สถานะของ Mac OS ใน Scientific Computing และ HPC

กลับไปสู่รุ่งอรุณของ OS X ดูเหมือนว่าจะมี hubbub เป็นจำนวนมากอย่างน้อยก็ในโลก Mac (ตอนนี้ฉันไม่ได้อยู่ใกล้การคำนวณทางวิทยาศาสตร์) เกี่ยวกับ Mac OS เป็นแพลตฟอร์มสำหรับการคำนวณทางวิทยาศาสตร์และแอปพลิเคชัน HPC

XGrid ออกมาจากกล่องเวอร์จิเนียเทคมีกลุ่มคอมพิวเตอร์ที่ใช้ Mac ที่หรูหราสแตนฟอร์ดกำลังทำสิ่งดีๆ ฯลฯ

อย่างไรก็ตามเมื่อเร็ว ๆ นี้สิ่งต่าง ๆ เงียบสงบ ไซต์ Macresearch.org นั้นเป็นเมืองผีที่เต็มไปด้วยซอมบี้สแปมเมอร์ XServe นั้นตายไปแล้วและวรรณกรรมการตลาดที่น่ากลัวมากมาย แต่ XGrid ยังคงอยู่ที่นั่นระบบปฏิบัติการ * nix ทั้งหมดอยู่ที่นั่นและแพลตฟอร์มดูเหมือนว่าจะมีการสนับสนุนที่ดีระหว่าง Python, R และภาษาใหม่บางภาษา

ดังนั้นจากคนที่รู้เรื่องนี้มากกว่าที่ฉันทำ ... อัตราค่าโดยสาร OS X เป็นอย่างไร พวกเขาใช้คอมพิวเตอร์ฝั่งไคลเอ็นต์สำหรับการคำนวณทางวิทยาศาสตร์หรือไม่? ใช้มันเป็นเซิร์ฟเวอร์ / คลัสเตอร์ / ฯลฯ ผ่าน XGrid หรืออะไรที่มันแค่แปลกใหม่ใช่ไหม

ฉันไม่สามารถแสดงความคิดเห็นในฝั่งเซิร์ฟเวอร์ของสิ่งต่าง ๆ

ในด้านลูกค้าในการประชุมวิทยาศาสตร์คอมพิวเตอร์ครั้งหนึ่งฉันไปทุกปีสัดส่วนของผู้ใช้ Mac ดูเหมือนจะเพิ่มขึ้น ฉันเปลี่ยนมาใช้ Mac เพราะฉันเบื่อที่จะจัดการกับแล็ปท็อป Dell ที่ทางโรงเรียนจัดหามาให้ฉันไม่สามารถถอดหมวกได้ ฉันเปลี่ยนมาใช้ Mac สำหรับฮาร์ดแวร์เป็นหลักเนื่องจากรายงานของผู้บริโภคให้คะแนนความทนทานสูง ฉันไม่คิดว่า Macs นั้นดีสำหรับการคำนวณทางวิทยาศาสตร์เว้นแต่ว่าคุณจะใช้ Linux กับมัน การสนับสนุน Linux สำหรับฮาร์ดแวร์นั้นมีแนวโน้มที่จะล่าช้า โดยปกติจะเป็นการ์ดไร้สายที่ไม่รองรับ (เมื่อใดก็ตามที่มีการเปลี่ยนแปลงในรุ่นใหม่) หากคุณยินดีที่จะยอมรับการลงโทษทรัพยากรที่มาพร้อมกับการใช้งานเครื่องเสมือนมันเป็นตัวเลือกที่น่าสนใจ (และเป็นเครื่องที่ฉันใช้เป็นการส่วนตัว)

Macs ต้องการให้คุณติดตั้งไลบรารีและแพคเกจซอฟต์แวร์จำนวนมากก่อนที่คุณจะสามารถคำนวณทางวิทยาศาสตร์อย่างจริงจังได้ สิ่งใดก็ตามที่มีตัวติดตั้ง Mac นั้นง่ายต่อการจัดการดังนั้นหากคุณพัฒนางานส่วนใหญ่ด้วย Matlab, Mathematica, Maple, Python และอื่น ๆ การติดตั้งและเรียกใช้ซอฟต์แวร์นั้นใน OS X นั้นทำได้ง่าย การติดตามซอฟต์แวร์ตัวเลขหลักแบบแข็งที่มีตัวติดตั้ง Mac นั้นยากกว่า (คิดอย่าง PETSc หรือ CLAWPACK) ผู้จัดการแพ็คเกจเช่นMacPortsและFinkสามารถช่วยสถานการณ์ได้หากคุณต้องการใช้ OS X เท่านั้น คุณจะต้องรวบรวมแพ็คเกจจำนวนมากจากแหล่งที่มาด้วย หากคุณต้องการเรียกใช้รหัสของคุณที่อื่นคุณจะต้องระวังปัญหาความเข้ากันได้ เนื่องจากลีนุกซ์มีการใช้งานอย่างแพร่หลายในการคำนวณทางวิทยาศาสตร์, มันง่ายกว่าจากจุดพกพาในการพัฒนาโค้ดในลีนุกซ์.

