ฉันดูเหมือนจะแบ่งปันรหัสจำนวนมากกับผู้เขียนร่วมสมัยนี้ หลายคนเป็นผู้ใช้มือใหม่และระดับกลางและไม่รู้ตัวว่าต้องติดตั้งแพ็คเกจที่ยังไม่มี
มีวิธีโทรที่หรูหราinstalled.packages()
เปรียบเทียบกับวิธีที่ฉันกำลังโหลดและติดตั้งหากไม่มีหรือไม่
base
... ;-) #
ฉันดูเหมือนจะแบ่งปันรหัสจำนวนมากกับผู้เขียนร่วมสมัยนี้ หลายคนเป็นผู้ใช้มือใหม่และระดับกลางและไม่รู้ตัวว่าต้องติดตั้งแพ็คเกจที่ยังไม่มี
มีวิธีโทรที่หรูหราinstalled.packages()
เปรียบเทียบกับวิธีที่ฉันกำลังโหลดและติดตั้งหากไม่มีหรือไม่
base
... ;-) #
คำตอบ:
ใช่. หากคุณมีรายการแพ็กเกจเปรียบเทียบกับเอาต์พุตจากinstalled.packages()[,"Package"]
และติดตั้งแพ็กเกจที่หายไป บางสิ่งเช่นนี้:
list.of.packages <- c("ggplot2", "Rcpp")
new.packages <- list.of.packages[!(list.of.packages %in% installed.packages()[,"Package"])]
if(length(new.packages)) install.packages(new.packages)
มิฉะนั้น:
หากคุณใส่รหัสของคุณในแพ็คเกจและทำให้การอ้างอิงนั้นจะถูกติดตั้งโดยอัตโนมัติเมื่อคุณติดตั้งแพคเกจของคุณ
new.packages <- c(1,2)
length(new.packages)
if(length(new.packages)){print("hello!")}else{print("oh no!")}
require
แทนที่จะตรวจสอบinstalled.packages
packrat
ถูกสร้างขึ้นมาเพื่อสิ่งนี้ มันเป็นระบบการจัดการบรรจุภัณฑ์ที่ทำซ้ำได้ วิธีนี้จะไปในทางที่ผิดและยุ่งกับสภาพแวดล้อมของคนอื่นและไม่ทำซ้ำ Packrat มีโฟลเดอร์และสภาพแวดล้อมเป็นของตัวเองสำหรับไลบรารีที่แชร์ rstudio.github.io/packrat
Dason K. และฉันมีแพคเกจPacmanที่สามารถทำได้อย่างนี้ ฟังก์ชั่นp_load
ในแพ็คเกจทำสิ่งนี้ บรรทัดแรกคือเพียงเพื่อให้แน่ใจว่าติดตั้ง Pacman
if (!require("pacman")) install.packages("pacman")
pacman::p_load(package1, package2, package_n)
/
แล้วและหากพบให้ติดตั้ง / โหลดจาก github โดยอัตโนมัติ
if (!require("pacman")) install.packages("pacman")
มีฟังก์ชั่นใน pacman ที่เรียกp_boot()
ว่า maks บรรทัดนี้สำหรับคุณโดยอัตโนมัติและคัดลอกไปยังคลิปบอร์ด
คุณสามารถใช้ค่าส่งคืนของrequire
:
if(!require(somepackage)){
install.packages("somepackage")
library(somepackage)
}
ฉันใช้library
หลังจากการติดตั้งเพราะมันจะมีข้อยกเว้นหากการติดตั้งไม่สำเร็จหรือไม่สามารถโหลดแพ็คเกจด้วยเหตุผลอื่น คุณทำให้สิ่งนี้แข็งแกร่งและนำกลับมาใช้ใหม่ได้:
dynamic_require <- function(package){
if(eval(parse(text=paste("require(",package,")")))) return True
install.packages(package)
return eval(parse(text=paste("require(",package,")")))
}
require
ข้อเสียในการใช้วิธีนี้คือการที่คุณต้องผ่านชื่อแพคเกจในราคาที่คุณไม่ได้ทำเพื่อความจริง
character.only = TRUE
ในrequire
แต่ฉันคิดว่าไม่มีอะไรแตกต่างจากคำตอบของฉัน
if (!require('ggplot2')) install.packages('ggplot2'); library('ggplot2')
"ggplot2" เป็นแพ็คเกจ มันตรวจสอบเพื่อดูว่ามีการติดตั้งแพ็กเกจหรือไม่หากไม่ได้ติดตั้ง จากนั้นโหลดแพ็กเกจโดยไม่คำนึงถึงสาขาที่ใช้
โซลูชันนี้จะใช้เวกเตอร์อักขระของชื่อแพ็คเกจและพยายามโหลดหรือติดตั้งหากการโหลดล้มเหลว มันขึ้นอยู่กับพฤติกรรมการกลับมาของrequire
การทำเช่นนี้เพราะ ...
