R 3.5.0 สำหรับ Ubuntu


23

แพ็คเกจการติดตั้ง R 3.5.0 สำหรับ Ubuntu Xenial (16.04) ยังไม่มีอยู่ในเว็บไซต์ ubuntu มีวิธีอื่นในการอัปเดต R เป็น 3.5.0 ใน ubuntu xenial หรือไม่? มีวิธีอื่นในการอัปเดต R เป็น 3.5.0 หรือไม่


1
คุณเคยดูคำแนะนำแบบนี้หรือไม่? ผู้เขียนไม่ได้บอกอย่างชัดเจนทุกที่ แต่นี่เป็นคำแนะนำสำหรับการติดตั้ง 3.5
Hee Jin

ลองที่นี่: askubuntu.com/questions/862403/…
valiano

1
@Emily: คำแนะนำแบบคุณเชื่อมโยงกับเป็นเรื่องเกี่ยวกับการติดตั้ง R จากแหล่งที่มา
krlmlr

1
@valiano: นี่เป็นคำตอบของคำถามอื่น
krlmlr

คำตอบ:


24

ขณะนี้ R 3.5 มีให้บริการเฉพาะจาก PPA เท่านั้นเนื่องจากแพ็คเกจของ CRAN บางตัวมีปัญหาในการสร้าง R 3.5

ดำเนินการด้วยความเสี่ยงของคุณเอง

ขั้นตอนที่เหมาะกับฉันคือ:

  1. ลบr-cran-*แพ็คเกจทั้งหมดออกจากระบบของคุณ (YMMV ฉันมักจะติดตั้งแพ็กเกจจากแหล่งที่มาและมีน้อยมาก)

    • ค้นหาด้วย dpkg -l | grep r-cran-
  2. เพิ่มPPA ของ Michael Rutter :

    sudo add-apt-repository ppa:marutter/rrutter3.5
    sudo apt-get update
    
  3. อัปเกรด R

    sudo apt install r-api-3.5
    
  4. ติดตั้งแพ็คเกจทั้งหมดที่คุณต้องการจากแหล่งที่มา (ไปยังไลบรารีส่วนตัวหรือไซต์ผ่านinstall.packages()) หรือโดยการติดตั้งr-cran-*แพคเกจ Ubuntu ที่เกี่ยวข้อง

    ฉันใช้สคริปต์ต่อไปนี้เพื่อติดตั้งแพ็กเกจทั้งหมดของฉันใหม่จากไลบรารีไซต์ส่วนตัวของฉันสำหรับ R 3.4:

    installed <- rownames(installed.packages())
    pkgs <- dir("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4")
    new <- setdiff(pkgs, installed)
    new
    install.packages(new)

    หากคุณมีเครื่องที่มี CPU หลายตัวคุณสามารถเพิ่มความเร็วกระบวนการได้เช่น:

    install.packages(new, Ncpus = 6)
    

อ้างอิง


3
วิธีการดังกล่าวทำงานอย่างถูกต้องทั้งหมดสำหรับฉัน (ขอบคุณ Krlmlr.) สองคำแนะนำเพิ่มเติมสำหรับผู้ที่ไม่เคยมีประสบการณ์กับ Ubuntu: 1. ลบแพ็คเกจ r-cran- * ก่อนหน้าด้วย: sudo apt-get remove r-cran- * 2. หลังจากเพิ่ม PPA ของ Michael Rutter อย่าลืมรัน: sudo apt-get update
Larry

วิธีการดังกล่าวทำงานอย่างถูกต้องทั้งหมดสำหรับฉัน (ขอบคุณ Krlmlr.) สองคำแนะนำเพิ่มเติมสำหรับผู้ที่ไม่เคยมีประสบการณ์กับ Ubuntu: 1. ลบแพ็คเกจ r-cran- * ก่อนหน้าด้วย: sudo apt-get remove r-cran- * 2. หลังจากเพิ่ม PPA ของ Michael Rutter อย่าลืมรัน: sudo apt-get update ก่อนใช้งาน: sudo apt ติดตั้ง r-api-3.5
Larry

@ แลร์รี่: ขอบคุณ คุณสามารถแก้ไขโพสต์ได้หรือไม่
krlmlr

@krlmlr ฉันขอแนะนำให้คุณลบออกNcpus = 6จากคำตอบ อาจนำไปสู่การชะลอความเร็วโดยไม่คาดคิดโดยเฉพาะสำหรับคนที่ (i) ไม่ได้อ่านรหัสอย่างเต็มที่ก่อนที่จะคัดลอก / วาง และ (ii) จะทำเช่นนี้ในคอมพิวเตอร์ส่วนบุคคล ตัวเลือกนี้ไม่จำเป็นสำหรับคำตอบ
fridaymeetssunday

