จะทำการเปรียบเทียบโพสต์เฉพาะกิจในคำที่ใช้โต้ตอบกับแบบจำลองเอฟเฟกต์ผสมได้อย่างไร

ฉันกำลังทำงานกับชุดข้อมูลเพื่อประเมินผลกระทบของการทำแห้งต่อกิจกรรมของจุลินทรีย์ในตะกอน มีวัตถุประสงค์เพื่อตรวจสอบว่าผลกระทบของการอบแห้งแตกต่างกันไปตามประเภทของตะกอนและ / หรือความลึกภายในตะกอนหรือไม่

การออกแบบการทดลองมีดังนี้:

• ตะกอนปัจจัยแรกสอดคล้องกับตะกอนสามประเภท (รหัส Sed1, Sed2, Sed3) สำหรับตะกอนแต่ละประเภทการสุ่มตัวอย่างดำเนินการในสามไซต์ (3 ไซต์สำหรับ Sed1, 3 ไซต์สำหรับ Sed2, 3 ไซต์สำหรับ Sed3)
• มีการเข้ารหัสเว็บไซต์ : ไซต์ 1, ไซต์ 2, ... , ไซต์ 9
• ปัจจัยต่อไปคืออุทกวิทยา : ภายในแต่ละไซต์ทำการสุ่มตัวอย่างในพื้นที่แห้งและในแปลงเปียก (แปลงแห้ง / เปียก)

ภายในแต่ละพล็อตก่อนหน้าการสุ่มตัวอย่างจะดำเนินการที่สองความลึก (D1, D2) เป็นสามเท่า

มีทั้งหมด n = 108 ตัวอย่าง = 3 ตะกอน * 3 ไซต์ * 2 อุทกวิทยา * 2 ความลึก * 3 ซ้ำ

ฉันใช้lme()ฟังก์ชั่นใน R ( แพ็คเกจnlme ) ดังนี้

Sediment <- as.factor(rep(c("Sed1","Sed2","Sed3"),each=36))
Site <- as.factor(rep(c("Site1","Site2","Site3","Site4","Site5",            
                        "Site6","Site7","Site8","Site9"),each=12))
Hydrology <- as.factor(rep(rep(c("Dry","Wet"),each=6),9))
Depth <- as.factor(rep(rep(c("D1","D2"),each=3),18))
Variable <- rnorm(108)

mydata <- data.frame(Sediment,Site,Hydrology,Depth,Variable)

mod1 <- lme(Variable ~ Sediment*Hydrology*Depth, data=mydata, 
             random=~1|Site/Hydrology/Depth)
anova(mod1)

ฉันต้องการเรียกใช้การเปรียบเทียบภายหลังเพื่อทดสอบว่าคำใดมีความหมายหรือไม่

ฉันสามารถทำได้ด้วยเอฟเฟ็กต์หลักอย่างง่าย (เช่นSediment ):

summary(glht(mod1,linfct=mcp(Sediment="Tukey")))

แต่glht()ฟังก์ชั่นนี้ใช้ไม่ได้กับเงื่อนไขการโต้ตอบ

ฉันพบว่าสิ่งต่อไปนี้สามารถใช้ได้กับ anova 2 ทาง:

mod1 <- lme(Variable~Sediment*Hydrology, data=mydata, 
            random=~1|Site/Hydrology)
mydata$SH <- interaction(mydata$Sediment, mydata$Hydrology)
mod2 <- lme(Variable ~ -1 + SH, data=mydata, random=~1|Site/Hydrology)
summary(glht(mod2, linfct=mcp(SH="Tukey")))

เป็นไปได้หรือไม่ที่จะใช้วิธีการเดียวกันในกรณีของ anova 3 ทาง? ความช่วยเหลือใด ๆ เกี่ยวกับวิธีการทำการเปรียบเทียบภายหลังกับเงื่อนไขการโต้ตอบในกรณีนี้จะได้รับการชื่นชมมาก

ฉันพบแพ็คเกจ "lsmeans" ค่อนข้างมีประโยชน์โดยเฉพาะเมื่อมีการโต้ตอบกับ ax * z * v อย่างไรก็ตามแพคเกจจะใช้ได้เฉพาะกับรุ่นที่ใหม่กว่าของอาร์

http://cran.r-project.org/web/packages/lsmeans/vignettes/using-lsmeans.pdf

คุณหมายถึงคุณต้องการทำการเปรียบเทียบแบบคู่ตามลำดับสำหรับปัจจัยทั้งสามหรือไม่?

mod1<-lme(Variable~Sediment*Hydrology*Depth, data=mydata, random=~1|Site/Hydrology/Depth)
mydata$SHD<-interaction(mydata$Sediment,mydata$Hydrology,mydata$Depth)
mod2<-lme(Variable~-1+SHD, data=mydata, random=~1|Site/Hydrology/Depth)
summary(glht(mod2,linfct=mcp(SHD="Tukey")))