ฉันควรจัดการกับคำเตือน“ แพ็คเกจ 'xxx' ไม่พร้อมใช้งาน (สำหรับรุ่น R xyz)”

ฉันพยายามติดตั้งแพ็คเกจโดยใช้

install.packages("foobarbaz")

แต่ได้รับคำเตือน

Warning message:
package 'foobarbaz' is not available (for R version x.y.z)

ทำไม R ไม่คิดว่ามีแพ็คเกจนี้

ดูคำถามเหล่านี้ที่อ้างถึงอินสแตนซ์เฉพาะของปัญหานี้:

แพ็คเกจของฉันใช้งานไม่ได้กับ
แพ็คเกจR 2.15.2 'Rbbg' ไม่พร้อมใช้งาน (สำหรับรุ่น R 2.15.2)
แพ็คเกจไม่พร้อมใช้งาน (สำหรับรุ่น R 2.15.2)
แพ็คเกจ doMC ไม่พร้อมใช้งานสำหรับคำเตือน R เวอร์ชัน 3.0.0 ใน install.packages การ
พึ่งพา 'Rglpk' ไม่พร้อมใช้งานสำหรับแพ็คเกจ 'fPortfolio'
จะทำอย่างไรเมื่อแพ็คเกจไม่พร้อมใช้งานสำหรับรุ่น R ของเรา
แพ็คเกจ bigvis สำหรับ R ไม่พร้อมใช้งานสำหรับ R เวอร์ชัน 3.0.1 หรือไม่
แพ็คเกจ 'syncwave' / 'mvcwt' ไม่พร้อมใช้งาน (สำหรับ R เวอร์ชัน 3.0.2)
แพ็คเกจ 'diamonds' ไม่พร้อมใช้งาน (สำหรับ R เวอร์ชัน 3.0.0)
แพ็คเกจ plyr สำหรับ R ไม่พร้อมใช้งานสำหรับ R เวอร์ชัน 3.0.2 หรือไม่
แพ็คเกจที่หน่วยความจำขนาดใหญ่ไม่ได้ติดตั้งบนแพ็คเกจR 64 3.0.2
"makeR" ใช้งานไม่ได้ (สำหรับรุ่น 3.0.2)
แพ็คเกจ 'RTN' ไม่พร้อมใช้งาน (สำหรับรุ่น R 3.0.1)
ปัญหาการติดตั้งแพค
เกจแพคเกจ geoR 'twitterR' ไม่พร้อมใช้งาน (สำหรับรุ่น R 3.1.0)
วิธีการติดตั้ง 'Rcpp, แพ็คเกจ? ฉันได้รับ "แพ็คเกจไม่พร้อมใช้งาน"
แพ็คเกจ 'ชุดข้อมูล' ไม่พร้อมใช้งาน (สำหรับรุ่น R 3.1.1)
"แพคเกจ 'rhipe' ไม่พร้อมใช้งาน (สำหรับรุ่น R 3.1.2)"

1. คุณสะกดไม่ได้

สิ่งแรกในการทดสอบคือคุณสะกดชื่อแพคเกจอย่างถูกต้องหรือไม่? ชื่อแพคเกจเป็นกรณี ๆ ไปใน R

2. คุณไม่ได้ดูที่เก็บข้อมูลที่ถูกต้อง

จากนั้นคุณควรตรวจสอบเพื่อดูว่ามีแพ็คเกจหรือไม่ ชนิด

setRepositories()

ดูยัง? setRepositories

หากต้องการดูที่เก็บ R ที่จะค้นหาแพ็คเกจของคุณและเลือกที่เก็บเพิ่มเติม อย่างน้อยที่สุดคุณมักจะต้องการCRANเลือกและCRAN (extras)ถ้าคุณใช้ Windows และที่Bioc*เก็บหากคุณทำเช่นนั้น[Gen / พร / metabol / หลักฐานการศึกษา] omics การวิเคราะห์ทางชีวภาพ

หากต้องการเปลี่ยนแปลงสิ่งนี้อย่างถาวรให้เพิ่มบรรทัดที่เหมือนไฟล์setRepositories(ind = c(1:6, 8))ของคุณRprofile.site