ฉันเคยได้ยินเรื่องเล่าจากเพื่อนที่มีความเห็นชอบสูงว่าการตั้งค่าสภาพแวดล้อมการพัฒนาบน Mac นั้นเป็นเรื่องที่เจ็บปวดอย่างมากในคนอื่น ๆ ก็บอกว่ามันไม่ได้แย่ขนาดนั้น ไมล์สะสมของคุณอาจแตกต่างกันไป

@Geoff ให้คำตอบที่ดี แต่ฉันคิดว่ามันคุ้มค่าที่จะให้มุมมองทางเลือก

ฉันทำทุกอย่างบน Macs - ใน OS X ไม่ใช่ Linux VM - รวมถึงการพัฒนาโค้ดทางวิทยาศาสตร์มากมาย ฉันส่วนใหญ่ทำงานใน Fortran และ Python สำหรับฉันแล้วความสะดวกสบายของ

• ความสามารถในการทำงานทั้งหมดของฉันในระบบปฏิบัติการเดียวและ
• แทบไม่เคยจัดการกับความล้มเหลวของฮาร์ดแวร์หรือปัญหาไดรเวอร์

คุ้มค่ากับการปวดหัวกับ Mac

อาการปวดหัวหลักสามประการคือ:

1. ไม่มีตัวจัดการแพคเกจมาตรฐานระบบปฏิบัติการ กาลครั้งหนึ่งที่ฉันใช้ตำรวจ แต่ในที่สุดก็นำไปสู่อาการปวดหัวมากขึ้นและตอนนี้มันล้าสมัย ฉันเคยได้ยินเรื่องดีๆเกี่ยวกับ Macports และ Homebrew แต่ประสบการณ์ของฉันกับ Fink ทำให้ฉันเชื่อมั่นในการ "ทำให้ตัวเองเป็นม้วน"

2. ซอฟต์แวร์ในตัวบางตัวล้าสมัยมาก โดยเฉพาะอย่างยิ่ง Python และ gcc ซึ่งหมายความว่าคุณต้องติดตั้งเวอร์ชันที่อัปเดตของคุณเองซึ่งอาจเป็นเรื่องยุ่งยาก

3. Apple ไม่มีคอมไพเลอร์ Fortran!

สำหรับฉันดูเหมือนว่า Apple ให้ความสำคัญกับผู้ใช้ที่ใช้ Unix น้อยลง ในขณะเดียวกัน Linux ก็ยังคงปรับปรุงอยู่ ในที่สุดฉันก็อาจถูกผลักกลับสู่ Linux แต่ฉันจะเก็บ Macbook ไว้จนกว่าคนอื่นจะเรียนรู้วิธีสร้างแบตเตอรี่ที่เหมาะสม

ฉันจะยืนยันว่า Mac เป็นสภาพแวดล้อมที่ดีสำหรับการคำนวณนักวิทยาศาสตร์กว่านั้นสำหรับการคำนวณทางวิทยาศาสตร์ ฉันไม่ต้องการใช้ Mac ในสภาพแวดล้อมการคำนวณสินค้าโภคภัณฑ์ ฮาร์ดแวร์พูดค่อนข้างแพงเกินไปสำหรับเรื่องนั้น มันอาจเป็นความเจ็บปวดที่จะทำให้สภาพแวดล้อมของซอฟต์แวร์ตรงกับเงื่อนไขที่จำเป็นสำหรับแพคเกจเฉพาะ แต่โดยปกติเมื่อคุณคิดออกมาเป็นครั้งแรกการบำรุงรักษาง่ายกว่าการติดตั้ง Windows ที่เทียบเคียงกันได้ (และขึ้นอยู่กับผู้จัดการแพ็คเกจสามารถทำได้ง่ายเหมือน Linux MacPort ทำได้ดีพอ ๆ กับผู้จัดการสำหรับ OS X!)

