เมื่อติดตั้ง rJava โดยใช้install.packages("rJava")คำสั่งฉันได้รับข้อผิดพลาดต่อไปนี้:

checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/java'
archiver    : '/usr/bin/jar'
compiler    : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags   : '-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include/linux'
java libs   : '-L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64/server -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64 -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../lib/amd64 -L -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib64 -L/lib64 -L/lib -L/usr/lib -ljvm'
checking whether JNI programs can be compiled... yes
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’

ฉันติดตั้ง Java JDK แล้วและjava -versionส่งคืนสิ่งต่อไปนี้:

$ java -version
java version "1.6.0_20"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_20-b02)

เมื่อ Googling ตรวจสอบข้อผิดพลาดฉันเห็นว่าคนอื่นกำลังมีปัญหาเดียวกัน แต่ไม่พบวิธีแก้ปัญหาอื่นนอกจาก "ติดตั้ง JDK ทั้งหมดไม่ใช่แค่ JRE" ที่ฉันได้ทำไป

สิ่งอื่นที่ฉันอ่านคือการเรียกใช้sudo R CMD javareconfซึ่งทำงานได้อย่างมีความสุขโดยไม่มีข้อผิดพลาด

มีความคิดเห็นว่าปัญหาของฉันคืออะไร?

[[แก้ไข]] ฉันพบปัญหานี้มา 2-3 เดือนแล้ว ในตอนแรกฉันได้แก้ไขสิ่งนี้โดยแก้ไขเส้นทาง Java ของฉันดังที่แสดงไว้ในคำตอบที่ฉันโพสต์ด้านล่าง ฉันเพิ่งพบปัญหาเดียวกันในการติดตั้ง Ubuntu ใหม่ ฉันลองใช้คำแนะนำของ Dirk เพื่อใช้ apt-get เพื่อติดตั้งแพ็คเกจ rJava มันทำงานได้อย่างสมบูรณ์แบบ สิ่งที่ฉันพลาดไม่ได้ในตอนแรกคือการติดตั้งแพ็คเกจโดยใช้วิธีการ apt-get ของ Ubuntu นั้นแตกต่างกันโดยพื้นฐานจากการโหลดแพ็คเกจเดียวกันโดยใช้ install.packages () ภายใน R แพ็คเกจ Ubuntu ช่วยแก้ปัญหาบางอย่างที่ฉันไม่ได้ตระหนักหรือชื่นชม .

จะไม่

apt-get install r-cran-rjava

ได้ง่ายขึ้น? คุณสามารถถามฉันได้ที่useR! :)

ปรากฎว่าปัญหาของฉันคือปัญหากับJAVA_HOMEตัวแปรสภาพแวดล้อมของฉัน ใช่ฉันรู้ว่าน่าตกใจ การตั้งค่าเริ่มต้นของฉันสำหรับPATHและมีJAVA_HOMEลักษณะดังนี้:

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

และฉันเพิ่ม/jreดังนั้นตอนนี้ก็มีลักษณะดังนี้:

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun/jre
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

ทุกอย่างใน Java ดูเหมือนจะทำงานได้ดีหากไม่มี/jrerJava แต่จะทำไม่ได้ แปลก

ขอบคุณ - ข้อเสนอแนะของคุณเกี่ยวกับ$JAVA_HOMEการนำฉันไปสู่วิธีแก้ปัญหาที่คล้ายกัน:

prompt$ unset JAVA_HOME

ก่อนที่จะเรียกร.