3. แพ็คเกจไม่ได้อยู่ในที่เก็บที่คุณเลือก

คืนแพ็คเกจที่มีอยู่ทั้งหมดโดยใช้

ap <- available.packages()

ดูเพิ่มเติมรายชื่อแพคเกจใช้ได้ของ R , ? available.packages

เนื่องจากนี่เป็นเมทริกซ์ขนาดใหญ่คุณอาจต้องการใช้ตัวแสดงข้อมูลเพื่อตรวจสอบ หรือคุณสามารถตรวจสอบได้อย่างรวดเร็วเพื่อดูว่ามีแพคเกจพร้อมใช้งานโดยการทดสอบกับชื่อแถว

View(ap)
"foobarbaz" %in% rownames(ap)

อีกทางเลือกหนึ่งรายการแพคเกจที่มีอยู่สามารถเห็นได้ในเบราว์เซอร์สำหรับCRAN , CRAN (พิเศษ) , Bioconductor , R-ปลอม , RForgeและGitHub

ข้อความเตือนอื่น ๆ ที่เป็นไปได้ที่คุณอาจได้รับเมื่อโต้ตอบกับกระจก CRAN คือ:

Warning: unable to access index for repository

ซึ่งอาจระบุว่าพื้นที่เก็บข้อมูล CRAN ที่เลือกไม่สามารถใช้งานได้ในขณะนี้ คุณสามารถเลือกมิเรอร์อื่นด้วยchooseCRANmirror()และลองติดตั้งอีกครั้ง

มีสาเหตุหลายประการที่ทำให้แพ็คเกจไม่พร้อมใช้งาน

4. คุณไม่ต้องการแพคเกจ

บางทีคุณอาจไม่ต้องการแพคเกจจริงๆ เป็นเรื่องปกติที่จะเกิดความสับสนเกี่ยวกับความแตกต่างระหว่างแพ็คเกจและไลบรารีหรือแพ็คเกจและชุดข้อมูล

แพคเกจเป็นการรวบรวมมาตรฐานของการขยายวัสดุ R เช่นการให้รหัสข้อมูลหรือเอกสาร ไลบรารีคือสถานที่ (ไดเรกทอรี) ซึ่ง R รู้วิธีค้นหาแพ็คเกจที่สามารถใช้ได้

หากต้องการดูชุดข้อมูลที่มีให้พิมพ์

data()

5. R หรือ Bioconductor ล้าสมัย

มันอาจมีการพึ่งพา R รุ่นล่าสุด (หรือหนึ่งในแพ็คเกจที่มันนำเข้า / ขึ้นอยู่กับว่าทำ) ดูที่

ap["foobarbaz", "Depends"]

และพิจารณาอัปเดตการติดตั้ง R ของคุณให้เป็นเวอร์ชันปัจจุบัน บน Windows สามารถทำได้ง่ายที่สุดผ่านinstallrแพ็คเกจ

library(installr)
updateR()

(แน่นอนคุณอาจต้องinstall.packages("installr")ก่อน)

เทียบเท่ากับแพ็คเกจ Bioconductor คุณอาจต้องอัปเดตการติดตั้ง Bioconductor ของคุณ

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("BiocUpgrade")

6. แพคเกจล้าสมัย

อาจถูกเก็บถาวร (หากไม่ได้รับการบำรุงรักษาอีกต่อไปและไม่ผ่านR CMD checkการทดสอบอีกต่อไป)

ในกรณีนี้คุณสามารถโหลดแพ็คเกจรุ่นเก่าโดยใช้ install_version()

library(remotes)
install_version("foobarbaz", "0.1.2")

อีกทางเลือกหนึ่งคือติดตั้งจากมิเรอร์ github CRAN

library(remotes)
install_github("cran/foobarbaz")