อย่างไรก็ตามในฐานะที่เป็นแพลตฟอร์มการทำงานสำหรับนักวิทยาศาสตร์ด้านการคำนวณที่ยุ่งผมเชื่อว่า Mac ให้โบนัสเพิ่มเติมว่าสามารถทำงานและบำรุงรักษาในสภาพแวดล้อมการประมวลผลเดียวแทนที่จะต้องรักษากล่อง Linux สำหรับงาน "จริงจัง" และยังคง จำเป็นต้องมีเครื่องอื่นเมื่อเพื่อนร่วมงานทำงานในสาขาอื่นส่งฉัน (เช่น) ไฟล์ Office ที่ต้องการมาร์กอัปหรือฉันต้องกรอกแบบฟอร์มมหาวิทยาลัยที่มีเฉพาะเทมเพลต RTF ที่ไม่จัดรูปแบบโดยใช้ LibreOffice และจะเป็น ความเจ็บปวดที่คอเพื่อสร้างใหม่ใน LaTeX (ในงานก่อนหน้านี้เจ้าของ Linux ต้องมีเครื่องที่ไม่ใช่ Linux เพิ่มเติมเนื่องจากการเข้าถึงสภาพแวดล้อมขององค์กรต้องการมากขึ้นหรือน้อยลงเจ้าของ Mac ไม่ต้องการเครื่องที่สอง)

นอกจากนี้ยังมีโปรแกรม Mac เพียงอย่างเดียว (เช่นTextMate , Scrivener , Papers , Things , OmniFocusหรือBibDesk ) ที่ทำให้ Mac เป็นสภาพแวดล้อมที่น่าพึงพอใจมากกว่าที่จะทำงานบนพีซีหรือ Linux ฉันพบว่าตัวเองใช้เวลามากขึ้นในการทำสิ่งต่างๆให้สำเร็จมากกว่าสิ่งที่ฉันต้องทำเพื่อให้สภาพแวดล้อมของซอฟต์แวร์ทำสิ่งที่ฉันต้องการ (หรือต้องการ!) เพื่อทำ

การใช้ OS X ใน HPC และการคำนวณทางวิทยาศาสตร์อยู่ในระดับต่ำและต้องทำอะไรมากมายกับข้อดีข้อเสียของ OS X wrt ทางเลือก (Linux)

ข้อดีของ OS X:

• UI เงางาม ยัง * ระวัง
• แอปบนเดสก์ท็อป / ออกแบบเช่น MS Office, โปรแกรม Adobe ที่ได้รับการสนับสนุนเป็นอย่างดี
• รองรับมัลติมีเดียเป็นอย่างดี
• บางคนชอบระบบนิเวศของ Apple (iPhone, iTunes และอื่น ๆ )

ข้อด้อยของ OS X:

• ใช้งานกับฮาร์ดแวร์ราคาแพงและไม่ใช่ทุกคนที่ชอบ Macbooks โดยเฉพาะคนที่เคยใช้ Thinkpads (แป้นพิมพ์ + trackpoint)
• ไม่สามารถอัพเกรดฮาร์ดแวร์ (เช่นถ้าคุณต้องการลองการ์ด NVIDIA รุ่นล่าสุดด้วยแอพ CUDA ของคุณ) บนเดสก์ท็อป / คลัสเตอร์
• Bloated GUI ที่ไม่สามารถปรับแต่งได้ (ใน Linux คุณสามารถใช้ minimalist window manager)
• แพคเกจ mgmt ใน Macports / Fink เป็นค่าที่ต่ำกว่าเมื่อเทียบกับการแจกแจง Linux (Debian) แพคเกจส่วนใหญ่จะไม่ได้รับการบำรุงรักษาอย่างแข็งขันหรือเป็นกำพร้า

• เครื่องมือ / โปรแกรมที่มีประโยชน์บางตัวไม่ทำงานหรือยังไม่ทำงานบน OS X ตัวอย่างเช่น ...

  1. Sun Studio ยังไม่ทำงาน
  2. Valgrind เพิ่งเริ่มทำงานเมื่อไม่นานมานี้และไม่รองรับคุณสมบัติทั้งหมด
  3. คอมไพเลอร์ของ Intel ก็มีวางจำหน่ายในปีที่ผ่านมาเช่นกัน
  4. Apple ไม่ได้รวมแพ็คเกจ Fortran คอมไพเลอร์และคุณต้องพึ่งพาบุคคลที่สาม (ส่วนใหญ่เป็นบุคคล) เพื่อสร้างไบนารีที่ใช้งานได้กับ OS X บางรุ่นเท่านั้น (ซึ่งบุคคลนั้นมี) การสนับสนุนหายากหรือไม่มีอยู่จริงในกรณีดังกล่าว
  5. แอปพลิเคชันทางวิทยาศาสตร์ Commericial (ABAQUS, ANSYS, FLUENT และอื่น ๆ อีกมากมายในอุตสาหกรรมเช่นน้ำมัน / การเงิน / engg ฯลฯ ) ไม่ทำงาน (โดยกำเนิด) ใน OS X

