วิธีการติดตั้ง rgdal บน Ubuntu 12.10


16

ฉันกำลังดิ้นรนเพื่อติดตั้งrgdalไลบรารีบน Ubuntu 12.10

การติดตั้งจากภายใน R ทำให้เกิดข้อผิดพลาด:

ข้อผิดพลาด: ไม่พบ gdal-config ไม่พบสคริปต์ gdal-config ที่กระจายด้วย GDAL หากคุณยังไม่ได้ติดตั้งไลบรารี GDAL คุณสามารถดาวน์โหลดซอร์สจาก http://www.gdal.org/หากคุณติดตั้งไลบรารี GDAL แล้วตรวจสอบให้แน่ใจว่า gdal-config อยู่ในเส้นทางของคุณ ลองพิมพ์ gdal-config ที่ shell prompt และดูว่ามันทำงานหรือไม่ หากไม่ใช้ให้ใช้: --configure-args = '- with-gdal-config = / usr / local / bin / gdal-config' ด้วยค่าที่เหมาะสมสำหรับการติดตั้งของคุณ

ข้อผิดพลาด: การกำหนดค่าล้มเหลวสำหรับแพคเกจ 'rgdal' * การลบ '/home/rdk/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.15/rgdal' คำเตือนในการติดตั้งแพคเกจ: การติดตั้งแพคเกจ 'rgdal' มีทางออกที่ไม่เป็นศูนย์ สถานะ

R-sig-Geo , นี้ สองคำถามและเว็บไซต์อื่น ๆ SE libgdal1-devชี้ให้ฉันกับความต้องการของ

แต่เมื่อฉันลอง

sudo apt-get install libgdal1-dev

ฉันลงเอยด้วยข้อความแสดงข้อผิดพลาดอื่น

ไม่สามารถติดตั้งแพคเกจบางอย่าง นี่อาจหมายความว่าคุณได้ร้องขอสถานการณ์ที่เป็นไปไม่ได้หรือหากคุณกำลังใช้การกระจายที่ไม่เสถียรซึ่งแพ็คเกจที่จำเป็นบางอย่างยังไม่ได้สร้างหรือย้ายออกจากขาเข้า ข้อมูลต่อไปนี้อาจช่วยในการแก้ไขสถานการณ์:

แพ็กเกจต่อไปนี้มีการพึ่งพาแบบไม่แน่นอน: libgdal1-dev: ขึ้นอยู่กับ: libgdal-dev แต่มันจะไม่ถูกติดตั้ง E: ไม่สามารถแก้ไขปัญหาได้คุณมีแพ็กเกจที่ใช้งานไม่ได้

อีกครั้ง - เมื่อฉันพยายามติดตั้งlibgdal-devข้อผิดพลาดการอ้างอิงอื่นปรากฏขึ้น

แพ็กเกจต่อไปนี้มีการพึ่งพาแบบไม่แน่นอน: libgdal-dev: ขึ้นอยู่กับ: libgeos-dev แต่มันจะไม่ถูกติดตั้งขึ้นอยู่กับ: libspatialite-dev แต่มันจะไม่ถูกติดตั้ง

พยายามlibgeos-devส่งข้อความอีกครั้ง :

Depends: libgeos-c1 (= 3.3.3-1.1) but 3.3.3-2~precise2 is to be installed
E: Unable to correct problems, you have held broken packages.

และlibspatialite-dev:

Depends: libspatialite3 (= 3.1.0~rc2-1ubuntu1) but
3.1.0~rc2-2~precise1 is to be installed

มีวิธีใดบ้างที่จะทำให้เชื่องการพึ่งพาเหล่านั้นและrgdalทำงานใน Ubuntu?

ของฉัน sessionInfo()

รุ่น R 2.15.1 (2012-06-22) แพลตฟอร์ม: x86_64-pc-linux-gnu (64- บิต)


1
บน Ubuntu 12.04 การติดตั้ง libgdal-dev & libgdal1-dev ทำงานได้ดี - อาจเป็นเพราะ Quantal (12.10) ค่อนข้างใหม่และผู้ดูแลแพ็คเกจยังไม่ได้อัพเดตเวอร์ชั่นที่เหมาะสมใช่ไหม (อันที่จริงมันคือเหตุผลที่บอกว่ามันเป็นไปได้ที่จะติดตั้ง3.3.3-2~precise2เมื่อคุณอยู่ใน quantal?)
mathematical.coffee

1
@ math.coffee ถูกต้อง ฉันทำสิ่งนี้บน QQbeta2 เมื่อสองสามสัปดาห์ก่อน แต่ฉันจำไม่ได้ว่าอย่างไร ลองตั้งค่าที่เก็บใน CRAN /etc/apt/sources.list ไปมากกว่าprecise quantal
Ari B. Friedman

2
คุณดูว่าคุณจะได้ r-cran-rgdal ผ่านทาง PPA ของ Michael หรือไม่?
Dirk Eddelbuettel

math.coffee: อาจจะเร็วเกินไปหน่อยแล้ว อารีย์: ฉันอัพเดต repan CRAN - ขอบคุณสำหรับเคล็ดลับ Dirk: ขอโทษที่เราไม่รู้ - เรากำลังพูดถึงlaunchpad.net/~marutter/+archive/c2d4u
radek

