วิธีการสร้างข้อมูลการอยู่รอดด้วยโควาเรียที่ขึ้นอยู่กับเวลาโดยใช้ R


9

ฉันต้องการสร้างเวลาการเอาชีวิตรอดจากโมเดลอันตรายตามสัดส่วนของค็อกซ์ที่มีเวลาแปรปรวนร่วม รูปแบบคือ

h(t|Xi)=h0(t)exp(γXi+αmi(t))

ที่ถูกสร้างขึ้นจากทวินาม (1,0.5) และTXimi(t)=β0+β1Xi+β2Xit

ค่าพารามิเตอร์จริงถูกใช้เป็นγ=1.5,β0=0,β1=1,β2=1.5,h0(t)=1

สำหรับตัวแปรอิสระตามเวลา (เช่นฉันสร้างขึ้นดังนี้h(t|Xi)=h0(t)exp(γXi)

#For time independent case
# h_0(t) = 1
gamma <- -1
u <- runif(n=100,min=0,max=1)
Xi <- rbinom(n=100,size=1,prob=0.5)
T <- -log(u)/exp(gamma*Xi)

ทุกคนได้โปรดช่วยฉันสร้างข้อมูลการอยู่รอดด้วยตัวแปรแปรผันตามเวลา


สิ่งที่จัดเรียงของฟังก์ชั่น ? มันต่อเนื่องหรือไม่ ค่าคงที่เป็นเท่าไหร่? อาจจำเป็นต้องใช้อัลกอริทึมที่แตกต่างกัน mi(t)
อุโมงค์

mi(t)เป็น covariate ขึ้นกับเวลาสำหรับความเรียบง่ายคุณสามารถพิจารณาความสัมพันธ์แบบสัดส่วนกับเวลา
Sheikh

ฉันได้แก้ไขคำถามโดยพิจารณาหน้าที่ของmi(t)
Sheikh

คุณใช้รหัส R จากสมการข้างบนได้อย่างไร หมายความว่าในแต่ละครั้งที่มีการตายใน id เดียวกันโปรแกรมจำเป็นต้องรู้ว่า covariates สำหรับทุกคนที่เป็น x เท่ากับ 1 หรือ 0 ถ้าทั้งหมดเท่ากับ 1 cumsum อันตราย หลังจากนั้นคำนวณฟังก์ชันการเอาตัวรอด ให้มันเลือกเส้นที่ถูกต้องสำหรับแต่ละเรื่อง
Qas Amell

เป็นจุด Z. จางออกมาแล้วมีลักษณะที่เกี่ยวข้องในบทความนี้ นอกจากนี้คุณสามารถดูคำตอบของฉันสำหรับคำถามของเขาที่ฉันแสดงวิธีการจำลองสำหรับผู้ที่อยู่ในกลุ่มใน R.Xi=1
Benjamin Christoffersen

คำตอบ:


9

ตกลงจากรหัส R ของคุณคุณกำลังสมมติการแจกแจงแบบเอ็กซ์โพเนนเชียล (อันตรายคงที่) สำหรับอันตรายพื้นฐานของคุณ ฟังก์ชั่นอันตรายของคุณคือ:

h(tXi)={exp(αβ0)if Xi=0,exp(γ+α(β0+β1+β2t))if Xi=1.

จากนั้นเรารวมสิ่งเหล่านี้ด้วยความเคารพต่อเพื่อให้ได้ฟังก์ชันอันตรายสะสม:t

Λ(tXi)={texp(αβ0)if Xi=0,0texp(γ+α(β0+β1+β2τ))dτif Xi=1.={texp(αβ0)if Xi=0,exp(γ+α(β0+β1))1αβ2(exp(αβ2t)1)if Xi=1.

สิ่งเหล่านี้ทำให้เรามีฟังก์ชั่นการเอาชีวิตรอด:

S(t)=exp(Λ(t))={exp(texp(αβ0))if Xi=0,exp(exp(γ+α(β0+β1))1αβ2(exp(αβ2t)1))if Xi=1.

จากนั้นคุณสร้างโดยการสุ่มตัวอย่างและแทนสำหรับและจัดเรียงสูตรที่เหมาะสม (ขึ้นอยู่กับ ) เพื่อจำลองทีนี่ควรเป็นพีชคณิตแบบตรงไปตรงมาจากนั้นคุณสามารถโค้ดใน R แต่โปรดแจ้งให้เราทราบโดยแสดงความคิดเห็นหากคุณต้องการความช่วยเหลือเพิ่มเติมXiUUniform(0,1)US(t)Xit


1
ขอบคุณมากสำหรับพีชคณิต ฉันจะเขียนโค้ดใน R และจะติดต่อคุณเพื่อขอความช่วยเหลือเพิ่มเติม
Sheikh

คำตอบที่สมบูรณ์แบบคืออะไร @tristan ฉันมีคำถามที่คล้ายกันและพบคำตอบของคุณ ยอดเยี่ยมมาก
Sam

@Tristan ฉันสับสนเล็กน้อยเกี่ยวกับความหมายของอัลฟาในสมการแรกที่คุณให้ที่ Xi = 0 คุณคิดจะขยายตัวเล็กน้อยหรือไม่? ขอบคุณ
Statwonk

1
@Statwonk มันดังมาจากสมการอัตราอันตรายที่มีให้โดยโปสเตอร์เดิม
Tristan

ขออภัยฉันไม่แน่ใจว่าจะใช้ฟังก์ชัน S (t) เพื่อจำลองเวลาได้อย่างไร ฉันคิดว่าคุณควรคำนวณ S ^ {- 1} และฟังก์ชั่นนี้ไม่สำคัญสำหรับเคส X_i = 1
Pmc
โดยการใช้ไซต์ของเรา หมายความว่าคุณได้อ่านและทำความเข้าใจนโยบายคุกกี้และนโยบายความเป็นส่วนตัวของเราแล้ว
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.