การทดสอบอัตราส่วนความน่าจะเป็น - lmer R - โมเดลที่ไม่ซ้อนกัน


14

ฉันกำลังตรวจสอบงานบางอย่างและได้พบกับสิ่งต่อไปนี้ซึ่งดูเหมือนว่าผิดสำหรับฉัน รุ่นสองแบบผสมถูกติดตั้ง (ใน R) โดยใช้ lmer แบบจำลองนั้นไม่ซ้อนกันและถูกเปรียบเทียบโดยการทดสอบอัตราส่วนความน่าจะเป็น ในระยะสั้นนี่คือตัวอย่างที่ทำซ้ำได้ของสิ่งที่ฉันมี:

set.seed(105)
Resp = rnorm(100)
A = factor(rep(1:5,each=20))
B = factor(rep(1:2,times=50))
C = rep(1:4, times=25)
m1 = lmer(Resp ~ A + (1|C), REML = TRUE)
m2 = lmer(Resp ~ B + (1|C), REML = TRUE)
anova(m1,m2)

เท่าที่ฉันเห็นสามารถlmerใช้เพื่อคำนวณความน่าจะเป็นและบันทึกanovaการทดสอบความแตกต่างระหว่างแบบจำลองที่ใช้ไคสแควร์กับองศาอิสระทั่วไป ดูเหมือนจะไม่ถูกต้องสำหรับฉัน ถ้ามันถูกต้องไม่มีใครทราบถึงการอ้างอิงใด ๆ ที่แสดงความชอบธรรมนี้หรือไม่? ฉันตระหนักถึงวิธีการที่ใช้แบบจำลอง (Paper โดย Lewis et al., 2011) และวิธีการที่พัฒนาโดย Vuong (1989) แต่ฉันไม่คิดว่านี่เป็นสิ่งที่ผลิตขึ้นที่นี่ ฉันไม่คิดว่าการใช้anovaคำสั่งนั้นถูกต้อง

คำตอบ:


8

สิ่งนี้ไม่ถูกต้องในสองวิธี :

  1. (สามัญ) การทดสอบอัตราส่วนความน่าจะเป็นสามารถใช้เพื่อเปรียบเทียบแบบจำลองที่ซ้อนกันเท่านั้น
  2. เราไม่สามารถเปรียบเทียบรุ่นเฉลี่ยภายใต้ REML (นี่ไม่ใช่กรณีนี้โปรดดูความคิดเห็นของ @ KarlOveHufthammer ด้านล่าง)

ในกรณีของการใช้ ML ฉันรู้ว่าใช้ AIC หรือ BIC เพื่อเปรียบเทียบโมเดลที่ไม่ซ้อนกัน


9
เกี่ยวกับจุดที่ 2, anova()ฟังก์ชั่นใน R ไม่ได้เปรียบเทียบทั้งสองรุ่นที่ติดตั้งภายใต้ REML; มัน refits พวกเขาโดยใช้ ML แล้วทำการทดสอบ ดูซึ่งมีเส้นlme4:::anova.merMod mods <- lapply(mods, refitML)(แต่คุณยังคงถูกต้องที่anova()ไม่สามารถใช้ในการเปรียบเทียบทั้งสองรุ่นเนื่องจากไม่ซ้อนกัน)
Karl Ove Hufthammer

2
โปรดทราบว่ามีความขัดแย้งในการทำรัง: Brian Ripley กล่าวว่าการทำรังเป็นสิ่งจำเป็นสำหรับการเปรียบเทียบ AIC (ดูหน้า 20 ของเอกสารที่เชื่อมโยงเพื่อการสนทนา) ขณะที่Anderson และ Burnham (ดูหน้า 2) ไม่เห็นด้วย ..
Ben Bolker

2
@BenBolker การอ้างอิงอื่น (ดูเพิ่มเติมที่นี่และสิ่งนี้ ) สำหรับการใช้ AIC กับโมเดลที่ไม่ซ้อนกันตราบใดที่คุณพิจารณาค่าคงที่ normalizing ทั้งหมดรวมถึงโมเดลที่ไม่ใช่พยาธิวิทยา อย่างไรก็ตามในบริบทของ LMM คุณต้องใช้การแก้ไข AIC
LessFaceMoreBook

2
ลิงก์ mangled: ฉันคิดว่าstats.ox.ac.uk/~ripley/ModelChoice.pdfควรใช้งานได้
Ben Bolker

2
@BenBolker อืม Brian Ripley ค่อนข้างให้ความเห็น อย่างไรก็ตามเขาไม่ได้โต้แย้งอย่างรุนแรงกับการใช้ AIC สำหรับโมเดลที่ไม่ซ้อนกัน :) ขออภัยที่ทำลิงก์ของคุณซ้ำ
LessFaceMoreBook
โดยการใช้ไซต์ของเรา หมายความว่าคุณได้อ่านและทำความเข้าใจนโยบายคุกกี้และนโยบายความเป็นส่วนตัวของเราแล้ว
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.