require
ส่งกลับ (ล่องหน) เป็นตรรกะที่ระบุว่าแพคเกจที่จำเป็นสามารถใช้ได้
ดังนั้นเราสามารถดูได้ว่าเราสามารถโหลดแพ็คเกจที่ต้องการหรือไม่หากติดตั้งด้วยการอ้างอิง ให้เวกเตอร์ตัวละครของแพ็คเกจที่คุณต้องการโหลด ...
foo <- function(x){
for( i in x ){
# require returns TRUE invisibly if it was able to load package
if( ! require( i , character.only = TRUE ) ){
# If package was not able to be loaded then re-install
install.packages( i , dependencies = TRUE )
# Load package after installing
require( i , character.only = TRUE )
}
}
}
# Then try/install packages...
foo( c("ggplot2" , "reshape2" , "data.table" ) )
require
อีกครั้งหลังจากติดตั้งหรือไม่
if
คำสั่งได้รับการประเมินมันต้องประเมินก่อนผลrequire
ข้างเคียงของการโหลดแพคเกจถ้ามันมีอยู่!
install.packages
เนื่องจากจะไม่โหลดแพคเกจนั้นจริง ๆ แต่ (ถึง @krlmlr) ฉันสงสัยว่าเจตนาคือส่วนรหัสนี้จะถูกเรียกเพียงครั้งเดียวเท่านั้น คุณจะไม่เขียนสิ่งนี้ทุกครั้งที่คุณต้องการแพ็คเกจ แต่คุณจะเรียกใช้ก่อนเวลาแล้วโทรrequire
ตามปกติตามต้องการ
require
ใช้การเรียกครั้งที่สองlibrary
เพื่อไม่ให้ส่งเสียงดังถ้ามันยังไม่สามารถแนบแพ็คเกจได้ด้วยเหตุผลบางอย่าง?
คำตอบมากมายข้างต้น (และซ้ำซ้อนกับคำถามนี้) ขึ้นอยู่กับinstalled.packages
ว่ารูปแบบใดที่ไม่ดี จากเอกสาร:
สิ่งนี้อาจช้าเมื่อติดตั้งแพ็คเกจเป็นพันดังนั้นอย่าใช้สิ่งนี้เพื่อตรวจสอบว่ามีการติดตั้งแพ็คเกจที่มีชื่อ (ใช้ system.file หรือ find.package) หรือไม่เพื่อดูว่าแพ็คเกจใช้งานได้หรือไม่ ส่งคืนค่า) หรือค้นหารายละเอียดของแพ็กเกจจำนวนน้อย (ใช้ packageDescription) จำเป็นต้องอ่านไฟล์หลายไฟล์ต่อแพ็คเกจที่ติดตั้งซึ่งจะช้าใน Windows และในบางระบบไฟล์ที่ติดตั้งบนเครือข่าย
ดังนั้นวิธีที่ดีกว่าคือพยายามโหลดแพ็กเกจที่ใช้require
และติดตั้งหากการโหลดล้มเหลว ( require
จะกลับมาFALSE
หากไม่พบ) ฉันชอบการนำไปใช้นี้:
using<-function(...) {
libs<-unlist(list(...))
