ข้อผิดพลาดในการโหลด rJava ใน RStudio / R หลังจาก "อัปเกรด" เป็น OSX Yosemite

ฉันเพิ่ง "อัปเกรด" จาก OSX Mountain Lion เป็น Yosemite และจาก R 3.1.3 เป็น 3.2 ทันทีหลังจากการอัพเกรดเมื่อฉันเปิด R หรือ RStudio ฉันได้รับข้อความป๊อปอัปแจ้งว่าฉันต้องติดตั้ง Java 6 นอกจากนี้การโหลดrJavaหรือแพ็คเกจใด ๆ ที่ขึ้นอยู่กับ rJava (เช่นxlsx) ทำให้ RStudio ขัดข้อง (R ก็พัง เมื่อฉันลองสิ่งนี้โดยเปิดR.appโดยตรง)

หลังจากลองแก้ไขสองสามอย่างที่พบใน Stack Overflow และที่อื่น ๆ (รายละเอียดเพิ่มเติมด้านล่าง) ฉันอยู่ในจุดที่การโหลดrJavaหรือแพ็คเกจใด ๆ ที่ขึ้นอยู่กับว่าrJavaไม่ทำให้ R ขัดข้องอีกต่อไป แต่ส่งผลให้เกิดข้อผิดพลาดต่อไปนี้:

library(rJava)
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so
  Reason: image not found
Error: package or namespace load failed for ‘rJava’

อย่างไรก็ตามหากฉันเรียกใช้ R จากบรรทัดคำสั่งแล้วโหลดrJavaหรือแพ็คเกจใด ๆ ที่ขึ้นอยู่rJavaดูเหมือนว่าจะใช้งานได้ (หรืออย่างน้อยฉันก็ไม่ได้รับข้อความแสดงข้อผิดพลาดใด ๆ )

ฉันได้ลองพยายามแก้ไขหลายครั้งบางครั้งก็ไม่กี่ครั้งและจำไม่ได้ว่าฉันทำอะไรตามลำดับ (ไม่รู้ว่านี่จะเป็นเรื่องที่น่ารังเกียจและไม่ได้ติดตามจริงๆ) แต่นี่คือส่วนสำคัญของมัน:

• เพิ่มสิ่งต่อไปนี้ในของฉัน.bash_profile(ตามคำตอบ SO นี้ ):

  ส่งออก JAVA_HOME = "/ usr / libexec / java_home -v 1.8"
  ส่งออก LD_LIBRARY_PATH = $ JAVA_HOME / jre / lib / เซิร์ฟเวอร์

• กำหนดค่า java ใหม่จากบรรทัดคำสั่งดังนี้:

  sudo R CMD javareconf -n

• การตรวจสอบและค้นพบนี้ได้รับการตั้งค่าให้options("java.home") NULLฉันลองตั้งค่าเป็นดังต่อไปนี้ (ต่อคำถาม SO นี้ ):

  ตัวเลือก ( "java.home" = "/ Library / Java / JavaVirtualMachines / jdk1.8.0_45.jdk / สารบัญ / Home / JRE")

• ติดตั้ง Java Development Kit ล่าสุดและติดตั้งใหม่rJavaจากซอร์ส (จำไม่ได้ว่าเจออันไหน)

ในบางจุดในขณะที่ลองสิ่งเหล่านี้ทั้งหมดฉันสามารถโหลดได้rJavaโดยไม่หยุดทำงาน R แต่ได้รับข้อความแสดงข้อผิดพลาดที่โพสต์ไว้ด้านบน นอกจากนี้เมื่อฉันออกจาก RStudio ดูเหมือนว่าจะปิดตามปกติ แต่จากนั้นข้อความ "RStudio ออกโดยไม่คาดคิด" จะปรากฏขึ้นแสดงว่าโปรแกรมขัดข้องขณะพยายามปิด

