ใน Linux ส่วนติดต่อผู้ใช้แบบกราฟิกไม่ได้เป็นส่วนหนึ่งของระบบปฏิบัติการ ส่วนต่อประสานกราฟิกกับผู้ใช้ที่พบบนเดสก์ท็อป Linux ส่วนใหญ่นั้นมาจากซอฟต์แวร์ที่เรียกว่าX Window Systemซึ่งกำหนดวิธีการที่ไม่ขึ้นกับอุปกรณ์ในการจัดการกับหน้าจอคีย์บอร์ดและอุปกรณ์ตัวชี้
X Window กำหนดโปรโตคอลเครือข่ายสำหรับการสื่อสารและโปรแกรมใด ๆ ที่รู้วิธี "พูด" โปรโตคอลนี้สามารถใช้งานได้ มีห้องสมุด C ที่เรียกว่าเป็นXlibที่ทำให้มันง่ายต่อการใช้โปรโตคอลนี้เพื่อให้ Xlib เป็นชนิดของGUI API พื้นเมือง Xlib ไม่ใช่วิธีเดียวในการเข้าถึงเซิร์ฟเวอร์ X Window นอกจากนี้ยังมีXCB
ใช้ชุดเครื่องมือไลบรารีเช่นGTK + (ใช้โดยGNOME ) และQt (ใช้โดยKDE ) ซึ่งสร้างขึ้นที่ด้านบนของ Xlib เพราะง่ายต่อการเขียนโปรแกรมด้วย ตัวอย่างเช่นพวกเขาให้รูปลักษณ์และความรู้สึกที่สอดคล้องกันระหว่างแอปพลิเคชันทำให้ง่ายต่อการใช้การลากแล้ววางจัดทำส่วนประกอบมาตรฐานให้กับสภาพแวดล้อมเดสก์ท็อปที่ทันสมัยและอื่น ๆ
วิธีที่ X วาดบนหน้าจอภายในนั้นขึ้นอยู่กับการใช้งาน X.orgมีส่วนที่ขึ้นกับอุปกรณ์และส่วนที่ขึ้นกับอุปกรณ์ อดีตจัดการทรัพยากรหน้าจอเช่น windows ในขณะที่หลังสื่อสารกับไดรเวอร์การ์ดแสดงผลโดยปกติจะเป็นโมดูลเคอร์เนล การสื่อสารอาจเกิดขึ้นผ่านการเข้าถึงหน่วยความจำโดยตรงหรือผ่านการเรียกใช้ระบบไปยังเคอร์เนล ไดรเวอร์แปลคำสั่งเป็นรูปแบบที่ฮาร์ดแวร์ในการ์ดเข้าใจ
ในปี 2013 ระบบหน้าต่างใหม่ที่ชื่อว่าWaylandกำลังเริ่มใช้งานได้และการกระจายจำนวนมากได้กล่าวว่าพวกเขาจะย้ายไปอยู่ที่จุดนั้นแม้ว่าจะยังไม่มีกำหนดการที่ชัดเจน ระบบนี้ใช้ OpenGL / ES API ซึ่งหมายความว่าในอนาคต OpenGL จะเป็น "native GUI API" ใน Linux งานกำลังดำเนินการกับพอร์ต GTK + และ QT ไปยัง Wayland ดังนั้นแอปพลิเคชันและระบบเดสก์ท็อปที่ได้รับความนิยมในปัจจุบันจะต้องมีการเปลี่ยนแปลงเล็กน้อย แอปพลิเคชั่นที่ไม่สามารถเชื่อมต่อได้จะได้รับการสนับสนุนผ่านเซิร์ฟเวอร์ X11 เช่นเดียวกับ OS X รองรับแอป X11 ผ่าน Xquartz คาดว่าพอร์ต GTK + จะแล้วเสร็จภายในหนึ่งปีในขณะที่ Qt 5 ได้รับการสนับสนุน Wayland แล้ว
เพื่อเพิ่มความซับซ้อนให้กับเรื่องต่างๆ Ubuntu ได้ประกาศว่าพวกเขากำลังพัฒนาระบบใหม่ที่เรียกว่าMirเนื่องจากปัญหาที่พวกเขารับรู้กับ Wayland ระบบหน้าต่างนี้ยังใช้ OpenGL / ES API ด้วย