แพ็คเกจการติดตั้ง R 3.5.0 สำหรับ Ubuntu Xenial (16.04) ยังไม่มีอยู่ในเว็บไซต์ ubuntu มีวิธีอื่นในการอัปเดต R เป็น 3.5.0 ใน ubuntu xenial หรือไม่? มีวิธีอื่นในการอัปเดต R เป็น 3.5.0 หรือไม่
แพ็คเกจการติดตั้ง R 3.5.0 สำหรับ Ubuntu Xenial (16.04) ยังไม่มีอยู่ในเว็บไซต์ ubuntu มีวิธีอื่นในการอัปเดต R เป็น 3.5.0 ใน ubuntu xenial หรือไม่? มีวิธีอื่นในการอัปเดต R เป็น 3.5.0 หรือไม่
คำตอบ:
ขณะนี้ R 3.5 มีให้บริการเฉพาะจาก PPA เท่านั้นเนื่องจากแพ็คเกจของ CRAN บางตัวมีปัญหาในการสร้าง R 3.5
ขั้นตอนที่เหมาะกับฉันคือ:
ลบr-cran-*
แพ็คเกจทั้งหมดออกจากระบบของคุณ (YMMV ฉันมักจะติดตั้งแพ็กเกจจากแหล่งที่มาและมีน้อยมาก)
dpkg -l | grep r-cran-
เพิ่มPPA ของ Michael Rutter :
sudo add-apt-repository ppa:marutter/rrutter3.5
sudo apt-get update
อัปเกรด R
sudo apt install r-api-3.5
ติดตั้งแพ็คเกจทั้งหมดที่คุณต้องการจากแหล่งที่มา (ไปยังไลบรารีส่วนตัวหรือไซต์ผ่านinstall.packages()
) หรือโดยการติดตั้งr-cran-*
แพคเกจ Ubuntu ที่เกี่ยวข้อง
ฉันใช้สคริปต์ต่อไปนี้เพื่อติดตั้งแพ็กเกจทั้งหมดของฉันใหม่จากไลบรารีไซต์ส่วนตัวของฉันสำหรับ R 3.4:
installed <- rownames(installed.packages())
pkgs <- dir("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4")
new <- setdiff(pkgs, installed)
new
install.packages(new)
หากคุณมีเครื่องที่มี CPU หลายตัวคุณสามารถเพิ่มความเร็วกระบวนการได้เช่น:
install.packages(new, Ncpus = 6)
ตอบโดย Dirk Eddelbuettelเพื่อสอบถามรายละเอียดที่คล้ายกันในรายชื่อผู้รับจดหมาย R-SIG-Debian
Ncpus = 6
จากคำตอบ อาจนำไปสู่การชะลอความเร็วโดยไม่คาดคิดโดยเฉพาะสำหรับคนที่ (i) ไม่ได้อ่านรหัสอย่างเต็มที่ก่อนที่จะคัดลอก / วาง และ (ii) จะทำเช่นนี้ในคอมพิวเตอร์ส่วนบุคคล ตัวเลือกนี้ไม่จำเป็นสำหรับคำตอบ
Ncpus = 6
อาจช้าในเครื่องที่อ่อนแอ แต่ไม่มีใครควรคัดลอกวางโดยไม่ต้องสแกนรหัสอย่างน้อย
เว็บไซต์ CRAN ได้รับการปรับปรุงตั้งแต่ของการตอบสนอง @ krlmlr ในช่วงต้นเดือนมิถุนายน: https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/
คำแนะนำ CRAN มีหลายขั้นตอน แต่สรุปคือsources.list
ไฟล์ควรอ้างอิงที่เก็บข้อมูลที่เฉพาะเจาะจงกับรุ่น 3.5.x & 3.6.x รายการเป็นสิ่งที่ชอบ
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial-cran35/
แทนรายการก่อนหน้า (รุ่นที่ไม่มี) ของ
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/
คำอธิบายที่เกี่ยวข้องจากเว็บไซต์ (ซึ่งจะเปลี่ยนแปลงในที่สุด):
แพ็กเกจ R 3.6 สำหรับ Ubuntu บน i386 และ amd64 นั้นมีให้สำหรับ Ubuntu ที่เสถียรที่สุดในรุ่นเดสก์ท็อปจนกว่าจะถึงวันหมดอายุอย่างเป็นทางการ อย่างไรก็ตามสนับสนุนเฉพาะการสนับสนุนระยะยาว (LTS) ล่าสุดเท่านั้น ตั้งแต่วันที่ 18 พฤศจิกายน 2018 รุ่นที่รองรับคือ Xenial Xerus (16.04; LTS) Trusty Tahr (14.04; LTS), Bionic Beaver (18.04; LTS), Cosmic Cuttlefish (18.10) และ Disco Dingo (19.04) หมายเหตุในการติดตั้งแพ็กเกจ R 3.6 จำเป็นต้องใช้รายการ source.list อื่น ดูรายละเอียดด้านล่าง แม้ว่า R ได้ย้ายไปเป็นเวอร์ชัน 3.6 เพื่อความเข้ากันได้รายการรายการ source.list ยังคงใช้การกำหนด cran3.5
แก้ไข 2019-05-13:อัปเดตสำหรับการเปิดตัว R 3.6.0 ของเดือนที่แล้ว
xenial-cran35/
รุ่นของธุรกรรมซื้อคืนไม่ทำงานถ้าคุณมี "การเปิดตัวเริ่มต้น" ตั้งอยู่ในอพาร์ทเมนเป็นกรณีใน distros บางส่วนที่ทำงานอยู่ด้านบนของ Ubuntu เช่นมิ้นท์ สำหรับโรงกษาปณ์ของฉันมีไฟล์/etc/apt/apt.conf.d/01ubuntu
อยู่ภายในซึ่งมันประกาศDefault-Release "xenial";
สิ่งนี้หมายความว่าเนื่องจาก r-base มีอยู่ใน ubuntu repo ที่รุ่น 3.2 ด้วยการเปิดตัว "xenial" มันจะไม่ใช้สาขา 3.6 จาก repo อื่น ๆ เนื่องจากชื่อรุ่นสำหรับ repo นั้นคือ "xenial-cran35" คุณต้องแก้ไขไฟล์นั้นเพื่อเปลี่ยนรีลีสเริ่มต้นเป็น "xenail-cran35" หรือทำบางสิ่งที่ชี้ไปโดยใช้ไฟล์การกำหนดค่า apt ( https://wiki.debian.org/AptPreferences#A.2Fetc.2Fapt.2Fpreferences )
นี่เป็นความผิดปกติของ R เนื่องจากมี repo ที่จัดรูปแบบไม่ดี พวกเขาควรจะมี 2 repos แต่ละแห่งมีโฟลเดอร์ "xenial" หนึ่ง url สำหรับงานสาขา 3.2 และอีกหนึ่งสำหรับงานสาขา 3.5+ แต่พวกเขามี repo เพียงหนึ่งเดียวและเปลี่ยนชื่อ "release name" แทนซึ่งเกิดขึ้นเพื่อทำงานกับ Ubuntu ฐาน แต่จะไม่ทำงานหากคุณมีการกำหนดค่าที่ไม่ใช่ฐานของ apt ด้วยวิธีนี้
ต้องทำเช่นนี้ในขณะนี้:
sudo apt purge r-base* r-recommended r-cran-*
sudo apt autoremove
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/'
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
sudo apt update
sudo apt install r-base-dev
'bionic' สามารถเปลี่ยนเป็นเวอร์ชั่นของ Ubuntu ได้; ตรวจสอบเอกสาร R: https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/