ฉันกำลังหาบทเรียนบางอย่างใน R รหัส R แต่ละตัวจะอยู่ในโฟลเดอร์เฉพาะ มีไฟล์ข้อมูลและไฟล์อื่น ๆ อยู่ในนั้น ฉันต้องการเปิด.rไฟล์และซอร์สไฟล์โดยที่ฉันไม่ต้องเปลี่ยนไดเร็กทอรีการทำงานใน Rstudio ดังที่แสดงด้านล่าง:
มีวิธีระบุไดเร็กทอรีการทำงานของฉันโดยอัตโนมัติใน R หรือไม่
loadrdata-files ในโฟลเดอร์เดียวกันไม่ใช่sourceกับไดเร็กทอรีการทำงานที่ตั้งค่าเป็นพา ธ ของไฟล์ที่มา
คำตอบ:
จะได้รับตำแหน่งของสคริปต์ถูกมาคุณสามารถใช้หรือutils::getSrcDirectory utils::getSrcFilenameดังนั้นการเปลี่ยนไดเร็กทอรีการทำงานเป็นไฟล์ปัจจุบันสามารถทำได้ด้วย:
setwd(getSrcDirectory()[1])
นี้ไม่ได้ทำงานใน RStudio ถ้าคุณเรียกใช้รหัสมากกว่าแหล่งที่มาของไอเอ็นจีมัน rstudioapi::getActiveDocumentContextเพื่อที่คุณจะต้องใช้
setwd(dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path))
โซลูชันที่สองนี้ต้องการให้คุณใช้ RStudio เป็น IDE ของคุณแน่นอน
Error: 'getActiveDocumentContext' is not an exported object from 'namespace:rstudioapi'
getActiveDocumentContext()ในคอนโซลภายใน RStudio เส้นทางจะถูกรายงานเป็น''ไฟล์. อย่างไรก็ตามหากคุณเรียกใช้บรรทัดของโค้ดในส่วนตัวแก้ไขโค้ดจะดำเนินการตามที่คาดไว้ สิ่งนี้อาจกล่าวถึงความคิดเห็นของ @Andru
rstudioapiแพ็คเกจเวอร์ชันเก่ามาก ลองอัปเดตเป็นเวอร์ชันล่าสุด
ฉันรู้ว่าคำถามนี้ล้าสมัย แต่ฉันกำลังค้นหาวิธีแก้ปัญหานี้เช่นกันและ Google แสดงรายการนี้ไว้ที่ด้านบนสุด:
this.dir <- dirname(parent.frame(2)$ofile)
setwd(this.dir)
ใส่ลงในไฟล์ (ที่ดีที่สุดคือจุดเริ่มต้น) เพื่อให้ wd เปลี่ยนไปตามไฟล์นั้น
ตามความคิดเห็นสิ่งนี้อาจไม่จำเป็นต้องใช้ได้กับทุกแพลตฟอร์ม (Windows ดูเหมือนจะใช้งานได้, Linux / Mac สำหรับบางรุ่น) โปรดทราบว่าโซลูชันนี้มีไว้สำหรับการ "จัดหา" ไฟล์ซึ่งไม่จำเป็นต้องใช้สำหรับการเรียกใช้ไฟล์นั้น
Error in dirname(parent.frame(2)$ofile) : a character vector argument expected
dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path)
ใช้ได้กับฉัน แต่ถ้าคุณไม่ต้องการใช้ rstudioapiและคุณไม่ได้อยู่ใน proyect คุณสามารถใช้สัญลักษณ์ ~ ในเส้นทางของคุณ สัญลักษณ์ ~ หมายถึงไดเร็กทอรีการทำงาน RStudio เริ่มต้น (อย่างน้อยใน Windows)
หากไดเร็กทอรีการทำงาน RStudio ของคุณคือ "D: / Documents" setwd("~/proyect1")จะเหมือนกับ setwd ("D: / Documents / proyect1")
เมื่อคุณตั้งค่าแล้วคุณสามารถไปที่ไดเร็กทอรีย่อย: read.csv("DATA/mydata.csv")เมื่อคุณตั้งค่าที่คุณสามารถนำทางไปยังไดเรกทอรีย่อย:ก็เหมือนกับread.csv("D:/Documents/proyect1/DATA/mydata.csv").
