ฉันต้องการเปลี่ยนเส้นทางการพิมพ์ไปยังไฟล์. txt โดยใช้ python ฉันมีลูป 'for' ซึ่งจะ 'พิมพ์' เอาต์พุตสำหรับไฟล์. bam แต่ละไฟล์ของฉันในขณะที่ฉันต้องการเปลี่ยนเส้นทางเอาต์พุตเหล่านี้ทั้งหมดไปยังไฟล์เดียว ฉันก็เลยลองใส่

 f = open('output.txt','w'); sys.stdout = f

ที่จุดเริ่มต้นของสคริปต์ของฉัน อย่างไรก็ตามฉันไม่ได้รับอะไรเลยในไฟล์. txt สคริปต์ของฉันคือ:

#!/usr/bin/python

import os,sys
import subprocess
import glob
from os import path

f = open('output.txt','w')
sys.stdout = f

path= '/home/xug/nearline/bamfiles'
bamfiles = glob.glob(path + '/*.bam')

for bamfile in bamfiles:
    filename = bamfile.split('/')[-1]
    print 'Filename:', filename
    samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],
                                  stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
    linelist= samtoolsin.stdout.readlines()
    print 'Readlines finished!'
    ........print....
    ........print....

แล้วปัญหาคืออะไร มีวิธีอื่นนอกเหนือจาก sys.stdout นี้ไหม

ฉันต้องการผลลัพธ์ของฉันเหมือน:

Filename: ERR001268.bam
Readlines finished!
Mean: 233
SD: 10
Interval is: (213, 252)

วิธีที่ชัดเจนที่สุดในการทำเช่นนี้คือการพิมพ์ไปยังวัตถุไฟล์:

with open('out.txt', 'w') as f:
    print >> f, 'Filename:', filename     # Python 2.x
    print('Filename:', filename, file=f)  # Python 3.x

อย่างไรก็ตามการเปลี่ยนเส้นทาง stdout ก็ใช้ได้สำหรับฉันเช่นกัน อาจเป็นเรื่องปกติสำหรับสคริปต์แบบครั้งเดียวเช่นนี้:

import sys

orig_stdout = sys.stdout
f = open('out.txt', 'w')
sys.stdout = f

for i in range(2):
    print 'i = ', i

sys.stdout = orig_stdout
f.close()

การเปลี่ยนเส้นทางจากตัวเชลล์เป็นอีกตัวเลือกที่ดี:

./script.py > out.txt

คำถามอื่น ๆ :

ชื่อไฟล์แรกในสคริปต์ของคุณคืออะไร? ฉันไม่เห็นมันเริ่มต้น

การเดาครั้งแรกของฉันคือ glob ไม่พบ bamfiles ใด ๆ ดังนั้น for for loop ไม่ทำงาน ตรวจสอบว่าโฟลเดอร์นั้นมีอยู่และพิมพ์ bamfiles ในสคริปต์ของคุณ

นอกจากนี้ให้ใช้os.path.join และ os.path.basenameเพื่อจัดการพา ธ และชื่อไฟล์

คุณสามารถเปลี่ยนเส้นทางการพิมพ์ด้วย>>โอเปอเรเตอร์

f = open(filename,'w')
print >>f, 'whatever'     # Python 2.x
print('whatever', file=f) # Python 3.x

ในกรณีส่วนใหญ่คุณควรเขียนลงไฟล์ตามปกติ

f.write('whatever')

หรือถ้าคุณมีหลายรายการคุณต้องการเขียนด้วยช่องว่างระหว่างเช่นprint:

f.write(' '.join(('whatever', str(var2), 'etc')))

Python 2หรือPython 3 API อ้างอิง:

print(*objects, sep=' ', end='\n', file=sys.stdout, flush=False)

ไฟล์อาร์กิวเมนต์ต้องเป็นวัตถุที่มีหนึ่งwrite(string)วิธี; ถ้ามันไม่มาประชุมหรือNone, sys.stdoutจะใช้ เนื่องจากอาร์กิวเมนต์ที่พิมพ์ออกมาจะถูกแปลงเป็นสตริงข้อความprint()จึงไม่สามารถใช้กับวัตถุไฟล์ไบนารี สำหรับสิ่งเหล่านี้ใช้file.write(...)แทน

เนื่องจากปกติวัตถุไฟล์มีwrite()วิธีการทั้งหมดที่คุณต้องทำคือส่งวัตถุไฟล์ไปยังอาร์กิวเมนต์

เขียน / เขียนทับไฟล์

with open('file.txt', 'w') as f:
    print('hello world', file=f)

เขียน / ผนวกเข้ากับไฟล์

with open('file.txt', 'a') as f:
    print('hello world', file=f)

มันทำงานได้อย่างสมบูรณ์แบบ:

import sys
sys.stdout=open("test.txt","w")
print ("hello")
sys.stdout.close()

ตอนนี้สวัสดีจะถูกเขียนไปยังไฟล์ test.txt ตรวจสอบให้แน่ใจว่าได้ปิดstdouta closeโดยไม่มีเนื้อหาจะไม่ถูกบันทึกในไฟล์

