ตัวประมวลผล RISC แบบหนังสือขนาด 32 บิตที่มีความสามารถในการเรียกใช้ linux รุ่นที่ไม่มี mmu ไม่จำเป็นต้องมีขนาดใหญ่ - ทรัพยากรจริงที่คุณต้องการคือ RAM มากกว่า (10s ของเมกะไบต์) มากกว่า FPGA ใด ๆ ดังนั้นคุณจึง อาจจะต้องการ SDRAM บนบอร์ดและคอนโทรลเลอร์สำหรับ FPGA
ถ้าคุณต้องการอะไรมากกว่าระดับเล็กน้อยคุณอาจต้องการแกนกลางที่มีการปรับให้เหมาะสม (pipelining ฯลฯ ) และนั่นเริ่มเพิ่มขนาดให้บ้าง การเพิ่ม mmu แบบเต็มจะทำให้การจัดสรรหน่วยความจำ (ใหม่) มีประสิทธิภาพมากขึ้นและเปิดใช้งานลักษณะการทำงานของ copy-on-fork () ปกติ
ผู้ค้า FPGA รายใหญ่ทั้งสองรายมีแกนประมวลผลนุ่มพร้อมลินุกซ์พอร์ต - Microblaze สำหรับ Xilinx, Nios II สำหรับ Altera คุณควรอ่านเอกสารของพวกเขาเพื่อดูคำแนะนำแพลตฟอร์มเฉพาะเนื่องจากแน่นอนว่าเป็นเป้าหมายที่เคลื่อนที่ตามกาลเวลา การออกแบบคอร์ของบุคคลที่สามอาจจะค่อนข้างใหญ่กว่าสำหรับประสิทธิภาพที่คล้ายกันถ้ามันถูกเขียนด้วยวิธีพกพาได้มากกว่าและไม่ได้รับการปรับแต่งให้เหมาะสมสำหรับตระกูล FPGA ที่กำหนด
ในอดีตมีการใช้ชิปรวมทั้งตัวประมวลผลหลักอย่างหนัก (มักเป็น powerpc) กับภูมิภาคของโครงสร้างผ้า FPGA ตัวเลือกอื่นในการดูคือโปรเซสเซอร์ที่แยกต่างหาก (น่าจะเป็น ARM) บนบอร์ดเดียวกับ FPGA
การตัดสินใจจำนวนมากจะขึ้นอยู่กับว่าคุณต้องการเชื่อมโยงโปรเซสเซอร์และ FPGA อย่างไร หากคุณสามารถลดปัญหาในการตั้งค่าการลงทะเบียนและสตรีมข้อมูลมันอาจจะเป็นแบบโมดูลาร์เหมือนกับการแขวนบอร์ด FPGA ที่มีชิป USB ที่รวดเร็วออกจากพอร์ตโฮสต์ USB ของบอร์ดลินุกซ์ฝังตัวเช่น BeagleBoard หรือ RasberryPi สำหรับการรวมที่เข้มงวดมากขึ้นคุณอาจต้องการ FPGA บนบอร์ดเดียวกันและนั่งอยู่บนบัสภายนอกของโปรเซสเซอร์ หรือสำหรับอัตราการส่งข้อมูลที่ต่ำมันเป็นเรื่องสำคัญที่จะติดตั้ง SPI register interface ใน FPGA และอินเตอร์เฟส UART นั้นทำได้ไม่ยากนัก
ท้ายที่สุดมีคำถามว่าคุณต้องการระบบปฏิบัติการแบบเต็มรูปแบบเช่น linux หรือหากสแต็ก TCP ขนาด "micro-controller ขนาด" มากขึ้นจะช่วยแก้ปัญหาของคุณในขณะที่ต้องการหน่วยความจำน้อยลง