ข้อผิดพลาด: ไม่พบฟังก์ชัน ... ใน R

นี่เป็นคำถามที่พบบ่อยดังนั้นโปรดทำให้เสร็จสมบูรณ์มากที่สุด คำตอบคือคำตอบของชุมชนดังนั้นอย่าลังเลที่จะแก้ไขหากคุณคิดว่ามีบางอย่างขาดหายไป

คำถามนี้ถูกพูดคุยและอนุมัติในเมตาดาต้า

ฉันใช้ R และพยายามsome.functionแต่ฉันได้รับข้อความแสดงข้อผิดพลาด:

Error: could not find function "some.function"

คำถามนี้เกิดขึ้นอย่างสม่ำเสมอ เมื่อคุณได้รับข้อผิดพลาดประเภทนี้ใน R คุณจะแก้ไขได้อย่างไร

มีบางสิ่งที่คุณควรตรวจสอบ:

1. คุณเขียนชื่อฟังก์ชั่นของคุณถูกต้องหรือไม่? ชื่อเป็นกรณี ๆ ไป
2. คุณติดตั้งแพ็คเกจที่มีฟังก์ชั่นหรือไม่? install.packages("thePackage")(ต้องทำเพียงครั้งเดียวเท่านั้น)
3. คุณแนบแพ็คเกจนั้นเข้ากับพื้นที่ทำงานหรือไม่? require(thePackage)หรือlibrary(thePackage)(ควรทำทุกครั้งที่คุณเริ่มเซสชัน R ใหม่)
4. คุณใช้เวอร์ชั่น R ที่เก่ากว่าซึ่งยังไม่มีฟังก์ชั่นนี้หรือไม่?

หากคุณไม่แน่ใจในแพ็คเกจที่ฟังก์ชั่นตั้งอยู่คุณสามารถทำบางสิ่งได้

1. หากคุณแน่ใจว่าคุณติดตั้งและแนบ / โหลดแพ็คเกจที่ถูกต้องให้พิมพ์help.search("some.function")หรือ??some.functionรับกล่องข้อมูลที่สามารถบอกคุณได้ว่าบรรจุอยู่ในแพคเกจใด
2. findและgetAnywhereยังสามารถใช้เพื่อค้นหาฟังก์ชั่น
3. หากคุณไม่มีเงื่อนงำเกี่ยวกับแพ็คเกจคุณสามารถใช้findFnในsosแพ็คเกจตามที่อธิบายไว้ในคำตอบนี้
4. RSiteSearch("some.function")หรือค้นหาด้วยrdocumentationหรือrseekเป็นวิธีทางเลือกในการค้นหาฟังก์ชัน

บางครั้งคุณต้องใช้ R รุ่นเก่ากว่า แต่เรียกใช้รหัสที่สร้างขึ้นสำหรับรุ่นที่ใหม่กว่า ฟังก์ชั่นที่เพิ่มเข้ามาใหม่ (เช่น hasName ใน R 3.4.0) จะไม่ถูกค้นพบ หากคุณใช้รุ่น R ที่เก่ากว่าและต้องการใช้ฟังก์ชันที่ใหม่กว่าคุณสามารถใช้แพคเกจแบ็คแพคเพื่อให้ฟังก์ชันดังกล่าวพร้อมใช้งาน นอกจากนี้คุณยังพบรายชื่อของฟังก์ชั่นที่จำเป็นต้องได้รับ backported ในrepo คอมไพล์ของ backports โปรดทราบว่ารุ่น R ที่เก่ากว่า R3.0.0 ไม่สามารถใช้ร่วมกับแพ็คเกจที่สร้างขึ้นสำหรับ R3.0.0 และรุ่นที่ใหม่กว่า

ปัญหาอีกประการหนึ่งในการปรากฏตัวของ NAMESPACE ที่เป็นว่าคุณกำลังพยายามที่จะใช้ฟังก์ชั่นแพคเกจจาก unexported foo

ตัวอย่างเช่น (วางแผนฉันรู้ แต่):

> mod <- prcomp(USArrests, scale = TRUE)
> plot.prcomp(mod)
Error: could not find function "plot.prcomp"

ประการแรกคุณไม่ควรจะเรียกวิธี S3 โดยตรง แต่ให้ถือว่าplot.prcompเป็นจริงบางฟังก์ชั่นภายในที่มีประโยชน์ในแพคเกจfoo :::การเรียกใช้ฟังก์ชันเช่นถ้าคุณรู้ว่าสิ่งที่คุณทำต้องใช้ คุณต้องทราบ namespace ที่พบฟังก์ชั่น ใช้getAnywhere()เราพบว่าฟังก์ชั่นอยู่ในสถิติแพคเกจ:

> getAnywhere(plot.prcomp)
A single object matching ‘plot.prcomp’ was found
It was found in the following places
  registered S3 method for plot from namespace stats
  namespace:stats
with value

function (x, main = deparse(substitute(x)), ...) 
screeplot.default(x, main = main, ...)
<environment: namespace:stats>

