ฉันยังใหม่กับการจำลองโมเลกุล (MD) ความซับซ้อนของการจำลองพลวัตโมเลกุลในแง่ของเวลาการจำลองคืออะไร? กล่าวอีกนัยหนึ่งถ้าฉันต้องการเพิ่มเวลาจำลองจาก 10 nanoseconds เป็น 20 nanoseconds ฉันคาดหวังอะไรในแง่ของการเพิ่มขึ้นของ runtime?
ฉันยังใหม่กับการจำลองโมเลกุล (MD) ความซับซ้อนของการจำลองพลวัตโมเลกุลในแง่ของเวลาการจำลองคืออะไร? กล่าวอีกนัยหนึ่งถ้าฉันต้องการเพิ่มเวลาจำลองจาก 10 nanoseconds เป็น 20 nanoseconds ฉันคาดหวังอะไรในแง่ของการเพิ่มขึ้นของ runtime?
คำตอบ:
การจำลองเกี่ยวกับโมเลกุลไดนามิกส์เป็นแบบเส้นตรง ( O(n)
) ในระยะเวลาที่จำลอง (สมมติว่าการประทับเวลาเดี่ยว ( ) ไม่มีการเปลี่ยนแปลง) เนื่องจากการประทับเวลาแต่ละครั้งจะขึ้นอยู่กับการกำหนดค่าก่อนหน้าเท่านั้น (และไม่ใช่การตั้งเวลาก่อนหน้านั้น) การเพิ่มจำนวนการประทับเวลาส่งผลให้เพิ่มเวลาเชิงเส้น
O(n^2)O(t)
ที่n
มีขนาด (จำนวนของอนุภาค) และt
เป็นจำนวนของขั้นตอนเวลา (ความยาวของเวลาที่จำลองโดยหารด้วยขนาดของแต่ละขั้นตอน)