แหล่งข้อมูลสำหรับการเรียนรู้โซ่มาร์คอฟและโมเดลมาร์คอฟที่ซ่อนอยู่

ฉันกำลังมองหาแหล่งข้อมูล (แบบฝึกหัดตำราเรียนเว็บคาสต์ ฯลฯ ) เพื่อเรียนรู้เกี่ยวกับ Markov Chain และ HMM พื้นหลังของฉันเป็นนักชีววิทยาและปัจจุบันฉันมีส่วนร่วมในโครงการที่เกี่ยวข้องกับชีวสารสนเทศศาสตร์

นอกจากนี้พื้นหลังทางคณิตศาสตร์ที่จำเป็นต้องมีความเข้าใจเพียงพอของโมเดลของมาร์คอฟ & HMM คืออะไร

ฉันได้ดูรอบ ๆ โดยใช้ Google แต่จนถึงตอนนี้ฉันยังไม่พบบทแนะนำเบื้องต้นที่ดี ฉันแน่ใจว่าคนที่นี่รู้ดีกว่า

ต่อไปนี้เป็นบทแนะนำ (เป็นไฟล์ PDF):

1. Dugad และ Desai, บทช่วยสอนเกี่ยวกับรุ่นมาร์คอฟที่ซ่อนอยู่
2. Valeria De Fonzo1, Filippo Aluffi-Pentini2 และ Valerio Parisi (2007) ซ่อนมาร์คอฟนางแบบในชีวสารสนเทศศาสตร์ ชีวสารสนเทศศาสตร์ปัจจุบัน , 2 , 49-61
3. สมิ ธ , เคโมเดลที่ซ่อนมาร์คอฟในชีวสารสนเทศศาสตร์ที่มีการประยุกต์ใช้ในการค้นหายีนใน DNA ของมนุษย์

ดูบทเรียนการทำBioconductorด้วย

ฉันถือว่าคุณต้องการทรัพยากรฟรี มิฉะนั้นสารสนเทศชีวภาพจาก Polanski และ Kimmel (Springer, 2007) จะให้ภาพรวมที่ดี (§2.8-2.9) และแอปพลิเคชั่น (ตอนที่ 2)

นอกจากนี้ยังมีหนังสือที่ดีโดย Oliver Cappe et อัล: อนุมานในที่ซ่อนมาร์คอฟรุ่น อย่างไรก็ตามมันค่อนข้างเชิงทฤษฎีและมีน้ำหนักเบาในการใช้งาน

มีหนังสืออีกเล่มหนึ่งที่มีตัวอย่างในการวิจัยเป็น แต่ฉันไม่สามารถยืนได้ - ซ่อนมาร์คอฟรุ่นสำหรับอนุกรมเวลา

ปล. ชุมชนการรู้จำเสียงมีวรรณคดีมากมายในเรื่องนี้

เป็นเรื่องที่น่าแปลกใจมากที่เห็นว่าไม่มีคำตอบใด ๆ ที่กล่าวถึงเอกสารการสอนของ Rabinerใน HMM

ในขณะที่การนำไปใช้งานจริง (ส่วนหลังของบทความ) มุ่งเน้นไปที่การรู้จำเสียงพูดบทความนี้น่าจะเป็นบทความที่ถูกอ้างถึงมากที่สุดในวรรณคดี HMM ด้วยธรรมชาติที่ชัดเจนและนำเสนอได้ดี

มันเริ่มต้นด้วยการแนะนำโซ่มาร์คอฟแล้วย้ายไปยัง HMM

สำหรับการใช้งานด้านชีวสารสนเทศข้อความคลาสสิกบน HMM จะเป็น Durbin, Eddy, Krough & Michison, " การวิเคราะห์ลำดับชีวภาพทางชีววิทยา - แบบจำลองความน่าจะเป็นของโปรตีนและกรดนิวคลีอิก", สำนักพิมพ์มหาวิทยาลัยเคมบริดจ์, 1998, ไอ 0-521-62971-3 มันเป็นเรื่องทางเทคนิค แต่ชัดเจนมากและฉันพบว่ามันมีประโยชน์มาก

สำหรับ MCMC มีหนังสือ (รุ่น a) เล่มล่าสุดของ Robert และ Casella "การแนะนำวิธีการ Monte Carlo ด้วย R" , Springer ซึ่งดูดี แต่ฉันยังไม่มีโอกาสอ่าน (ใช้ R เป็นตัวอย่าง ซึ่งเป็นวิธีที่ดีในการเรียนรู้ แต่ฉันต้องเรียนรู้ R ก่อน; o)

คำแนะนำที่ดีอยู่แล้วฉันต้องการเพิ่มบทความต่อไปนี้ที่อธิบาย HMM จากมุมมองของการใช้งานทางชีววิทยาโดย Sean Eddy

• โมเดลมาร์คอฟที่ซ่อนอยู่
• โปรไฟล์โมเดล Markov ที่ซ่อนอยู่
• รุ่นมาร์คอฟที่ซ่อนอยู่คืออะไร

ฉันเรียนรู้ HMMs โดยใช้หนังสือที่ยอดเยี่ยมโดย Walter Zucchini และ Iain L. MacDonald

โมเดลมาร์คอฟที่ซ่อนอยู่สำหรับอนุกรมเวลา: บทนำโดยใช้ R

เป็นเรื่องที่ดีจริงๆและตัวอย่างคุณสมบัติในอาร์

ดูที่กล่องเครื่องมือ (HMM) สำหรับ Matlab โดย Kevin Murphyและส่วนที่แนะนำให้อ่านเกี่ยวกับ HMMในเว็บไซต์นี้

คุณยังสามารถรับชุดเครื่องมือสร้างแบบจำลอง Probabilistic สำหรับ Matlab / Octaveด้วยตัวอย่างของการใช้ Markov Chains และ HMM

คุณสามารถค้นหาการบรรยายและห้องปฏิบัติการใน HMM ได้เช่น:

• Labs
• การบรรยาย 1และการบรรยาย 2

2 เซนต์ของฉัน
อธิบายได้อย่างสวยงามและฟรี

โมเดลมาร์คอฟที่ซ่อนอยู่, ทฤษฎีและแอปพลิเคชั่น
ของ University of Leeds

นี่คือบันทึกบางส่วนของ Ramon van Handel ที่ Princeton:

หลักสูตรนี้เป็นการแนะนำวิธีการทางคณิตศาสตร์สถิติและการคำนวณขั้นพื้นฐานสำหรับโมเดลมาร์คอฟที่ซ่อนอยู่

ส่วนแรกมีชุดแอปพลิเคชั่นที่ดีของ HMM ในด้านชีววิทยาการเงินและ ...

นี่คือการแนะนำแบบโต้ตอบที่ดีในการมาร์คอฟเชนhttp://setosa.io/ev/markov-chains/

มีวิดีโอเพียง 3 เรื่องที่ฉันพบว่ามีประโยชน์มากสำหรับการทำความเข้าใจคณิตศาสตร์เบื้องหลังโมเดลมาร์คอฟที่ซ่อนอยู่ -

https://www.youtube.com/watch?v=E3qrns5f3Fw
https://www.youtube.com/watch?v=cjlhpaDXihE
https://www.youtube.com/watch?v=5sGEF-e82yY

สิ่งเหล่านี้ดีมากและสอนโดยอาจารย์ชาวอินเดียที่ดีที่สุดคนหนึ่งจาก IIT krg