ตัวอย่างรายงานการวิเคราะห์แบบผสมโดยใช้ lmer ในชีววิทยาจิตวิทยาและการแพทย์?


27

เนื่องจากฉันทามติทั่วไปดูเหมือนว่าจะใช้ตัวแบบผสมผ่านทางlmer()ใน R แทน ANOVA แบบคลาสสิก (ด้วยเหตุผลที่อ้างถึงบ่อยครั้งเช่นการออกแบบที่ไม่สมดุลการข้ามเอฟเฟกต์แบบสุ่มเป็นต้น) ฉันต้องการลองกับข้อมูลของฉัน อย่างไรก็ตามฉันกังวลว่าฉันจะสามารถ "ขาย" วิธีการนี้ให้กับหัวหน้างานของฉัน (ซึ่งคาดว่าการวิเคราะห์แบบดั้งเดิมด้วยค่า p ในท้ายที่สุด) หรือในภายหลังกับผู้ตรวจสอบ

คุณสามารถแนะนำตัวอย่างที่ดีของบทความที่ตีพิมพ์ที่ใช้แบบจำลองผสมหรือlmer()สำหรับการออกแบบที่แตกต่างกันเช่นมาตรการซ้ำ ๆ หรือหลายแบบภายในและระหว่างเรื่องสำหรับชีววิทยาภาคสนามจิตวิทยาการแพทย์


นอกจากนี้ก็จะดีที่จะมีคำแนะนำบางอย่างเพื่อให้เป็นไปตามการอ้างอิงที่มีการพิจารณาที่สำคัญเพื่ออ้างอิง
jokel

คำตอบ:


26

อัปเดต 3 (พฤษภาคม, 2013):บทความที่ดีอีกเรื่องเกี่ยวกับรูปแบบผสมในจิตวิทยาได้รับการเผยแพร่ในวารสารหน่วยความจำและภาษา (แม้ว่าฉันไม่เห็นด้วยกับข้อสรุปของผู้เขียนเกี่ยวกับวิธีการรับค่าpดูค่าแพ็คเกจafexแทน) มันพูดถึงวิธีการระบุโครงสร้างเอ็ฟเฟ็กต์แบบสุ่มเป็นอย่างดี ไปอ่านมัน!

Barr, DJ, Levy, R. , Scheepers, C. , & Tily, HJ (2013) โครงสร้างผลกระทบสุ่มสำหรับการทดสอบสมมติฐานยืนยัน: ให้มันสูงสุด วารสารหน่วยความจำและภาษา , 68 (3), 255–278 ดอย: 10.1016 / j.jml.2012.11.001


อัปเดต 2 (กรกฎาคม, 2012):บทความที่สนับสนุนการใช้งานใน (จิตวิทยา) จิตวิทยาเมื่อมีการข้าม (เช่นผู้เข้าร่วมและรายการ) สุ่ม
สิ่งสำคัญคือ: มันแสดงวิธีรับค่า p โดยใช้แพ็คเกจ pbkrtest :

Judd, CM, Westfall, J. , & Kenny, DA (2012) การรักษาสิ่งเร้าเป็นปัจจัยสุ่มในจิตวิทยาสังคม: วิธีการใหม่และครอบคลุมในการแก้ปัญหาที่แพร่หลาย วารสารบุคลิกภาพและจิตวิทยาสังคม , 103 (1), 54–69 doi: 10.1037 / a0028347
(ใช้ได้เฉพาะกับ Word .doc)

Jake Westfall บอกฉัน (ต่อเมล) ว่าทางเลือกอื่นสำหรับการรับค่า p ไปยังการประมาณค่า Kenward-Rogers (ใช้ใน pbkrtest) คือการประมาณค่า Satterthwaite ที่เหมาะสมที่สุดซึ่งสามารถพบได้ในแพ็คเกจMixModโดยใช้anovaTabฟังก์ชัน

การอัพเดทเล็ก ๆ จนถึงการอัพเดทครั้งล่าสุด:แพ็คเกจ R ของฉันafexมีฟังก์ชั่นmixed()เพื่อรับค่า p สำหรับเอฟเฟกต์ทั้งหมดในรุ่นผสม อีกวิธีหนึ่งcarแพคเกจยังได้รับค่า p สำหรับรุ่นผสมในการAnova()ใช้งานtest.statistic = "F"