req<-unlist(lapply(libs,require,character.only=TRUE))
need<-libs[req==FALSE]
if(length(need)>0){
install.packages(need)
lapply(need,require,character.only=TRUE)
}
}
ซึ่งสามารถใช้ดังนี้:
using("RCurl","ggplot2","jsonlite","magrittr")
วิธีนี้จะโหลดแพ็กเกจทั้งหมดจากนั้นย้อนกลับและติดตั้งแพ็กเกจที่หายไปทั้งหมด (ซึ่งหากคุณต้องการเป็นสถานที่ที่สะดวกในการแทรกพร้อมต์เพื่อถามว่าผู้ใช้ต้องการติดตั้งแพ็กเกจหรือไม่) แทนที่จะเรียกinstall.packages
แยกต่างหากสำหรับแต่ละแพ็คเกจมันจะส่งเวกเตอร์ทั้งหมดของแพ็คเกจที่ถอนการติดตั้งเพียงครั้งเดียว
นี่คือฟังก์ชั่นเดียวกัน แต่มีหน้าต่างโต้ตอบที่ถามว่าผู้ใช้ต้องการติดตั้งแพ็คเกจที่หายไปหรือไม่
using<-function(...) {
libs<-unlist(list(...))
req<-unlist(lapply(libs,require,character.only=TRUE))
need<-libs[req==FALSE]
n<-length(need)
if(n>0){
libsmsg<-if(n>2) paste(paste(need[1:(n-1)],collapse=", "),",",sep="") else need[1]
print(libsmsg)
if(n>1){
libsmsg<-paste(libsmsg," and ", need[n],sep="")
}
libsmsg<-paste("The following packages could not be found: ",libsmsg,"\n\r\n\rInstall missing packages?",collapse="")
if(winDialog(type = c("yesno"), libsmsg)=="YES"){
install.packages(need)
lapply(need,require,character.only=TRUE)
}
}
}
ถึงแม้ว่าคำตอบของเชนเป็นสิ่งที่ดีจริงๆสำหรับหนึ่งในโครงการของฉันฉันต้องการที่จะลบข้อความ ouput คำเตือนและติดตั้งแพคเกจโดยอัตโนมัติ ในที่สุดฉันก็ได้รับสคริปต์นี้:
InstalledPackage <- function(package)
{
available <- suppressMessages(suppressWarnings(sapply(package, require, quietly = TRUE, character.only = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))
missing <- package[!available]
if (length(missing) > 0) return(FALSE)
return(TRUE)
}
CRANChoosen <- function()
{
return(getOption("repos")["CRAN"] != "@CRAN@")
}
UsePackage <- function(package, defaultCRANmirror = "http://cran.at.r-project.org")
{
if(!InstalledPackage(package))
{
if(!CRANChoosen())
{
chooseCRANmirror()
if(!CRANChoosen())
{
options(repos = c(CRAN = defaultCRANmirror))
}
}
suppressMessages(suppressWarnings(install.packages(package)))
if(!InstalledPackage(package)) return(FALSE)
}
return(TRUE)
}
ใช้:
libraries <- c("ReadImages", "ggplot2")
for(library in libraries)
{
if(!UsePackage(library))
{
stop("Error!", library)
}
}
# List of packages for session
.packages = c("ggplot2", "plyr", "rms")
# Install CRAN packages (if not already installed)
.inst <- .packages %in% installed.packages()
if(length(.packages[!.inst]) > 0) install.packages(.packages[!.inst])
# Load packages into session
lapply(.packages, require, character.only=TRUE)
นี่คือวัตถุประสงค์ของแพ็กเกจ rbundler : เพื่อให้วิธีการควบคุมแพ็คเกจที่ติดตั้งสำหรับโครงการเฉพาะ ขณะนี้แพคเกจใช้งานได้กับฟังก์ชัน devtools เพื่อติดตั้งแพ็คเกจลงในไดเรกทอรีของโครงการ การทำงานจะคล้ายกับทับทิมBundler
