ข้อผิดพลาดใน plot.new (): ระยะขอบของรูปมีขนาดใหญ่เกินไปใน R

ฉันยังใหม่กับ R แต่ฉันได้สร้างพล็อตความสัมพันธ์มากมายด้วยชุดข้อมูลที่เล็กลง อย่างไรก็ตามเมื่อฉันพยายามพล็อตชุดข้อมูลขนาดใหญ่ (2gb +) ฉันสามารถสร้างพล็อตได้ดี แต่คำอธิบายแผนภูมิไม่ปรากฏขึ้น คำแนะนำใด ๆ? หรือทางเลือกอื่น?

library(gplots)
r.cor <- cor(r)
layout(matrix(c(1,1,1,1,1,1,1,1,2,2), 5, 2, byrow = TRUE))
par(oma=c(5,7,1,1))
cx <- rev(colorpanel(25,"yellow","black","blue"))
leg <- seq(min(r.cor,na.rm=T),max(r.cor,na.rm=T),length=10)
image(r.cor,main="Correlation plot Normal/Tumor data",axes=F,col=cx)
axis(1, at=seq(0,1,length=ncol(r.cor)), labels=dimnames(r.cor)[[2]], 
    cex.axis=0.9,las=2)
axis(2,at=seq(0,1,length=ncol(r.cor)), labels=dimnames(r.cor)[[2]],
     cex.axis=0.9,las=2)
image(as.matrix(leg),col=cx,axes=T)     

ข้อผิดพลาดในplot.new(): ระยะขอบของรูปใหญ่เกินไป

tmp <- round(leg,2)
axis(1,at=seq(0,1,length=length(leg)), labels=tmp,cex.axis=1)

ฉันสงสัยว่าปัญหาคือพื้นที่ตัวเลขขนาดเล็ก 2 ที่สร้างขึ้นโดยการlayout()โทรของคุณไม่ใหญ่พอที่จะมีแค่ระยะขอบเริ่มต้นนับประสาอะไรกับพล็อต

ก่อนบรรทัดที่ทำให้เกิดปัญหาลอง:

par(mar = rep(2, 4))

จากนั้นพล็อตภาพที่สอง

image(as.matrix(leg),col=cx,axes=T)

คุณจะต้องเล่นกับขนาดของระยะขอบในการpar()โทรที่ฉันแสดงเพื่อให้ได้สิทธิ์นี้ คุณอาจต้องเพิ่มขนาดของอุปกรณ์จริงที่คุณกำลังวางแผน

เคล็ดลับสุดท้ายให้บันทึกpar()ค่าเริ่มต้นก่อนที่จะเปลี่ยนดังนั้นเปลี่ยนการpar()โทรที่มีอยู่ของคุณเป็น:

op <- par(oma=c(5,7,1,1))

จากนั้นในตอนท้ายของการวางแผนทำ

par(op)

ข้อผิดพลาดนี้สามารถเกิดขึ้นได้ใน Rstudio เพียงเพราะบานหน้าต่าง "Plots" ของคุณมีขนาดเล็กเกินไป ลองซูม "ไฟล์พล็อตแพ็คเกจวิธีใช้โปรแกรมดู" ของคุณแล้วดูว่าช่วยได้ไหม!

หากคุณได้รับข้อความนี้ใน RStudio การคลิกรูป "ไม้กวาด" "ล้างพล็อตทั้งหมด" ในแท็บพล็อตและลองลงจุด () อีกครั้งอาจได้ผล

บางครั้งสิ่งนี้เกิดขึ้นใน RStudio ในการแก้ปัญหาคุณสามารถลองพล็อตไปยังหน้าต่างภายนอก (เฉพาะ Windows):

windows() ## create window to plot your file
## ... your plotting code here ...
dev.off() 

ฉันได้รับข้อผิดพลาดนี้ใน R Studio และได้รับการแก้ไขเพียงแค่ทำให้แถบด้านข้างใหญ่ขึ้นโดยการคลิกและลากบนขอบจากขวาไปซ้าย

