การตั้งค่า Sweave, R, ลาเท็กซ์, Eclipse StatET [ปิด]

ไม่กี่วันที่ผ่านมาฉันเห็นโพสต์เกี่ยวกับวิธีตั้งค่า SweaveR ซึ่งจะอนุญาตให้ผู้ใช้ส่งออกสิ่งต่าง ๆ โดยตรงเช่นตารางกราฟ ฯลฯ ไปยัง Latex ฉันไม่สามารถทำตามคำแนะนำได้

ทุกคนสามารถให้คำแนะนำทีละขั้นตอนเกี่ยวกับวิธีการทำได้ทั้ง Mac และ Windows

ฉันใช้ Eclipse / StatEt เพื่อสร้างเอกสารด้วย Sweave และ LaTex และค้นหา Eclipse ที่สมบูรณ์แบบในสภาพแวดล้อมการแก้ไข ฉันสามารถแนะนำคำแนะนำต่อไปนี้:

• คู่มือ pdf ของ Longhow Lam
• โพสต์ของ Jeromy Anglim (หมายเหตุนี้รวมถึงข้อมูลเกี่ยวกับการติดตั้งแพ็กเกจ RJ ที่จำเป็นสำหรับ StatEt รุ่นล่าสุด)

ฉันยังใช้MikTexบน Windows และพบว่าทุกอย่างทำงานได้ดีจริง ๆ เมื่อติดตั้งแล้ว มีคำถามและคำตอบที่ดีเกี่ยวกับ Stack Overflowเช่นกัน

สำหรับฉันฉันพบว่า Eclipse เกินความสามารถในการสร้างเอกสารทางวิทยาศาสตร์ ดังนั้นสำหรับ Windows สิ่งที่ฉันทำมีดังต่อไปนี้: ติดตั้ง Miktex 2.8 (- ไม่แน่ใจในเวอร์ชั่น) ตรวจสอบให้แน่ใจว่าคุณติดตั้ง Miktex ลงในไดเรกทอรีเช่น C: \ Miktex เนื่องจาก Latex ไม่ชอบพา ธ ไฟล์ที่มีช่องว่างอยู่ ตรวจสอบให้แน่ใจว่าได้เลือกตัวเลือกในการติดตั้งแพ็คเกจได้ทันที

ตรวจสอบให้แน่ใจด้วยว่าติดตั้ง R ไว้ที่ใดที่ Latex สามารถค้นหาได้เช่นในเส้นทางที่ไม่มีช่องว่าง ฉันติดตั้ง TechNix center เป็นโปรแกรมของฉันเพื่อเขียนเอกสาร แต่มีหลายอย่างเช่น WinEdt, eclipse, texmaker หรือ Emacs ตอนนี้ตรวจสอบให้แน่ใจว่าคุณมี \ usepackage {Sweave} และ usepackage {graphicx} ในคำนำของคุณ อย่างที่ฉันแน่ใจว่าคุณรู้คุณจะต้องใส่ <> = ที่จุดเริ่มต้นของชิ้น R ของคุณและจบด้วย @ คุณจะต้องใช้แพคเกจ xtable หรือ Hmisc เพื่อแปลงวัตถุ R เป็นรูปแบบลาเท็กซ์

ฉันชอบ xtable แต่คุณอาจจำเป็นต้องทำการเล่นกลของวัตถุสักหน่อยเพื่อให้เป็นรูปแบบที่ xtable จะยอมรับ (lm เอาต์พุตเฟรมข้อมูลเมทริกซ์) เมื่อแทรกตารางตรวจสอบให้แน่ใจว่าได้ใส่ตัวเลือก results = tex ไว้ในคำนำของคุณสำหรับโค้ดกลุ่มและถ้าคุณต้องการรูปให้ตรวจสอบให้แน่ใจว่าตัวเลือก fig = TRUE นั้นอยู่ที่นั่นด้วย คุณสามารถสร้างรูปได้หนึ่งอันต่อหนึ่งชิ้นดังนั้นโปรดคำนึงไว้เสมอ สิ่งที่ต้องระวังอย่างยิ่งคือรหัส R อยู่ทางด้านซ้ายสุดของหน้าราวกับว่ามันถูกล้อมรอบในสภาพแวดล้อมมันจะถูกเพิกเฉย (มันใช้เวลานานกว่าจะคิดออก)