ในที่สุดฉันก็ตัดสินใจติดตั้งJava สำหรับ OS X 2014-001 (Java 6) เนื่องจากดูเหมือนว่าตัวเลือกจะหมด ตอนนี้เมื่อฉันเปิด R หรือ RStudio ข้อความป๊อปอัป "ซอฟต์แวร์นี้จำเป็นต้องใช้ Java 6" จะไม่ปรากฏขึ้นอีกต่อไป อย่างไรก็ตามฉันยังคงได้รับ.onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava'ข้อความแสดงข้อผิดพลาดที่โพสต์ไว้ด้านบน

ในการตรวจสอบโพสต์บางส่วนที่ฉันได้ดูไปแล้วฉันสังเกตเห็นคำตอบ SO อื่นที่ฉันพลาดมาก่อนซึ่งแนะนำให้เปิด RStudio ด้วยรหัสบรรทัดคำสั่งต่อไปนี้ซึ่งทำให้ RStudio เป็นเส้นทางที่ถูกต้องไปยัง java:

LD_LIBRARY_PATH = $ (/ usr / libexec / java_home) / jre / lib / เซิร์ฟเวอร์: เปิด -a RStudio

นั่นเป็นการเปิดหน้าต่าง RStudio และฉันก็สามารถโหลดrJavaและแพ็คเกจที่ขึ้นอยู่กับมันได้โดยไม่ได้รับข้อผิดพลาด

สุดท้ายฉันลองเรียกใช้ R จากบรรทัดคำสั่ง (ซึ่งฉันไม่เคยทำมาก่อน) ปรากฎว่าในบรรทัดคำสั่งการโหลดrJavaหรือแพ็คเกจใด ๆ ที่ขึ้นอยู่กับการrJavaทำงานและไม่เกิดข้อผิดพลาดใด ๆ

ตอนนี้ฉันสามารถrJavaทำงานได้ถ้าฉันเปิด RStudio จากบรรทัดคำสั่งด้วยรหัสที่ให้ RStudio เป็นเส้นทาง java (ตามที่ระบุไว้ด้านบน) อย่างไรก็ตามฉันต้องการหาวิธีแก้ไขปัญหาพื้นฐานไม่ว่าจะเป็นอะไรก็ตามเพื่อให้ RStudio สามารถเปิดได้ด้วยวิธีปกติของ Mac โดยไม่ต้องใช้ kludge บรรทัดคำสั่ง ฉันยังกังวลว่าการติดตั้ง Java เวอร์ชันเก่าอาจทำให้เกิดปัญหาได้

ใครมีความคิดเกี่ยวกับวิธีการวินิจฉัยและแก้ไขปัญหานี้หรือไม่?

ฉันมีปัญหาเดียวกันและทำตามขั้นตอนเดียวกับคุณ ขั้นตอนสุดท้ายในการอนุญาตให้เริ่ม RStudio ผ่าน Finder / Spotlight คือการเชื่อมโยง libjvm.dylib กับ / usr / local / lib:

sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

-f แฟล็กถูกเพิ่มเพื่อบังคับให้เขียนทับไฟล์ / ลิงก์ที่มีอยู่

บน OSX El Capitan 10.11 ผู้ใช้ไม่มีสิทธิ์เขียนถึง / usr / lib ให้ใช้คำสั่งต่อไปนี้แทน:

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

คุณสามารถโหลด libjvm.dylib อย่างชัดเจนโดยการเรียกใช้

dyn.load('/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_66.jdk/Contents/Home/jre/lib/server/libjvm.dylib')
library(rJava)

บน macOS High Sierra (10.13.1) และ Java เวอร์ชัน 9 คุณต้องใช้เส้นทาง JVM ที่แตกต่างกันเล็กน้อย (สังเกตjreโฟลเดอร์ที่หายไปในเส้นทางเทียบกับคำแนะนำสำหรับ Java เวอร์ชันก่อนหน้า):

sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

คุณต้องแจ้ง R เกี่ยวกับ JVM ด้วย:

MY_R_VERSION=$(Rscript -e "cat(with(R.version, sprintf('%s.%s', major, substring(minor, 1, 1))))")
ln -s /usr/local/lib/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Versions/$MY_R_VERSION/Resources/lib/