หากโครงการของคุณเป็นแพ็คเกจ (แนะนำ) สิ่งที่คุณต้องทำคือโหลด rbundler และรวมแพ็คเกจ bundle
ฟังก์ชั่นจะดูที่แพคเกจของDESCRIPTION
ไฟล์เพื่อตรวจสอบว่าแพคเกจที่จะกำ
library(rbundler)
bundle('.', repos="http://cran.us.r-project.org")
ตอนนี้แพ็คเกจจะถูกติดตั้งในไดเรกทอรี. Round
หากโครงการของคุณไม่ใช่แพ็คเกจคุณสามารถปลอมมันได้โดยสร้างDESCRIPTION
ไฟล์ในไดเรกทอรีรากของโครงการด้วยฟิลด์ Depends ที่แสดงรายการแพ็คเกจที่คุณต้องการติดตั้ง (พร้อมข้อมูลรุ่นที่เป็นทางเลือก):
Depends: ggplot2 (>= 0.9.2), arm, glmnet
นี่คือ repo GitHub สำหรับโครงการหากคุณสนใจในการสนับสนุน: rbundler
แน่ใจ
คุณต้องเปรียบเทียบ 'แพ็คเกจที่ติดตั้ง' กับ 'แพ็คเกจที่ต้องการ' มันใกล้เคียงกับสิ่งที่ฉันทำกับCRANberries มากเพราะฉันต้องเปรียบเทียบ 'แพ็คเกจที่รู้จักกันที่เก็บไว้' กับ 'แพ็คเกจปัจจุบันที่รู้จักกัน' เพื่อกำหนดแพ็คเกจใหม่และ / หรืออัปเดต
ทำสิ่งที่ชอบ
AP <- available.packages(contrib.url(repos[i,"url"])) # available t repos[i]
เพื่อรับแพ็กเกจที่รู้จักทั้งหมดโทร Simular สำหรับแพ็กเกจที่ติดตั้งในปัจจุบันและเปรียบเทียบกับแพ็กเกจเป้าหมายที่กำหนด
ใช้packrat
เพื่อให้ไลบรารีที่แบ่งใช้นั้นเหมือนกันทุกประการและไม่เปลี่ยนแปลงสภาพแวดล้อมของผู้อื่น
ในแง่ของความสง่างามและแนวปฏิบัติที่ดีที่สุดฉันคิดว่าคุณกำลังจะไปในทางที่ผิด แพคเกจpackrat
ถูกออกแบบมาสำหรับปัญหาเหล่านี้ พัฒนาโดย RStudio โดย Hadley Wickham แทนที่จะต้องติดตั้งการพึ่งพาและอาจทำให้ระบบสภาพแวดล้อมของใครบางคนล้มเหลวpackrat
ใช้ไดเรกทอรีของตัวเองและติดตั้งการพึ่งพาทั้งหมดสำหรับโปรแกรมของคุณที่นั่นและไม่ได้สัมผัสสภาพแวดล้อมของใครบางคน
Packrat เป็นระบบการจัดการการพึ่งพาสำหรับ R
การพึ่งพาแพ็คเกจ R สามารถทำให้หงุดหงิดได้ คุณเคยลองใช้การทดลองและข้อผิดพลาดหรือไม่ในการค้นหาว่าคุณต้องติดตั้งแพ็กเกจ R ใดเพื่อให้โค้ดของคนอื่นทำงานได้ ? คุณเคยอัปเดตแพคเกจเพื่อรับรหัสในหนึ่งในโปรเจ็กต์ของคุณให้ทำงานเพียงเพื่อจะพบว่าแพ็คเกจที่อัพเดตทำให้โค้ดในโปรเจ็กต์อื่นหยุดทำงานหรือไม่
เราสร้าง packrat เพื่อแก้ไขปัญหาเหล่านี้ ใช้ packrat เพื่อทำให้โครงการ R ของคุณมากขึ้น:
- ที่แยกได้: การติดตั้งแพคเกจใหม่หรืออัปเดตสำหรับโครงการหนึ่งจะไม่ทำให้โครงการอื่น ๆ ของคุณเสียหายและในทางกลับกัน นั่นเป็นเพราะ packrat ให้แต่ละโครงการเป็นห้องสมุดส่วนตัว
- แบบพกพา: พกพาโครงการของคุณจากคอมพิวเตอร์เครื่องหนึ่งไปยังอีกเครื่องหนึ่งได้อย่างง่ายดายแม้ในแพลตฟอร์มที่ต่างกัน Packrat ทำให้ง่ายต่อการติดตั้งแพ็คเกจที่โครงการของคุณขึ้นอยู่กับ
- ทำซ้ำได้: Packrat บันทึกรุ่นแพ็คเกจที่แน่นอนที่คุณต้องใช้และรับรองว่ารุ่นที่แน่นอนนั้นเป็นรุ่นที่ติดตั้งทุกที่ที่คุณไป
ฟังก์ชั่นง่าย ๆ ดังต่อไปนี้ทำงานเหมือนมีเสน่ห์:
usePackage<-function(p){
# load a package if installed, else load after installation.
# Args:
# p: package name in quotes
if (!is.element(p, installed.packages()[,1])){
print(paste('Package:',p,'Not found, Installing Now...'))