ข้อดีของ Linux (Debian):

• การจัดการแพ็กเกจชั้นหนึ่งเช่นการติดตั้งคอมไพเลอร์, ห้องสมุดเชิงตัวเลข / วิทยาศาสตร์ส่วนใหญ่เป็นต้น
• ไม่เหมือนกับ Fink / Macports แพคเกจได้รับการสนับสนุนที่ดีกว่ามาก (ใน Debian คุณมีตัวเลือกในการใช้ edge edge / การทดสอบ / รุ่นเสถียร)
• คลัสเตอร์ส่วนใหญ่รัน Debian / Red Hat บางเวอร์ชันดังนั้นจึงไม่ยุ่งยากในการเปลี่ยนรหัส (s)

จุดด้อย Linux (Debian):

• ไม่มี UI มาตรฐาน
• Linux บนเดสก์ท็อป / แล็ปท็อปอาจต้องมีการปรับแต่งเพื่อให้ได้ทุกอย่าง (หยุดชั่วคราว / เล่นต่อ, เร่งวิดีโอ 3D, เสียง ฯลฯ ) ทำงาน แต่สิ่งนี้ได้รับการปรับปรุงมากขึ้นในปีที่ผ่านมา

การยกเลิกข้อยกเว้นบางประการผู้ใช้ส่วนใหญ่และผู้ดูแลระบบคลัสเตอร์ / ระบบพบว่า OS X ง่ายขึ้นสำหรับการเพิ่มประสิทธิภาพการทำงานของเดสก์ท็อปและไม่ใช่สำหรับการคำนวณทางวิทยาศาสตร์

OTOH ผู้ใช้งานลีนุกซ์ส่วนใหญ่พบว่าใช้งานได้ง่ายกว่าในอดีตและนี่สะท้อนให้เห็นในระบบนิเวศคอมพิวเตอร์ HPC / วิทยาศาสตร์ทั้งหมด

ฉันไม่ได้ใช้อะไรนอกจาก Macs บนเดสก์ท็อป (และแล็ปท็อป) มาหลายปีแล้วทำการคำนวณทางวิทยาศาสตร์และการพัฒนาซอฟต์แวร์ทางวิทยาศาสตร์เหนือสิ่งอื่นใด ดังที่คนอื่น ๆ ชี้ให้เห็นคุณภาพของฮาร์ดแวร์คุณภาพของซอฟต์แวร์เฉพาะ Mac และความสามารถในการจัดการ Word และ Excel เมื่อจำเป็นทำให้ Mac เป็นแพลตฟอร์มที่ดีมากสำหรับการใช้งานประจำวัน

ฉันยังใช้งานคลัสเตอร์คอมพิวเตอร์ที่ใช้ระบบปฏิบัติการ Mac เป็นระยะเวลาหนึ่ง เป็นการทดลองที่ฉันไม่อยากทำอีก เมื่อเทียบกับคลัสเตอร์ Linux ฉันไม่เห็นข้อได้เปรียบที่สำคัญใด ๆ นอกจากความสะดวกในการติดตั้งซอฟต์แวร์หากคุณมี Macs บนเดสก์ท็อปอยู่ดี (แค่ติดตั้งสิ่งเดียวกัน) ข้อเสียเด่นชัดส่วนใหญ่ขาดการสนับสนุน GUI ผู้ใช้หลายคนที่เหมาะสม บน Mac เครื่องหนึ่งเครื่องมีหน้าจอเดียวและผู้ใช้ที่ลงชื่อเข้าใช้สูงสุดหนึ่งคน นั่นทำให้เครื่องมือที่ใช้ GUI เป็นความเจ็บปวดในการใช้ เมื่อเทียบกับนั้นแม้แต่ X-windows ธรรมดาภายใต้ Linux ก็เป็นความสุขที่ใช้แล้วมี VNC และ NoMachine NX ให้ทำดียิ่งขึ้น

ใช่ฉันรู้ว่า Mac รองรับ X windows แต่โปรแกรม GUI ส่วนใหญ่สำหรับ Mac ใช้ส่วนต่อประสานดั้งเดิม