สถานที่สำหรับเผยแพร่เอกสารที่เน้นซอฟต์แวร์

ซอฟต์แวร์เป็นส่วนพื้นฐานของวิทยาศาสตร์การคำนวณและได้รับการยอมรับมากขึ้นว่าเป็นส่วนสำคัญของบันทึกทางวิทยาศาสตร์ เมื่อพิจารณาถึงมูลค่าของการใช้รหัสที่มีอยู่และได้รับการทดสอบอย่างดีแล้วดูเหมือนว่าคุ้มค่าที่จะสื่อสารถึงการมีอยู่ของรหัสที่มีประโยชน์อย่างกว้างขวางที่สุดเท่าที่จะเป็นไปได้และให้เครดิตแก่ผู้สร้าง ในการตั้งค่าเชิงวิชาการหมายถึงการเผยแพร่เอกสารบางอย่างที่เน้นไปที่ซอฟต์แวร์เป็นหลัก

เราสามารถเผยแพร่ผลงานทางวิชาการที่มีจุดสนใจหลักคือซอฟต์แวร์คอมพิวเตอร์ได้ที่ไหน เพื่อความชัดเจนอย่างสมบูรณ์ฉันหมายถึงงานที่อาจไม่มีคณิตศาสตร์อัลกอริธึมใหม่ ๆ - พวกเขาให้ความสำคัญกับซอฟต์แวร์

ฉันยังสนใจที่จะได้ยินจากผู้ที่ส่งเอกสารดังกล่าวไปยังวารสารเหล่านี้ว่าประสบการณ์เป็นอย่างไรและสถานที่ใดที่พวกเขาแนะนำ

สรุปคำตอบที่ได้รับ:

• การทำธุรกรรมเกี่ยวกับซอฟต์แวร์ทางคณิตศาสตร์
• การเขียนโปรแกรมทางวิทยาศาสตร์
• SIAM Journal ในส่วนของซอฟต์แวร์คำนวณทางวิทยาศาสตร์ (SISC)
• ที่เก็บถาวรของซอฟต์แวร์เชิงตัวเลข
• การคำนวณการวิจัยแบบเปิด
• การสื่อสารฟิสิกส์คอมพิวเตอร์
• ความก้าวหน้าในซอฟต์แวร์วิศวกรรม
• วารสารซอฟต์แวร์เชิงสถิติ
• วารสารทฤษฎีเคมีและการคำนวณ
• รหัสที่มาสำหรับชีววิทยาและการแพทย์
• กรุณาหนึ่ง
• วารสารควอนตัมเคมีนานาชาติ
• ระบาดวิทยา
• การคำนวณทางวิทยาศาสตร์และวิศวกรรม
• วารสารเคมีเชิงคำนวณ
• การพัฒนาแบบจำลองธรณีศาสตร์
• วารสารการวิจัยการเรียนรู้ของเครื่อง
• การคำนวณการโปรแกรมเชิงคณิตศาสตร์
• วารสารซอฟต์แวร์โอเพนซอร์ซ

มีวารสารเฉพาะแอปพลิเคชันอื่น ๆ ที่จะแสดงรายการ: เช่นวารสารฟิสิกส์เชิงคำนวณหรือการสื่อสารฟิสิกส์คอมพิวเตอร์ที่ยอมรับบทความทั้งเกี่ยวกับอัลกอริทึมเช่นเดียวกับซอฟต์แวร์ที่ใช้ในการดำเนินการพวกเขา หากคุณอยู่ในสาขาเคมีสมุดรายวันของทฤษฎีเคมีและการคำนวณอาจเป็นวารสารอื่นที่ต้องพิจารณา ทั้งหมดนี้อนุญาตให้มีการเผยแพร่แพ็คเกจ - ฉันเคยเห็นรหัสที่ฉันเคยใช้ในที่นี้ คอมพิวเตอร์และวิศวกรรมเคมีอนุญาตเอกสารการใช้งานซอฟต์แวร์ แต่พวกเขาจำเป็นต้องทำสิ่งที่เป็นต้นฉบับ - มันไม่สามารถเป็นกระดาษ "ล่วงหน้าที่เพิ่มขึ้น"