install.packages(p, dep = TRUE)}
print(paste('Loading Package :',p))
require(p, character.only = TRUE)
}
(ไม่ใช่ของฉันค้นพบสิ่งนี้ทางเว็บย้อนเวลากลับไปและได้ใช้มันตั้งแต่นั้นมาไม่แน่ใจแหล่งที่มาดั้งเดิม)
ฉันใช้ฟังก์ชั่นต่อไปนี้เพื่อติดตั้งแพคเกจหากrequire("<package>")
ออกจากแพ็คเกจไม่พบข้อผิดพลาด มันจะสอบถามทั้ง - CRAN และที่เก็บ Bioconductor สำหรับแพ็คเกจที่ขาดหายไป
ดัดแปลงมาจากงานต้นฉบับโดย Joshua Wiley, http://r.789695.n4.nabble.com/Install-package-automatically-if-not-there-td2267532.html
install.packages.auto <- function(x) {
x <- as.character(substitute(x))
if(isTRUE(x %in% .packages(all.available=TRUE))) {
eval(parse(text = sprintf("require(\"%s\")", x)))
} else {
#update.packages(ask= FALSE) #update installed packages.
eval(parse(text = sprintf("install.packages(\"%s\", dependencies = TRUE)", x)))
}
if(isTRUE(x %in% .packages(all.available=TRUE))) {
eval(parse(text = sprintf("require(\"%s\")", x)))
} else {
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
#biocLite(character(), ask=FALSE) #update installed packages.
eval(parse(text = sprintf("biocLite(\"%s\")", x)))
eval(parse(text = sprintf("require(\"%s\")", x)))
}
}
ตัวอย่าง:
install.packages.auto(qvalue) # from bioconductor
install.packages.auto(rNMF) # from CRAN
PS: update.packages(ask = FALSE)
& biocLite(character(), ask=FALSE)
จะอัปเดตแพ็คเกจที่ติดตั้งทั้งหมดในระบบ การดำเนินการนี้อาจใช้เวลานานและถือว่าเป็นการอัพเกรด R เต็มรูปแบบซึ่งอาจไม่ได้รับการรับประกันตลอดเวลา!
loadpack()
ในraw.githubusercontent.com/holgerbrandl/datautils/master/R/...
คุณสามารถใช้setdiff
ฟังก์ชั่นเพื่อรับแพ็คเกจที่ไม่ได้ติดตั้งแล้วติดตั้งได้ ในตัวอย่างด้านล่างเราตรวจสอบว่ามีการติดตั้งggplot2
และRcpp
แพคเกจก่อนติดตั้งหรือไม่
unavailable <- setdiff(c("ggplot2", "Rcpp"), rownames(installed.packages()))
install.packages(unavailable)
ในหนึ่งบรรทัดข้างต้นสามารถเขียนเป็น:
install.packages(setdiff(c("ggplot2", "Rcpp"), rownames(installed.packages())))
installed.packages()[,'Package']
rownames(installed.packages())
ฉันได้ติดตั้งฟังก์ชั่นเพื่อติดตั้งและโหลดแพ็กเกจ R ที่ต้องการอย่างเงียบ ๆ หวังว่าจะช่วยได้ นี่คือรหัส:
# Function to Install and Load R Packages
Install_And_Load <- function(Required_Packages)
{
Remaining_Packages <- Required_Packages[!(Required_Packages %in% installed.packages()[,"Package"])];
if(length(Remaining_Packages))
{
install.packages(Remaining_Packages);
}
for(package_name in Required_Packages)
{
library(package_name,character.only=TRUE,quietly=TRUE);
}
}
# Specify the list of required packages to be installed and load
Required_Packages=c("ggplot2", "Rcpp");
# Call the Function
Install_And_Load(Required_Packages);
เวอร์ชั่นใหม่ของ RStudio (1.2) มีให้ใช้แล้วในหน้าตัวอย่างจะมีคุณสมบัติในการตรวจจับแพ็คเกจที่ขาดหายไปlibrary()
และการrequire()
โทรและแจ้งให้ผู้ใช้ทำการติดตั้ง:
ตรวจหาแพ็คเกจ R ที่หายไป
สคริปต์ R หลายตัวเปิดพร้อมการเรียก
library()
และrequire()
โหลดแพ็คเกจที่ต้องการเพื่อดำเนินการ หากคุณเปิดสคริปต์ R ที่อ้างอิงถึงแพ็คเกจที่คุณไม่ได้ติดตั้งตอนนี้ RStudio จะเสนอให้ติดตั้งแพ็คเกจที่จำเป็นทั้งหมดในคลิกเดียว ไม่มีการพิมพ์install.packages()
ซ้ำ ๆ จนกระทั่งข้อผิดพลาดหายไป!
