ฉันมีโฟลเดอร์ที่มีไฟล์จำนวนมาก (xyz1, xyz2 ไปจนถึง xyz5025) และฉันต้องเรียกใช้สคริปต์ในทุก ๆ ไฟล์รับ xyz1.faa, xyz2.faa และอื่น ๆ
คำสั่งสำหรับไฟล์เดียวคือ:
./transeq xyz1 xyz1.faa -table 11มีวิธีการทำเช่นนั้นโดยอัตโนมัติหรือไม่? อาจจะเป็นคำสั่งผสมที่ต้องทำ?
คำตอบ:
for file in xyz*
do
./transeq "$file" "${file}.faa" -table 11
doneนี่เป็นforลูปแบบง่ายที่จะวนซ้ำทุกไฟล์ที่ขึ้นต้นด้วยxyzในไดเรกทอรีปัจจุบันและเรียก./transeqโปรแกรมด้วยชื่อไฟล์เป็นอาร์กิวเมนต์แรกชื่อไฟล์ตามด้วย ".faa" เป็นอาร์กิวเมนต์ที่สองตามด้วย "-table 11" .
"$file".faaพิมพ์ได้ง่ายกว่าเล็กน้อยเนื่องจากเป็นส่วนหนึ่งของซับในแบบโต้ตอบและปลอดภัยเพราะ.faaไม่มีอักขระเชลล์ที่ต้องอ้างถึง
xyz*glob จะรับไฟล์. faa เช่นกัน สำหรับ bash ให้รันshopt -s extglob( การอ้างอิง ) จากนั้นใช้for file in xyz!(*.faa) ...เพื่อแยกไฟล์. faa ไม่ให้ส่งผ่านลูป
หากคุณติดตั้งGNU Parallelคุณสามารถทำได้ในลักษณะคู่ขนานดังนี้:
parallel ./transeq {} {}.faa -table 11 ::: xyz*ถ้าโปรแกรมของคุณใช้ CPU มากควรเร่งความเร็วสักหน่อย
คุณสามารถทำสิ่งนี้ในbashบรรทัดคำสั่ง:
printf '%s\n' {1..5025} | xargs -l -I {} -t ./transeq xyz{} xyz{}.faa -table 11เรากำลังสร้างจำนวนเต็มจาก 1 ถึง 5025 หนึ่ง / บรรทัดจากนั้นให้พวกเขาหนึ่งต่อหนึ่งถึง xargs ซึ่ง encapsulate จำนวนเต็มเข้าไป{}แล้วปลูกถ่ายมันลงในบรรทัดคำสั่ง. / transeq ในลักษณะที่เหมาะสม
หากคุณไม่ได้มีเครื่องมืออำนวยความสะดวกการขยายตัว{n..m}คุณสามารถเรียกใช้seqยูทิลิตี้เพื่อสร้างตัวเลขเหล่านั้น
หรือคุณสามารถเลียนแบบการสร้างตัวเลขผ่าน:
yes | sed -n =\;5025q | xargs ...for i in {1..5025}; do ./transeq "xyz$i" "xyz$i".faa -table 11; doneเป็นวิธีที่ง่ายต่อการคิดและพิมพ์ set -xหากคุณต้องการให้พิมพ์คำสั่งพวกเขาก่อนที่จะดำเนินการใช้
for i in {1..5025}เพื่อให้ได้ผลลัพธ์เช่นเดียวกับของคุณ คุณสามารถเขียนfor ((i=1 ; i<=5025 ; i++)); do ./transeq "xyz$i" "xyz$i".faa -table 11; doneด้วยการทุบตี แต่ฉันมักจะใช้{a..b}ช่วงไวยากรณ์เพราะพิมพ์ได้เร็วขึ้น
การใช้ find มีประโยชน์เมื่อไฟล์ของคุณกระจัดกระจายอยู่ในไดเรกทอรี
find -name "xyz*" -exec ./transeq {} {}.faa -table 11 \;สมมติว่าคุณมีมากกว่าหนึ่งคอร์และการเรียกใช้แต่ละครั้งสามารถเรียกใช้อย่างอิสระจากส่วนที่เหลือคุณจะได้รับความเร็วมากขึ้นด้วยการทำงานแบบขนาน
วิธีง่ายๆในการทำเช่นนี้คือผ่าน-Pพารามิเตอร์ของxargs- ตัวอย่างเช่นหากคุณมี 4 คอร์:
echo xyz{1..5025} | \
xargs -n 1 -P 4 -I{} /path/to/transeq xyz{} xyz{}.faa -table 11การ-n 1บอกxargsให้เลือกเพียงหนึ่งอาร์กิวเมนต์ออกจากรายการสำหรับการเรียกใช้แต่ละครั้ง(โดยค่าเริ่มต้นมันจะผ่านมากมาย)และการ-P 4บอกให้วางไข่ 4 กระบวนการในเวลาเดียวกัน - เมื่อมีคนตายคนใหม่จะเกิดใหม่
IMHO คุณไม่จำเป็นต้องติดตั้ง GNU ขนานสำหรับกรณีง่าย - xargsพอเพียง
คุณสามารถใช้ได้ xarg
ls | xargs -L 1 -d '\n' your-desired-command
-L 1 ทำให้เกิดการส่งผ่าน 1 รายการพร้อมกัน
-d '\n'ทำให้การส่งออกของlsถูกแยกขึ้นอยู่กับบรรทัดใหม่
for file in xyz*; do ./transeq "$file" "${file}.faa" -table 11; doneหรือเป็นหนึ่งซับ: ฉันพิมพ์สิ่งนี้ตลอดเวลา และถ้าคุณต้องการตรวจสอบว่าชื่อไฟล์ ฯลฯ กำลังขยายแบบที่คุณต้องการเพียงแค่ใส่echoหลังจากdoครั้งแรกแล้วย้อนกลับไปในประวัติเชลล์ของคุณและลบมันในครั้งที่สอง