Cython:“ ข้อผิดพลาดร้ายแรง: numpy / arrayobject.h: ไม่มีไฟล์หรือไดเรกทอรีดังกล่าว”

ฉันพยายามเร่งคำตอบที่นี่โดยใช้ Cython ฉันพยายามรวบรวมรหัส (หลังจากทำการcygwinccompiler.pyแฮ็คอธิบายที่นี่ ) แต่ได้รับfatal error: numpy/arrayobject.h: No such file or directory...compilation terminatedข้อผิดพลาด ใครช่วยบอกฉันได้ไหมว่ามันเป็นปัญหากับรหัสของฉันหรือความซับซ้อนลึกลับกับ Cython

ด้านล่างนี้คือรหัสของฉัน

import numpy as np
import scipy as sp
cimport numpy as np
cimport cython

cdef inline np.ndarray[np.int, ndim=1] fbincount(np.ndarray[np.int_t, ndim=1] x):
    cdef int m = np.amax(x)+1
    cdef int n = x.size
    cdef unsigned int i
    cdef np.ndarray[np.int_t, ndim=1] c = np.zeros(m, dtype=np.int)

    for i in xrange(n):
        c[<unsigned int>x[i]] += 1

    return c

cdef packed struct Point:
    np.float64_t f0, f1

@cython.boundscheck(False)
def sparsemaker(np.ndarray[np.float_t, ndim=2] X not None,
                np.ndarray[np.float_t, ndim=2] Y not None,
                np.ndarray[np.float_t, ndim=2] Z not None):

    cdef np.ndarray[np.float64_t, ndim=1] counts, factor
    cdef np.ndarray[np.int_t, ndim=1] row, col, repeats
    cdef np.ndarray[Point] indices

    cdef int x_, y_

    _, row = np.unique(X, return_inverse=True); x_ = _.size
    _, col = np.unique(Y, return_inverse=True); y_ = _.size
    indices = np.rec.fromarrays([row,col])
    _, repeats = np.unique(indices, return_inverse=True)
    counts = 1. / fbincount(repeats)
    Z.flat *= counts.take(repeats)

    return sp.sparse.csr_matrix((Z.flat,(row,col)), shape=(x_, y_)).toarray()

ในของคุณsetup.pyที่ควรจะมีการโต้แย้งExtensioninclude_dirs=[numpy.get_include()]

นอกจากนี้คุณยังไม่มีnp.import_array()รหัสของคุณ

-

ตัวอย่าง setup.py:

from distutils.core import setup, Extension
from Cython.Build import cythonize
import numpy

setup(
    ext_modules=[
        Extension("my_module", ["my_module.c"],
                  include_dirs=[numpy.get_include()]),
    ],
)

# Or, if you use cythonize() to make the ext_modules list,
# include_dirs can be passed to setup()

setup(
    ext_modules=cythonize("my_module.pyx"),
    include_dirs=[numpy.get_include()]
)    

pyximportสำหรับโครงการหนึ่งไฟล์เช่นคุณอีกทางเลือกหนึ่งคือการใช้งาน คุณไม่จำเป็นต้องสร้างsetup.py... คุณไม่จำเป็นต้องเปิดบรรทัดคำสั่งด้วยซ้ำหากคุณใช้ IPython ... ทั้งหมดนี้สะดวกมาก ในกรณีของคุณให้ลองรันคำสั่งเหล่านี้ใน IPython หรือในสคริปต์ Python ปกติ:

import numpy
import pyximport
pyximport.install(setup_args={"script_args":["--compiler=mingw32"],
                              "include_dirs":numpy.get_include()},
                  reload_support=True)

import my_pyx_module

print my_pyx_module.some_function(...)
...

คุณอาจต้องแก้ไขคอมไพเลอร์แน่นอน ทำให้การนำเข้าและโหลดซ้ำจะทำงานเหมือนกันสำหรับ.pyxไฟล์ที่ทำงานกับ.pyไฟล์

ที่มา: http://wiki.cython.org/InstallingOnWindows

ข้อผิดพลาดหมายความว่าไม่พบไฟล์ส่วนหัวที่เป็นตัวเลขระหว่างการคอมไพล์

ลองทำexport CFLAGS=-I/usr/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include/แล้วรวบรวม นี่เป็นปัญหากับแพ็คเกจที่แตกต่างกันเล็กน้อย มีข้อบกพร่องใน ArchLinux สำหรับปัญหาเดียวกัน: https://bugs.archlinux.org/task/22326

คำตอบง่ายๆ

distutils.cfgวิธีวิธีที่ง่ายคือการเพิ่มเส้นทางไปยังไฟล์ของคุณ นามเส้นทางมันของ Windows 7 C:\Python27\Lib\distutils\โดยค่าเริ่มต้น คุณเพียงแค่ยืนยันเนื้อหาต่อไปนี้และควรได้ผล:

[build_ext]
include_dirs= C:\Python27\Lib\site-packages\numpy\core\include

ไฟล์ config ทั้งหมด

เพื่อให้คุณเห็นตัวอย่างว่าไฟล์ config จะเป็นอย่างไรไฟล์ทั้งหมดของฉันอ่าน:

[build]
compiler = mingw32

[build_ext]
include_dirs= C:\Python27\Lib\site-packages\numpy\core\include
compiler = mingw32

มันควรจะสามารถทำได้ภายในcythonize()ฟังก์ชั่นดังที่กล่าวไว้ที่นี่แต่มันไม่ได้ผลเพราะมีปัญหาที่ทราบ

ถ้าคุณขี้เกียจเกินไปที่จะเขียนแฟ้มการติดตั้งและคิดออกเส้นทางสำหรับรวมไดเรกทอรีลองcyper สามารถคอมไพล์โค้ด Cython ของคุณและตั้งค่าinclude_dirsสำหรับ Numpy โดยอัตโนมัติ

โหลดรหัสของคุณลงในสตริงจากนั้นเรียกใช้cymodule = cyper.inline(code_string)จากนั้นฟังก์ชันของคุณจะพร้อมใช้งานcymodule.sparsemakerทันที อะไรทำนองนี้

code = open(your_pyx_file).read()
cymodule = cyper.inline(code)

cymodule.sparsemaker(...)
# do what you want with your function

คุณสามารถติดตั้งไซเปอร์ผ่านpip install cyper.