UPDATE1:เอกสารอื่นที่อธิบาย lme4

Kliegl, R. , Wei, P. , Dambacher, M. , Yan, M. , & Zhou, X. (2011) ผลการทดลองและความแตกต่างของแต่ละบุคคลในตัวแบบผสมเชิงเส้น: การประเมินความสัมพันธ์ระหว่างผลกระทบเชิงพื้นที่วัตถุและแรงดึงดูดในสายตา ขอบเขตในจิตวิทยาเชิงปริมาณและการวัด , 1, 238. doi: 10.3389 / fpsyg.2010.00238


คำตอบเดิม:

ฉันไม่ได้มีตัวอย่างจำนวนมากเพียงหนึ่ง (ดูด้านล่าง) แต่รู้กระดาษคุณควรอ้างอิงจากจิตวิทยา / องค์ความรู้วิทยาศาสตร์ สิ่งที่สำคัญที่สุดคือ:

Baayen, RH, Davidson, DJ, & Bates, DM (2008) การสร้างแบบผสมเอฟเฟ็กต์พร้อมเอฟเฟกต์แบบข้ามสำหรับวัตถุและรายการ วารสารหน่วยความจำและภาษา , 59 (4), 390–412 ดอย: 10.1016 / j.jml.2007.12.005

อีกคนหนึ่งจาก Baayen คือ:

Baayen, RH, & Milin, P. (2010) การวิเคราะห์เวลาปฏิกิริยา วารสารวิจัยทางจิตวิทยาระหว่างประเทศ , 3 (2), 12–28

จริง ๆ แล้วฉันก็ชอบหนังสือของเขาเช่นกันซึ่งมีบทแนะนำที่ดีเกี่ยวกับโมเดลผสม (และค่อนข้างถูกสำหรับหนังสือสถิติ):
Baayen, RH (2008) การวิเคราะห์ข้อมูลภาษา: การแนะนำการปฏิบัติเพื่อให้สถิติการใช้ R เคมบริดจ์, อังกฤษ; นิวยอร์ก: สำนักพิมพ์มหาวิทยาลัยเคมบริดจ์

ฉันอาจคิดว่าเขายังมีเอกสารจำนวนมากใช้lme4แต่เป็นความสนใจหลักของฉันไม่ภาษาศาสตร์คุณอาจต้องการตรวจสอบของเขาในหน้าแรก

จากสาขาของฉัน (การใช้เหตุผล) ฉันรู้จากบทความนี้หนึ่งเรื่องที่ใช้lme4:

Fugard, AJB, Pfeifer, N. , Mayerhofer, B. , & Kleiter, GD (2011) ผู้คนตีความเงื่อนไขอย่างไร: เปลี่ยนไปสู่เหตุการณ์ที่มีเงื่อนไข วารสารจิตวิทยาการทดลอง: การเรียนรู้ความจำและความรู้ความเข้าใจ , 37 (3), 635–648 ดอย: 10.1037 / a0022329

(แม้ว่าฉันจะรู้สึกว่าพวกเขาใช้การทดสอบอัตราส่วนความน่าจะเป็นเพื่อเปรียบเทียบแบบจำลองที่แตกต่างกันเฉพาะในพารามิเตอร์คงที่ซึ่งฉันเคยได้ยินไม่ใช่วิธีที่ถูกต้องฉันคิดว่าคุณควรใช้ AIC แทน)


3
ร่างของการวิเคราะห์ข้อมูลภาษา: การแนะนำการปฏิบัติเพื่อให้สถิติการใช้ Rสามารถใช้ได้ที่นี่
MYaseen208

ฉันมีไฟล์ PDF ด้วย แต่เนื่องจากหนังสือราคาถูกฉันจึงซื้อมาและมีความสุขมาก มันอ่านง่ายกว่าถ้าคุณมีมันเป็นหนังสือ
Henrik