อย่าใช้printใช้logging

คุณสามารถเปลี่ยนsys.stdoutให้ชี้ไปที่ไฟล์ได้ แต่นี่เป็นวิธีที่ค่อนข้างน่าเบื่อและไม่ยืดหยุ่นในการจัดการกับปัญหานี้ แทนที่จะใช้printให้ใช้loggingโมดูล

ด้วยloggingคุณสามารถพิมพ์ได้เช่นเดียวกับที่คุณต้องการstdoutหรือคุณสามารถเขียนผลลัพธ์ไปยังไฟล์ คุณยังสามารถใช้ระดับข้อความที่แตกต่างกัน ( critical, error, warning, info,debug ) ไปตัวอย่างเช่นพิมพ์เฉพาะประเด็นสำคัญไปยังคอนโซล แต่ยังคงเข้าสู่ระบบการกระทำรหัสเล็ก ๆ น้อย ๆ ไปยังแฟ้ม

ตัวอย่างง่ายๆ

นำเข้าloggingรับloggerและตั้งค่าระดับการประมวลผล:

import logging
logger = logging.getLogger()
logger.setLevel(logging.DEBUG) # process everything, even if everything isn't printed

หากคุณต้องการพิมพ์ไปยัง stdout:

ch = logging.StreamHandler()
ch.setLevel(logging.INFO) # or any other level
logger.addHandler(ch)

หากคุณต้องการเขียนไปยังไฟล์ด้วย (หากคุณต้องการเขียนไปยังไฟล์ข้ามส่วนสุดท้าย):

fh = logging.FileHandler('myLog.log')
fh.setLevel(logging.DEBUG) # or any level you want
logger.addHandler(fh)

จากนั้นทุกที่ที่คุณจะใช้printอย่างใดอย่างหนึ่งใช้loggerวิธีการ:

# print(foo)
logger.debug(foo)

# print('finishing processing')
logger.info('finishing processing')

# print('Something may be wrong')
logger.warning('Something may be wrong')

# print('Something is going really bad')
logger.error('Something is going really bad')

ต้องการเรียนรู้เพิ่มเติมเกี่ยวกับการใช้ที่สูงขึ้นloggingคุณสมบัติที่ดีเยี่ยมอ่านกวดวิชาในเอกสารหลามlogging

ทางออกที่ง่ายที่สุดไม่ได้ผ่านงูหลาม มันผ่านเปลือก จากบรรทัดแรกของไฟล์ของคุณ ( #!/usr/bin/python) ฉันเดาว่าคุณอยู่ในระบบ UNIX เพียงแค่ใช้printคำสั่งตามปกติและอย่าเปิดไฟล์เลยในสคริปต์ของคุณ เมื่อคุณไปเรียกใช้ไฟล์แทน

./script.py

เพื่อเรียกใช้ไฟล์ให้ใช้

./script.py > <filename>

โดยที่คุณแทนที่<filename>ด้วยชื่อไฟล์ที่คุณต้องการให้เอาต์พุตเข้าไป >โทเค็นบอก (ส่วนใหญ่) หอยชุด stdout ไปยังแฟ้มอธิบายโดยโทเค็นดังต่อไปนี้

สิ่งสำคัญประการหนึ่งที่ต้องกล่าวถึงในที่นี้คือ "script.py" จะต้อง./script.pyสามารถเรียกใช้เพื่อให้ทำงานได้

ดังนั้นก่อนรัน./script.pyให้รันคำสั่งนี้

chmod a+x script.py (ทำให้สคริปต์เรียกใช้งานได้สำหรับผู้ใช้ทั้งหมด)

หากคุณใช้ Linux ฉันแนะนำให้คุณใช้teeคำสั่ง การนำไปใช้จะเป็นดังนี้:

python python_file.py | tee any_file_name.txt

หากคุณไม่ต้องการเปลี่ยนแปลงอะไรในรหัสฉันคิดว่านี่อาจเป็นทางออกที่ดีที่สุด นอกจากนี้คุณยังสามารถใช้ตัวบันทึก แต่คุณต้องทำการเปลี่ยนแปลงบางอย่างในรหัส

คุณอาจไม่ชอบคำตอบนี้ แต่ฉันคิดว่ามันเหมาะสม อย่าเปลี่ยนปลายทาง stdout ของคุณเว้นแต่จะจำเป็นจริงๆ (บางทีคุณอาจใช้ห้องสมุดที่ส่งออกไปยัง stdout เท่านั้นไม่ใช่ชัดเจนในกรณีนี้)

ฉันคิดว่าเป็นนิสัยที่ดีคุณควรเตรียมข้อมูลของคุณล่วงหน้าเป็นสตริงจากนั้นเปิดไฟล์ของคุณและเขียนสิ่งทั้งหมดในครั้งเดียว นี่เป็นเพราะการดำเนินการอินพุต / เอาท์พุตเป็นเวลานานกว่าที่คุณเปิดการจัดการไฟล์โอกาสที่จะเกิดข้อผิดพลาดมากขึ้นกับไฟล์นี้ (ข้อผิดพลาดการล็อกไฟล์ข้อผิดพลาด i / o ฯลฯ ) เพียงแค่ทำทุกอย่างในการดำเนินการครั้งเดียวก็ไม่มีคำถามว่าเมื่อใดที่มันอาจจะผิดพลาด