ความก้าวหน้าด้านวิศวกรรมซอฟท์แวร์เป็นสิ่งที่ดีและแอพพลิเคชั่นจะแตกต่างกันอย่างกว้างขวาง

วารสารสถิติซอฟต์แวร์เป็นอีกสิ่งหนึ่งที่มุ่งเน้นซอฟต์แวร์ แต่เป็นโปรแกรมเฉพาะ R มากมายในอันนี้

ฉันควรเพิ่มว่าฉันไม่เคยตีพิมพ์ในสิ่งเหล่านี้ดังนั้นฉันจึงไม่สามารถพูดกับประสบการณ์นั้นได้ แต่ฉันจะปฏิบัติตามพวกเขาและค้นหาบทความที่มีคุณภาพดี

ฉันเผยแพร่เอกสารซอฟต์แวร์สองฉบับแล้ว หนึ่งคือในBMC รหัสที่มาในชีววิทยาและการแพทย์ - โครงการ Multiscale ระบบภูมิคุ้มกัน: ซอฟต์แวร์สำหรับเซลล์ที่ใช้จำลองภูมิคุ้มกันและPLoS ONE - SNPpy - การจัดการฐานข้อมูลสำหรับ SNP ข้อมูลจากจีโนมไวด์ศึกษาสมาคม

เหล่านี้เป็นสองโครงการที่แตกต่างกันมาก อดีตเป็นระบบตัวแทนจำลองที่เขียนไปยังระบบภูมิคุ้มกันแบบจำลองดังนั้นจึงอยู่ในชีววิทยาการคำนวณ หลังเป็นระบบฐานข้อมูลเพื่อจัดการข้อมูล SNP ในบริบทของ GWAS ดังนั้นจึงอยู่ในข้อมูลชีวสารสนเทศศาสตร์

เท่าที่ประสบการณ์การเผยแพร่ดำเนินไป - เวลารอคอยต่ำเมื่อเทียบกับเอกสารทางคณิตศาสตร์ซึ่งดีมาก ผู้ตรวจสอบไม่ได้ให้เวลาฉันลำบากซึ่งก็ดี ในด้านของข้อเสียการเผยแพร่ซอฟต์แวร์กระดาษนั้นใช้เวลานานมาก คุณมีกระดาษรวมถึง codebase ที่ต้องจัดการไม่ต้องพูดถึงเอกสารประกอบของผู้ใช้

สิ่งหนึ่งที่ฉันพบว่าน่ารำคาญคือฉันเห็นหลักฐานเล็กน้อยที่ผู้ตรวจสอบได้พยายามใช้ซอฟต์แวร์และหลักฐานที่ไม่มีศูนย์ที่พวกเขาเข้าใจการออกแบบรหัสหรือแม้แต่ดูรหัส วารสารทั้งสองฉบับด้านบนมีผู้วิจารณ์สองคนรายงานแต่ละคน ในกรณีก่อนหน้านี้ (BMC) ผู้ตรวจสอบรายหนึ่งระบุว่าเขาพยายามติดตั้ง / เรียกใช้ซอฟต์แวร์และล้มเหลว (ปัญหาที่เราได้แก้ไข) แต่จากบทวิจารณ์ทั้งสี่นี้เป็นเพียงผู้เดียวที่กล่าวถึงเฉพาะเกี่ยวกับซอฟต์แวร์จริง ความคิดเห็นส่วนใหญ่เป็นเรื่องทั่วไปเกี่ยวกับประเด็นทางวิทยาศาสตร์และประเด็นที่อยู่ในกระดาษ โดยรวมแล้วฉันรู้สึกว่าผู้ตรวจสอบส่วนใหญ่เพิ่งอ่านบทความ ในโลกอุดมคติผู้วิจารณ์จะมีความสนใจในรายละเอียดการออกแบบซอฟต์แวร์และรหัสรวมถึงปัญหาเช่นประสิทธิภาพการพึ่งพาการพกพา ความสามารถในการขยายและการทดสอบ ผู้ตรวจสอบสำหรับ SNPpy ถามเกี่ยวกับการพกพาและความสามารถในการขยาย อย่างที่ฉันอ้างในเอกสารว่าซอฟต์แวร์มีทั้งแบบพกพาและแบบขยายได้ แต่ฉันไม่คิดว่าพวกเขาจะดูรหัสจริงๆ ในความเป็นธรรมการได้รับความคิดเกี่ยวกับสิ่งที่โค้ดฐานที่ไม่สำคัญคือการทำงานอย่างหนักและอาจมากกว่าที่จะคาดหวังจากผู้ตรวจสอบที่ไม่ได้รับค่าตอบแทน

