OpenBugs กับ JAGS

41

ฉันกำลังจะลองใช้สภาพแวดล้อมแบบ BUGS สำหรับการประเมินแบบจำลองของเบย์ มีข้อดีที่สำคัญที่ต้องพิจารณาในการเลือกระหว่าง OpenBugs หรือ JAGS หรือไม่? มีแนวโน้มว่าจะแทนที่คนอื่นในอนาคตอันใกล้?

ฉันจะใช้ตัวอย่างกิ๊บส์ที่เลือกกับอาร์ฉันยังไม่มีแอปพลิเคชันเฉพาะ แต่ฉันกำลังตัดสินใจว่าจะเข้าร่วมและเรียนรู้ใด

— DanB
แหล่งที่มา

3

คำถามที่คล้ายกัน: stats.stackexchange.com/q/33315/5509

— อยากรู้อยากเห็น

34

BUGS / OpenBugs มีระบบการสร้างที่แปลกประหลาดซึ่งทำให้การรวบรวมรหัสยากที่จะเป็นไปไม่ได้ในบางระบบ - เช่น Linux (และ IIRC OS X) ที่ผู้คนต้องหันไปใช้ Windows emulation เป็นต้น

ในทางกลับกัน Jags เป็นโครงการใหม่ที่เขียนด้วยเครื่องมือ GNU มาตรฐานและสามารถพกพาไปได้ทุกที่และใช้งานได้ทุกที่

ดังนั้นในระยะสั้นหากระบบของคุณเป็น Windows คุณมีทางเลือกและค่าใช้จ่ายที่อาจเกิดขึ้นกับ Bugs หากคุณย้าย หากคุณไม่ได้ใช้งาน Windows Jags น่าจะเป็นตัวเลือกที่ดีกว่า

— Dirk Eddelbuettel
แหล่งที่มา

6

ภายใต้การจำลอง Linux Window ไม่จำเป็นต้องใช้ไลบรารีที่แบ่งใช้โดยตรง เฉพาะ GUI ไม่ทำงานในลักษณะนี้ แต่นั่นไม่ควรเป็นปัญหาสำหรับ DanB เนื่องจากพวกเขาต้องการเรียกใช้จาก R.

— GaBorgulya

1

@GaBorgulya แม้ว่าจะเป็นเช่นนั้นหากฉันเลือกระหว่างสองเครื่องมือฉันจะเลือกเครื่องมือที่ทำงานได้อย่างสมบูรณ์บนระบบที่ฉันเลือก

— Fomite

1

ปัจจุบันแพคเกจ BRugs ไม่ได้รับการสนับสนุนบน 64 บิต Linux ตามที่ระบุไว้ในเอกสารประกอบและอาจส่งผลให้เกิดปัญหาเช่นที่ฉันเผชิญกับC ไม่สามารถคอมไพล์เมื่อพยายามหาวิธีใช้ plot.coda กับ mcmc.list เอาต์พุตจาก rjags ในสองคำถามในไซต์นี้และSOที่ยังคงไม่ได้รับคำตอบ

— David LeBauer

13

สำหรับผู้ที่พบคำถามนี้ตามทาง: ตอนนี้ก็มีสแตนด้วย วันหนึ่งสแตนอาจแทนที่ OpenBUGS และ JAGS แต่ก็ยังไม่สนับสนุนการวิเคราะห์ทั้งหมดที่แพ็คเกจอื่น ๆ เหล่านี้ทำ

— แจ็คแทนเนอร์
แหล่งที่มา

4

เกือบหนึ่งปีต่อมาฉันคิดว่าฉันจะแสดงความคิดเห็นเกี่ยวกับเรื่องนี้ นักพัฒนาดูเหมือนจะทุ่มเทและสิ่งที่พวกเขาวางแผนที่จะเพิ่มเข้าไป (อนุมานความแปรปรวน!) ชี้ไปที่ Stan อย่างหลีกเลี่ยงไม่ได้แทนที่ OpenBUGS และ JAGS ที่ถูกกล่าวว่าฉันไม่เชื่อถือในขณะนี้และ ณ ตอนนี้จะใช้เฉพาะเมื่อ JAGS ไม่ใช่ตัวเลือก ดูเหมือนว่าจะต้องมีการปรับแต่งเพิ่มเติมเพื่อให้ได้ผลลัพธ์ที่สมเหตุสมผลในปัญหาที่ซับซ้อนมากกว่าน้อย สแตนไม่ได้ใช้การสุ่มตัวอย่างของกิ๊บส์และสำหรับปัญหาที่ฉันรู้ว่ากิ๊บส์จะใช้งานได้ฉันไม่สามารถพิสูจน์ได้ว่าใช้มัน ฉันคิดว่าในอนาคตปัญหาเหล่านี้จะได้รับการแก้ไข แต่

— คนที่แต่งตัวประหลาด

1

@ MattTagg ฉันไม่คิดว่าการประเมินของฉันจะเปลี่ยนแปลง แต่ฉันไม่ใช่ผู้เชี่ยวชาญ ฉันใช้มันเยอะแล้วก็ดีขึ้นด้วย แต่ฉันก็ยังไม่ทันกับการพัฒนาทั้งหมด มีหลายรุ่นที่ฉันหวังว่าฉันสามารถผสม NUTS กับการอัปเดตการสุ่มตัวอย่างของกิ๊บส์ได้ง่าย ๆ (ผสมกันJAGSและSTANเป็นหลัก) แต่ดูเหมือนจะไม่ได้อยู่บนขอบฟ้าในเวลาอันรวดเร็วSTANแม้ว่ามันจะเป็นไปได้แน่นอน

— ผู้ชายที่

1

เจ๋งดีที่ได้รู้ กำลังจะเริ่มต้นทำงานผ่าน "Doing Bayesian Data Analysis" รุ่นใหม่พร้อมตัวอย่างที่อัปเดตใน JAGS และ STAN

— แห่

1

กลับมาตรวจสอบเพื่อดูการเปรียบเทียบล่าสุดของ JAGS และ STAN อันไหนดีกว่าตอนนี้และอันไหนน่าจะดีกว่าในอนาคต

— itpetersen

คำถามที่ได้รับการโพสต์ขอความช่วยเหลือในการแปลรูปแบบข้อบกพร่องให้สแตน: stackoverflow.com/questions/53809468/... - ความช่วยเหลือใด ๆ จะได้รับการชื่นชมมาก

— Krantz

5

ฉันแนะนำให้คุณ jags มากกว่า openbugs ด้วยเหตุผลเรื่องความเร็ว ฉันลองทั้งระบบ Linux และ jags ก็เร็วขึ้น

— MRA
แหล่งที่มา

3

นี้อาจจะเป็นปัญหาเฉพาะ แต่ ...

— เบน Bolker

5

ฉันพบว่า jags ทำงานได้อย่างราบรื่นมากขึ้นใน Linux และติดตั้งง่ายกว่า แต่ในปัจจุบันไม่รองรับการวิเคราะห์เชิงพื้นที่ที่ GeoBUGS สนับสนุน ดังนั้นฉันใช้ OpenBUGS

— astaines
แหล่งที่มา