การแสดงกราฟลิงค์ขนาดใหญ่มาก

ฉันกำลังมองหาเครื่องมือในการมองเห็นกราฟลิงค์ทิศทางที่มีขนาดใหญ่มาก ขณะนี้ฉันมี ~ 2million nodes ที่มี ~ 10million edge ฉันได้ลองทำสิ่งที่แตกต่างกันเล็กน้อย แต่ส่วนใหญ่ใช้เวลาเป็นชั่วโมงในการทำกราฟโหนดขนาด 100k

สิ่งที่ฉันได้ลอง:
ฉันใช้เวลาหนึ่งวันกับ gephi แต่ 80K nodes ใช้เวลาประมาณหนึ่งชั่วโมงในการเพิ่มและแอปพลิเคชันส่วนใหญ่จะไร้ประโยชน์

ข้อเสนอแนะใด ๆ

การสร้างภาพข้อมูลเชิงโต้ตอบจะเป็นประโยชน์

Graphviz ควรทำงาน ฉันเชื่อว่าภาพที่เกี่ยวข้องกับเมทริกซ์ในคอลเล็กชั่นเมทริกซ์กระจัดกระจายของมหาวิทยาลัยฟลอริด้าได้รับการมองเห็นโดยใช้ sfdp ซึ่งเป็นอัลกอรึทึมการสร้างภาพกราฟกำกับทิศทางโดย Yifan Hu เมทริกซ์ส่วนใหญ่ในคอลเลกชันมีเวลาคำนวณที่เกี่ยวข้องกับการสร้างภาพข้อมูลที่สอดคล้องกันดังนั้นคุณอาจค้นหาเมทริกซ์ที่กราฟมีลักษณะคล้ายกับที่คุณต้องการให้เห็นภาพ ตัวอย่างเช่นกราฟที่มี ~ 2.1 ล้านโหนดและ ~ 3 ล้าน edge ใช้เวลา Hu ~ 36000 วินาทีในการสร้างหรือ 10 ชั่วโมง. ในขณะที่ยังไม่ชัดเจนว่าฮาร์ดแวร์ใดที่ใช้ในการสร้างกราฟ แต่อาจเป็นการเดาที่สมเหตุสมผลว่ามีการใช้เดสก์ท็อปหรือแล็ปท็อปและอย่างน้อยที่สุดก็เป็นเวลาที่ทำให้คุณมีความคิดคร่าวๆว่ากราฟจะใช้เวลาเท่าใด อัลกอริทึมของ Hu ดูเหมือนจะเป็นหนึ่งในอัลกอริทึมการสร้างภาพที่ล้ำสมัย (เขาตีพิมพ์ในปี 2548) แต่ไม่ใช่ผู้เชี่ยวชาญในสาขานี้ฉันไม่สามารถพูดได้ว่าอัลกอริทึมที่ดีกว่าอยู่หรือไม่ อัลกอริทึมนี้มาพร้อมกับ Graphviz เป็นตัวเลือกและได้รับการออกแบบมาเพื่อใช้กับกราฟขนาดใหญ่เช่นที่คุณอธิบาย

JavaScript InfoVis Toolkitมีอินเตอร์เฟซแบบโต้ตอบเรียบร้อยสำหรับข้อเขียนท้องถิ่นมองเห็นวิวของกราฟ การสาธิตเหล่านี้อาจเกี่ยวข้องกับคุณ:

• การขึ้นต่อกันของแพคเกจ Debian (หมายเหตุ: นี่เป็นหน้าที่เก็บถาวรโดยไม่มีสคริปต์)
• Tree band (นี่เป็นอีกเวอร์ชั่นที่สามารถสำรวจได้ในท้องถิ่น )

ดู Graphinsight 1.2 สามารถจัดการกับโหนดนับล้านได้อย่างง่ายดายและเป็นแบบโต้ตอบและใน 3D

นอกจากนี้คุณยังสามารถจัดเค้าโครงกราฟด้วยโหนดและขอบนับล้านด้วยวิธีพีชคณิตที่มีประสิทธิภาพสูงหรือวิธีบังคับทิศทาง มีให้ในรุ่นทดลองสำหรับการประเมินผล ( ข้อจำกัดความรับผิดชอบ: ฉันเป็นหนึ่งในผู้เขียนโปรแกรม )

www.graphinsight.com

นี่คือคำแนะนำและลิงก์ที่รวบรวมได้เมื่อเวลาผ่านไป:

• สำหรับโหนด 2M นั้นยากที่จะแนะนำอะไรที่ไม่รู้ว่าฮาร์ดแวร์ของคุณและอาจมีการลดข้อมูลบางอย่างตามลำดับ แต่การเอาสิ่งที่มีอยู่อย่างอิสระzGrViewerอาจเหมาะกับความต้องการของคุณในการสร้างภาพ (ต้องใช้ GraphViz)
• ทำตามความคิดของ @pyCthon ขอแนะนำให้คุณดูVisItสำหรับการโต้ตอบในการวางแผน
• ฉันกำลังเยี่ยมชมigraphแพคเกจใหม่สำหรับภาษาทางสถิติRซึ่งรวมถึงอัลกอริธึมเลย์เอาต์ที่ประณีต ( Fruchterman-Reingold และ Kamada-Kawai ) และกลุ่มอื่น ๆ
• ขณะนี้ไลบรารีเค้าโครงกราฟขนาดใหญ่อยู่บน SourceForge

เราได้สร้างhttp://www.github.com/graphistry/pygraphistryเพื่อให้สามารถทำสิ่งนี้จากเบราว์เซอร์และโน้ตบุ๊กส่วนใหญ่ แนวคิดคือการใช้ WebGL เพื่อแสดงกราฟขนาดใหญ่ (เลื่อน / ซูม / ฯลฯ ) และถ่ายการคำนวณแบบเรียลไทม์เกือบทั้งหมด (เค้าโครงตัวกรองและอื่น ๆ ) ไปยังคลาวด์ GPU มันคล้ายกับ Gephi หรือ Cytoscape แต่เน้นไปที่กราฟขนาดใหญ่และการวิเคราะห์ข้อมูลและรวมเข้ากับเว็บและโน้ตบุ๊ก

คุณอาจลองใช้ "ทิวลิป" [1] ฉันคิดว่ามันสามารถจัดการกับกราฟที่ค่อนข้างใหญ่ได้ (อย่างน้อยฉันก็ลองกับโหนด 10K ถึง 100K และทำงานได้ดี)

[1] http://tulip.labri.fr/TulipDrupal/