ฉันใช้ LaTeX สำหรับเอกสารทั้งสองนี้ ในกรณีของ PLoS สิ่งนี้เกี่ยวข้องกับการกระโดดผ่านห่วงมากเพื่อทำให้ต้นฉบับดูตามที่พวกเขาต้องการเนื่องจากพวกเขาไม่ได้ใช้ LaTeX และกำลังเรียกใช้โปรแกรมแปลง PLoS สร้างความยุ่งเหยิงในการแปลงร่างของฉันซึ่งใช้ TikZ และทำได้ดีมาก แต่คุณคงไม่รู้ว่ามันดูเวอร์ชั่นของพวกเขาหรือไม่ นอกจากนี้ยังเป็นที่น่าสังเกตว่า PLoS ไม่ได้ให้การพิสูจน์ด้วยลายมือ

วารสารเคมีเชิงคอมพิวเตอร์ (บทความพิเศษมาตรา) และวารสารนานาชาติของควอนตัมเคมีรายงานเกี่ยวกับซอฟแวร์และขั้นตอนวิธี

สองที่ฉันไม่ได้เห็นในรายการนี้เลยซึ่งอาจจะเป็นที่สนใจของคนนอกจากฉันในบางจุดเป็นอเมริกันวารสารระบาดวิทยาและระบาดวิทยา

หากคุณเขียนซอฟต์แวร์ที่ฉลาดเพื่อบรรลุสิ่งที่นักระบาดวิทยาสนใจพวกเขาอาจเผยแพร่ได้ดี ฉันได้เห็นบทความสั้น ๆ อย่างน้อยที่สุดใน SAS Macros เพื่อให้การวิเคราะห์เชิงสถิติค่อนข้างซับซ้อนมากขึ้นโปรแกรมที่ดำเนินการถดถอยแบบจุดเชื่อมต่อ

ปรากฎว่าหนึ่งในสิ่งพิมพ์ที่กล่าวถึงอยู่ในระบาดวิทยา : http://journals.lww.com/epidem/Fulltext/2011/09000/DAGitty__A_Graphical_Tool_for_Analyzing_Causal.22.aspx

ไม่ใช่วารสารที่ฉันสงสัยว่ากำลังหาบทความเกี่ยวกับซอฟท์แวร์ - อะไรคือการเป็นวารสารเฉพาะสาขาในสาขาที่ไม่ใช่ซอฟต์แวร์ แต่การวิเคราะห์รวมถึงซอฟต์แวร์ไม่ใช่เรื่องแปลกและลิงค์เป็นตัวอย่างของ บทความมุ่งเน้นไปที่ผลิตภัณฑ์ซอฟต์แวร์ทั้งหมด

AJE:

เอกสารเกี่ยวกับการใช้งานเชิงปฏิบัติของวิธีการทางระบาดวิทยาหรือสถิติ (เช่นการใช้เทคนิคทางสถิติหรือการประเมินกลยุทธ์การสัมภาษณ์) มีการเผยแพร่ในส่วนที่มีชื่อว่าการปฏิบัติทางระบาดวิทยา

ระบาดวิทยา: บทความข้างต้นได้รับการตีพิมพ์เป็นจดหมาย พวกเขายังยอมรับคำวิจารณ์ซอฟต์แวร์หากคุณมีเพื่อนร่วมงานที่เป็นมิตรหรือใครบางคนในสาขาที่อาจสนใจ

