มีเครื่องมือชีวสารสนเทศและชีววิทยาการคำนวณอะไรบ้าง?

วันนี้ฉันถูกขอให้ค้นหา Ubuntu รุ่น Scientific พวกเขากำลังมองหาเครื่องมือในการวิเคราะห์ลำดับดีเอ็นเอการตรวจสอบโปรตีนการประมาณค่าและงานที่เกี่ยวข้องกับชีววิทยาจำนวนมาก

ครั้งแรก:

1. มี Ubuntu รุ่นทางวิทยาศาสตร์และที่เน้นทางชีวภาพหรือไม่

2. มีเครื่องมือในการทำการวิเคราะห์ทางวิทยาศาสตร์เช่นจุดที่กล่าวถึงข้างต้น

ฉันทำ Googling กับระบบปฏิบัติการ Debian, RHEL และ Virtal Machine ที่หลากหลายและเครื่องมือการวิจัยสำหรับชีววิทยาเชิงคอมพิวเตอร์และชีวสารสนเทศศาสตร์ สรุปสำคัญบางประการด้านล่าง:

Debian Med : ระบบปฏิบัติการ Debian ที่เหมาะอย่างยิ่งสำหรับความต้องการด้านการแพทย์และการวิจัยด้านชีวการแพทย์

DNALinux : เป็นเครื่องเสมือนจริงที่ติดตั้งซอฟต์แวร์ข้อมูลทางชีวภาพไว้ล่วงหน้า

Bioknoppix : เป็นการแจกจ่าย Knoppix Linux Live CD แบบกำหนดเอง มันมาพร้อมกับแอปพลิเคชั่นสำหรับนักชีววิทยาโมเลกุล นอกเหนือจากการใช้ RAM แล้ว Bioknoppix ไม่ได้สัมผัสคอมพิวเตอร์แม่ข่าย (เพราะเป็น Live-CD) และเหมาะสำหรับการสาธิตนักศึกษาวิชาชีววิทยาโมเลกุลการประชุมเชิงปฏิบัติการเป็นต้น

Vigyaan : ("Vigyaan" หมายถึง "Science" ในภาษาฮินดี แต่นี่ไม่ใช่ฉันด้วย Scientific Linux) Vigyaan เป็นโต๊ะทำงานอิเล็กทรอนิกส์สำหรับชีวสารสนเทศศาสตร์ชีววิทยาการคำนวณและเคมีเชิงคำนวณ มันถูกออกแบบมาเพื่อตอบสนองความต้องการของผู้เริ่มต้นและผู้เชี่ยวชาญ VigyaanCD เป็นซีดี Linux แบบสดที่มีซอฟต์แวร์ที่จำเป็นทั้งหมดสำหรับการบูตคอมพิวเตอร์พร้อมซอฟต์แวร์การสร้างแบบจำลองที่พร้อมใช้งาน VigyaanCD v1.0 ขึ้นอยู่กับ KNOPPIX v3.7

VLinux : เป็นการกระจาย Linux และอุปกรณ์สำหรับนักเรียนและนักวิจัยใน Bioinformatics มันใช้ OpenSUSE และสร้างโดยใช้ Suse Studio ของ Novell

BioSLAX : เป็นชุดสด CD / DVD ใหม่ของเครื่องมือชีวสารสนเทศที่ได้รับการเผยแพร่โดยทีมทรัพยากรของ BioInformatics Center (BIC) มหาวิทยาลัยแห่งชาติสิงคโปร์ (NUS) สามารถบูตได้จากพีซีเครื่องใดก็ได้ CD / DVD นี้รันรสชาติ SLACKWARE ที่ถูกบีบอัดของระบบปฏิบัติการ LINUX หรือที่รู้จักกันในชื่อ SLAX

Bio-Linux 6.0 : เป็นเวิร์กสเตชันชีวสารสนเทศที่โดดเด่นมีประสิทธิภาพกำหนดค่าและดูแลรักษาง่าย Bio-Linux มีโปรแกรมชีวสารสนเทศมากกว่า 500 รายการบนฐาน Ubuntu Linux 10.04 มีเมนูกราฟิกสำหรับโปรแกรมชีวสารสนเทศเช่นเดียวกับการเข้าถึงระบบเอกสารชีวสารสนเทศ Bio-Linux และข้อมูลตัวอย่างที่เป็นประโยชน์สำหรับโปรแกรมทดสอบ คุณยังสามารถติดตั้งแพ็คเกจ Bio-Linux เพื่อจัดการชนิดข้อมูลลำดับรุ่นใหม่

ความคิดเห็นของฉันในฐานะนักชีวสารสนเทศคือการดาวน์โหลดและใช้งานลีนุกซ์รสใดก็ได้ที่เหมาะกับคุณ เกือบทั้งหมดมีอิสระในการดาวน์โหลดและใช้งานวิจัยของฉันฉันใช้ Ubuntu และ CentOS ฉันจะแบ่งปันประสบการณ์ของฉัน

CentOS : หากคุณติดตั้งไลบรารีทั้งหมดในระหว่างการตั้งค่าคุณจะไม่พบปัญหามากมายในภายหลัง ฉันใช้แพ็คเกจ Dynamics โมเลกุลและอำพันDesmondแล้ว มันทำงานโดยทั่วไปโดยไม่มีปัญหามาก

