“ บรรทัดที่ 3: ข้อผิดพลาดทางไวยากรณ์ใกล้โทเค็นที่ไม่คาดคิด” ในเชลล์สคริปต์

ฉันพยายามเรียกใช้ไฟล์ปฏิบัติการด้วยพารามิเตอร์หลายครั้ง ฉันเขียนสคริปต์สำหรับมัน แต่ฉันมักจะได้รับข้อผิดพลาดและไม่สามารถหาวิธีแก้ไขได้

#!/bin/bash

export VCF_FILE='KI_subsetted.recode.vcf'
for i in $(seq 22) do; /home/lab/Desktop/vcftools_0.1.13/bin/vcftools --vcf $VCF_FILE --chr i --out ./by_chrs_komi/i --recode; done

ข้อผิดพลาดที่ฉันได้รับคือ:

./chrs.sh: line 3: syntax error near unexpected token `/home/lab/Desktop/vcftools_0.1.13/bin/vcftools'
./chrs.sh: line 3: `for i in $(seq 22) do; /home/lab/Desktop/vcftools_0.1.13/bin/vcftools --vcf ./KI_subsetted.recode.vcf --chr i --out ./by_chrs_komi/i --recode; done'

ฉันใช้ Ubuntu 15.10

ลอง

for i in $(seq 22) ; do /home/aydar/Desktop/vcftools_0.1.13/bin/vcftools --vcf $VCF_FILE --chr $i --out ./by_chrs_komi/$i --recode; done

• อัฒภาค ( ;) ก่อนทำ
• ถ้า $i เป็นตัวเลขไม่จำเป็นต้องมีเครื่องหมายคำพูด

หรือสไตล์การเขียนโปรแกรมและตามข้อเสนอแนะ

for i in {1..22}
do 
  /home/aydar/Desktop/vcftools_0.1.13/bin/vcftools \
    --vcf $VCF_FILE --chr $i --out ./by_chrs_komi/$i --recode
done