มีปัญหากับซีเควนเซอร์ของ DNA

11

เมื่อเร็ว ๆ นี้ฉันได้รับซีเควนเซอร์ Minion USB (DNA) ซึ่งทำให้ผิดหวังของฉันดูเหมือนจะไม่ทำงานใน Ubuntu อย่างถูกต้อง

ฉันใช้ Ubuntu รุ่น 12.04 ซีเควนเซอร์ถูกตรวจพบอย่างถูกต้องโดยสคริปต์ / ไดรเวอร์ที่มาพร้อมกับมัน แต่ดูเหมือนจะไม่สามารถตรวจจับตัวอย่างได้

ฉันกำลังแนบภาพหน้าจอของกระบวนการ ความช่วยเหลือใด ๆ ที่จะได้รับการชื่นชมอย่างมาก!

ป้อนคำอธิบายรูปภาพที่นี่

drivers usb

— Richard Rodriguez
แหล่งที่มา

1

ลองเรียกใช้โปรแกรมการรวบรวมสคริปต์ / ตัวอย่างในฐานะที่เป็นรูทด้วยgksu

— nanofarad

อุปกรณ์โยนข้อความที่เป็นประโยชน์บางอย่างใน / var / log / syslog หรืออะไรบางอย่าง?

— Christian

2

เมื่อเห็นว่าสคริปต์ตรวจพบอุปกรณ์อย่างเหมาะสมดูเหมือนว่าปัญหาของคุณจะอยู่ที่ซีเควนเซอร์ของสิ่งต่าง ๆ มากกว่าเป็นปัญหาของอูบุนตู มียูทิลิตี้อื่น ๆ ที่จะช่วยให้คุณสื่อสารกับซีเควนเซอร์ของคุณสำหรับคุณสมบัติอื่น ๆ หรืออาจเป็นกิจวัตรการสอบเทียบหรือไม่? ถ้าอูบุนตูสามารถสื่อสารกับเครื่องและทำสิ่งอื่น ๆ ได้ฉันคาดว่าปัญหานี้จะเกิดขึ้นกับซีเควนเซอร์ของยีนมากกว่ากับคอมพิวเตอร์ การทดสอบอื่นที่เป็นไปได้คือลองใช้ระบบปฏิบัติการอื่นหากมีซอฟต์แวร์ให้ใช้ สุดท้ายตรวจสอบให้แน่ใจว่าซีเควนเซอร์ของคุณมีเฟิร์มแวร์ล่าสุดและซอฟต์แวร์ที่คุณใช้ในการเชื่อมต่อเป็นรุ่นล่าสุด

— Danbsmith
แหล่งที่มา

มีอีกอย่างที่ฉันจะคาดเดาเกี่ยวกับนั่นคือการเรียกใช้จาก shell อาจไม่ให้ความสำคัญมากที่สุด นี่คือซีเควนเชียลของอ๊อกซฟอร์ดที่ต้องการการรับรองความถูกต้องเต็มรูปแบบก่อนที่จะอนุญาตให้ใช้บนกริดของพวกเขาได้ เขาไม่มีข้อมูลเพียงพอที่จะเรียกใช้และเข้าถึงตัวอย่าง - นั่นคือสิ่งที่ฉันคิด

— all4naija

นี่คือซีเควน DNA ที่มีอยู่ในตัวเอง อินเทอร์เฟซน่าจะเป็นอะแดปเตอร์พอร์ตอนุกรม USB ปกติซึ่งสคริปต์ที่ให้ไว้กำลังพูดกับ - ซึ่งดูเหมือนว่าจะทำงานได้อย่างถูกต้อง ฉันยอมรับว่าปัญหาน่าจะเกิดจากจุดสิ้นสุดของซีเควนเซอร์ไม่ใช่ส่วนต่อประสานกับคอมพิวเตอร์ GridION ไม่ใช่แพลตฟอร์ม "คลาวด์คอมพิวติ้ง" แต่เป็นซีเควนซ์ลำดับของยีนแบบขนานสำหรับงานที่มีขนาดใหญ่กว่า

— Adrian

สำหรับข้อมูลเพิ่มเติม: nanoporetech.com/technology/the-gridion-system/…

— all4naija

1

เดายาก: อาจเป็นปัญหาสิทธิ์หรือไม่ อุปกรณ์บางอย่างทำงานได้ดีสำหรับการดำเนินการบางอย่างเมื่อเรียกใช้ในฐานะผู้ใช้ธรรมดา แต่ต้องการrootสิทธิ์ในการดำเนินการอื่น ๆ ดังนั้นคุณอาจลองsudo ./gseqดูว่ามีประโยชน์หรือไม่ หากวิธีนี้ช่วยได้ แต่คุณไม่ต้องการเรียกใช้เป็นrootตลอดเวลาคุณสามารถติดตามไฟล์อุปกรณ์และเปลี่ยนการอนุญาตเพื่อให้คุณสามารถเข้าถึงอุปกรณ์โดยใช้บัญชีปกติของคุณ นี่อาจจะเกี่ยวข้องกับการสร้างกฎ udev ฉันจะไม่เข้าไปที่นี่เพราะทางออกนี้ค่อนข้างยาว

— ร็อดสมิ ธ
แหล่งที่มา

0

เป็นไปได้ไหมว่าอายุการใช้งานของอุปกรณ์เกิน 6 ชั่วโมง? ดูเหมือนว่าเป็นไปได้ว่ามีข้อผิดพลาดของอุปกรณ์มากกว่าหรือเป็นปัญหากระบวนการ ฝ่ายสนับสนุนด้านเทคนิคของ MinION อาจเป็นผู้ติดต่อหลักของคุณเพื่อแก้ไขปัญหานี้เนื่องจากปรากฏว่าโปรแกรมกำลังสื่อสารกับอุปกรณ์

คริส

— fabricator4
แหล่งที่มา