ฉันจะเขียนซับหนึ่งซับเพื่อเพิ่มอักขระหลังจากอักขระที่สามทุกตัวได้อย่างไร

ดังนั้นฉันมีสตริงที่มีลักษณะเช่นนี้:

AUGGCCAUGGCGCCCAGAACUGAGAUCAAUAGUACCCGUAUUAACGGGUGA

และฉันต้องการแยกสตริงออกเป็น 3 ตัวอักษรที่คั่นด้วยเครื่องหมาย '+'

AUG+GCC+AUG+GCG+CCC+AGA+ACU+GAG+AUC+AAU+AGU+ACC+CGU+AUU+AAC+GGG+UGA

sedและฉันต้องการที่จะทำอย่างนั้นกับเพื่อนที่ดีของฉัน

ฉันเหนื่อย

cat codons | sed -r 's/([A-Z]\{3\})/\1\+/g'

... ไม่ประสบความสำเร็จ

sedฉันสามารถใช้คำสั่งอะไรได้บ้าง

เนื่องจากคุณไม่ต้องการการติดตาม+คุณสามารถทำได้:

fold -w3 | paste -sd+ -

นั่นคือfoldเส้นบน3ตัวอักษรwidth และpasteทั้ง 3 เส้นตัวละครกับพวกเขาsพวกเอลฟ์กับ+เป็นdelimiter ซึ่งมีผลบังคับใช้เป็นเหมือนการเปลี่ยนแปลงทุกตัวอักษรขึ้นบรรทัดใหม่ +แต่สุดท้ายเป็น หากอินพุตมีมากกว่าหนึ่งบรรทัดคุณจะจบลงด้วยบรรทัดเหล่านั้นที่รวมกับบรรทัด+ที่อาจหรืออาจไม่ใช่สิ่งที่คุณต้องการ

หากคุณต้องการให้เป็นsedคุณสามารถลบการติดตาม+หลัง:

sed 's/.../&+/g;s/+$//'

sed 's/.../&+/g'

ในการทำงานของคุณคุณไม่จำเป็นต้องหลบเลี่ยง{}สัญลักษณ์ต่างๆ:

sed -r 's/([A-Z]{3})/\1+/g'

สิ่งนี้อาจใช้ได้กับคุณ (GNU sed):

sed 's/...\B/&+/g' file

หาก sed ไม่ใช่สิ่งที่ต้องใช้ Ruby อาจเป็นทางเลือก ตัวแปล Ruby rubyสามารถใช้งานได้เช่น sed และ awk โดยรันด้วย-nตัวเลือกที่ทำให้มันวนซ้ำไปเรื่อย ๆ ล่ามสามารถป้อนด้วย Ruby one-liner ได้โดยเพิ่มเป็นอาร์กิวเมนต์ใน-eตัวเลือก (ซึ่งบอกให้ล่ามแปลความหมายของอาร์กิวเมนต์-eแทนที่จะมองหาสคริปต์ในไฟล์)

สำหรับปัญหาเฉพาะนี้คุณสามารถใช้หนึ่งซับต่อไปนี้ (ดัดแปลงจากhttps://stackoverflow.com/a/3184271/789593 ):

ruby -ne 'puts $_.scan(/.{3}|.+/).join("+")'

ในภาษาธรรมดา ๆ

• จับคู่อักขระ 3 ตัวหรืออย่างน้อยหนึ่งตัวscan(/.{3}|.+/)ในสตริงอินพุต$_(ในกรณีนี้อินพุตคาดว่าจะมาจากมาตรฐานใน) และวางแต่ละคู่ในอาร์เรย์
• รวมอาเรย์เข้ากับสตริงโดยมี '+' เชื่อมต่อแต่ละองค์ประกอบjoin("+"),
• putsและพิมพ์มันยกเลิกโดยขึ้นบรรทัดใหม่

ตัวอย่างเช่น

echo "AUGGCCAUGGCGCCCAGAACUGAGAUCAAUAGUACCCGUAUUAACGGGUG" | ruby -ne 'puts $_.scan(/.{3}|.+/).join("+")'
AUG+GCC+AUG+GCG+CCC+AGA+ACU+GAG+AUC+AAU+AGU+ACC+CGU+AUU+AAC+GGG+UG

โปรดทราบว่าจะไม่เพิ่มส่วนท้าย '+' ใด ๆ