การวัดเวลาดำเนินการของฟังก์ชันใน R

มีวิธีที่เป็นมาตรฐานใน R ของการวัดเวลาดำเนินการของฟังก์ชั่นหรือไม่?

เห็นได้ชัดว่าฉันสามารถใช้system.timeก่อนและหลังการประหารชีวิตและจากนั้นนำความแตกต่างของสิ่งเหล่านั้น แต่ฉันอยากจะรู้ว่ามีวิธีการหรือฟังก์ชั่นที่ได้มาตรฐานหรือไม่

ฉันดูเหมือนจะจำได้ว่าฉันเคยใช้บางสิ่งบางอย่างเช่นด้านล่าง:

somesysfunction("myfunction(with,arguments)")
> Start time : 2001-01-01 00:00:00  # output of somesysfunction
> "Result" "of" "myfunction"        # output of myfunction
> End time : 2001-01-01 00:00:10    # output of somesysfunction
> Total Execution time : 10 seconds # output of somesysfunction

อีกวิธีที่เป็นไปได้ในการทำเช่นนี้คือใช้ Sys.time ():

start.time <- Sys.time()
...Relevent codes...
end.time <- Sys.time()
time.taken <- end.time - start.time
time.taken

ไม่ใช่วิธีที่สง่างามที่สุดในการทำเมื่อเทียบกับคำตอบด้านบน แต่เป็นวิธีการทำอย่างแน่นอน

ฟังก์ชั่นในตัวsystem.time()จะทำเช่นนั้น

ใช้เช่น: system.time(result <- myfunction(with, arguments))

ในฐานะที่เป็น Andrie กล่าวว่าsystem.time()ทำงานได้ดี สำหรับฟังก์ชั่นระยะสั้นฉันชอบที่จะใส่replicate()มัน:

system.time( replicate(10000, myfunction(with,arguments) ) )

วิธีการวัดเวลาดำเนินการที่ดีขึ้นเล็กน้อยคือใช้แพ็คเกจrbenchmark แพคเกจนี้ (ง่าย) ช่วยให้คุณระบุจำนวนครั้งที่จะทำซ้ำการทดสอบของคุณและมาตรฐานอ้างอิงควรจะเป็น

ดูคำถามที่เกี่ยวข้องได้ที่stats.stackexchange

microbenchmark เป็นแพ็คเกจน้ำหนักเบา (~ 50kB) และเป็นวิธีมาตรฐานใน R มากขึ้นสำหรับการเปรียบเทียบหลายนิพจน์และฟังก์ชั่น:

microbenchmark(myfunction(with,arguments))

ตัวอย่างเช่น:

> microbenchmark::microbenchmark(log10(5), log(5)/log(10), times = 10000)
Unit: nanoseconds
           expr min lq    mean median uq   max neval cld
       log10(5)   0  0 25.5738      0  1 10265 10000   a
 log(5)/log(10)   0  0 28.1838      0  1 10265 10000

ทั้งสองนิพจน์ได้รับการประเมิน 10,000 ครั้งโดยมีเวลาดำเนินการเฉลี่ยอยู่ที่ประมาณ 25-30 ns

นอกจากนี้ยังมี proc.time()

คุณสามารถใช้ในทางเดียวกันว่าเป็นแต่มันช่วยให้คุณมีผลคล้ายกับSys.timesystem.time

ptm <- proc.time()
#your function here
proc.time() - ptm

ความแตกต่างที่สำคัญระหว่างการใช้

system.time({ #your function here })

เป็นproc.time()วิธีที่ยังคงใช้งานฟังก์ชั่นของคุณแทนการวัดเวลา ... และโดยวิธีการที่ฉันชอบที่จะใช้system.timeกับ{}ภายในเพื่อให้คุณสามารถวางชุดของสิ่งต่าง ๆ ...

แพ็คเกจ "tictoc" ช่วยให้คุณสามารถวัดเวลาดำเนินการได้ง่าย เอกสารที่อยู่ใน: https://cran.fhcrc.org/web/packages/tictoc/tictoc.pdf

install.packages("tictoc")
require(tictoc)
tic()
rnorm(1000,0,1)
toc()

หากต้องการบันทึกเวลาที่ผ่านไปในตัวแปรคุณสามารถทำได้:

install.packages("tictoc")
require(tictoc)
tic()
rnorm(1000,0,1)
exectime <- toc()
exectime <- exectime$toc - exectime$tic

แม้ว่าวิธีแก้ปัญหาอื่น ๆ จะมีประโยชน์สำหรับฟังก์ชั่นเดียว แต่ฉันขอแนะนำโค้ดต่อไปนี้โดยทั่วไปและมีประสิทธิภาพมากขึ้น:

Rprof(tf <- "log.log", memory.profiling = TRUE)
# the code you want to profile must be in between
Rprof (NULL) ; print(summaryRprof(tf))

อีกวิธีที่ง่าย profvisแต่มีประสิทธิภาพมากที่จะทำเช่นนี้คือการใช้แพคเกจ ไม่เพียงแค่วัดเวลาประมวลผลของรหัสของคุณ แต่ให้รายละเอียดเจาะลึกสำหรับแต่ละฟังก์ชันที่คุณเรียกใช้ มันสามารถใช้สำหรับเงาเช่นกัน

library(profvis)

profvis({
  #your code here
})

คลิกที่นี่เพื่อดูตัวอย่าง

คุณสามารถใช้ MATLAB-style tic- tocฟังก์ชั่นได้ถ้าต้องการ ดูคำถาม SO อื่นนี้

ฟังก์ชั่นนาฬิกาจับเวลาใน R