นี่คือตัวอย่าง:

out_lines = []
for bamfile in bamfiles:
    filename = bamfile.split('/')[-1]
    out_lines.append('Filename: %s' % filename)
    samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],
                                  stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
    linelist= samtoolsin.stdout.readlines()
    print 'Readlines finished!'
    out_lines.extend(linelist)
    out_lines.append('\n')

และเมื่อคุณทำการรวบรวม "ดาต้าไลน์" เสร็จหนึ่งบรรทัดต่อหนึ่งรายการคุณสามารถเข้าร่วมกับ'\n'ตัวละครบางตัวเพื่อสร้างเอาท์พุตทั้งหมด อาจจะรวมคำสั่งเอาต์พุตของคุณในwithบล็อกเพื่อความปลอดภัยเพิ่มเติม (จะปิดตัวจัดการเอาต์พุตของคุณโดยอัตโนมัติแม้ว่าจะมีบางอย่างผิดปกติ):

out_string = '\n'.join(out_lines)
out_filename = 'myfile.txt'
with open(out_filename, 'w') as outf:
    outf.write(out_string)
print "YAY MY STDOUT IS UNTAINTED!!!"

อย่างไรก็ตามหากคุณมีข้อมูลจำนวนมากที่จะเขียนคุณสามารถเขียนทีละชิ้น ฉันไม่คิดว่าเกี่ยวข้องกับแอปพลิเคชันของคุณ แต่เป็นทางเลือก:

out_filename = 'myfile.txt'
outf = open(out_filename, 'w')
for bamfile in bamfiles:
    filename = bamfile.split('/')[-1]
    outf.write('Filename: %s' % filename)
    samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],
                                  stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
    mydata = samtoolsin.stdout.read()
    outf.write(mydata)
outf.close()

หากการเปลี่ยนเส้นทางใช้stdoutงานได้สำหรับปัญหาของคุณคำตอบของ Gringo Suaveคือการสาธิตที่ดีสำหรับวิธีการทำ

เพื่อให้ง่ายยิ่งขึ้นฉันได้สร้างเวอร์ชันที่ใช้contextmanagersสำหรับไวยากรณ์การโทรทั่วไปที่รวบรัดโดยใช้withคำสั่ง:

from contextlib import contextmanager
import sys

@contextmanager
def redirected_stdout(outstream):
    orig_stdout = sys.stdout
    try:
        sys.stdout = outstream
        yield
    finally:
        sys.stdout = orig_stdout

หากต้องการใช้คุณเพียงทำดังต่อไปนี้ (จากตัวอย่างของ Suave):

with open('out.txt', 'w') as outfile:
    with redirected_stdout(outfile):
        for i in range(2):
            print('i =', i)

มันมีประโยชน์สำหรับการเปลี่ยนเส้นทางเลือก printเมื่อโมดูลใช้ในแบบที่คุณไม่ชอบ ข้อเสียเพียงข้อเดียว (และนี่คือตัวกระจายสำหรับหลาย ๆ สถานการณ์) คือมันไม่ทำงานหากต้องการเธรดหลายตัวที่มีค่าต่างกันstdoutแต่ต้องใช้วิธีที่ดีกว่าและทั่วไปมากกว่า: การเข้าถึงโมดูลทางอ้อม คุณสามารถดูการใช้งานของคำตอบอื่น ๆ สำหรับคำถามนี้

การเปลี่ยนค่าของ sys.stdout จะเปลี่ยนปลายทางของการโทรทั้งหมดเพื่อพิมพ์ หากคุณใช้วิธีอื่นในการเปลี่ยนปลายทางของการพิมพ์คุณจะได้รับผลลัพธ์เดียวกัน

จุดบกพร่องของคุณอยู่ที่อื่น:

• อาจเป็นรหัสที่คุณลบออกสำหรับคำถามของคุณ (ชื่อไฟล์มาจากที่ใดเพื่อให้สายเปิด)
• อาจเป็นไปได้ว่าคุณไม่ได้รอข้อมูลที่จะถูกฟลัช: ถ้าคุณพิมพ์บนเทอร์มินัลข้อมูลจะถูกล้างหลังจากทุกบรรทัดใหม่ แต่ถ้าคุณพิมพ์ไปที่ไฟล์มันจะถูกฟลัชเมื่อบัฟเฟอร์ stdout เต็มเท่านั้น (4096 ไบต์ ในระบบส่วนใหญ่)

สิ่งที่จะขยายฟังก์ชั่นการพิมพ์สำหรับลูป

x = 0
while x <=5:
    x = x + 1
    with open('outputEis.txt', 'a') as f:
        print(x, file=f)
    f.close()