ฉันจะสร้างพล็อตที่คล้ายกับที่สร้างโดย plot.bugs และ plot.jags จาก mcmc.list ได้อย่างไร [ปิด]

R ดูเหมือนว่าจะสามารถที่จะมีความสุขเอาท์พุทแปลงสรุปจากbugsและjagsวัตถุที่สร้างขึ้นโดยฟังก์ชั่นR2WinBUGS :: ข้อบกพร่องและR2jags: Jags

อย่างไรก็ตามฉันใช้rjagsแพ็คเกจ เมื่อฉันพยายามพล็อตผลลัพธ์ของฟังก์ชันrjags::coda.samplesโดยใช้R2WinBUGS::plot.mcmc.listผลลัพธ์คือพล็อตการวินิจฉัย (ความหนาแน่นของพารามิเตอร์, อนุกรมเวลาของโซ่, ความสัมพันธ์อัตโนมัติ) สำหรับแต่ละพารามิเตอร์

ด้านล่างนี้คือประเภทของพล็อตที่ผมอยากจะผลิตจากกวดวิชาแอนดรูว์เกลแมนของ"วิ่ง WinBuugs และ OpenBugs จาก R" plot.pugsเหล่านี้ถูกผลิตโดยใช้

ปัญหาคือว่าplot.bugsใช้bugsวัตถุเป็นอาร์กิวเมนต์ในขณะที่ใช้เวลาการส่งออกของplot.mcmc.listcoda.samples

นี่คือตัวอย่าง (จากcoda.samples):

 library(rjags)
 data(LINE)
 LINE$recompile()
 LINE.out <- coda.samples(LINE, c("alpha","beta","sigma"), n.iter=1000)
 plot(LINE.out)

สิ่งที่ฉันต้องการก็คือ

• วิธีสร้างพล็อตสรุปสรุปแบบหน้าเดียวที่คล้ายกับข้อมูลที่คล้ายกับที่สร้างโดย plot.bugs
• ฟังก์ชั่นที่จะแปลงLINE.outเป็นวัตถุบั๊กหรือ

เนื่องจากไม่มีคำตอบอย่างน้อยฉันก็จะโพสต์สิ่งที่ฉันได้รับ:

as.bugs.arrayฟังก์ชั่นในR2WinBUGSแพคเกจที่ถูกสร้างขึ้นเพื่อวัตถุประสงค์นี้ ตามเอกสาร ( ?as.bugs.array):

ฟังก์ชั่นการแปลงผลลัพธ์จากการจำลองลูกโซ่มาร์คอฟซึ่งอาจไม่ได้มาจาก BUGS ไปเป็นวัตถุบั๊ก ส่วนใหญ่ใช้เพื่อแสดงผลลัพธ์ด้วย plot.bugs

ดังนั้นจึงเป็นไปได้ที่จะได้รับพล็อตจากLINE.outในตัวอย่างของคุณถึงแม้ว่ามันจะไม่ได้พล็อตตัวแปรที่ถูกต้อง:

plot(as.bugs.array(sims.array = as.array(LINE.out)))        

จะต้องใช้เวลาเพิ่มอีกนิดเพื่อกำหนดวิธีที่ถูกต้องในการแปลงLINE.outและLINE.samplesวัตถุจากexample(jags.samples)อาจเป็นจุดเริ่มต้นที่ง่ายกว่า

ดูเหมือนว่าต่อไปนี้จะได้ผลสำหรับฉัน:

require(R2jags)
m <-jags(data=d,inits=i,pars,n.iter=1000,n.chains=3,model.file="foo.txt",DIC=F)
m <- autojags(m)
plot(m)

นี่คือตัวอย่างที่ทำซ้ำได้:

example(jags)
plot(jagsfit)