ฉันรู้ว่าพวกเขาสนับสนุนให้ใช้รหัสอิเล็กทรอนิกส์และฉันมีบางสิ่งที่ได้รับการตรวจสอบอย่างน้อยพร้อมกับลิงก์ไปยังที่เก็บ Github

การพัฒนาแบบจำลองทางธรณีวิทยาเป็นวารสารการเข้าถึงแบบเปิดเพื่อจุดประสงค์นี้ เช่นเดียวกับวารสารอื่น ๆ ของฟิสิกส์สหภาพยุโรปก็มีกระบวนการตรวจสอบที่เปิด

วารสารการวิจัยการเรียนรู้ของเครื่อง (JMLR) มีแทร็ก 'ซอฟต์แวร์การเรียนรู้โอเพ่นซอร์สซอฟต์แวร์' มันค่อนข้างเป็นทางเลือก (ซึ่งฉันคิดว่าเป็นสิ่งที่ดี) วารสารฟรีทั้งหมด (สำหรับผู้แต่งและผู้อ่าน) และดำเนินการโดยอาสาสมัคร

สมาคมการเพิ่มประสิทธิภาพทางคณิตศาสตร์เพิ่งเปิดตัววารสาร

การคำนวณการโปรแกรมเชิงคณิตศาสตร์

จาก "จุดมุ่งหมายและขอบเขต":

การคำนวณการคำนวณทางคณิตศาสตร์ (MPC) ตีพิมพ์บทความวิจัยต้นฉบับที่ครอบคลุมประเด็นการคำนวณในการเพิ่มประสิทธิภาพทางคณิตศาสตร์ รายงานบทความเกี่ยวกับซอฟต์แวร์ที่เป็นนวัตกรรมใหม่การทดสอบเปรียบเทียบสภาพแวดล้อมในการสร้างแบบจำลองคลังข้อมูลและ / หรือแอปพลิเคชัน คุณสมบัติหลักของวารสารคือการรวมซอฟแวร์และข้อมูลประกอบกับต้นฉบับที่ส่งมา

เกี่ยวกับหัวข้อที่พวกเขาเขียน:

หัวข้อที่กล่าวถึงในกนง. นั้นรวมถึงการเขียนโปรแกรมเชิงเส้นการเพิ่มประสิทธิภาพแบบนูนการเพิ่มประสิทธิภาพแบบไม่เชิงเส้นการเพิ่มประสิทธิภาพแบบสุ่มการเพิ่มประสิทธิภาพที่มีประสิทธิภาพการเขียนโปรแกรมจำนวนเต็มการเพิ่มประสิทธิภาพเชิง combinatorial

การคำนวณทางวิทยาศาสตร์และวิศวกรรมเป็นอีกทางเลือกหนึ่ง มันเป็นลูกผสมของวารสารวิทยาศาสตร์ (ที่มีบทความเกี่ยวกับคุณลักษณะที่อ้างอิง) และนิตยสาร (ที่มีคอลัมน์ปกติที่ไม่ได้ระบุ) มันตีพิมพ์บทความที่ผู้อ่านมีแนวโน้มที่จะพบว่าน่าสนใจ บทความเกี่ยวกับซอฟต์แวร์จึงควรมีเนื้อหาที่น่าสนใจเช่นเกี่ยวกับเทคนิคเฉพาะที่ใช้ซึ่งมีประโยชน์ต่อผู้ชมที่กว้างกว่าตัวซอฟต์แวร์เอง

ฉันควรจะเพิ่มว่าฉันเป็นสมาชิกของคณะบรรณาธิการของนิตยสารนี้

การเขียนโปรแกรมทางวิทยาศาสตร์เป็นตัวเลือกที่ให้ความสำคัญกับเทคนิคการเขียนโปรแกรมที่ใช้ในการเขียนซอฟต์แวร์ทางวิทยาศาสตร์ (การเปิดเผย: ฉันอยู่ในคณะกรรมการที่ปรึกษาด้านบรรณาธิการ)

มีวารสารเฉพาะบางแอปพลิเคชัน

คอมพิวเตอร์และธรณี, คอมพิวเตอร์และของเหลว, คอมพิวเตอร์และโครงสร้าง,

เป็นต้น