7. ไม่มีไบนารี Windows / OS X / Linux

อาจไม่มีไบนารี Windowsเนื่องจากต้องการซอฟต์แวร์เพิ่มเติมที่ CRAN ไม่มี นอกจากนี้แพคเกจบางอย่างมีให้เฉพาะผ่านแหล่งข้อมูลสำหรับบางแพลตฟอร์มหรือทั้งหมด ในกรณีนี้อาจมีรุ่นในที่CRAN (extras)เก็บ (ดูsetRepositoriesด้านบน)

หากแพ็กเกจต้องการโค้ดการคอมไพล์ (เช่น C, C ++, FORTRAN) จากนั้นใน Windows ติดตั้งRtoolsหรือบน OS X ติดตั้งเครื่องมือสำหรับนักพัฒนาที่มาพร้อมกับ XCode และติดตั้งแพ็คเกจเวอร์ชั่นต้นฉบับผ่าน:

install.packages("foobarbaz", type = "source")

# Or equivalently, for Bioconductor packages:
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("foobarbaz", type = "source")

บน CRAN คุณสามารถบอกได้ว่าคุณต้องการเครื่องมือพิเศษในการสร้างแพ็คเกจจากแหล่งที่มาหรือไม่โดยดูที่NeedsCompilationธงในคำอธิบาย

8. แพคเกจอยู่ใน GitHub / Bitbucket / Gitorious

มันอาจมีพื้นที่เก็บข้อมูลใน Github / Bitbucket / Gitorious แพ็คเกจเหล่านี้ต้องการremotesแพ็คเกจที่จะติดตั้ง

library(remotes)
install_github("packageauthor/foobarbaz")
install_bitbucket("packageauthor/foobarbaz")
install_gitorious("packageauthor/foobarbaz")

(เช่นเดียวกับinstallrคุณอาจต้องinstall.packages("remotes")ก่อน)

9. ไม่มีแพ็คเกจเวอร์ชั่นต้นฉบับ

แม้ว่าเวอร์ชั่นไบนารีของแพ็คเกจของคุณจะพร้อมใช้งาน แต่เวอร์ชันต้นฉบับก็ไม่สามารถใช้ได้ คุณสามารถปิดการตรวจสอบนี้ได้โดยการตั้งค่า

options(install.packages.check.source = "no")

ตามที่อธิบายไว้ในคำตอบ SO นี้โดย imanuelc?install.packagesและส่วนรายละเอียดของ

10. แพคเกจอยู่ในที่เก็บที่ไม่ได้มาตรฐาน

แพ็คเกจของคุณอยู่ในที่เก็บที่ไม่ได้มาตรฐาน (เช่นRbbg) สมมติว่ามันสอดคล้องกับมาตรฐาน CRAN อย่างสมเหตุสมผลคุณยังสามารถดาวน์โหลดได้โดยใช้install.packages; คุณเพียงแค่ต้องระบุ URL ที่เก็บ

install.packages("Rbbg", repos = "http://r.findata.org")

RHIPEบนมืออื่น ๆ ที่ไม่ได้อยู่ในที่เก็บ Cran-เหมือนจริงและมีของตัวเองคำแนะนำการติดตั้ง

ใน R ล่าสุด (3.2.3) มีข้อผิดพลาดทำให้ไม่สามารถค้นหาแพ็คเกจที่ถูกต้องได้ในบางครั้ง วิธีแก้ปัญหาคือการตั้งค่าที่เก็บด้วยตนเอง:

install.packages("lubridate", dependencies=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')

พบวิธีแก้ปัญหาในคำถามอื่น ๆ

ดูเหมือนจะมีปัญหากับบางรุ่นและR libcurlฉันมีปัญหาเดียวกันในMac (R version 3.2.2)และUbuntu (R version 3.0.2)ในทั้งสองกรณีมันได้รับการแก้ไขเพียงแค่เรียกใช้ก่อนที่install.packagesคำสั่ง

options(download.file.method = "wget")

เพื่อนแนะนำวิธีแก้ปัญหาอย่างไรก็ตามฉันไม่สามารถค้นหาได้ในฟอรัมใด ๆ ดังนั้นจึงส่งคำตอบนี้ให้ผู้อื่น

