เครื่องมือโอเพนซอร์ใดบ้างที่สามารถเห็นภาพการสั่นของโมเลกุล?

ฉันต้องการเห็นการสั่นของโมเลกุลที่ไม่ใช่โหมดปกติ ฉันต้องการนำเสนอการเคลื่อนไหวแบบเวกเตอร์แบบสแตติกและฉันต้องการความยืดหยุ่นในรูปแบบเวกเตอร์ (ขนาดสี ฯลฯ ) ฉันยังสนใจในการผลิตวิดีโอของการสั่นสะเทือน

แหล่งข้อมูลที่ดีสำหรับการแสดงการสั่นของโมเลกุลคืออะไร

การตั้งค่าของฉันสำหรับเครื่องมือโอเพ่นซอร์ส แต่ฉันจะเพลิดเพลินกับการใช้ซอฟต์แวร์เชิงพาณิชย์ถ้ามันดีกว่าทางเลือกอื่น

หากว่าPymolหรือVMDเป็นเครื่องมือที่เหมาะสำหรับวิดีโอของคุณต้องการ? (อย่างน้อย VMD รวมถึงคุณสมบัติการเขียนสคริปต์ Tk / Tcl) คุณจะต้องมีคำอธิบายเรขาคณิตของคุณเหมือน PDB เพื่อใช้งาน VMD; นี่อาจจะเพียงพอสำหรับ Pymol เช่นกัน (แต่ฉันไม่ได้ใช้ Pymol ดังนั้นบางทีคนอื่นสามารถแสดงความคิดเห็นได้)

วิธีที่ฉันทำมันอาจจะเป็น:

1. ใส่เรขาคณิตโมเลกุลลงในAvogadro
2. ตั้งค่ามุมมองให้ตรงตามที่ฉันต้องการ
3. ส่งออกเป็นPOVRayไม่แสดงผล แต่เก็บไฟล์อินพุตไว้
4. กำหนดว่าอะตอมใดที่อยู่ในไฟล์ POVRay
5. เพิ่มเวกเตอร์โดยใช้ทรงกระบอกและกรวย (อาจใช้มาโครเพื่อกำหนดเวกเตอร์เพื่อให้ง่ายขึ้นและสอดคล้องกันทางสายตา)

Avogadro ยังสามารถแสดงลำดับของอินพุตที่จัดรูปแบบ XYZ เป็นภาพเคลื่อนไหวโดยใช้ POVRay และ ffmpeg แต่มันไม่ใช่สิ่งที่ฉันได้ลองตั้งแต่ฉันใช้ Windows ในขณะนี้และ Avogadro ดูเหมือนจะไม่มีตัวเลือกในการระบุตำแหน่งที่ปฏิบัติการของ povray คือถ้ามันไม่ได้อยู่ในเส้นทางของคุณ

อีกครั้งขึ้นอยู่กับว่าคุณเป็นแฟนตัวยงของ Python หรือไม่คุณอาจกำหนดกองกำลังของอะตอมโดยใช้คอนโซล Avogadro Python จากนั้นใช้การแสดงผลเวกเตอร์บังคับใน Avogadro แต่นั่นไม่ใช่สิ่งที่ฉันได้ลอง

ฉันไม่ทราบถึงเครื่องมือที่สะดวกอย่างสมบูรณ์แบบที่ให้คุณใส่พารามิเตอร์การสั่นสะเทือนโดยตรงและมองเห็นหรือทำให้เคลื่อนไหวได้

มีปลั๊กอิน VMD ใหม่NMWizที่อาจเป็นประโยชน์ NMWiz ย่อมาจาก Normal Mode Wizard แต่จะช่วยให้เห็นภาพเวกเตอร์ใด ๆ ที่อธิบายการสั่นสะเทือน NMWiz พร้อมใช้งานในเวอร์ชันล่าสุดของ VMD, 1.9.1 ซึ่งเป็นการทดสอบเบต้าในขณะนี้

รูปแบบไฟล์ที่ป้อนสำหรับ NMWiz เป็นหนึ่งง่ายเรียกว่าNMD เส้นหนึ่งสำหรับพิกัดและอีกเส้นหนึ่งสำหรับเวกเตอร์ของคุณก็เพียงพอแล้ว คุณสามารถแสดงลูกศรปรับขนาดปรับขนาดสีตามที่คุณต้องการ นอกจากนี้ยังสามารถสร้างภาพเคลื่อนไหว (การสั่นสะเทือน) โดยการสร้างวิถีการบินและคุณสามารถสร้างภาพยนตร์คุณภาพสูงโดยใช้ VMD

ฉันไม่ได้ตระหนักถึงเครื่องมือสำเร็จรูป ("จุดและคลิก") สำหรับงานนั้น แต่ใช้การรวมกันของ

1. สคริปต์ Python แบบสั้น
2. โมเลกุลการสร้างแบบจำลอง Toolkit
3. ความฝันหรือVMD

คุณสามารถรับผลลัพธ์ที่ดีได้อย่างรวดเร็วโดยให้ความรู้กับ Python ในความเป็นจริงสคริปต์ที่คล้ายกันมากมีให้เป็นตัวอย่างกับชุดเครื่องมือสร้างแบบจำลองโมเลกุล ดูตัวอย่าง / การสร้างภาพ / vector_field_chimera.py หรือตัวอย่าง / การสร้างภาพ / vector_field_vmd.py คุณจำเป็นต้องแทนที่การคำนวณโหมดปกติด้วยสิ่งที่ใช้ในการรับข้อมูลการสั่นสะเทือนของคุณลงในสคริปต์

คุณเคยดูMolekelบ้างไหม? หากคุณต้องการการสั่นสะเทือนแบบไม่ จำกัด เพียงส่วนเดียว Molekel ควรตอบสนองความต้องการของคุณ

NWChem รวมสคริปต์เพื่อเปลี่ยนรายการพิกัด xyz ให้เป็นภาพยนตร์ NWChem เป็น OSS ภายใต้ใบอนุญาตสไตล์ Apache เพื่อให้คุณสามารถนำมาใช้ซ้ำได้ตามต้องการ

สำหรับการแสดงการสั่นของโมเลกุลฉันใช้ Molden, ECCE, Avogadro และ Jmol ทั้งหมดเป็น OSS (ECCE เป็นเพียงเมื่อเร็ว ๆ นี้) คุณอาจแฮ็คพวกมันเพื่อทำสิ่งที่คุณต้องการ