14
เรียงลำดับ Radix ในสถานที่
นี่คือข้อความยาว กรุณาทนกับฉัน ต้มคำถามก็คือ: มีอัลกอริทึมการเรียงลำดับ Radix แบบทำงานได้หรือไม่? เบื้องต้น ฉันมีสตริงความยาวคงที่ขนาดเล็กจำนวนมากที่ใช้เฉพาะตัวอักษร“ A”,“ C”,“ G” และ“ T” (ใช่คุณเดาได้แล้วว่า: DNA ) ที่ฉันต้องการเรียงลำดับ ในขณะที่ผมใช้std::sortซึ่งใช้introsortในการใช้งานร่วมกันทั้งหมดของSTL ใช้งานได้ค่อนข้างดี อย่างไรก็ตามฉันเชื่อมั่นว่าการเรียงตัวของ Radix ตรงกับปัญหาที่ฉันตั้งไว้อย่างสมบูรณ์แบบและควรทำงานได้ดีขึ้นมากในทางปฏิบัติ รายละเอียด ฉันได้ทดสอบสมมติฐานนี้ด้วยการใช้งานที่ไร้เดียงสามากและสำหรับอินพุตที่ค่อนข้างเล็ก (ตามลำดับ 10,000) นี่เป็นจริง (ดีอย่างน้อยก็เร็วกว่าสองเท่า) อย่างไรก็ตามรันไทม์จะลดลงอย่างมากเมื่อขนาดของปัญหาใหญ่ขึ้น ( N > 5,000,000) เหตุผลชัดเจน: การเรียง radix ต้องคัดลอกข้อมูลทั้งหมด (มากกว่าหนึ่งครั้งในการใช้งานไร้เดียงสาของฉันจริง) ซึ่งหมายความว่าฉันได้ใส่ ~ 4 GiB ลงในหน่วยความจำหลักซึ่งฆ่าได้อย่างชัดเจน แม้ว่ามันจะไม่เป็นเช่นนั้นก็ตามฉันก็ไม่สามารถใช้หน่วยความจำนี้ได้มากขนาดของปัญหาจะใหญ่ขึ้น ใช้เคส อัลกอริทึมนี้ควรทำงานกับความยาวสตริงใด ๆ ระหว่าง 2 ถึง …