จำกัด หน่วยความจำที่แพ็คเกจ raster ใช้ใน R


10

วิธีที่ง่ายที่สุดในการ จำกัด หน่วยความจำที่rasterแพ็คเกจใช้ในRRAM 5GB คืออะไร

เป็นการดีที่ฉันต้องการแรสเตอร์ใด ๆ ที่มีขนาดใหญ่กว่านี้เพื่อเขียนลงในฮาร์ดไดรฟ์และวิเคราะห์จากไฟล์ชั่วคราว

ฉันใช้ Windows 7 (64Bit) และรุ่น R 3.0.3

นี่คือรหัสบางส่วนที่ฉันเล่นด้วยบนเครื่องที่มี RAM ขนาด 16GB แต่มันก็ยังขยายออกไปเรื่อย ๆ เมื่อฉันจัดการกับ rasters ขนาดใหญ่:

require(raster)

memory.limit(size = 5000)
rasterOptions(format="GTiff",overwrite=TRUE,datatype="INT1S",
              tmpdir="C:/Research/BIN",tmptime=1.1,progress="text",chunksize=1000,
              maxmemory=1000)
rasterTmpFile("delete_me_")

r <- raster("myraster.tif")
r[r==0] <- NA

มันอยู่ในขั้นตอนนี้ในสคริปต์ที่การใช้ RAM เพิ่มขึ้นเพื่อให้ 16GB ทั้งหมดแล้วหยุดทำงานและยกเลิกฟังก์ชั่น

ฉันต้องเปลี่ยนอะไรที่นี่

คำตอบ:


9

คุณต้องอ่านแรสเตอร์เป็นหน่วย ๆ แทนที่จะอ่านพร้อมกัน ดูเอกสารสำหรับแพคเกจแรสเตอร์โดยเฉพาะอย่างยิ่ง - ฟังก์ชั่นการเขียนไฟล์แรสเตอร์ขนาดใหญ่

โดยการใช้ไซต์ของเรา หมายความว่าคุณได้อ่านและทำความเข้าใจนโยบายคุกกี้และนโยบายความเป็นส่วนตัวของเราแล้ว
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.