@radek ให้คำตอบของ Josh O'Brienด้านล่างนี้สำหรับ 14.04 มันอาจคุ้มค่าที่จะแก้ไขคำถามของคุณเพื่อให้เป็นเรื่องทั่วไปสำหรับ Ubuntu รุ่นอื่น ๆ ฉันคิดว่ามันจะมีประโยชน์ถ้ามีคำถามแบบบัญญัติสำหรับเรื่องนี้
AMC

คำตอบ:


24

คำตอบล่าสุดเพิ่มเติมสามารถพบได้ที่นี่: http://robinlovelace.net/r/2013/11/26/installing-rgdal-on-ubuntu.html

โดยพื้นฐานแล้วโค้ดสามบรรทัดต่อไปนี้ควรเรียงลำดับ:

sudo apt-get install aptitude # install aptitude as an alternative to apt-get
sudo aptitude install libgdal-dev # install the package (you may have to respond to queries here)
sudo aptitude install libproj-dev # install the proj.4 projection library

อายุที่ใช้ไปกับปัญหานี้ดังนั้นหวังว่าคำตอบที่อัปเดตนี้จะเป็นประโยชน์กับผู้อื่น แจ้งให้เราทราบหากเป็นเช่นนั้น!


มีปัญหากับrgdalอีกครั้ง ... และสะดุดกับคำถามของฉันที่นี่ เวลานี้โซลูชันของคุณแก้ไขปัญหา
radek

มันมีประโยชน์ ขอบคุณมากที่สละเวลาบันทึกขั้นตอนเหล่านี้
Josh O'Brien

1
sudo apt-get install r-cran-rgdal # คำสั่งนี้ทำและติดตั้งการพึ่งพาโดยอัตโนมัติ
RobinLovelace

13

ลองเรียกใช้ทั้งหมดเข้าด้วยกันและระบุรุ่นเช่นนี้:

sudo apt-get install libgdal1-dev libgdal-dev libgeos-c1=3.3.3-1.1 libspatialite3=3.1.0~rc2-1ubuntu1

apt-get ไม่ชอบที่จะดาวน์เกรดแพคเกจ แต่มันจะถ้าคุณระบุมัน


ขอบคุณ - ที่ดูเหมือนจะทำเคล็ดลับ การอัพเดตในอนาคตจะทำให้เกิดข้อขัดแย้งกับโซลูชันดังกล่าวหรือไม่
radek

2
อาจเป็นสาเหตุของปัญหาการอัพเกรดได้ เพื่อป้องกันไม่ให้มีการอัปเกรดแพ็คเกจให้รันสิ่งนี้สำหรับทุกแพ็คเกจ:echo packagename hold | sudo dpkg --set-selections
Rucent88

4

ที่นี่ในเดือนมกราคม 2559 บน Ubuntu 14.04.2 (และ R 3.2.2) ฉันต้องการสิ่งต่อไปนี้เพื่อรับทั้งrgdalและแพ็คเกจเสริมgdalUtils (และมีประโยชน์บ่อยมาก) ประกอบไปด้วย :

sudo apt-get update
sudo apt-get -y install libgdal1h
sudo apt-get -y install libgdal1-dev
sudo apt-get install libproj-dev
sudo apt-get install gdal-bin
Rscript 'install.packages(c("rgdal", "gdalUtils"))'

อัปเดต: เมื่อวันที่มกราคม 2017 เวอร์ชันของ libgdal คือ 1i ดังนั้นโค้ดบรรทัดที่สองควรอ่าน:

sudo apt-get -y install libgdal1i

3

เปิดเทอร์มินัลโดยกด (Ctrl + alt + T) แล้วพิมพ์คำสั่งต่อไปนี้

sudo apt-get update

sudo apt-get install -f

(มันจะแก้ไขการขึ้นต่อกัน)

sudo apt-get autoremove

(ลบแพ็คเกจที่ไม่จำเป็น)

sudo apt-get clean

(ล้างแคช)


ขอบคุณ ฉันลองวิธีการแก้ปัญหาของคุณ (autoremove ไม่ได้เตะอะไรออกไป) - น่าเสียดายที่มันไม่ได้ช่วย
radek

1
มันจะลบหากแพ็กเกจใด ๆ ที่ไม่จำเป็นบางครั้งมันจะมีความสำคัญที่จะลบออกเมื่อระบบของคุณมี
Ketan Patel

3

ในการรับ rgdal เพื่อติดตั้งบน Ubuntu 12.04 ฉันต้องติดตั้ง (และถือ) แพ็คเกจเฉพาะรุ่นจำนวนมาก โดยทั่วไปฉันลองแต่ละแพ็คเกจและติดตั้งรุ่นที่ต้องการของการอ้างอิงจนกว่าฉันจะสามารถทำงานได้ถึงเป้าหมายเดิมเพื่อติดตั้ง libgdal1-dev

sudo apt-get install libspatialite3=3.0.0~beta20110817-3
echo libspatialite3 hold | sudo dpkg --set-selections
sudo apt-get install libspatialite-dev
sudo apt-get install libgeos-c1=3.3.3-1.1~pgdg12.4+1
echo libgeos-c1 hold | sudo dpkg --set-selections
sudo apt-get install libgdal1=1.9.0-3.1~pgdg12.4+1
echo libgdal1 hold | sudo dpkg --set-selections

sudo apt-get install libgdal-dev
sudo apt-get install libgdal1-dev
gdal-config # now works, and can now install rgdal
โดยการใช้ไซต์ของเรา หมายความว่าคุณได้อ่านและทำความเข้าใจนโยบายคุกกี้และนโยบายความเป็นส่วนตัวของเราแล้ว
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.