ฉันพยายามติดตั้งแพ็กเกจหลามrpy2ด้วย pip ที่ติดตั้งบน Ubuntu 16.04:

pip install rpy2==2.2.7

แต่รับข้อความแสดงข้อผิดพลาด (ดูผลลัพธ์เต็มด้านล่าง):

Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /tmp/pip-build-EuOI6K/unroll/

สิ่งเดียวกันที่เกิดขึ้นกับแพคเกจอื่น ๆ เช่นหรือใช้pip install unroll pip2ฉันคิดว่าโพสต์นี้เป็นปัญหาเดียวกัน แต่มีการแก้ไขโดยใช้ sudo

พยายามแก้ปัญหา

ฉันพยายามแก้ปัญหาในเรื่องนี้โพสต์ชอบpip install --upgrade setuptools, (sudo) easy_install -U setuptoolsหรือsudo apt-get install python-setuptoolsแต่จะไม่มีประโยชน์

ข้อมูลไพ ธ อน / pip

มีคนแนะนำว่าฉันอาจมีการติดตั้ง python / pip แปลก ๆ นี่คือข้อมูลบางส่วน:

sudo which python pip pip2 | xargs -rd '\n' readlink -f 
/usr/bin/python2.7   
/usr/local/bin/pip  
/usr/local/bin/pip2  

sudo python --version   
Python 2.7.12  

sudo pip --version  
pip 9.0.1 from /home/matifou/.local/lib/python2.7/site-packages (python 2.7)  
/usr/bin/pip2 --version  
pip 8.1.1 from /usr/lib/python2.7/dist-packages (python 2.7)

ls -l $(which pip); dpkg -S /usr/bin/pip
-rwxr-xr-x 1 root root 204 Nov  8 16:24 /usr/local/bin/pip
python-pip: /usr/bin/pip

เอาต์พุตข้อผิดพลาดแบบเต็ม

pip install rpy2 == 2.2.7  
กำลังรวบรวม rpy2 == 2.2.7 การใช้แคช rpy2-2.2.7.tar.gz  
    ทำเอาต์พุตจากคำสั่ง python setup.py egg_info:
    วิ่ง egg_info
    สร้าง pip-egg-info / rpy2.egg-info
    การเขียน pip-egg-info / rpy2.egg-info / PKG-INFO
    การเขียนชื่อระดับบนไปที่ pip-egg-info / rpy2.egg-info / top_level.txt
    การเขียน dependency_links ไปยัง pip-egg-info / rpy2.egg-info / dependency_links.txt
    การเขียนไฟล์รายการ 'pip-egg-info / rpy2.egg-info / SOURCES.txt'
    Traceback (การโทรล่าสุดครั้งล่าสุด):
      ไฟล์ "", บรรทัด 1, ใน 
      ไฟล์ "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", บรรทัด 462 ใน 
        [os.path.join ('doc', 'source', 'rpy2_logo.png')]]],
      ไฟล์ "/usr/lib/python2.7/distutils/core.py" บรรทัด 151 ในการตั้งค่า
        dist.run_commands ()
      ไฟล์ "/usr/lib/python2.7/distutils/dist.py", บรรทัด 953 ใน run_commands
        self.run_command (cmd)
      ไฟล์ "/usr/lib/python2.7/distutils/dist.py", บรรทัดที่ 972, ใน run_command
        cmd_obj.run ()
      ไฟล์ "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py"
บรรทัด 280 ในการทำงาน
        self.find_sources ()
      ไฟล์ "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py"
บรรทัด 295 ใน find_sources
        mm.run ()
      ไฟล์ "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py"
บรรทัด 526 ในการทำงาน
        self.add_defaults ()
      ไฟล์ "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py"
บรรทัด 562 ใน add_defaults
        sdist.add_defaults (ตัวเอง)
      ไฟล์ "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/py36compat.py",
บรรทัดที่ 36 ใน add_defaults
        self._add_defaults_ext ()
      ไฟล์ "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/py36compat.py",
บรรทัดที่ 119 ใน _add_defaults_ext
        build_ext = self.get_finalized_command ('build_ext')
      ไฟล์ "/usr/lib/python2.7/distutils/cmd.py", บรรทัดที่ 312, ใน get_finalized_command
        cmd_obj.ensure_finalized ()
      ไฟล์ "/usr/lib/python2.7/distutils/cmd.py", บรรทัดที่ 109, ใน sure_finalized
        self.finalize_options ()
      ไฟล์ "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", บรรทัดที่ 155, ใน finalize_options
        config + = get_rconfig (r_home ประมาณ)
      ไฟล์ "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", บรรทัดที่ 319, ใน get_rconfig
        rc = RConfig.from_string (rconfig, allow_empty = allow_empty)
      ไฟล์ "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", บรรทัด 279, ใน from_string
        + '\ nin สตริง \ n' + สตริง)
    ValueError: สตริงย่อยไม่ถูกต้อง
    -fopenmp
    ในสตริง
    -Wl, - export-dynamic -fopenmp -Wl, -Bsymbolic- ฟังก์ชั่น -Wl, -z, relro -L / usr / lib / R / lib -lR -lpcre -llzma -lbz2 -lz -lrt -ldl -lm