คุณต้องบันทึกไฟล์เป็น. Rnw - ตรวจสอบให้แน่ใจว่าโปรแกรม tex ใด ๆ ที่คุณใช้ไม่ได้ผนวก. tex หลังจากนี้เพราะจะทำให้เกิดปัญหา

จากนั้นเรียกใช้ R CMD Sweave foo.Rnw จากบรรทัดคำสั่งหรือจากภายใน R รัน Sweave ("foo.Rnw") มันจะล้มเหลวในบางจุด (โดยเฉพาะถ้าคุณยังไม่เคยทำมาก่อน) ดังนั้นเพียงแค่ดีบักไฟล์. Rnw ของคุณล้างและทำซ้ำ

ถ้านี่เป็นครั้งแรกที่คุณทำสิ่งนี้มันอาจพิสูจน์ได้ง่ายกว่าในการเขียนรหัสการวิเคราะห์ R ทั้งหมดจากภายใน r จากนั้นใช้คำสั่งพิมพ์เพื่อแทรกลงใน LaTex ฉันจะไม่แนะนำสิ่งนี้เป็นความคิดที่ดีราวกับว่าคุณค้นพบว่า datafile ของคุณมีข้อผิดพลาดในตอนท้ายของขั้นตอนนี้ (อย่างที่ฉันทำเมื่อสุดสัปดาห์ที่ผ่านมา) คุณจะต้องทำการวิเคราะห์ทั้งหมดอีกครั้ง จากภายในน้ำยางจากจุดเริ่มต้นสามารถหลีกเลี่ยงได้

นอกจากนี้การคำนวณ Sweave อาจใช้เวลาสักครู่ดังนั้นคุณอาจต้องการใช้ R package cacheSweave เพื่อบันทึกการวิเคราะห์ซ้ำ เห็นได้ชัดว่าแพคเกจ R ช่วยให้การเข้ารหัสสีของรหัส R ในเอกสาร แต่ฉันไม่ได้ใช้สิ่งนี้

ฉันไม่เคยใช้ลาเท็กซ์หรือ R บน Mac ดังนั้นฉันจะทิ้งคำอธิบายนั้นไว้กับคนอื่น หวังว่านี่จะช่วยได้

RStudio (rstudio.org) ทำให้ทุกอย่างเป็นเรื่องง่ายหากสมมติว่า LaTeX ได้รับการติดตั้งในระบบของคุณแล้ว มีปุ่ม PDF ที่เรียกใช้โค้ดผ่าน Sweave จากนั้นเรียกใช้ผ่าน pdflatex และเรียกใช้โปรแกรมดู PDF

ผมติดตั้งชุดนี้ค่อนข้างเร็ว ๆ นี้และปฏิบัติตามคำแนะนำตามคำแนะนำที่นี่

มีลิงค์ไปยังส่วนประกอบซอฟต์แวร์ที่จำเป็นทั้งหมดที่จำเป็น ฉันใช้ MiKTex สำหรับส่วนประกอบ LaTex ทั้งหมด

มีข้อผิดพลาดเล็กน้อยหากคุณวางแผนที่จะใช้ Windows 64 บิตเนื่องจากคุณจะต้องใช้ Java Runtime แบบ 64 บิตเพิ่มเติม นี่เป็นเรื่องง่ายที่จะเอาชนะถ้าคุณไปที่ java.com ใน IE แบบ 64 บิตและตรวจสอบการติดตั้งของคุณมันจะนำคุณไปยังตัวติดตั้ง 64- บิตซึ่งหาได้ยาก

เพื่อหลีกเลี่ยงการล้อเล่นกับตัวแปรพา ธ ฉันเพียงดึงโฟลเดอร์ eclipse ใน C: \ Program Files เพราะนี่คือที่ที่ java อาศัยอยู่และ 64- บิตอาร์จากที่นี่ตัวเลือกการกำหนดค่าใน eclipse สามารถเรียกใช้โดยอัตโนมัติและค้นหาพารามิเตอร์ที่เหมาะสม

ฉันหวังว่านี่จะช่วยได้.