ดังนั้นตอนนี้เราสามารถเรียกมันได้โดยตรงโดยใช้:

> stats:::plot.prcomp(mod)

ฉันใช้plot.prcompเป็นตัวอย่างเพื่ออธิบายวัตถุประสงค์ ในการใช้งานปกติคุณไม่ควรเรียกวิธีการ S3 เช่นนี้ แต่อย่างที่ฉันบอกถ้าฟังก์ชั่นที่คุณต้องการโทรหาอยู่ (อาจเป็นฟังก์ชั่นยูทิลิตี้ที่ซ่อนอยู่) แต่อยู่ใน a namespace, R จะรายงานว่ามันไม่สามารถหาฟังก์ชั่นได้ .

เปรียบเทียบสิ่งต่อไปนี้: ข้อผิดพลาดstats::plot.prcomp ด้านบนล้มเหลวเนื่องจากในขณะที่statsใช้plot.prcompมันจะไม่ถูกส่งออกจากstatsเนื่องจากข้อผิดพลาดบอกเราอย่างถูกต้อง:

ข้อผิดพลาด: 'plot.prcomp' ไม่ใช่วัตถุที่ส่งออกจาก 'namespace: stats'

เอกสารนี้มีดังต่อไปนี้:

pkg :: name ส่งคืนค่าของชื่อตัวแปรที่เอ็กซ์พอร์ตในเนมสเปซ pkg ในขณะที่ pkg ::: name ส่งคืนค่าของชื่อตัวแปรภายใน

ฉันมักจะสามารถแก้ไขปัญหานี้เมื่อคอมพิวเตอร์อยู่ภายใต้การควบคุมของฉัน แต่มันเป็นเรื่องน่ารำคาญเมื่อทำงานกับกริด เมื่อกริดไม่เหมือนกันอาจมีการติดตั้งไลบรารี่บางส่วนและประสบการณ์ของฉันมักจะเป็นเพราะแพ็กเกจไม่ได้ติดตั้งเนื่องจากไม่ได้ติดตั้งการพึ่งพา ในการแก้ไขปัญหานี้ฉันจะตรวจสอบสิ่งต่อไปนี้:

1. ติดตั้ง Fortran หรือไม่ (มองหา 'gfortran') สิ่งนี้มีผลกับแพ็คเกจที่สำคัญหลายรายการใน R
2. ติดตั้ง Java หรือไม่ เส้นทางคลาส Java ถูกต้องหรือไม่
3. ตรวจสอบว่าแพ็คเกจถูกติดตั้งโดยผู้ดูแลระบบและพร้อมใช้งานโดยผู้ใช้ที่เหมาะสม บางครั้งผู้ใช้จะติดตั้งแพคเกจในตำแหน่งที่ไม่ถูกต้องหรือรันโดยไม่ต้องเข้าถึงไลบรารีที่เหมาะสม .libPaths()เป็นการตรวจสอบที่ดี
4. ตรวจสอบlddผลลัพธ์สำหรับ R เพื่อให้แน่ใจเกี่ยวกับไลบรารีที่แชร์
5. เป็นการดีที่จะเรียกใช้สคริปต์เป็นระยะซึ่งโหลดทุกแพ็คเกจที่จำเป็นและทำการทดสอบเล็กน้อย สิ่งนี้จะจับปัญหาของแพคเกจให้เร็วที่สุดในเวิร์กโฟลว์ นี่คล้ายกับการสร้างการทดสอบหรือการทดสอบหน่วยยกเว้นการทดสอบควันเพื่อให้แน่ใจว่าสิ่งพื้นฐานใช้งานได้
6. หากแพ็คเกจสามารถเก็บไว้ในตำแหน่งที่เข้าถึงเครือข่ายได้ หากไม่สามารถทำได้มีวิธีการตรวจสอบเวอร์ชั่นที่สอดคล้องกันในเครื่องหรือไม่? (อาจดูเหมือน OT แต่การติดตั้งแพคเกจที่ถูกต้องรวมถึงความพร้อมใช้งานของรุ่นที่เหมาะสม )
7. มีแพ็คเกจสำหรับระบบปฏิบัติการที่ให้มาหรือไม่ น่าเสียดายที่บางแพ็คเกจนั้นไม่มีให้บริการในทุกแพลตฟอร์ม สิ่งนี้จะกลับไปที่ขั้นตอนที่ 5 หากเป็นไปได้พยายามหาวิธีจัดการกับระบบปฏิบัติการอื่นโดยสลับไปใช้รสชาติที่เหมาะสมของแพ็คเกจหรือปิดการพึ่งพาในบางกรณี

เมื่อเจอสิ่งนี้มาสักระยะบางขั้นตอนเหล่านี้ก็กลายเป็นกิจวัตรอย่างเป็นธรรม แม้ว่า # 7 อาจดูเหมือนเป็นจุดเริ่มต้นที่ดี แต่สิ่งเหล่านี้จะปรากฏตามลำดับความถี่โดยประมาณที่ฉันใช้

หากสิ่งนี้เกิดขึ้นขณะที่คุณตรวจสอบแพ็กเกจของคุณ (ตรวจสอบ R CMD) ให้ดูที่ NAMESPACE ของคุณ

คุณสามารถแก้ไขได้โดยเพิ่มคำสั่งต่อไปนี้ใน NAMESPACE:

exportPattern("^[^\\\\.]")