Ubuntu:เนื่องจากมันไม่ได้มาพร้อมกับไลบรารี่จำนวนมากที่ติดตั้งไว้ล่วงหน้าคุณต้องรู้ว่าจะหาข้อมูลเกี่ยวกับการใช้งานซอฟต์แวร์ได้ที่ไหน อย่างไรก็ตามเนื่องจากอูบุนตูเป็นที่นิยมในหมู่นักวิจัยฉันไม่พบเหตุผลที่คุณไม่ควรลอง หากคุณประสบปัญหาในการติดตั้งหรือใช้งานซอฟต์แวร์คุณสามารถโพสต์คำถามในรายการส่งเมลเฉพาะที่เกี่ยวข้องกับซอฟต์แวร์นั้น ๆ ในโปรแกรมศูนย์ซอฟต์แวร์ของ Ubuntu เช่นPymol , AutoDock , Unipro UGENEและอื่น ๆ Gromacs พร้อมใช้งานก่อนหน้านี้ (ฉันไม่พบในข้อ 12.04)

ฉันขอแนะนำให้คุณใช้ความพยายามเพียงครั้งเดียวและติดตั้งซอฟต์แวร์ที่มีประโยชน์ทั้งหมดของคุณบน Ubuntu แล้วใช้Remastersysเพื่อทำสำเนาระบบปฏิบัติการของคุณเพื่อวางไว้บนเดสก์ท็อปและเวิร์กสเตชันจำนวนมากที่คุณต้องการ

โดยส่วนตัวแล้วฉันเห็นขอบเขตอันยิ่งใหญ่ในการมีระบบปฏิบัติการ Linux เฉพาะสำหรับผู้ชมงานวิจัยชีววิทยาและเคมี

หวังว่ามันจะช่วย

Bio-Linuxเป็นเวิร์กสเตชันชีวสารสนเทศบนฐาน Ubuntu

นอกเหนือจากนั้นยังมีพื้นที่ทั้งหมดของโปรแกรม / เครื่องมือสำหรับอูบุนตูชีววิทยาเชิงแจกแจงและเนื้อหาเกี่ยวกับที่นี่

ไม่มีเท่าที่ฉันรู้การแจกจ่ายเฉพาะสำหรับจุดประสงค์นี้

(มีการกระจายที่เรียกว่าScientific Linuxซึ่งมีพื้นฐานอยู่บน RedHat / Centos แต่ส่วนใหญ่พัฒนาโดยและกำหนดเป้าหมายตามความต้องการของ High Energy Physics (และไม่มีความสามารถทั่วไปที่ขาดใน Ubuntu))

มีหมวดหมู่ชีววิทยา (ภายใต้วิทยาศาสตร์ / วิศวกรรม) ที่มีชุดของแพคเกจแม้ว่าจำนวนของแอปพลิเคชันทางวิทยาศาสตร์เฉพาะที่บรรจุด้วยอูบุนตูนั้นค่อนข้างเล็ก (และฉันคาดหวังว่านี่จะเป็นกรณีของการแจกแจงอื่น ๆ วิทยาศาสตร์ + วิศวกรรม / ชีววิทยาแสดงรายการบางอย่าง แต่ดูเหมือนจะไม่ทันสมัย

ที่กล่าวว่าเครื่องมือวิทยาศาสตร์จำนวนมากในขณะที่ไม่ได้อยู่ในหน่วยงานอย่างเป็นทางการให้แพคเกจubuntu-เข้ากันได้ (.deb) คุณสามารถดาวน์โหลด (เช่นlibSBML ) หรือไบนารีลินุกซ์ทั่วไป (เช่นCopasi ) หรือเป็นแพลตฟอร์มที่เป็นกลาง หลาม ฯลฯ ) และดังนั้นจึงควรทำงานอย่างมีความสุขใน Ubuntu (เช่นImageJ )

ฉันใช้ Ubuntu สำหรับงานคำนวณทางชีววิทยาถึงแม้ว่าสิ่งนี้ส่วนใหญ่เกี่ยวข้องกับการทำงานกับเครื่องมือที่ใช้งานทั่วไป (เช่น R, python) มากกว่าแอปพลิเคชันพิเศษ

ฉันเห็นว่ามี Ubuntu Science รีมิกซ์หลายชุด แต่ดูเหมือนว่าพวกเขาจะตาย นี่น่าจะเป็นวิธีที่มีการรีมิกซ์ Ubuntu เป็นจำนวนมากเพราะหลายครั้งที่พวกเขาไม่ได้เสนออะไรมากมายนอกจากการติดตั้งแอพพลิเคชั่นบางตัวโดยอัตโนมัติดังนั้นพวกเขาจึงไม่ได้รับความสำคัญอย่างยิ่งสำหรับนักพัฒนา .

ข้อเสนอแนะของฉันคือการใช้ distro-based วิทยาศาสตร์ที่มั่นคงเช่นScientific Linuxซึ่งเป็นสิ่งที่ใช้ (และพัฒนาโดย) โดย Fermilab, CERN และอื่น ๆ นี่คือ distro ที่จะไม่ไปไหนทุกเวลาเร็ว ๆ นี้และยอดเยี่ยมมาก การสนับสนุนจากชุมชนวิทยาศาสตร์ น่าเสียดายที่มันมีพื้นฐานมาจาก Red Hat ดังนั้นจึงอาจไม่ตรงกับความต้องการของคุณอย่างสมบูรณ์

หากคุณต้องการใช้ Ubuntu มีแอปพลิเคชั่นทางวิทยาศาสตร์มากมายที่มีอยู่ใน repos เพียงเปิดไฟ Ubuntu Software Center และเรียกดู "วิทยาศาสตร์และวิศวกรรม" -> ชีววิทยา ฉันไม่แน่ใจเกี่ยวกับประโยชน์ของโปรแกรมเหล่านี้เนื่องจากเป็นความเชี่ยวชาญของฉัน หากมีเพียงพอคุณสามารถตั้งค่าสคริปต์ทุบตีด่วนที่ติดตั้งได้ทั้งหมดเมื่อคุณตั้งค่าเครื่องใหม่