แม้ว่าจะมีความคล้ายคลึงกันมาก แต่ก็มีความแตกต่างที่สำคัญ:
ตัวอย่างที่ดีของระบบรันไทม์คือ Java Virtual Machine ซึ่งให้สภาพแวดล้อมข้ามแพลตฟอร์มที่สอดคล้องกันสำหรับโค้ด Java [[รวบรวม]
ตัวอย่างที่ดีของ Compatibility Layer คือ WINE ซึ่งช่วยให้ผู้ใช้สามารถรันแอพพลิเคชั่น Windows ที่ไม่ได้ทำการแก้ไขบน Linux และ Unix ได้โดยตรง เมื่อเทียบกับ WINE เลเยอร์ความเข้ากันได้อาจมีขนาดค่อนข้างเล็กเช่นไลบรารีเดียวที่ฐานรหัสหลักใช้เพื่อเข้าถึงคุณลักษณะเฉพาะของระบบปฏิบัติการ (เช่นการเปิดไฟล์การสื่อสารผ่านอินเทอร์เน็ต ฯลฯ ) ซึ่งมี API ที่สอดคล้องกัน เพื่อให้แอปพลิเคชันซ่อนความแตกต่างเฉพาะ OS ที่น่าเกลียดทั้งหมดได้อย่างมีประสิทธิภาพ
ข้อเสียของ Runtime Environment คือสภาพแวดล้อมทั้งหมดต้องพร้อมใช้งานกับรหัสใดก็ตามที่จะใช้งานซึ่งอาจต้องใช้ความพยายามในการพัฒนาอย่างมาก
ข้อเสียของเลเยอร์ความเข้ากันได้คือไม่จำเป็นต้องให้ความสอดคล้องและอาจยากต่อการดีบัก
ข้อดีของสภาพแวดล้อมรันไทม์คือหลังจากที่ถูกย้ายไปยังแพลตฟอร์มใหม่แอปพลิเคชันจะทำงานโดยไม่มีการดัดแปลง
ข้อดีของ Compatibility Layer คือการรองรับแพลตฟอร์มใหม่เฉพาะเลเยอร์ใหม่ (หรือชุดของเลเยอร์) จำเป็นต้องสร้างขึ้นและแอปพลิเคชันหลักสามารถรวบรวมสำหรับแพลตฟอร์มเป้าหมายใหม่ที่มีการเปลี่ยนแปลงน้อยที่สุด
การจำลองเสมือนเป็นเหมือนสภาพแวดล้อมรันไทม์ที่กว้างขวางมาก แต่สิ่งที่แตกต่างกันก็คือชุดคำสั่ง CPU (และอุปกรณ์ที่จำเป็น) นั้นกำลังถูกจำลองเสมือนหรือเลียนแบบได้ดีมาก