สำหรับการใช้งานของฉัน (ชื่อโหนดที่มีตำแหน่ง xy) ฉันพบคำตอบของ @ user4179775 เกี่ยวกับประโยชน์ / การหยั่งรู้ที่สุด:
import pandas as pd
df = pd.read_csv('glycolysis_nodes_xy.tsv', sep='\t')
df.head()
nodes x y
0 c00033 146 958
1 c00031 601 195
...
xy_dict_list=dict([(i,[a,b]) for i, a,b in zip(df.nodes, df.x,df.y)])
xy_dict_list
{'c00022': [483, 868],
'c00024': [146, 868],
... }
xy_dict_tuples=dict([(i,(a,b)) for i, a,b in zip(df.nodes, df.x,df.y)])
xy_dict_tuples
{'c00022': (483, 868),
'c00024': (146, 868),
... }
ภาคผนวก
ฉันกลับมาที่ปัญหานี้ในภายหลังสำหรับคนอื่น ๆ แต่ที่เกี่ยวข้องทำงาน นี่คือวิธีการที่จะสะท้อนคำตอบที่ได้รับการยอมรับอย่างดียิ่งขึ้น
node_df = pd.read_csv('node_prop-glycolysis_tca-from_pg.tsv', sep='\t')
node_df.head()
node kegg_id kegg_cid name wt vis
0 22 22 c00022 pyruvate 1 1
1 24 24 c00024 acetyl-CoA 1 1
...
แปลง Pandas dataframe เป็น [list], {dict}, {dict of {dict}}, ...
ต่อคำตอบที่ยอมรับ:
node_df.set_index('kegg_cid').T.to_dict('list')
{'c00022': [22, 22, 'pyruvate', 1, 1],
'c00024': [24, 24, 'acetyl-CoA', 1, 1],
... }
node_df.set_index('kegg_cid').T.to_dict('dict')
{'c00022': {'kegg_id': 22, 'name': 'pyruvate', 'node': 22, 'vis': 1, 'wt': 1},
'c00024': {'kegg_id': 24, 'name': 'acetyl-CoA', 'node': 24, 'vis': 1, 'wt': 1},
... }
ในกรณีของฉันฉันต้องการทำสิ่งเดียวกัน แต่ด้วยคอลัมน์ที่เลือกจาก Pandas dataframe ดังนั้นฉันจึงต้องแบ่งส่วนคอลัมน์ มีสองวิธี
- โดยตรง:
(ดู: แปลงแพนด้าเป็นพจนานุกรมที่กำหนดคอลัมน์ที่ใช้สำหรับค่าคีย์ )
node_df.set_index('kegg_cid')[['name', 'wt', 'vis']].T.to_dict('dict')
{'c00022': {'name': 'pyruvate', 'vis': 1, 'wt': 1},
'c00024': {'name': 'acetyl-CoA', 'vis': 1, 'wt': 1},
... }
- "ทางอ้อม:" ก่อนอื่นแบ่งส่วนคอลัมน์ / ข้อมูลที่ต้องการจาก Pandas dataframe (อีกสองวิธีเข้าด้วยกัน)
node_df_sliced = node_df[['kegg_cid', 'name', 'wt', 'vis']]
หรือ
node_df_sliced2 = node_df.loc[:, ['kegg_cid', 'name', 'wt', 'vis']]
ที่สามารถใช้ในการสร้างพจนานุกรมของพจนานุกรมได้
node_df_sliced.set_index('kegg_cid').T.to_dict('dict')
{'c00022': {'name': 'pyruvate', 'vis': 1, 'wt': 1},
'c00024': {'name': 'acetyl-CoA', 'vis': 1, 'wt': 1},
... }
Dataframe.to_dict()
?