมาร์คอฟโดยเฉพาะ ฉันหมายความว่าควรมีโมเดลกี่รัฐ มีการเปลี่ยนที่เป็นไปได้กี่ครั้ง โมเดลควรมีการวนซ้ำหรือไม่?
พวกเขาจะรู้ได้อย่างไรว่าแบบจำลองของพวกเขาดีที่สุด?
พวกเขาลองจินตนาการว่าจะพูดถึง 10 แบบที่แตกต่างกันหรือไม่และเปรียบเทียบกับโมเดล 10 แบบนั้น
คำตอบ:
ฉันคุ้นเคยกับวิธีการหลักสามประการ:
นิรนัย คุณอาจรู้ว่ามีสี่คู่เบสให้เลือกและอนุญาตให้ HMM มีสี่สถานะ หรือคุณอาจรู้ว่าภาษาอังกฤษมีหน่วยเสียง 44 หน่วยและมี 44 สถานะสำหรับชั้นหน่วยเสียงที่ซ่อนอยู่ในรูปแบบการจดจำเสียง
การประเมิน จำนวนรัฐมักจะถูกประเมินล่วงหน้าล่วงหน้าโดยอาจทำการรวมกลุ่มอย่างง่าย ๆ กับคุณสมบัติที่สังเกตได้ของ HMM หากเมทริกซ์การเปลี่ยนแปลง HMM เป็นรูปสามเหลี่ยม (ซึ่งมักจะเป็นกรณีของการทำนายความล้มเหลว) จำนวนสถานะจะกำหนดรูปร่างของการกระจายเวลาทั้งหมดจากสถานะเริ่มต้นไปจนถึงสถานะสิ้นสุด
การเพิ่มประสิทธิภาพ เช่นเดียวกับที่คุณแนะนำทั้งสองรุ่นมีการสร้างและเหมาะสมและเลือกรุ่นที่ดีที่สุด เราสามารถปรับวิธีการที่เรียนรู้ HMM เพื่ออนุญาตให้แบบจำลองเพื่อเพิ่มหรือยกเลิกสถานะได้ตามต้องการ
แนวทางเพิ่มเติมคือการสุ่มตัวอย่างจากแบบจำลองที่มีจำนวนอนันต์นับไม่ถ้วน คำตอบของ 'จำนวน' จะเกิดขึ้นโดยเฉลี่ยต่อตัวอย่าง