ซอฟต์แวร์อะไรดีที่ใช้สำหรับการดีบักแบบขนาน?

ฉันไม่ได้ใช้งานรหัสขนานใด ๆ ในตอนนี้ แต่ฉันคาดว่าจะเรียกใช้รหัสขนานในอนาคตโดยใช้ลูกผสมของ OpenMP และ MPI เครื่องมือแก้จุดบกพร่องเป็นเครื่องมือที่มีค่าสำหรับฉันเมื่อใช้งานโครงการแบบอนุกรม

ใครสามารถแนะนำ debugger แบบขนาน (หรือ debuggers หลายรายการ) เพื่อใช้สำหรับการดีบักซอฟต์แวร์แบบขนานได้หรือไม่ ซอฟต์แวร์ฟรีน่าจะดีกว่า แต่อย่าลังเลที่จะพูดถึงซอฟต์แวร์เชิงพาณิชย์ที่มีประสิทธิภาพ

โดยทั่วไปมีสองตัวเลือกที่สำคัญเชิงพาณิชย์ออกมี: DDTจาก Allinea (ซึ่งเป็นสิ่งที่เราใช้ที่TACC ) และ Totalview (ดังที่กล่าวไว้ในความคิดเห็นอื่น ๆ ) พวกเขามีคุณสมบัติที่เปรียบเทียบได้มีการพัฒนาอย่างแข็งขันและเป็นคู่แข่งโดยตรง

Eclipse มีแพลตฟอร์มเครื่องมือแบบขนานซึ่งควรมีการสนับสนุนการเขียนโปรแกรม MPI และ OpenMP และดีบักเกอร์แบบขนาน

ฉันต้องตอบ curmudgeon ผลผลิตของฉันไม่เคยได้รับการปรับปรุงโดยคำแนะนำใด ๆ ข้างต้น พวกเขาช้าและมีราคาแพงเมื่อเทียบกับตัวเลือกที่ฉันต้องการในแบบคู่ขนาน: หนึ่งเซสชัน gdb ต่อกระบวนการ gdb แต่ละตัวสามารถเชื่อมต่อกับกระบวนการ MPI และนั่งใน xterm (เกิดขึ้นโดยอัตโนมัติใน PETSc ที่ใช้-start_in_debugger) ฉันใช้มันมา 15 ปีอย่างมีความสุข คัดค้าน:

1) ฉันไม่สามารถดูข้อมูลทั่วโลกได้

เนื่องจาก MPI เป็นรุ่นที่ไม่มีผู้ใช้ร่วมกันจึงไม่มีข้อมูลทั่วโลกเป็นข้อมูลภายในเครื่องเท่านั้น

2) กลยุทธ์นี้ไม่ได้ขยายไปสู่กระบวนการจำนวนมาก

ไม่มีข้อบกพร่อง บั๊กเกิดขึ้นในแต่ละกระบวนการอาจมีอินพุตจาก 1 หรือ 2 เพื่อนบ้าน คุณสามารถวางไข่ gdb ได้อย่างง่ายดายเฉพาะในกระบวนการที่เข้าร่วม (ใน PETSc ที่คุณใช้-debugger_nodes 0,5,17เป็นต้น) นอกจากนี้ระบบดังกล่าวข้างต้นยังให้ประโยชน์อย่างมากเมื่อเรียกใช้ในทุกกระบวนการซึ่งทำให้ช้าลง ในความเป็นจริงแล้ววิธีการ gdb นั้นสามารถปรับขนาดได้มากกว่า

gdb ยังพกพาได้มาก มันทำงานได้ทุกที่เข้าใจ C ++ และ Fortran และอนุญาตให้คุณรันโค้ดโดยพลการในการรัน ฉันได้เขียนฟังก์ชั่นพิเศษเพื่อแสดงข้อมูลได้อย่างง่ายดายเมื่อทำงานในนั้น

ฉันใช้ดีบั๊กเกอร์เพียงสองตัวสำหรับโปรแกรมอนุกรมและขนาน:

1. ดีบักเกอร์ Kernighan คือข้อความพิมพ์ที่มีเหตุผลและการคิดอย่างรอบคอบ
2. หลายกรณีของ GDB ตามที่อธิบายไว้ o http://www.open-mpi.org/faq/?category=debugging#serial-debuggers

ในกรณีที่ (2) ไม่สามารถปรับขนาดได้อย่างเพียงพอฉันหมายถึง (1b)

มีIntel Parallel Studioซึ่งรวมถึงดีบักเกอร์แบบขนาน ฉันไม่เคยทำงานด้วย แต่ได้เห็นมันใช้ในการสาธิตไม่กี่ครั้ง นี่คือวิดีโอสอนที่แสดงคุณสมบัติบางอย่าง

ฉันยังเห็น wrapper รอบ gdb ที่ทำงานได้ดีพอสมควรในบางกรณี

Totalview มันเป็นดีบักเกอร์เชิงพาณิชย์ มันง่ายมากที่จะดูสแต็คในโปรเซสเซอร์แต่ละตัว คุณสามารถดูค่าตัวแปร (และเปลี่ยนแปลงได้) ในโปรเซสเซอร์ / เธรด คุณสามารถพล็อตเวกเตอร์หรือ matracies เพื่อให้เห็นภาพค่าตัวแปร เห็นได้ชัดว่าการเขียนสคริปต์ก็เป็นไปได้เช่นกัน (Tk / Tcl) สำหรับการวิเคราะห์จุดเฝ้าดูที่ซับซ้อน แต่ฉันไม่เคยทำงานด้วยตัวเอง

สำหรับวิธีง่ายๆในการดีบักโค้ดคู่ขนานเราได้รวบรวมคำตอบสองสามข้อในคำถามที่พบบ่อย II ในส่วนเกี่ยวกับการดีบัก: https://github.com/dealii/dealii/wali/Frequently-Asked-Questions#debugging -การใช้งาน -dealii

ฉันสงสัยว่าทำไมไม่มีใครพูดถึงPadb (Parallel Application Debugger) ซึ่งเป็นโอเพ่นซอร์สและซอฟต์แวร์ฟรีเหมือนกับ OP ที่ชอบ แต่ไม่แรงพอ ๆ กับตัวอย่างในเชิงพาณิชย์เช่น TotalView for HPC

ต่อไปนี้เป็นคำตอบบางส่วนที่ฉันได้รับ:

OpenMP มีฟังก์ชั่นจับเวลา: omp_get_wtime()และomp_get_wtick()- เอกสารออนไลน์

Google มีผู้สร้างโปรไฟล์ CPU

มีScalascaที่ใช้โปรไฟล์และการวิเคราะห์ OpenMP และ MPI

จากนั้นก็มีTauและVtuneซึ่งฉันไม่ได้ใช้

โชคดี!