คำสั่ง "python setup.py egg_info" ล้มเหลวด้วยรหัสข้อผิดพลาด 1 ใน / tmp / pip-build-EkrbmM / rpy2 /

pip ติดตั้งเปิดคลี่
การรวบรวม unroll โดยใช้แคช unroll-0.1.0.tar.gz
    ทำเอาต์พุตจากคำสั่ง python setup.py egg_info:
    กำลังดาวน์โหลด http://pypi.python.org/packages/source/d/distribute/distribute-0.6.14.tar.gz
    Traceback (การโทรล่าสุดครั้งล่าสุด):
      ไฟล์ "", บรรทัด 1, ใน 
      ไฟล์ "/tmp/pip-build-QimGjp/unroll/setup.py", บรรทัดที่ 2 ใน 
        ez_setup.use_setuptools ()
      ไฟล์ "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py", บรรทัดที่ 145, ใน use_setuptools
        return _do_download (เวอร์ชัน, download_base, to_dir, download_delay)
      ไฟล์ "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py", บรรทัดที่ 124, ใน _do_download
        to_dir, download_delay)
      ไฟล์ "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py", บรรทัดที่ 193, ใน download_setuptools
        src = urlopen (url)
      ไฟล์ "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", บรรทัดที่ 154, ใน urlopen
        return opener.open (url, data, หมดเวลา)
      ไฟล์ "/usr/lib/python2.7/urllib2.py" บรรทัดที่ 435 เปิดอยู่
        response = ปรุงยา (req, response)
      ไฟล์ "/usr/lib/python2.7/urllib2.py" บรรทัดที่ 548 ใน http_response
        'http', คำขอ, ตอบกลับ, รหัส, ข้อความ, hdrs)
      ไฟล์ "/usr/lib/python2.7/urllib2.py" บรรทัด 473 มีข้อผิดพลาด
        ส่งคืนตัวเอง _all_chain (* args)
      ไฟล์ "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", บรรทัด 407 ใน _call_chain
        ผล = func (* args)
      ไฟล์ "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", บรรทัด 556 ใน http_error_default
        เพิ่ม HTTPError (req.get_full_url (), รหัส, msg, hdrs, fp)
    urllib2.HTTPError: ข้อผิดพลาด HTTP 403: จำเป็นต้องใช้ SSL

คำสั่ง "python setup.py egg_info" ล้มเหลวด้วยรหัสข้อผิดพลาด 1 ใน tmp / pip-
สร้าง QimGjp / เหยียด /

อัปเกรดsetuptoolsโดยใช้pip

เวอร์ชันของpython-setuptoolsในที่เก็บแพคเกจของ Ubuntu 16.04 LTS ล้าสมัย / ไม่มีการเปลี่ยนแปลง อัปเกรดด้วยpipแทนที่จะใช้ตัวจัดการแพ็คเกจ:

$ sudo pip install --upgrade setuptools

วิธีแก้ปัญหาฉันตอบคำถามของฉันเอง: คำตอบที่เสนอไม่สามารถแก้ปัญหาได้ดังนั้นฉันจึงตัดสินใจใช้condaสร้างสภาพแวดล้อมเฉพาะสำหรับแพ็คเกจที่ฉันต้องการและใช้งานได้! นี่ไม่ใช่ทางออกที่ดีที่สุดโดยเฉพาะอย่างยิ่งมันต้องติดตั้งรุ่นขนาน (เจ้าหนึ่งสามารถใช้ miniconda สำหรับพื้นที่) แต่เป็นวิธีปฏิบัติ!

การอัปเดตsetuptoolsไม่สามารถแก้ปัญหาของฉันได้ อย่างไรก็ตามการบอก pip เพื่ออัพเกรดตัวเองทำ

คำสั่งต่อไปนี้แก้ไขปัญหาของฉัน (จากคำตอบนี้ )

pip install --upgrade pip

คุณต้องได้รับเครื่องมือติดตั้งและโมดูล dev อาจพิมพ์ดังต่อไปนี้

sudo apt-get install python-setuptools
sudo apt-get install python-dev

มันอาจจะเหมาะสมที่จะอัพเกรด pip ก่อนเพื่อให้แน่ใจว่าไม่มีอะไรนอกจากการรันที่ราบรื่นโดยการพิมพ์

sudo apt install python-pip

โชคดี