ความซับซ้อนของการจำลอง MD


14

ฉันยังใหม่กับการจำลองโมเลกุล (MD) ความซับซ้อนของการจำลองพลวัตโมเลกุลในแง่ของเวลาการจำลองคืออะไร? กล่าวอีกนัยหนึ่งถ้าฉันต้องการเพิ่มเวลาจำลองจาก 10 nanoseconds เป็น 20 nanoseconds ฉันคาดหวังอะไรในแง่ของการเพิ่มขึ้นของ runtime?

คำตอบ:


16

การจำลองเกี่ยวกับโมเลกุลไดนามิกส์เป็นแบบเส้นตรง ( O(n)) ในระยะเวลาที่จำลอง (สมมติว่าการประทับเวลาเดี่ยว ( Δเสื้อ ) ไม่มีการเปลี่ยนแปลง) เนื่องจากการประทับเวลาแต่ละครั้งจะขึ้นอยู่กับการกำหนดค่าก่อนหน้าเท่านั้น (และไม่ใช่การตั้งเวลาก่อนหน้านั้น) การเพิ่มจำนวนการประทับเวลาส่งผลให้เพิ่มเวลาเชิงเส้น


6
นอกจากนี้ความซับซ้อนในแง่ของขนาดระบบจำลองมักจะปรับขนาดด้วย O (n ^ 2) เมื่อไม่ใช้ electrostatics ดัดแปลงเช่น PME
Keith Callenberg

1
@ KeithCallenberg นั่นเป็นเรื่องจริง ฉันไม่ได้พูดถึงมันเพราะคำถามไม่ได้ถาม มันอาจจะสมบูรณ์กว่าที่จะบอกว่ามันชั่งตามO(n^2)O(t)ที่nมีขนาด (จำนวนของอนุภาค) และtเป็นจำนวนของขั้นตอนเวลา (ความยาวของเวลาที่จำลองโดยหารด้วยขนาดของแต่ละขั้นตอน)
Brian Diggs

1
มันซับซ้อนกว่านั้นเล็กน้อยใช่ไหม ควรเป็น O (N ^ 2) หากคุณกำลังศึกษาระบบที่ไม่มีการตัดทอน O (N log N) หากคุณกำลังทำระบบที่ไม่มีการชาร์จด้วยระบบตัดออกหรือชาร์จด้วยวิธีการแบบตาข่าย
aeismail
โดยการใช้ไซต์ของเรา หมายความว่าคุณได้อ่านและทำความเข้าใจนโยบายคุกกี้และนโยบายความเป็นส่วนตัวของเราแล้ว
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.