โซลูชันนี้อาจหยุด R แต่นี่เป็นโซลูชันที่ง่ายที่สุดที่ใช้เวลา 99%

คุณต้องทำคือเพียง:

install.packages('package-name',repos='http://cran.us.r-project.org')

ตามที่ผู้เขียนเอ่ยถึงตรงนี้

11. R (หรือการพึ่งพาอื่น) ล้าสมัยและคุณไม่ต้องการอัปเดต

คำเตือนนี่ไม่ใช่วิธีปฏิบัติที่ดีที่สุด

• ดาวน์โหลดซอร์สแพ็กเกจ
• นำทางไปยังDESCRIPTIONไฟล์

• ลบบรรทัดที่ละเมิดออกด้วยเครื่องมือแก้ไขข้อความของคุณเช่น

  Depends: R (>= 3.1.1)

• ติดตั้งจากภายใน (เช่นจากไดเรกทอรีหลักของDESCRIPTION) เช่น

  install.packages("foo", type="source", repos=NULL)

สิ่งหนึ่งที่เกิดขึ้นกับฉันคือรุ่น R ที่จัดทำโดยการแจกจ่าย linux ของฉัน (รุ่น R 3.0.2 ที่จัดทำโดย Ubuntu 14.04) นั้นเก่าเกินไปสำหรับแพ็คเกจรุ่นล่าสุดที่มีใน CRAN (ในกรณีของฉันplyrรุ่น 1.8.3 ณ วันนี้). วิธีแก้ปัญหาคือการใช้ระบบบรรจุภัณฑ์ของการแจกจ่ายของฉันแทนที่จะพยายามติดตั้งจาก R ( apt-get install r-cran-plyrให้ฉันรุ่น 1.8.1 จากplyr) บางทีฉันอาจลองอัปเดต R โดยใช้updateR()แต่ฉันเกรงว่าการทำเช่นนั้นจะรบกวนการทำงานของผู้จัดการแพ็คเกจ

สิ่งนี้ช่วยฉันได้หลายครั้งในการแก้ไขข้อผิดพลาด ในหลายกรณีเป็นเพียงการล้าสมัย ฟังก์ชั่นนี้สามารถติดตั้งหลายแพ็คเกจด้วยการอ้างอิงโดยใช้https://cran.rstudio.com/:

packages <- function(pkg){
    new.pkg <- pkg[!(pkg %in% installed.packages()[, "Package"])]
    if (length(new.pkg))
        install.packages(new.pkg, dependencies = TRUE, repos='https://cran.rstudio.com/')
    sapply(pkg, require, character.only = TRUE)
}

packages(c("foo", "bar", "baz"))

นี่คือสิ่งที่ฉันสามารถทำได้สำหรับการติดตั้งแพ็คเกจจิตใน R-3.4.1 เมื่อฉันได้รับคำเตือนเดียวกัน

1: Googled สำหรับแพ็คเกจนั้น

2: ดาวน์โหลดด้วยตนเองโดยมีนามสกุล tar.gz

3: เลือกตัวเลือก "ไฟล์เก็บถาวรแพ็คเกจ (.zip; .tar.gz)" สำหรับแพ็คเกจติดตั้งใน R

4: เรียกดูในพื้นที่ไปยังตำแหน่งที่ดาวน์โหลดและคลิกติดตั้ง

คุณอาจได้รับคำเตือน: การพึ่งพา 'xyz' ไม่พร้อมใช้งานสำหรับแพ็กเกจจากนั้นติดตั้งสิ่งเหล่านั้นจากที่เก็บจากนั้นทำตามขั้นตอนที่ 3-4

ฉันคงข้อผิดพลาดนี้บน Ubuntu โดยระมัดระวังการดังต่อไปนี้คำแนะนำสำหรับการติดตั้ง R รวมถึง:

1. การเพิ่มdeb http://cran.utstat.utoronto.ca/bin/linux/ubuntu trusty/ลงในไฟล์ /etc/apt/sources.list ของฉัน
2. วิ่ง sudo apt-get update
3. วิ่ง sudo apt-get install r-base-dev