หากคุณต้องการนำทางไปยังโฟลเดอร์หลักคุณสามารถใช้ "../"หากคุณต้องการที่จะนำทางไปยังโฟลเดอร์พ่อแม่คุณสามารถใช้ตัวอย่างเช่น: read.csv("../olddata/DATA/mydata.csv")ซึ่งเหมือนกับread.csv("D:/Documents/oldata/DATA/mydata.csv")
นี่เป็นวิธีที่ดีที่สุดสำหรับฉันในการเขียนโค้ดสคริปต์ไม่ว่าคุณจะใช้คอมพิวเตอร์เครื่องใดก็ตาม
สำหรับrstudioคุณสามารถตั้งค่าไดเร็กทอรีการทำงานของคุณเป็นไดเร็กทอรีสคริปต์โดยอัตโนมัติโดยใช้rstudioapiดังนี้:
library(rstudioapi)
# Getting the path of your current open file
current_path = rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path
setwd(dirname(current_path ))
print( getwd() )
ใช้งานได้เมื่อเรียกใช้หรือ Source ไฟล์ของคุณ
คุณต้องติดตั้งแพคเกจ rstudioapi ก่อน แจ้งให้ทราบว่าฉันพิมพ์เส้นทางเพื่อให้แน่ใจ 100% ว่าฉันมาถูกที่แล้ว แต่นี่เป็นทางเลือก
คำตอบนี้สามารถช่วยได้:
script.dir <- dirname(sys.frame(1)$ofile)
หมายเหตุ: สคริปต์ต้องมีที่มาเพื่อส่งคืนเส้นทางที่ถูกต้อง
คำตอบของ BumbleBee (ใช้ parent.frame แทน sys.frame) ไม่ได้ผลสำหรับฉันฉันมักจะได้รับข้อผิดพลาด
การแก้ไขปัญหา
dirname(parent.frame(2)$ofile)
ไม่ได้ผลสำหรับฉัน
ฉันใช้อัลกอริทึมกำลังดุร้าย แต่ใช้งานได้:
File <- "filename"
Files <- list.files(path=file.path("~"),recursive=T,include.dirs=T)
Path.file <- names(unlist(sapply(Files,grep,pattern=File))[1])
Dir.wd <- dirname(Path.file)
ง่ายขึ้นเมื่อค้นหาไดเรกทอรี:
Dirname <- "subdir_name"
Dirs <- list.dirs(path=file.path("~"),recursive=T)
dir_wd <- names(unlist(sapply(Dirs,grep,pattern=Dirname))[1])
หากคุณทำงานบน Linux คุณสามารถลองสิ่งนี้:
setwd(system("pwd", intern = T) )
มันใช้ได้กับฉัน
pwdนอกจากนี้ยังทำงานใน PowerShell (ซึ่งขณะนี้ถือเป็นเปลือกเริ่มต้นใน Windows) Get-Locationซึ่งมันเป็นนามแฝงสำหรับ
ฉันแค่มองหาวิธีแก้ปัญหานี้มาที่หน้านี้ ฉันรู้ว่ามันลงวันที่ แต่วิธีแก้ปัญหาก่อนหน้านี้ที่ไม่พอใจหรือไม่ได้ผลสำหรับฉัน นี่คืองานของฉันหากสนใจ
filename = "your_file.R"
filepath = file.choose() # browse and select your_file.R in the window
dir = substr(filepath, 1, nchar(filepath)-nchar(filename))
setwd(dir)
setwd( dirname(filepath) )?
ฉันรู้ว่านี่เป็นเธรดเก่า แต่ฉันมีปัญหาคล้ายกันกับการต้องตั้งไดเร็กทอรีการทำงานและไม่สามารถหาวิธีแก้ปัญหาใด ๆ ที่จะทำงานให้ฉันได้ นี่คือสิ่งที่ได้ผลในกรณีที่มีคนสะดุดในภายหลัง:
# SET WORKING DIRECTORY TO CURRENT DIRECTORY:
system("pwd=`pwd`; $pwd 2> dummyfile.txt")
dir <- fread("dummyfile.txt")
n<- colnames(dir)[2]
n2 <- substr(n, 1, nchar(n)-1)
setwd(n2)
มันค่อนข้างซับซ้อน แต่โดยพื้นฐานแล้วจะใช้คำสั่งของระบบเพื่อรับไดเร็กทอรีการทำงานและบันทึกลงใน dummyfile.txt จากนั้น R อ่านไฟล์นั้นโดยใช้ data.table :: fread ส่วนที่เหลือเป็นเพียงการล้างสิ่งที่พิมพ์ไปยังไฟล์เพื่อให้ฉันเหลือแค่เส้นทางไดเรกทอรี
ฉันต้องการเรียกใช้ R บนคลัสเตอร์ดังนั้นจึงไม่มีทางรู้ได้ว่าฉันจะลงเอยด้วยไดเร็กทอรีใด (งานได้รับการกำหนดหมายเลขและโหนดคอมพิวท์) นี้ได้เคล็ดลับสำหรับฉัน.