สิ่งนี้จะส่งออกทุกสิ่งที่ไม่ได้ขึ้นต้นด้วยจุด (".") สิ่งนี้ช่วยให้คุณมีฟังก์ชั่นที่ซ่อนอยู่เริ่มต้นด้วยจุด:

.myHiddenFunction <- function(x) cat("my hidden function")

ฉันมีข้อผิดพลาด

ข้อผิดพลาด: ไม่พบฟังก์ชัน some.function

เกิดขึ้นเมื่อทำการตรวจสอบ R CMD ของแพคเกจที่ฉันทำกับ RStudio ฉันพบการเพิ่ม

exportPattern ( "")

ไปยังไฟล์ NAMESPACE ไม่ได้หลอกลวง ในฐานะ sidenote ฉันได้กำหนดค่าเริ่มต้นให้ RStudio ใช้ ROxygen เพื่อจัดทำเอกสาร - และเลือกการกำหนดค่าที่ ROxygen จะเขียนไฟล์ NAMESPACE ของฉันให้ฉันซึ่งยังคงลบการแก้ไขของฉันอยู่ ดังนั้นในกรณีของฉันฉันไม่ได้ตรวจสอบ NAMESPACE จากการกำหนดค่า Roxygen และเพิ่ม exportPattern (".") ไปยัง NAMESPACE เพื่อแก้ไขข้อผิดพลาดนี้

ข้อผิดพลาดนี้สามารถเกิดขึ้นได้แม้ว่าชื่อของฟังก์ชั่นจะถูกต้องหากมีข้อโต้แย้งที่จำเป็นบางอย่างหายไป (เช่นคุณไม่ได้ให้ข้อโต้แย้งเพียงพอ)
ฉันได้สิ่งนี้ในบริบท Rcpp ซึ่งฉันเขียนฟังก์ชัน C ++ พร้อมด้วยตัวเลือกอาร์กิวเมนต์อาร์กิวเมนต์และไม่ได้ระบุอาร์กิวเมนต์เหล่านั้นใน R ดูเหมือนว่าอาร์กิวเมนต์ตัวเลือก Optionnal จาก C ++ ถูกมองว่าเป็นข้อบังคับโดย R ดังนั้น R ไม่สามารถหาได้ ฟังก์ชันที่ตรงกันสำหรับชื่อที่ถูกต้อง แต่มีจำนวนอาร์กิวเมนต์ที่ไม่ถูกต้อง

ฟังก์ชัน Rcpp: SEXP RcppFunction(arg1, arg2=0) {}
R Calls:
RcppFunction(0)ทำให้เกิดข้อผิดพลาด
RcppFunction(0, 0)ไม่ได้

Rdocumentation.orgมีฟังก์ชั่นการค้นหาที่มีประโยชน์มากซึ่งเหนือสิ่งอื่นใด - ช่วยให้คุณค้นหาฟังก์ชั่น - จากแพ็คเกจทั้งหมดใน CRAN รวมถึงจากแพ็คเกจจาก Bioconductor และ GitHub

หากคุณกำลังใช้งานparallelMapคุณจะต้องส่งออกฟังก์ชั่นที่กำหนดเองไปยังงานทาสมิฉะนั้นคุณจะได้รับข้อผิดพลาด "ไม่พบฟังก์ชัน"

หากคุณตั้งค่าระดับที่ไม่หายไปในparallelStartอาร์กิวเมนต์เดียวกันควรส่งผ่านไปยังparallelExportมิฉะนั้นคุณจะได้รับข้อผิดพลาดเดียวกัน ดังนั้นควรปฏิบัติตามอย่างเคร่งครัด:

parallelStart(mode = "<your mode here>", N, level = "<task.level>")
parallelExport("<myfun>", level = "<task.level>")

คุณอาจสามารถแก้ไขข้อผิดพลาดนี้ด้วยการเว้นวรรคชื่อ ::การเรียกใช้ฟังก์ชัน

comparison.cloud(colors = c("red", "green"), max.words = 100)

ถึง

wordcloud::comparison.cloud(colors = c("red", "green"), max.words = 100)

ฉันได้รับเหมือนกันข้อผิดพลาดฉันใช้งานรุ่น. 99xxx ฉันตรวจสอบการอัปเดตจากเมนูช่วยเหลือและอัปเดต RStudio ของฉันเป็น 1.0x แล้วข้อผิดพลาดไม่ได้มา

ทางออกง่ายๆเพียงอัปเดต R Studio ของคุณ