สำหรับขั้นตอนที่ 1 คุณสามารถเลือกกระจกดาวน์โหลด CRAN แทนมหาวิทยาลัยโตรอนโตของฉันได้ถ้าคุณต้องการ

ฉันทำผิดพลาดในการลืมใส่repos=NULLเมื่อติดตั้งแพ็คเกจ R จากซอร์สโค้ด ในกรณีนี้ข้อความแสดงข้อผิดพลาดจะทำให้เข้าใจผิดเล็กน้อย:package 'foobarbaz' is not available (for R version x.y.z)

ปัญหาไม่ใช่รุ่นของ R มันเป็นreposพารามิเตอร์ ฉันทำinstall.packages('path/to/source/code/of/foobarbaz', type='source', repos=NULL)สิ่งที่ได้ผลกับฉันในโอกาสนี้

หวังว่านี่จะช่วยใครซักคน

ฉันมีปัญหาเดียวกัน (บน Linux) ซึ่งสามารถแก้ไขได้เปลี่ยนการตั้งค่าพร็อกซี หากคุณอยู่หลังพร็อกซีเซิร์ฟเวอร์ตรวจสอบการกำหนดค่าโดยใช้Sys.getenv("http_proxy")ภายใน R ใน~/.Renvironฉันมีบรรทัดต่อไปนี้ (จากhttps://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200488488-Configuring-R-to-Use -an-HTTP-or-HTTPS-Proxy ) ทำให้เกิดปัญหา:

http_proxy=https://proxy.dom.com:port
http_proxy_user=user:passwd

เปลี่ยนเป็น

http_proxy="http://user:passwd@proxy.dom.com:port"

แก้ไขปัญหา คุณสามารถทำเช่นเดียวกันสำหรับhttpsคุณสามารถทำเช่นเดียวกันสำหรับ

มันไม่ใช่ความคิดแรกเมื่อฉันอ่าน "package xxx ไม่พร้อมใช้งานสำหรับ r version-xyz" ...

HTH

อีกเหตุผลหนึ่ง + ทางออก

ฉันพบข้อผิดพลาดนี้ ("แพ็คเกจ XXX ไม่พร้อมใช้งานสำหรับรุ่น R XXX") เมื่อพยายามติดตั้งpkgdownใน RStudio ของฉันใน HPC ของ บริษัท ของฉัน

ปรากฎว่าภาพรวม CRAN ที่พวกเขามีบน HPC นั้นมาจากเดือนมกราคม 2018 (เกือบ 2 ปี) และแท้จริงแล้วpkgdownไม่มีอยู่จริง นั่นหมายถึงการควบคุมแหล่งที่มาของแพคเกจสำหรับผู้ใช้งานทั่วไป แต่ในฐานะนักพัฒนาคุณสามารถเปลี่ยนแปลงได้โดย:

## checking the specific repos you currently have
getOption("repos")

## updating your CRAN snapshot to a newer date
r <- getOption("repos")
r["newCRAN"] <- "https://cran.microsoft.com/snapshot/*2019-11-07*/"
options(repos = r)

## add newCRAN to repos you can use
setRepositories()

หากคุณรู้ว่าคุณกำลังทำอะไรและอาจต้องการมากกว่าหนึ่งแพ็คเกจที่อาจไม่สามารถใช้ได้ใน CRAN ของระบบคุณสามารถตั้งค่านี้ในโครงการของคุณ .Rprofileคุณสามารถตั้งค่านี้ในโครงการของคุณ

install.packages("package name", repos = "a newer CRAN than your company's archaic CRAN snapshot")ถ้ามันเป็นเพียงหนึ่งแพคเกจอาจจะเพียงแค่ใช้

1. เยี่ยมชมhttps://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/
2. ค้นหาแพ็คเกจที่คุณต้องการติดตั้งด้วยCtrl+F
3. คลิกชื่อแพ็คเกจ
4. กำหนดเวอร์ชันที่คุณต้องการติดตั้ง
5. เปิด RStudio
6. พิมพ์ " install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/[NAME OF PACKAGE]/[VERSION NUMBER].tar.gz", repos = NULL, type="source")"