ฉันเข้าใจว่าสิ่งนี้ล้าสมัย แต่ฉันไม่สามารถรับคำตอบในอดีตเพื่อให้ทำงานได้อย่างน่าพอใจดังนั้นฉันจึงต้องการมีส่วนร่วมในวิธีการของฉันในกรณีที่มีคนอื่นพบข้อผิดพลาดเดียวกันกับที่กล่าวถึงในความคิดเห็นต่อคำตอบของ BumbleBee
Mine ขึ้นอยู่กับคำสั่งระบบง่ายๆ สิ่งที่คุณป้อนฟังก์ชันคือชื่อของสคริปต์ของคุณ:
extractRootDir <- function(x) {
abs <- suppressWarnings(system(paste("find ./ -name",x), wait=T, intern=T, ignore.stderr=T))[1];
path <- paste("~",substr(abs, 3, length(strsplit(abs,"")[[1]])),sep="");
ret <- gsub(x, "", path);
return(ret);
}
setwd(extractRootDir("myScript.R"));
ผลลัพธ์จากฟังก์ชันจะมีลักษณะ"/Users/you/Path/To/Script"ดังนี้ หวังว่านี่จะช่วยคนอื่นที่อาจติดขัด
hereแพคเกจให้here()ฟังก์ชั่นซึ่งจะส่งกลับไดเรกทอรีรากโครงการของคุณขึ้นอยู่กับการวิเคราะห์พฤติกรรมบางอย่าง
ไม่ใช่วิธีแก้ปัญหาที่สมบูรณ์แบบเนื่องจากไม่พบตำแหน่งของสคริปต์ แต่ก็เพียงพอสำหรับวัตถุประสงค์บางประการดังนั้นฉันจึงคิดว่าจะวางไว้ที่นี่
here::set_here()ยังแหล่งที่มา
GUI ส่วนใหญ่คิดว่าถ้าคุณอยู่ในไดเร็กทอรีและ "เปิด" ให้ดับเบิลคลิกหรือพยายามเรียกใช้ไฟล์. R ซึ่งไดเร็กทอรีที่อยู่จะเป็นไดเร็กทอรีการทำงานเว้นแต่จะระบุไว้เป็นอย่างอื่น Mac GUI มีวิธีการเปลี่ยนลักษณะการทำงานเริ่มต้นซึ่งเปลี่ยนแปลงได้ในแผงการเริ่มต้นของการตั้งค่าที่คุณตั้งไว้ในเซสชันที่กำลังทำงานอยู่และจะมีผลใน "การเริ่มต้น" ครั้งถัดไป คุณควรดูที่:
?Startup
เอกสาร RStudio กล่าวว่า:
"เมื่อเรียกใช้ผ่านการเชื่อมโยงไฟล์ RStudio จะตั้งค่าไดเร็กทอรีการทำงานเป็นไดเร็กทอรีของไฟล์ที่เปิดโดยอัตโนมัติ" การตั้งค่าเริ่มต้นมีไว้สำหรับ RStudio ที่จะลงทะเบียนเป็นตัวจัดการสำหรับไฟล์. R แม้ว่าจะมีการระบุถึงความสามารถในการตั้งค่า "การเชื่อมโยง" เริ่มต้นกับ RStudio สำหรับส่วนขยาย. RData และ. R ไม่ว่าจะมีสถานะ 'ตัวจัดการ' และสถานะ 'การเชื่อมโยง' เหมือนกันบน Linux ฉันไม่สามารถบอกได้
dirname(parent.frame(2)$ofile)
ไม่ได้ผลสำหรับฉันเช่นกัน แต่สิ่งต่อไปนี้ (ตามที่แนะนำในhttps://stackoverflow.com/a/35842176/992088 ) ใช้ได้กับฉันใน ubuntu 14.04
dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path)
Error: 'getActiveDocumentContext' is not an exported object from 'namespace:rstudioapi'เช่นกันใน Ubuntu 14.04
ในกรณีที่คุณใช้การเข้ารหัส UTF-8:
path <- rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path
Encoding(path) <- "UTF-8"
setwd(dirname(path))
คุณต้องติดตั้งแพคเกจ rstudioapi หากคุณยังไม่ได้ทำ
นี่เป็นอีกวิธีหนึ่งที่ทำได้:
set2 <- function(name=NULL) {
wd <- rstudioapi::getSourceEditorContext()$path
if (!is.null(name)) {
if (substr(name, nchar(name) - 1, nchar(name)) != '.R')
name <- paste0(name, '.R')
}
else {
name <- stringr::word(wd, -1, sep='/')
}
wd <- gsub(wd, pattern=paste0('/', name), replacement = '')
no_print <- eval(expr=setwd(wd), envir = .GlobalEnv)
}
set2()
?setwd?getwd