PCA เลือกมิติที่มีอิทธิพลโดย eigenanalysis ของจุดข้อมูล N เองขณะที่ MDS เลือกมิติที่มีอิทธิพลโดย eigenanalysis ของจุดข้อมูลของเมทริกซ์ระยะทางคู่ นี่คือผลของการเน้นความเบี่ยงเบนจากความสม่ำเสมอในการแจกแจง เมื่อพิจารณาจากระยะห่างของเมทริกซ์ซึ่งคล้ายกับตัวดึงความเค้น MDS อาจถือว่าเป็นอัลกอริธึมแบบ "บังคับทิศทาง" ความซับซ้อนในการดำเนินการซึ่งเป็นN2ที่ 3 < ≤ 4 O(dNa)3<a≤4
t-SNE ตรงกันข้ามใช้ฟิลด์การประมาณเพื่อดำเนินการรูปแบบที่แตกต่างกันค่อนข้างของรูปแบบบังคับทิศทางโดยทั่วไปผ่าน Barnes-Hut ซึ่งช่วยลดความซับซ้อนไล่ระดับตามเพื่อO ( d N ⋅ log ( N ) )แต่คุณสมบัติบรรจบกันที่มีความเข้าใจน้อยกว่าสำหรับวิธีการประมาณนี้ซ้ำสุ่ม (ที่ดีที่สุดของความรู้ของฉัน) และสำหรับ2 ≤ d ≤ 4O(dN2)O(dN⋅log(N))2≤d≤4เวลาที่ใช้ในการสังเกตโดยทั่วไปนั้นยาวกว่าวิธีลดขนาดอื่น ๆ ผลลัพธ์มักจะสามารถมองเห็นได้มากกว่าการตีความทางอิเล็กทรอนิคส์ไร้เดียงสาและขึ้นอยู่กับการกระจายตัวซึ่งมักจะเข้าใจได้ง่ายกว่าผลลัพธ์ของ MDS ซึ่งมีแนวโน้มที่จะรักษาโครงสร้างระดับโลกไว้ด้วยค่าใช้จ่ายของโครงสร้างท้องถิ่น
MDS ได้ทำการลดความซับซ้อนของเคอร์เนล PCA แล้วและควรขยายได้ด้วยเมล็ดสำรองในขณะที่เคอร์เนล t-SNE ถูกอธิบายในที่ทำงานโดย Gilbrecht, Hammer, Schulz, Mokbel, Lueks et al ฉันไม่คุ้นเคยกับมันในทางปฏิบัติ แต่อาจมีผู้ตอบอีกคน
ฉันมักจะเลือกระหว่าง MDS และ t-SNE บนพื้นฐานของเป้าหมายตามบริบท แล้วแต่จำนวนใดจะอธิบายโครงสร้างที่ฉันสนใจในการเน้นโครงสร้างใดก็ตามที่มีอำนาจอธิบายมากขึ้นนั่นคืออัลกอริทึมที่ฉันใช้ สิ่งนี้ถือได้ว่าเป็นหลุมพรางเนื่องจากเป็นรูปแบบหนึ่งของการศึกษาระดับปริญญาอิสระ แต่อิสรภาพที่ใช้อย่างฉลาดไม่ใช่สิ่งเลวร้าย