https://blog.rstudio.com/2018/11/19/rstudio-1-2-preview-the-little-things/
ดูเหมือนว่าจะแก้ไขข้อกังวลเดิมของ OP ได้เป็นอย่างดี:
หลายคนเป็นผู้ใช้มือใหม่และระดับกลางและไม่รู้ตัวว่าต้องติดตั้งแพ็คเกจที่ยังไม่มี
เกี่ยวกับวัตถุประสงค์หลักของคุณ "เพื่อติดตั้งไลบรารีพวกเขายังไม่มี" และไม่คำนึงถึงการใช้ "instllaed.packages ()" ฟังก์ชั่นต่อไปนี้ปกปิดฟังก์ชั่นดั้งเดิมของความต้องการ มันพยายามที่จะโหลดและตรวจสอบแพคเกจชื่อ "x" ถ้ามันไม่ได้ติดตั้งติดตั้งโดยตรงรวมถึงการพึ่งพา; และสุดท้ายโหลดมัน normaly คุณเปลี่ยนชื่อฟังก์ชั่นจาก 'ต้องการ' เป็น 'ห้องสมุด' เพื่อรักษาความสมบูรณ์ ข้อ จำกัด เพียงอย่างเดียวคือชื่อแพคเกจควรจะยกมา
require <- function(x) {
if (!base::require(x, character.only = TRUE)) {
install.packages(x, dep = TRUE) ;
base::require(x, character.only = TRUE)
}
}
ดังนั้นคุณสามารถโหลดและติดตั้งแพ็กเกจแบบเก่าของอาร์อาร์ต้องการ ("ggplot2") ต้องการ ("Rcpp")
delete
ลิงค์ด้านบนความคิดเห็นเหล่านี้ หากคุณไม่ต้องการและยังคงต้องการลบให้ใช้flag
ลิงก์เลือก "อื่น ๆ " และอธิบายถึงผู้ดำเนินรายการที่คุณต้องการลบคำตอบ
พื้นฐานค่อนข้างหนึ่ง
pkgs = c("pacman","data.table")
if(length(new.pkgs <- setdiff(pkgs, rownames(installed.packages())))) install.packages(new.pkgs)
คิดว่าฉันจะสนับสนุนสิ่งที่ฉันใช้:
testin <- function(package){if (!package %in% installed.packages())
install.packages(package)}
testin("packagename")
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
if (!require("ggsci")) biocLite("ggsci")
การใช้ตระกูล lapply และฟังก์ชันที่ไม่ระบุชื่อคุณสามารถ:
||
การประเมินผลขี้เกียจ)พิมพ์สถานะการโหลดสุดท้ายของแต่ละแพ็คเกจ ( TRUE
/ FALSE
)
req <- substitute(require(x, character.only = TRUE))
lbs <- c("plyr", "psych", "tm")
sapply(lbs, function(x) eval(req) || {install.packages(x); eval(req)})
plyr psych tm
TRUE TRUE TRUE
ฉันใช้สิ่งต่อไปนี้ซึ่งจะตรวจสอบว่ามีการติดตั้งแพคเกจหรือไม่และมีการปรับปรุงการอ้างอิงหรือไม่จากนั้นโหลดแพ็คเกจ
p<-c('ggplot2','Rcpp')
install_package<-function(pack)
{if(!(pack %in% row.names(installed.packages())))
{
update.packages(ask=F)
install.packages(pack,dependencies=T)
}
require(pack,character.only=TRUE)
}
for(pack in p) {install_package(pack)}
completeFun <- function(data, desiredCols) {
completeVec <- complete.cases(data[, desiredCols])
return(data[completeVec, ])
}
นี่คือรหัสของฉัน:
packages <- c("dplyr", "gridBase", "gridExtra")
package_loader <- function(x){
for (i in 1:length(x)){
if (!identical((x[i], installed.packages()[x[i],1])){
install.packages(x[i], dep = TRUE)
} else {
require(x[i], character.only = TRUE)
}
}
}
package_loader(packages)
48 lapply_install_and_load <- function (package1, ...)