@Henrik คุณพูดว่าไม่ควรใช้ LRT เพื่อเปรียบเทียบแบบจำลองที่มีความแตกต่างเฉพาะในเอฟเฟกต์ถาวรคุณมีการอ้างอิงสำหรับสิ่งนี้หรือไม่?
Matt

@Matt ฉันมีข้อมูลนี้จากการสนทนากับ Mike Lawrence จากezแพ็คเกจ: groups.google.com/forum/#!topic/ez4r/GQTEtNziRwE Mike อ้างอิง Pinheiro & Bates (2000) เพื่อดูลิงก์
Henrik

11

นี่เป็นบทความที่อ้างถึงอย่างมากเกี่ยวกับแบบจำลองเชิงผสมสำหรับนิเวศวิทยาและวิวัฒนาการ:


7

บทความต่อไปนี้พยายามส่งเสริมการใช้การสร้างแบบจำลองหลายระดับในการตั้งค่าทางสังคมศาสตร์:

  • Bliese, PD & Ployhart, RE (2002) การสร้างแบบจำลองการเติบโตโดยใช้แบบจำลองสัมประสิทธิ์แบบสุ่ม: การสร้างแบบจำลองการทดสอบและภาพประกอบวิธีการวิจัยในองค์การฉบับที่ 5 5 หมายเลข 4 ตุลาคม 2545 362-387 รูปแบบไฟล์ PDF

ในการอ้างถึงบทคัดย่อ:

ในบทความนี้ผู้เขียนแสดงให้เห็นว่าแบบจำลองสัมประสิทธิ์แบบสุ่มสามารถใช้ในการพัฒนาแบบจำลองการเติบโตสำหรับการวิเคราะห์ข้อมูลระยะยาวได้อย่างไร ตรงกันข้ามกับการอภิปรายก่อนหน้าของตัวแบบสัมประสิทธิ์สุ่มบทความนี้ให้คำแนะนำทีละขั้นตอนโดยใช้กรอบการเปรียบเทียบแบบจำลอง ด้วยการเข้าใกล้การสร้างแบบจำลองด้วยวิธีนี้ผู้เขียนสามารถสร้างรากฐานการถดถอยและประเมินและประเมินตัวแบบที่ซับซ้อนมากขึ้นอย่างต่อเนื่อง ในกรอบการเปรียบเทียบแบบจำลองบทความแสดงให้เห็นถึงคุณค่าของการใช้การทดสอบความน่าจะเป็นเพื่อเปรียบเทียบแบบจำลองทางเลือก (แทนที่จะใช้การทดสอบความสำคัญทั่วไปที่เกี่ยวข้องกับพารามิเตอร์แต่ละตัว) และให้รหัสในภาษาโอเพนซอร์สเพื่อให้ผู้อ่านทำซ้ำ ผลลัพธ์

การตรวจสอบบทความที่ระบุไว้ใน Google Scholar เป็นการอ้างอิงบทความนี้แนะนำโอกาสในการขายที่มีประโยชน์อื่น ๆ อีกมากมาย


บทความนี้ดูน่าสนใจจริงๆ แต่น่าเสียดายที่มันใช้เพียงlmeจากnlmeแทนจากlmer lme4(+1)
Henrik

4

ฉันกำลังอ่าน Zuur, AF, Ieno, EN, Walker, N. , Saveliev, AA, & Smith, GM (2009) แบบจำลองผลกระทบผสมและส่วนขยายของระบบนิเวศกับ R New York, NY: Springer Science + Business Media, LLC. มันถูกเขียนขึ้นสำหรับนักนิเวศวิทยาดังนั้นสถิติจึงค่อนข้างง่ายที่จะติดตาม ฉันคิดว่ามันจะมีประโยชน์สำหรับคนที่มาจากสาขาวิชาอื่นเช่นยาหรือจิตวิทยาด้วย มีกรณีศึกษามากมายรวมอยู่และแต่ละส่วนมีรายละเอียดเกี่ยวกับวิธีการเขียนสถิติในกระดาษได้ดีที่สุด


3
โดยการใช้ไซต์ของเรา หมายความว่าคุณได้อ่านและทำความเข้าใจนโยบายคุกกี้และนโยบายความเป็นส่วนตัวของเราแล้ว
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.