ในบางกรณีคุณต้องติดตั้งแพคเกจต่าง ๆ ล่วงหน้าเพื่อใช้แพ็คเกจที่คุณต้องการใช้

ยกตัวอย่างเช่นผมจำเป็นต้องมีการติดตั้ง 7 แพ็กเกจ ( Sejong, hash, rJava, tau, RSQLite, devtools, stringr) เพื่อติดตั้งKoNLPแพคเกจ

install.packages('Sejong')
install.packages('hash')
install.packages('rJava')
install.packages('tau')
install.packages('RSQLite')
install.packages('devtools')
install.packages('stringr')

library(Sejong)
library(hash)
library(rJava)
library(tau)
library(RSQLite)
library(devtools)
library(stringr)

install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/KoNLP/KoNLP_0.80.2.tar.gz", repos = NULL, type="source")
library(KoNLP)

มันเกือบจะได้ผลเสมอสำหรับฉันเมื่อฉันใช้ bioconductor เป็นแหล่งที่มาแล้วเรียกใช้ biocLite ตัวอย่าง:

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("preprocessCore")

นอกจากนี้อีกเล็กน้อยในขณะที่พยายามทดสอบสำหรับรุ่น R เก่าโดยใช้ภาพนักเทียบท่า rocker/r-ver:3.1.0

1. การreposตั้งค่าเริ่มต้นคือMRANและสิ่งนี้ไม่ได้รับแพ็คเกจจำนวนมาก
2. รุ่น R นั้นไม่มีhttpsตัวอย่างเช่น install.packages("knitr", repos = "https://cran.rstudio.com")ดูเหมือนว่าจะใช้งานได้

ฉันพบความแตกต่างเล็กน้อยในแพ็คเกจ # 6 ล้าสมัยจากโซลูชั่นที่ยอดเยี่ยมโดย @Richie Cotton

บางครั้งผู้ดูแลแพ็คเกจอาจแสดงช่องว่างเวอร์ชัน R ที่ไม่รองรับ ในกรณีดังกล่าวคุณมีตัวเลือกอย่างน้อยสองตัวเลือก: 1) อัปเกรด R เวอร์ชั่นของคุณเป็นแพ็คเกจถัดไปที่รองรับเป้าหมายอยู่แล้ว 2) ติดตั้งเวอร์ชันล่าสุดจากตัวเก่าที่มีให้ใช้งานได้กับเวอร์ชั่น R ของคุณ

ตัวอย่างที่เป็นรูปธรรม: แพ็คเกจรุ่น CRAN ล่าสุด rattleสำหรับการขุดข้อมูล 5.3.0 ไม่รองรับ R เวอร์ชัน 3.4 เนื่องจากมีการอัปเดตใหญ่ระหว่างแพ็คเกจเวอร์ชัน 5.2.0 (R> = 2.13.0) และ 5.3.0 (R > = 3.5)

ในกรณีเช่นนี้ทางเลือกในการอัพเกรดการติดตั้ง R เป็นวิธีแก้ไขปัญหาที่กล่าวถึงแล้ว ติดตั้งแพ็กเกจdevtoolsหากคุณไม่มี (รวมถึงแพ็คเกจremotes) จากนั้นติดตั้งเวอร์ชันเฉพาะที่จะทำงานใน R. ปัจจุบันของคุณคุณสามารถค้นหาข้อมูลในหน้า CRAN สำหรับคลังเก็บแพคเกจเฉพาะ

library("devtools")
install_version("rattle", version = "5.2.0", repos = "http://cran.us.r-project.org")

ในกรณีของฉันทางออกคือการอัพเกรด R

ตามที่กล่าวไว้ที่นี่ (เป็นภาษาฝรั่งเศส) สิ่งนี้อาจเกิดขึ้นได้เมื่อคุณติดตั้ง R สองเวอร์ชันในคอมพิวเตอร์ของคุณ ถอนการติดตั้งอันเก่าที่สุดจากนั้นลองติดตั้งแพ็กเกจของคุณอีกครั้ง! มันทำงานได้ดีสำหรับฉัน