ฉันเจอปัญหาเดียวกันและใช้งานได้หลังจากเรียกใช้คำสั่งด้านล่าง

export JAVA_LIBS="$JAVA_LIBS -ldl"
R CMD javareconf

ดูรายละเอียดได้ที่ http://www-01.ibm.com/support/knowledgecenter/SSPT3X_3.0.0/com.ibm.swg.im.infosphere.biginsights.install.doc/doc/install_install_r.html

นั่นคือวิธีที่ฉันทำให้มันได้ผล:

ใน Linux (Ubuntu 16.04)

sudo apt-get install default-jre
sudo apt-get install default-jdk
sudo R CMD javareconf

ใน R:

install.packages("rJava")

สิ่งนี้ใช้ได้กับฉันใน Ubuntu 12.04 และ R เวอร์ชัน 3.0

cd /usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include

นี่คือไดเร็กทอรีที่มี jni.h

จากนั้นสร้างซอฟต์ลิงค์ไปยังไฟล์ส่วนหัวอื่นที่จำเป็น (ฉันขี้เกียจเกินไปที่จะหาวิธีรวมมากกว่าหนึ่งไดเร็กทอรีในตัวเลือก JAVA_CPPFLAGS ด้านล่าง):

sudo ln -s linux/jni_md.h .

ในที่สุด

sudo R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS=-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include

ด้านล่างเป็นหนึ่งในคำตอบของฉันในโพสต์อื่น - ข้อผิดพลาด: ไม่สามารถโหลดแพ็คเกจที่ติดตั้งได้ในขณะนี้
(สิ่งนี้เกี่ยวข้องกับคำถามนี้ด้วย)

สำหรับผู้ใช้ Linux (Ubuntu): หากคุณติดตั้งoracle-java (7/8) จะอยู่ที่ตำแหน่งนี้/usr/lib/jvmและsudoจำเป็นต้องเข้าถึง

สร้างไฟล์/etc/ld.so.conf.d/java.confด้วยรายการต่อไปนี้:

/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64
/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64/server

(แทนที่ java-8-oracle ด้วย java-7-oracle ขึ้นอยู่กับเวอร์ชัน java ของคุณ)

แล้ว:

sudo ldconfig

รีสตาร์ท RStudio จากนั้นติดตั้งแพ็คเกจ rJava

ใช้ R ภายใต้ Gentoo บน AMD64 ฉันอัปเกรดเป็น R 2.12.0

R เวอร์ชัน 2.12.0 (2010-10-15) ลิขสิทธิ์ (C) 2010 The R Foundation for Statistical Computing ISBN 3-900051-07-0 Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) และข้อความที่น่ารำคาญเหล่านั้นไป ไป

แจนแวนเดอร์เมียร์

ฉันพยายามติดตั้ง openjdk-7- * แต่ยังมีปัญหาในการติดตั้ง rJava ปรากฎว่าหลังจากรีสตาร์ทคอมพิวเตอร์แล้วก็ไม่มีปัญหา แต่อย่างใด

ดังนั้น

sudo apt-get install openjdk-7-*


RESTART after installing java, then try to install package "rJava" in R

แพคเกจ rJava ค้นหา/usr/lib/jvm/default-java/โฟลเดอร์ แต่ไม่สามารถใช้ได้เป็นค่าเริ่มต้น โฟลเดอร์นี้มี symlink สำหรับ java เริ่มต้นที่กำหนดค่าสำหรับระบบ

ในการเปิดใช้งาน java เริ่มต้นให้ติดตั้งแพ็คเกจต่อไปนี้:

sudo apt-get install default-jre default-jre-headless

ทดสอบบน ubuntu 17.04 กับ CRAN R 3.4.1

สิ่งที่ได้ผลสำหรับฉันคือการเปลี่ยน JAVA_HOME จากไฟล์ /usr/lib/R/etc/javaconf

ก่อนอื่นฉันตรวจสอบว่า Java ของฉันเปิดใช้งานเวอร์ชันใด: sudo update-alternatives --config java. ในกรณีของฉันมันเป็นjava-8-oracle

ฉันเปิดไฟล์/usr/lib/R/etc/javaconfและแทนที่default-javaด้วยjava-8-oracle:

${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/default-java}

แทนที่ด้วย:

${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-oracle}

แล้ว sudo R CMD javareconf

ฉันรีสตาร์ท RStudio จากนั้นสามารถติดตั้ง rJava ได้

สิ่งที่ฉันทำอยู่ที่นี่:

