จะรวมไฟล์ RMarkdown (.Rmd) สองไฟล์เป็นเอาต์พุตเดียวได้อย่างไร

ฉันมีสองไฟล์ในโฟลเดอร์เดียวกัน: chapter1.Rmd และ chapter2.Rmd โดยมีเนื้อหาดังต่อไปนี้:

Chapter1.Rmd

---
title: "Chapter 1"
output: pdf_document
---

## This is chapter 1. {#Chapter1}

Next up: [chapter 2](#Chapter2)

Chapter2.Rmd

---
title: "Chapter 2"
output: pdf_document
---

## This is chapter 2. {#Chapter2}

Previously: [chapter 1](#Chapter1)

ฉันจะถักสิ่งเหล่านี้เพื่อรวมเป็นไฟล์ PDF เดียวได้อย่างไร

แน่นอนว่าrender(input = "chapter1.Rmd", output_format = "pdf_document")ทำงานได้อย่างสมบูรณ์ แต่render(input = "chapter1.Rmd", input = "chapter2.Rmd", output_format = "pdf_document")ไม่

ทำไมฉันถึงอยากทำสิ่งนี้ เพื่อแยกเอกสารขนาดใหญ่ออกเป็นไฟล์ตรรกะ

ฉันใช้แพ็คเกจ bookdown ของ@hadleyเพื่อสร้างลาเท็กซ์จาก. Rmd แต่ดูเหมือนว่าจะมากเกินไปสำหรับงานนี้โดยเฉพาะ มีวิธีง่ายๆโดยใช้บรรทัดคำสั่ง knitr / pandoc / linux ที่ฉันหายไปหรือไม่? ขอบคุณ.

อัปเดตเดือนสิงหาคม 2018:คำตอบนี้เขียนขึ้นก่อนการมาถึงของbookdownซึ่งเป็นแนวทางที่มีประสิทธิภาพมากขึ้นในการเขียนหนังสือที่ใช้ Rmarkdown ดูตัวอย่างการจองขั้นต่ำในคำตอบของ @ Mikey-Harper !

เมื่อฉันต้องการแยกรายงานขนาดใหญ่ออกเป็น Rmd แยกกันฉันมักจะสร้าง Rmd หลักและรวมบทเป็นย่อย วิธีนี้เป็นวิธีที่ง่ายสำหรับผู้ใช้ใหม่ที่จะเข้าใจและหากคุณรวมสารบัญ (toc) ไว้ด้วยก็จะง่ายต่อการไปยังส่วนต่างๆระหว่างบทต่างๆ

รายงาน

---  
title: My Report  
output: 
  pdf_document:
    toc: yes 
---

```{r child = 'chapter1.Rmd'}
```

```{r child = 'chapter2.Rmd'}
```

Chapter1.Rmd

# Chapter 1

This is chapter 1.

```{r}
1
```

Chapter2.Rmd

# Chapter 2

This is chapter 2.

```{r}
2
```

สร้าง

rmarkdown::render('report.Rmd')

ซึ่งผลิต:

และหากคุณต้องการวิธีที่รวดเร็วในการสร้างชิ้นส่วนสำหรับเอกสารลูกของคุณ:

rmd <- list.files(pattern = '*.Rmd', recursive = T)
chunks <- paste0("```{r child = '", rmd, "'}\n```\n")
cat(chunks, sep = '\n')
# ```{r child = 'chapter1.Rmd'}
# ```
#
# ```{r child = 'chapter2.Rmd'}
# ```

ฉันขอแนะนำให้ผู้ใช้ใช้แพ็คเกจbookdownเพื่อสร้างรายงานจากไฟล์ R Markdown หลายไฟล์ เพิ่มคุณสมบัติที่มีประโยชน์มากมายเช่นการอ้างอิงข้ามซึ่งมีประโยชน์มากสำหรับเอกสารที่ยาวขึ้น

การปรับตัวอย่างจาก@Eric ต่อไปนี้เป็นตัวอย่างขั้นต่ำของการตั้งค่าbookdown รายละเอียดหลักคือต้องเรียกไฟล์หลักindex.Rmdและต้องรวมบรรทัด YAML เพิ่มเติมsite: bookdown::bookdown_site:

ดัชนี Rmd

---
title: "A Minimal bookdown document"
site: bookdown::bookdown_site
output:
  bookdown::pdf_document2:
    toc: yes
---

01-intro.Rmd :

# Chapter 1

This is chapter 1.

```{r}
1
```

02-intro.Rmd :

# Chapter 2

This is chapter 2.

```{r}
2
```

หากเรา Knit index.Rmd bookdownจะรวมไฟล์ทั้งหมดในไดเร็กทอรีเดียวกันตามลำดับตัวอักษร (พฤติกรรมนี้สามารถเปลี่ยนแปลงได้โดยใช้_bookdown.ymlไฟล์เสริม)

เมื่อคุณคุ้นเคยกับการตั้งค่าพื้นฐานนี้แล้วคุณสามารถปรับแต่งเอกสาร bookdown และรูปแบบเอาต์พุตได้อย่างง่ายดายโดยใช้ไฟล์การกำหนดค่าเพิ่มเติมเช่น_bookdown.ymlและ_output.yml

อ่านเพิ่มเติม

• R Markdown: คำแนะนำขั้นสุดท้าย : บทที่ 11 ให้ภาพรวมที่ยอดเยี่ยมของการบุ๊กดาวน์
• การเขียนหนังสือด้วยการบุ๊กดาวน์ให้คำแนะนำที่ครอบคลุมเกี่ยวกับการบุ๊กดาวน์และแนะนำสำหรับรายละเอียดขั้นสูงเพิ่มเติม

สิ่งนี้ใช้ได้ผลสำหรับฉัน:

Rmd_bind <- 
    function(dir = ".",
    book_header = readLines(textConnection("---\ntitle: 'Title'\n---")))
{
    old <- setwd(dir)
    if(length(grep("book.Rmd", list.files())) > 0){
    warning("book.Rmd already exists")
    }
    write(book_header, file = "book.Rmd", )
    cfiles <- list.files(pattern = "*.Rmd", )
    ttext <- NULL
    for(i in 1:length(cfiles)){
    text <- readLines(cfiles[i])
    hspan <- grep("---", text)
    text <- text[-c(hspan[1]:hspan[2])]
    write(text, sep = "\n", file = "book.Rmd", append = T)
    }
    render("book.Rmd", output_format = "pdf_document")
    setwd(old)
    }

ลองนึกภาพว่ามีวิธีแก้ปัญหาที่ดีกว่าและคงจะดีหากมีสิ่งนี้ในแพ็คเกจ rmarkdown หรือ knitr