R เก็บแพคเกจที่ไหน?

207

install.packages()ฟังก์ชั่นในการวิจัยเป็นยูทิลิตี้การขยายไฟล์อัตโนมัติที่ได้รับและติดตั้งแพคเกจในอาร์

ฉันจะทราบได้อย่างไรว่าไดเรคทอรี่ R ใดที่เลือกจัดเก็บแพ็คเกจ
ฉันจะเปลี่ยนไดเรกทอรีที่ R เก็บและเข้าถึงแพ็คเกจได้อย่างไร

r packages

248

คำสั่ง install.packages ค้นหาตัวแปร. libPaths นี่คือค่าเริ่มต้นของฉันที่เป็นของ OSX:

> .libPaths()
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Resources/library"

ฉันไม่ได้ติดตั้งแพคเกจตามค่าเริ่มต้นฉันชอบที่จะติดตั้งในไดเรกทอรีบ้านของฉัน ใน. โปรไฟล์ของฉันฉันมีบรรทัดนี้:

.libPaths( "/Users/tex/lib/R" )

สิ่งนี้จะเพิ่มไดเรกทอรี "/ Users / tex / lib / R" ที่ด้านหน้าของตัวแปร. libPaths

— James Thompson
แหล่งที่มา

นี่คือสิ่งที่ฉันต้องการจะทำ แต่ฉันจะเข้าถึงและ. โปรไฟล์ได้อย่างไร พรอมต์ไม่รับรู้ว่าเป็นวัตถุหรือฟังก์ชั่น

— Milktrader

7

มันเป็นไฟล์ อ่านคู่มือละเอียดและ / หรือความช่วยเหลือ (Startup) อีกครั้ง

— Dirk Eddelbuettel

44

นี่เป็นเอกสารในคู่มือ 'การติดตั้งและการดูแลระบบ' ที่มาพร้อมกับการติดตั้งของคุณ

บนกล่อง Linux ของฉัน:

R> .libPaths()
[1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library"      
[3] "/usr/lib/R/library"           
R>

หมายความว่าเส้นทางเริ่มต้นเป็นคนแรกของเหล่านี้ คุณสามารถลบล้างสิ่งนั้นได้โดยผ่านการโต้แย้งทั้งinstall.packages()(จากภายใน R) หรือR CMD INSTALL(นอก R)

คุณสามารถลบล้างได้โดยการตั้งค่าตัวแปร R_LIBS_USER

— Dirk Eddelbuettel
แหล่งที่มา

ฉันมีเครื่องที่ใช้ Windows Vista แต่ถ้ามีขั้นตอนเดียวกันคุณจะระบุไดเรกทอรีในรายการอาร์กิวเมนต์ install.packages () พร้อมกับชื่อแพ็คเกจหรือไม่

— Milktrader

3

คุณค้นพบ 'ความช่วยเหลือ (install.packages)' หรือยัง นอกจากนี้โปรดดู 'ความช่วยเหลือ (เริ่มต้น)' ตามความคิดเห็นล่าสุดของฉัน และอ่านคู่มือเหล่านั้น สุดท้ายใน * doze ฉันมักจะตั้ง R_LIBS = "C: / opt / R / ไลบรารี่" ในไฟล์. ฉันรู้ว่าคุณกำลังจะถามเกี่ยวกับสิ่งนั้นเช่นกันดังนั้นโปรดอ่านวิธีใช้ (เริ่มต้น) ตกลง? ;-)

— Dirk Eddelbuettel

1

ฉันมีคู่มือ R หลายสิบเล่มบน Kindle ของฉัน (รวมถึง 3,000 หน้า) และไม่ทราบว่ามีไฟล์ช่วยเหลือ Startup หรือไม่ ฉันอ่านคู่มือแล้วก็ถึงจุดจบ ไปคิดว่ามันเป็นคำตอบที่เรียบง่ายตลอด ฉันจะสูญเสียคะแนนสำหรับคำถาม RTFM <- ฉันมีไม่มากที่จะสูญเสีย ขอบคุณ Dirk อีกครั้ง พบกันที่ R / การเงินสัปดาห์หน้า การเพิ่มทักษะ R ให้มากที่สุดเท่าที่จะทำได้เพื่อที่จะได้ไม่เกิดฝุ่นในระหว่างการนำเสนอ

— Milktrader

1

หน้า 3000+ เป็นการรวบรวมหน้าช่วยเหลือทั้งหมดซึ่งมีประโยชน์น้อยที่สุด หนึ่ง 'การติดตั้งและผู้ดูแล' ดังกล่าวข้างต้นจะมีประโยชน์มากสำหรับสิ่งที่คุณหลังจากที่นี่

— Dirk Eddelbuettel

มีวิธีเทียบเท่ากับการค้นหาเหล่านี้จากบรรทัดคำสั่ง bash หรือไม่ เช่นตัวแปรสภาพแวดล้อมที่ระบุว่าติดตั้งไลบรารี R หาก$R_LIBSและ$R_LIBS_USERไม่ได้ตั้งค่าไว้หรือไม่ (ฉันต้องการที่จะสามารถรันสคริปต์ R ในinst/ไดเรกทอรีของแพ็คเกจที่ติดตั้ง) บนระบบ Unix

— David LeBauer

12

ขอบคุณสำหรับทิศทางจากผู้ตอบสองคนข้างต้น ข้อเสนอแนะของ James Thompson ทำงานได้ดีที่สุดสำหรับผู้ใช้ Windows

ไปที่ติดตั้งโปรแกรม R ของคุณ สิ่งนี้เรียกว่าR_Homeในวรรณคดี เมื่อคุณพบแล้วให้ไปที่ไดเรกทอรีย่อย / etc
```
C:\R\R-2.10.1\etc
```
เลือกไฟล์ในโฟลเดอร์นี้ชื่อ Rprofile.site ฉันเปิดมันด้วย VIM คุณจะพบว่าไฟล์นี้เป็นไฟล์กระดูกเปลือยที่มีโค้ดน้อยกว่า 20 บรรทัด ฉันแทรกต่อไปนี้ภายในรหัส:
```
# my custom library path
.libPaths("C:/R/library")
```
(ความคิดเห็นถูกเพิ่มเพื่อติดตามสิ่งที่ฉันทำกับไฟล์)
ใน R การพิมพ์.libPaths()ฟังก์ชันให้ผลลัพธ์เป้าหมายแรกที่C:/R/Library

หมายเหตุ: มีแนวโน้มที่จะประสบความสำเร็จมากกว่าหนึ่งวิธี แต่วิธีอื่น ๆ ที่ฉันพยายามใช้ไม่ได้ด้วยเหตุผลบางประการ

— Milktrader
แหล่งที่มา

1

ฉันคัดลอกบรรทัดที่กล่าว.libPaths=("C:/R/library")ถึงไปยังไฟล์Rprofile.siteของฉัน ฉันเปิดตัว R 2.13.1 64 บิตและได้รับข้อผิดพลาดนี้: ข้อผิดพลาด: ไม่สามารถเปลี่ยนค่าการเชื่อมโยงที่ถูกล็อคสำหรับ '.libPaths' ฉันใช้ Windows 7

— Fred

1

ดูคำตอบของเดฟ : มันควรจะเป็น.libPaths("...")(สายและไม่ได้รับมอบหมาย)

— CodeFox

0

คุณไม่ต้องการ '='

ใช้.libPaths("C:/R/library")ในRprofileไฟล์. site ของคุณ

และให้แน่ใจว่าคุณมีสัญลักษณ์ "ถูกต้อง (Shift-2)

— เดฟ
แหล่งที่มา