คำสั่งต่อไปนี้ใช้งานได้:

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

หลังจากนั้นใน RStudio การโหลด rJava จะทำงานผ่านการโหลดแพ็คเกจ "xlsx"

library("xlsx")

สภาพแวดล้อม PS # 1: Mac OS X El Capitan 10.11.3+ พร้อม RStudio 0.99.491+ และ R 3.2.3+ (ตอนนี้ฉันได้ทดสอบสิ่งนี้ด้วยบน macOS Sierra (10.12) และ R.3.3.1 ด้วย)

ป.ล. # 2 ฉันพบว่าopenxlsxมันเร็วกว่ามากและไม่ได้ใช้ Java ในการทำงานดังนั้นฉันจึงใช้แพ็คเกจนั้น หวังว่าจะช่วยคนอื่น ๆ

คุณควรจะสามารถใช้ CRAN rJava ได้โดยไม่จำเป็นต้องคอมไพล์rJavaใหม่หรือทำขั้นตอนเพิ่มเติมใด ๆ โดยการลิงก์ไลบรารีที่แบ่งใช้กับไดเร็กทอรีไลบรารีเฟรมเวิร์ก R

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Libraries

นี่คือวิธีกำหนดค่าให้ทำงานอย่างถูกต้องบน Mac สองเครื่องที่ใช้ MacOS X El Capitan (10.11.6):

1. ถอนการติดตั้ง 'rJava' โดยออกคำสั่งต่อไปนี้ในหน้าต่างเทอร์มินัล:

   Rscript -e 'remove.packages("rJava")'
   sudo Rscript -e 'remove.packages("rJava")'

2. ดาวน์โหลดและติดตั้งซอฟต์แวร์ Java จาก Oracle: https://www.java.com/en/download/mac_download.jsp

3. เพิ่มบรรทัดต่อไปนี้เพื่อ/Users/<userid>/.bashrcใช้โปรแกรมแก้ไขที่คุณชื่นชอบ:

   # Set JAVA_HOME so rJava package can find it
   export JAVA_HOME=$(/usr/libexec/java_home -v 1.8)/jre

4. ปิดและรีสตาร์ทหน้าต่างเทอร์มินัล R และ RStudio (เพื่อรับการเปลี่ยนแปลง.bashrc)

5. เรียกใช้คำสั่งต่อไปนี้ในหน้าต่าง Terminal:

   sudo ln -sf $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

6. เรียกใช้คำสั่งต่อไปนี้ในหน้าต่าง Terminal:

   sudo Rscript -e 'install.packages("rJava", repos="http://rforge.net", type="source")'

นี่คือขั้นตอนง่ายๆสำหรับมัน:

1. ลบแพ็คเกจ rJava: remove.packages (rJava)
2. ปิด R
3. ติดตั้ง Java ล่าสุดบน Mac ของคุณ
4. เปิดเทอร์มินัลและพิมพ์คำสั่งนี้: sudo R CMD javareconf

5. เปิด R และติดตั้ง rJava ด้วยคำสั่งนี้:

   install.packages ("rJava", dependencies = TRUE, type = "source")

ปัญหาไม่พบอิมเมจเกิดขึ้นกับการติดตั้งใหม่ล่าสุดบน OSX High Sierra ที่มี Java SE 10 JDK ล่าสุด

ฉันสามารถแก้ไขปัญหาเส้นทางด้วย rJava โดยใช้การแก้ไขที่พบในหน้าปัญหา rJava Github: https://github.com/su/rJava/issues/78

R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS = -I / System / Library / Frameworks / JavaVM.framework / Headers

สิ่งที่ใช้ได้ผลกับฉันบน MAC:

1. ในของคุณ~/.profileหรือ~/.bashrcเพิ่มบรรทัดนี้: %export JAVA_HOME=/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_102.jdk/Contents/Home

   1.1 % source .profile(หรือ% source .bashrc)

2. % sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib
3. remove.packages(rJava)
4. remove.packages(Rweka)
5. จากเทอร์มินัลให้ป้อนคำสั่งนี้: %sudo R CMD javareconf
6. install.packages("rJava", dependencies = TRUE, type = "source")
7. install.packages("rJava", dependencies = TRUE, type = "source")
8. โหลดไฟล์ library("rJava", "RWeka")

ขอให้โชคดี

อาจจะเป็นอีกคำตอบง่ายๆที่ไม่โดนระบบไฟล์ของคุณ:

$ install_name_tool -add_rpath /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_131.jdk/Contents/Home/jre/lib/server /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so

(แทนที่jdk1.8.0_131.jdkด้วยเส้นทาง JDK ของคุณ)

ตรวจสอบตำแหน่งของไฟล์ libjvm.dylib

ลองทำในกรณีของฉันสิ่งนี้ได้ผล:

dyn.load('/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-10.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib')
library(rJava)

ฉันดำเนินการแก้ไขปัญหาทั้งหมดที่พบจากนั้นติดตั้ง jdk-11.0.1_osx-x64_bin.dmg จาก: ดาวน์โหลด Oracle

ทุกอย่างทำงานได้อย่างสมบูรณ์หลังจากนั้น

ตรวจสอบเวอร์ชันของไลบรารีที่ไม่ได้โหลดเมื่อคุณเรียกใช้ไลบรารี ('rJava') และจับคู่กับเวอร์ชันจาวาที่คุณต้องการติดตั้ง

ฉันสังเกตว่า 'rJava' ค่อนข้างเข้มงวดเกี่ยวกับเวอร์ชัน JDK ในขณะที่โหลดใน Rstudio
ในกรณีของฉัน (Mac OS 10.14.6 - Mojave) ฉันได้ติดตั้ง jdk-13 ซึ่งทดสอบกับ jdk-11
ฉันได้เชื่อมโยงเวอร์ชัน JDK ของฉันกับไดเร็กทอรีที่ไม่มีอยู่จริงซึ่งถือว่าถูกต้องโดย Rstudio (JDK 11):

sudo ln -sf /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-13.jdk/ /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.1.jdk

และน่าแปลกที่มันใช้งานได้อย่างมีเสน่ห์ ...
BTW ไม่มีปัญหาในการเรียกใช้ 'rJava' ตามคำแนะนำก่อนหน้าในภาษา R ดั้งเดิม

คุณสามารถดาวน์โหลด Java เวอร์ชัน 6 เดิมสำหรับ El Capitan ได้ที่นี่: https://support.apple.com/kb/DL1572?viewlocale=en_US&locale=en_US หลังจากทำเช่นนั้นแพ็คเกจ rJava ก็ใช้ได้สำหรับฉัน

บรรทัดด้านล่างนี้ได้แก้ไขปัญหาเดียวกันกับที่ฉันมีกับrJavaแพ็คเกจเหมือนกับที่คนอื่น ๆ ในการสนทนานี้ทำ ฉันแน่ใจว่ามีวิธีแก้ปัญหานี้มากกว่าหนึ่งวิธีและฉันขอขอบคุณทุกคนอย่างจริงใจสำหรับการมีส่วนร่วมของพวกเขาเพราะบางครั้งหนึ่งบรรทัดเช่นเดียวกับด้านล่างนี้ช่วยประหยัดเวลาได้มากจากการทิ้งขยะ!

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

เรียกใช้สิ่งต่อไปนี้ในบรรทัดคำสั่ง: sudo R CMD javareconf

วิธีแก้ปัญหาหลายอย่างข้างต้นได้กล่าวถึงเรื่องนี้แล้ว แต่ก็แนะนำให้ลบออกและติดตั้งrJavaแพ็คเกจใหม่ในภายหลัง ฉันพบว่าขั้นตอนเพิ่มเติมเหล่านั้นไม่จำเป็น

คุณสามารถเปลี่ยนการอ้างอิงใน R โดยใช้คำสั่งต่อไปนี้:

sudo install_name_tool -change /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.1.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-13.0.1.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library/rJava/libs/rJava.so