วิธีที่แนะนำในการติดตั้งแพ็คเกจ R ใน Ubuntu คืออะไร?

ฉันกำลังติดตั้งใน R ใน Ubuntu แต่ฉันสับสนเล็กน้อยกับตัวเลือกมากมายที่มีการติดตั้งแพ็คเกจ

วิธีแบบดั้งเดิมคือการติดตั้งพวกเขาภายใน R install.package()โดยการทำ อูบุนตู apt-getแต่มีความเป็นไปได้ของการติดตั้งด้วย สิ่งนี้น่าสนใจเนื่องจากระบบปฏิบัติการจะอัปเดตแพ็กเกจ เนื่องจากมีเพียงสองแพ็คเกจเท่านั้นจึงจะสร้างปัญหาได้ไม่ช้าก็เร็ว ในที่สุดฉันก็จะมีแพ็คเกจการติดตั้งด้วยวิธีดั้งเดิมโดยให้ติดตั้งในรูปแบบที่แตกต่างกันและอาจ (?) สิ่งนี้จะสร้างปัญหารุ่น

เป็นวิธีที่ต้องการในการติดตั้งและเก็บ R แพ็คเกจใน Ubuntu คืออะไร?

ฉันคิดว่าแพ็คเกจ R เท่านั้นที่มีอยู่ใน Ubuntu repos เป็นแพ็คเกจที่ดูแลโดยทีมพัฒนาหลัก R เช่นเดียวกับแพ็คเกจส่วนใหญ่แพ็คเกจที่มีให้ผ่านaptหรือ synaptic นั้นไม่ใช่เวอร์ชั่นล่าสุดเสมอไป โชคดีที่คุณมีตัวเลือกในการเพิ่มแหล่งซอฟท์แวร์ CRAN ที่มีการบำรุงรักษาโดยการสร้างไฟล์ใหม่ที่/etc/apt/sources.list.d/CRAN.listมีข้อความบรรทัดเดียว:

deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu trusty/

(แทนที่trusty/ด้วยชื่อรหัสการแจกจ่ายของคุณหากคุณไม่ทราบว่าพิมพ์lsb_release -cลงในเทอร์มินัล) หลังจากนั้น (และapt update) ผู้จัดการแพคเกจของคุณมักจะติดตั้ง (หรือปรับปรุงเพียง) Cran-บำรุงรักษารุ่นr-base, r-base-coreฯลฯ เพราะพวกเขาจะมีหมายเลขรุ่นที่สูงกว่าคนที่อยู่ในแหล่งที่มาเดเบียนที่ ดูที่นี่หากaptบ่นเกี่ยวกับการซื้อคืนที่ไม่ได้ลงนาม

สำหรับแพ็คเกจอื่น ๆ (AKA "แพ็คเกจที่สนับสนุน") ฉันต้องการติดตั้งภายใน R ผ่านinstall.packages(c("name_of_package", "name_of_other_package"))ทุกครั้งที่ทำได้เว้นแต่ฉันจะทราบว่ารุ่นของ CRAN นั้นเก่าและรุ่นที่ใหม่กว่านั้นมีฟังก์ชันที่ฉันต้องการ ในกรณีเช่นนี้คุณสามารถติดตั้งจาก GitHub กับdevtools::install_github('AccountName/RepositoryName')หรือดาวน์โหลดเก็บและติดตั้งจากหน้าต่าง terminal ผ่านR CMD INSTALL name_of_package.tar.gzหรือภายใน R install.packages("/path/to/downloaded/package.tar.gz", repos=NULL, type="source")ผ่าน

เพื่อความสมบูรณ์และนี่คือคำแนะนำอย่างเป็นทางการจาก CRAN

ฉันมักจะติดตั้งโดยใช้apt-get r-cranทุกครั้งที่ทำได้เนื่องจากจะดูแลการพึ่งพาและการอัปเดตด้วยวิธีที่สะอาดกว่า เฉพาะในกรณีที่ไม่พร้อมใช้งานฉันจะใช้การติดตั้งจากภายในอาร์

โปรดทราบว่ามีที่เก็บสองรายการสำหรับแพ็คเกจ R Debian:

1. Official R: มีแพ็คเกจไม่กี่แพ็คเกจ จะรวมไว้คุณจะต้องเพิ่มการเชื่อมโยงไปซื้อคืนอัปเดตไฟล์ source.list ของคุณ นี่เป็นเอกสารในหน้าCRAN-ubuntuแล้วเรียกใช้apt-get updateแล้วอัพเกรด

2. PPA: Michael rutter มีppa , cran2deb4ubuntuซึ่งมีแพ็คเกจเพิ่มเติมมากมาย สำหรับเอกสารบางอย่างให้ดูที่ส่วนท้ายของบล็อกนี้ คุณเพียงแค่ต้องเรียกใช้ (หลังจากอัปเดต / อัปเกรด):

    sudo add-apt-repository ppa:marutter/c2d4u
   

โปรดทราบว่าสำหรับ R 3.5.0 ชื่อ repo มีการเปลี่ยนแปลงและ libs ที่คอมไพล์โดย Michael Rutter สามารถคอมไพล์ได้จากcran2deb4ubuntu_3.5