1
@fridaymeetssunday: เพิ่มความคิดเห็น ยอมรับว่าNcpus = 6อาจช้าในเครื่องที่อ่อนแอ แต่ไม่มีใครควรคัดลอกวางโดยไม่ต้องสแกนรหัสอย่างน้อย
krlmlr

13

เว็บไซต์ CRAN ได้รับการปรับปรุงตั้งแต่ของการตอบสนอง @ krlmlr ในช่วงต้นเดือนมิถุนายน: https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/

คำแนะนำ CRAN มีหลายขั้นตอน แต่สรุปคือsources.listไฟล์ควรอ้างอิงที่เก็บข้อมูลที่เฉพาะเจาะจงกับรุ่น 3.5.x & 3.6.x รายการเป็นสิ่งที่ชอบ

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial-cran35/

แทนรายการก่อนหน้า (รุ่นที่ไม่มี) ของ

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/

คำอธิบายที่เกี่ยวข้องจากเว็บไซต์ (ซึ่งจะเปลี่ยนแปลงในที่สุด):

แพ็กเกจ R 3.6 สำหรับ Ubuntu บน i386 และ amd64 นั้นมีให้สำหรับ Ubuntu ที่เสถียรที่สุดในรุ่นเดสก์ท็อปจนกว่าจะถึงวันหมดอายุอย่างเป็นทางการ อย่างไรก็ตามสนับสนุนเฉพาะการสนับสนุนระยะยาว (LTS) ล่าสุดเท่านั้น ตั้งแต่วันที่ 18 พฤศจิกายน 2018 รุ่นที่รองรับคือ Xenial Xerus (16.04; LTS) Trusty Tahr (14.04; LTS), Bionic Beaver (18.04; LTS), Cosmic Cuttlefish (18.10) และ Disco Dingo (19.04) หมายเหตุในการติดตั้งแพ็กเกจ R 3.6 จำเป็นต้องใช้รายการ source.list อื่น ดูรายละเอียดด้านล่าง แม้ว่า R ได้ย้ายไปเป็นเวอร์ชัน 3.6 เพื่อความเข้ากันได้รายการรายการ source.list ยังคงใช้การกำหนด cran3.5


แก้ไข 2019-05-13:อัปเดตสำหรับการเปิดตัว R 3.6.0 ของเดือนที่แล้ว


2

xenial-cran35/รุ่นของธุรกรรมซื้อคืนไม่ทำงานถ้าคุณมี "การเปิดตัวเริ่มต้น" ตั้งอยู่ในอพาร์ทเมนเป็นกรณีใน distros บางส่วนที่ทำงานอยู่ด้านบนของ Ubuntu เช่นมิ้นท์ สำหรับโรงกษาปณ์ของฉันมีไฟล์/etc/apt/apt.conf.d/01ubuntuอยู่ภายในซึ่งมันประกาศDefault-Release "xenial"; สิ่งนี้หมายความว่าเนื่องจาก r-base มีอยู่ใน ubuntu repo ที่รุ่น 3.2 ด้วยการเปิดตัว "xenial" มันจะไม่ใช้สาขา 3.6 จาก repo อื่น ๆ เนื่องจากชื่อรุ่นสำหรับ repo นั้นคือ "xenial-cran35" คุณต้องแก้ไขไฟล์นั้นเพื่อเปลี่ยนรีลีสเริ่มต้นเป็น "xenail-cran35" หรือทำบางสิ่งที่ชี้ไปโดยใช้ไฟล์การกำหนดค่า apt ( https://wiki.debian.org/AptPreferences#A.2Fetc.2Fapt.2Fpreferences )

นี่เป็นความผิดปกติของ R เนื่องจากมี repo ที่จัดรูปแบบไม่ดี พวกเขาควรจะมี 2 repos แต่ละแห่งมีโฟลเดอร์ "xenial" หนึ่ง url สำหรับงานสาขา 3.2 และอีกหนึ่งสำหรับงานสาขา 3.5+ แต่พวกเขามี repo เพียงหนึ่งเดียวและเปลี่ยนชื่อ "release name" แทนซึ่งเกิดขึ้นเพื่อทำงานกับ Ubuntu ฐาน แต่จะไม่ทำงานหากคุณมีการกำหนดค่าที่ไม่ใช่ฐานของ apt ด้วยวิธีนี้


0

ต้องทำเช่นนี้ในขณะนี้:

sudo apt purge r-base* r-recommended r-cran-*
sudo apt autoremove
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/'
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
sudo apt update
sudo apt install r-base-dev

'bionic' สามารถเปลี่ยนเป็นเวอร์ชั่นของ Ubuntu ได้; ตรวจสอบเอกสาร R: https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/

/programming//a/56378217/4549682

โดยการใช้ไซต์ของเรา หมายความว่าคุณได้อ่านและทำความเข้าใจนโยบายคุกกี้และนโยบายความเป็นส่วนตัวของเราแล้ว
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.