ตรวจสอบว่าวัตถุของคุณเป็นรายการหรือเวกเตอร์ is.list(yourobject)การทำเช่นนี้พิมพ์ หากเป็นเช่นนั้นให้ลองตั้งชื่อx<-unlist(yourobject)ใหม่ สิ่งนี้จะทำให้มันกลายเป็นเวกเตอร์ที่คุณสามารถลงจุดได้

เพียงแค่ซูมพื้นที่นี้หากคุณใช้ RStudio

ฉันพบข้อผิดพลาดนี้ในวันนี้ เริ่มแรกฉันพยายามส่งออกไปยัง.jpegไฟล์ที่มีความกว้างและความสูงต่ำ

jpeg("method1_test.jpg", width=900, height=900, res=40)

ต่อมาฉันเพิ่มความกว้างและความสูงเป็น:

jpeg("method1_test.jpg", width=1900, height=1900, res=40)

ข้อผิดพลาดไม่ได้อยู่ที่นั่น :)

คุณยังสามารถเล่นกับความละเอียดได้หากความละเอียดสูงคุณต้องมีความกว้างและความสูงมากขึ้น

ฉันมีข้อผิดพลาดนี้เมื่อพยายามพล็อตข้อมูลมิติสูง หากนั่นคือสิ่งที่เกิดขึ้นกับคุณให้ลองปรับขนาดหลายมิติ: http://www.statmethods.net/advstats/mds.html

ฉันต่อสู้กับข้อผิดพลาดนี้มาหลายสัปดาห์แล้ว (โดยใช้ RStudio) ฉันพยายามย้ายหน้าต่างพล็อตให้ใหญ่ขึ้นและเล็กลง แต่ก็ไม่ได้ช่วยอะไรอย่างสม่ำเสมอ เมื่อฉันย้าย (ลาก) แอปพลิเคชันไปยังจอภาพที่ใหญ่ขึ้นปัญหาก็หายไป! ฉันตะลึง ... เสียเวลาไปหลายชั่วโมง ... ฉันรู้ว่ารหัสของฉันถูกต้อง ...

ผ้าใบ RStudio Plots จำกัดความกว้างและความสูงของพล็อต อย่างไรก็ตามหากคุณสร้างพล็อตจากโค้ดRmarkdownมันจะทำงานได้โดยไม่มีข้อ จำกัด ของฟิลด์แคนวาสเนื่องจากพื้นที่การพล็อตกำหนดตามขนาดกระดาษ

ตัวอย่างเช่น:

    ```{r}
#inside of code chunk in Rmarkdown
        grid <- par(mfrow=c(4, 5))
        plot(faithful, main="Faithful eruptions")
        plot(large.islands, main="Islands", ylab="Area")
        ...
        par(grid)
    ```

ฉันพบข้อผิดพลาดเดียวกันในวันนี้ ฉันได้ลองใช้ปุ่ม "ล้างพล็อตทั้งหมด" แล้ว แต่ก็ให้ข้อผิดพลาดเดียวกันกับฉัน จากนั้นเคล็ดลับนี้ใช้ได้ผลสำหรับฉัน ลองเพิ่มพื้นที่พล็อตโดยการลาก มันจะช่วยคุณได้อย่างแน่นอน

ฉันเพิ่งใช้การล้างพล็อตทั้งหมดจากนั้นให้คำสั่งพล็อตอีกครั้งและมันก็เป็นประโยชน์

หากมาร์จิ้นต่ำการเริ่มต้นด้วยอุปกรณ์พล็อตใหม่จะดีกว่าเสมอ:

dev.new()
# plot()
# save your plot
dev.off()

คุณจะไม่ได้รับข้อผิดพลาดของระยะขอบเว้นแต่คุณจะวางแผนสิ่งที่มีขนาดใหญ่ซึ่งไม่สามารถรองรับได้