1. ใน /etc/apt/sources.list เพิ่ม:

   deb http://ftp.de.debian.org/debian sid main

หมายเหตุ: rjava ควรเป็นเวอร์ชันล่าสุด

2 รัน: sudo apt-get update sudo apt-get install r-cran-rjava

เมื่ออัปเดต rjava เวอร์ชันเก่าแล้วสามารถติดตั้ง rhdfs_1.0.8

ฉันใช้งานได้โดยดาวน์โหลด: https://cran.r-project.org/src/contrib/rJava_0.9-8.tar.gzและเรียกใช้คำสั่ง R CMD ติดตั้ง rJava_0.9-8.tar.gz

ฉันประสบปัญหาเดียวกันขณะใช้ Windows 10 ฉันได้แก้ไขปัญหาโดยใช้ขั้นตอนต่อไปนี้

1. ดาวน์โหลด Java จากhttps://java.com/en/download/windows-64bit.jspสำหรับ Windows 64 บิตติดตั้ง
2. ดาวน์โหลดชุดพัฒนา Java จากhttps://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.htmlสำหรับ Windows 64 บิตติดตั้ง
3. จากนั้นคลิกขวาที่ไอคอน "พีซีเครื่องนี้" ใน desktop \ Properties \ Advanced system settings \ Advanced \ Environment Variables \ Under ตัวแปรระบบเลือก Path \ Click Edit \ Click ที่ New \ Copy และวางเส้นทาง“ C: \ Program Files \ Java \ jdk1 .8.0_201 \ bin” และ“ C: \ Program Files \ Java \ jre1.8.0_201 \ bin” (ไม่มีเครื่องหมายคำพูด) \ OK \ OK \ OK

หมายเหตุ : jdk1.8.0_201 และ jre1.8.0_201 จะถูกเปลี่ยนแปลงโดยขึ้นอยู่กับเวอร์ชันของ Java development kit และ Java

4. ในหน้าต่างตัวแปรสภาพแวดล้อมไปที่ตัวแปรผู้ใช้สำหรับ User \ Click ที่ New \ Put ชื่อตัวแปรเป็น“ JAVA_HOME” และค่าตัวแปรเป็น“ C: \ Program Files \ Java \ jdk1.8.0_201 \ bin” \ กดตกลง

ในการตรวจสอบการติดตั้งให้เปิด CMD \ Type javac \ Press Enter และพิมพ์ java \ press enter จะปรากฏขึ้น

ใน RStudio run

Sys.setenv(JAVA_HOME="C:\\Program Files\\Java\\jdk1.8.0_201")

หมายเหตุ : jdk1.8.0_201 จะถูกเปลี่ยนแปลงโดยขึ้นอยู่กับเวอร์ชันของชุดพัฒนา Java

ตอนนี้คุณสามารถติดตั้งและโหลดแพ็คเกจ rJava ได้โดยไม่มีปัญหา

ปัญหาคือ rJava จะไม่ติดตั้งในRStudio( Version 1.0.136) สิ่งต่อไปนี้ใช้ได้ผลสำหรับฉัน ( macOS Sierra version 10.12.6) (พบที่นี่ ):

ขั้นตอนที่ 1: ดาวน์โหลดและติดตั้งjavaforosx.dmgจากที่นี่

ขั้นตอนที่ 2: จากนั้นเรียกใช้คำสั่งจากภายใน RStudio:

install.packages("rJava", type = 'source')

ฉันพบปัญหาที่คล้ายกันใน Ubuntu 16.04 และสามารถแก้ไขได้โดยสร้างโฟลเดอร์ชื่อ "default-java" ขึ้นมา/usr/lib/jvmและคัดลอกเนื้อหาทั้งหมดของไฟล์/usr/lib/jvm/java-8-oracle. ฉันเลือกใช้โซลูชันนี้เนื่องจากการแก้ไขตัวแปรสภาพแวดล้อม JAVA_HOME กลับกลายเป็นว่าไม่มีประโยชน์