พื้นหลัง
ฉันกำลังทำการวิเคราะห์เมตาซึ่งรวมถึงข้อมูลที่เผยแพร่ก่อนหน้านี้ บ่อยครั้งที่รายงานความแตกต่างระหว่างการรักษาด้วยค่า P, ความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญน้อยที่สุด (LSD) และสถิติอื่น ๆ แต่ไม่มีการประมาณความแปรปรวนโดยตรง
ในบริบทของแบบจำลองที่ฉันใช้ความแปรปรวนสูงเกินไปก็โอเค
ปัญหา
นี่คือรายการของการแปลงเป็นโดยที่S E = √ (Saville 2003)ที่ฉันกำลังพิจารณาข้อเสนอแนะชื่นชม; ด้านล่างฉันสมมติว่าα=0.05ดังนั้น1- α / 2=0.975 และตัวแปรจะกระจายตามปกติเว้นแต่จะระบุไว้เป็นอย่างอื่น:
คำถาม:
กำหนด , nและการรักษาหมายถึงˉ X 1และˉ X 2 S E = ˉ X 1 - ˉ X 2
รับ LSD (Rosenberg 2004) , , n , bโดยที่bคือจำนวนบล็อกและn = bโดยค่าเริ่มต้นสำหรับ RCBD S E = L S D
ฟังก์ชั่น R เพื่อสรุปแคปสมการเหล่านี้:
ข้อมูลตัวอย่าง:
data <- data.frame(Y=rep(1,5), stat=rep(1,5), n=rep(4,5), statname=c('SD', 'MSE', 'LSD', 'HSD', 'MSD')
ตัวอย่างการใช้:
transformstats(data)
transformstats
ฟังก์ชั่น:transformstats <- function(data) { ## Transformation of stats to SE ## transform SD to SE if ("SD" %in% data$statname) { sdi <- which(data$statname == "SD") data$stat[sdi] <- data$stat[sdi] / sqrt(data$n[sdi]) data$statname[sdi] <- "SE" } ## transform MSE to SE if ("MSE" %in% data$statname) { msei <- which(data$statname == "MSE") data$stat[msei] <- sqrt (data$stat[msei]/data$n[msei]) data$statname[msei] <- "SE" } ## 95%CI measured from mean to upper or lower CI ## SE = CI/t if ("95%CI" %in% data$statname) { cii <- which(data$statname == '95%CI') data$stat[cii] <- data$stat[cii]/qt(0.975,data$n[cii]) data$statname[cii] <- "SE" } ## Fisher's Least Significant Difference (LSD) ## conservatively assume no within block replication if ("LSD" %in% data$statname) { lsdi <- which(data$statname == "LSD") data$stat[lsdi] <- data$stat[lsdi] / (qt(0.975,data$n[lsdi]) * sqrt( (2 * data$n[lsdi]))) data$statname[lsdi] <- "SE" } ## Tukey's Honestly Significant Difference (HSD), ## conservatively assuming 3 groups being tested so df =2 if ("HSD" %in% data$statname) { hsdi <- which(data$statname == "HSD" & data$n > 1) data$stat[hsdi] <- data$stat[hsdi] / (qtukey(0.975, data$n[lsdi], df = 2)) data$statname[hsdi] <- "SE" } ## MSD Minimum Squared Difference ## MSD = t_{\alpha/2, 2n-2}*SD*sqrt(2/n) ## SE = MSD*n/(t*sqrt(2)) if ("MSD" %in% data$statname) { msdi <- which(data$statname == "MSD") data$stat[msdi] <- data$stat[msdi] * data$n[msdi] / (qt(0.975,2*data$n[lsdi]-2)*sqrt(2)) data$statname[msdi] <- "SE" } if (FALSE %in% c('SE','none') %in% data$statname) { print(paste(trait, ': ERROR!!! data contains untransformed statistics')) } return(data) }
อ้างอิง