คำถามติดแท็ก dendrogram

การจัดกลุ่มตามลำดับชั้นสามารถแสดงโดย dendrogram การตัด dendrogram ในระดับหนึ่งจะทำให้เกิดกลุ่มของกลุ่ม การตัดในระดับอื่นจะทำให้เกิดกลุ่มอีกกลุ่มหนึ่ง คุณจะเลือกที่จะตัด dendrogram ได้อย่างไร มีบางอย่างที่เราสามารถพิจารณาจุดที่เหมาะสมหรือไม่? หากฉันมองไปที่เอนโดรแกรมข้ามเวลาที่มีการเปลี่ยนแปลงฉันควรตัดที่จุดเดียวกัน

61 clustering  dendrogram 

[ชื่อเริ่มต้น "การวัดความคล้ายคลึงกันสำหรับต้นไม้การจัดกลุ่มแบบลำดับชั้น" ถูกเปลี่ยนในภายหลังโดย @ttnphns เพื่อให้สะท้อนหัวข้อได้ดียิ่งขึ้น] ฉันกำลังทำการวิเคราะห์คลัสเตอร์แบบลำดับชั้นจำนวนหนึ่งเกี่ยวกับ dataframe ของบันทึกผู้ป่วย (เช่นคล้ายกับhttp://www.biomedcentral.com/1471-2105/5/126/figure/F1?highres=y ) ฉันกำลังทดลองกับการวัดระยะทางที่แตกต่างกันน้ำหนักของพารามิเตอร์ที่แตกต่างกันและวิธีการลำดับชั้นที่แตกต่างกันเพื่อทำความเข้าใจผลกระทบที่มีต่อกลุ่ม / โครงสร้าง / มุมมองสุดท้ายของต้นไม้ (dendrogram) คำถามของฉันไม่ว่าจะมีการคำนวณมาตรฐาน / การวัดเพื่อคำนวณความแตกต่างระหว่างต้นไม้แบบลำดับชั้นที่แตกต่างกันและวิธีการใช้สิ่งนี้ใน R (เช่นเพื่อหาจำนวนที่ต้นไม้บางต้นเกือบเหมือนกันและแตกต่างกันอย่างมาก)

28 r  clustering  distance-functions  similarities  dendrogram 

ลองพิจารณาตัวอย่าง R ด้านล่าง: plot( hclust(dist(USArrests), "ave") ) แกน y "ความสูง" หมายความว่าอะไร? มองไปที่นอร์ ธ แคโรไลน่าและแคลิฟอร์เนีย (ทางซ้าย) แคลิฟอร์เนียอยู่ใกล้กับนอร์ทแคโรไลนามากกว่าแอริโซนาหรือไม่ ฉันสามารถตีความได้ไหม ฮาวาย (ขวา) เข้าร่วมกลุ่มค่อนข้างช้า ฉันเห็นสิ่งนี้เพราะ "สูง" กว่ารัฐอื่น โดยทั่วไปแล้วฉันจะตีความความจริงว่าป้ายกำกับ "สูงกว่า" หรือ "ต่ำลง" ใน dendrogram ถูกต้องได้อย่างไร

25 interpretation  hierarchical-clustering  dendrogram 

ล็อคแล้ว คำถามและคำตอบของคำถามนี้ถูกล็อคเนื่องจากคำถามอยู่นอกหัวข้อ แต่มีความสำคัญทางประวัติศาสตร์ ขณะนี้ไม่ยอมรับคำตอบหรือการโต้ตอบใหม่ ฉันหมายถึงสิ่งนี้: ชุดข้อมูลที่แนะนำสำหรับการแสดงวิธีแก้ไข: data(mtcars) plot(hclust(dist(mtcars)))

9 r  data-visualization  dendrogram