49 {
50 #
51 # convert arguments to vector
52 #
53 packages <- c(package1, ...)
54 #
55 # check if loaded and installed
56 #
57 loaded <- packages %in% (.packages())
58 names(loaded) <- packages
59 #
60 installed <- packages %in% rownames(installed.packages())
61 names(installed) <- packages
62 #
63 # start loop to determine if each package is installed
64 #
65 load_it <- function (p, loaded, installed)
66 {
67 if (loaded[p])
68 {
69 print(paste(p, "loaded"))
70 }
71 else
72 {
73 print(paste(p, "not loaded"))
74 if (installed[p])
75 {
76 print(paste(p, "installed"))
77 do.call("library", list(p))
78 }
79 else
80 {
81 print(paste(p, "not installed"))
82 install.packages(p)
83 do.call("library", list(p))
84 }
85 }
86 }
87 #
88 lapply(packages, load_it, loaded, installed)
89 }
library <- function(x){
x = toString(substitute(x))
if(!require(x,character.only=TRUE)){
install.packages(x)
base::library(x,character.only=TRUE)
}}
ใช้งานได้กับชื่อแพ็คเกจที่ไม่ได้กล่าวถึงและมีความสวยงามพอสมควร (คำตอบของ GeoObserver)
ในกรณีของฉันฉันต้องการซับหนึ่งที่ฉันสามารถเรียกใช้จาก commandline (จริง ๆ แล้วผ่าน Makefile) นี่คือตัวอย่างการติดตั้ง "VGAM" และ "feather" หากยังไม่ได้ติดตั้ง:
R -e 'for (p in c("VGAM", "feather")) if (!require(p, character.only=TRUE)) install.packages(p, repos="http://cran.us.r-project.org")'
จากภายใน R มันก็จะเป็น:
for (p in c("VGAM", "feather")) if (!require(p, character.only=TRUE)) install.packages(p, repos="http://cran.us.r-project.org")
ไม่มีอะไรนอกเหนือจากโซลูชันก่อนหน้ายกเว้นที่:
repos
พารามิเตอร์ยาก(เพื่อหลีกเลี่ยงป๊อปอัปที่ถามเกี่ยวกับมิเรอร์เพื่อใช้)ยังทราบความสำคัญcharacter.only=TRUE
(โดยไม่ได้มันrequire
จะพยายามโหลดแพคเกจp
)
packages_installed <- function(pkg_list){
pkgs <- unlist(pkg_list)
req <- unlist(lapply(pkgs, require, character.only = TRUE))
not_installed <- pkgs[req == FALSE]
lapply(not_installed, install.packages,
repos = "http://cran.r-project.org")# add lib.loc if needed
lapply(pkgs, library, character.only = TRUE)
}
ให้ฉันแบ่งปันความบ้าสักหน่อย:
c("ggplot2","ggsci", "hrbrthemes", "gghighlight", "dplyr") %>% # What will you need to load for this script?
(function (x) ifelse(t =!(x %in% installed.packages()),
install.packages(x[t]),
lapply(x, require)))
R version 3.0.2 (2013-09-25) x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
ภายใต้