อัลกอริธึมการค้นหาฐานข้อมูลทฤษฎีกราฟเมตริก


9

ฉัน (ช้า) เขียนความคิดเห็นของอัลกอริทึม Chemoinformatics คู่มือสำหรับข่าว SIGACT บทที่หนึ่งกล่าวถึงการนำซอฟต์แวร์ไปใช้งานในปัจจุบันและการค้นหาฐานข้อมูล (และแอปพลิเคชันอื่น ๆ ) ดูเหมือนจะไม่ได้ใช้ประโยชน์จากข้อมูลที่เกี่ยวกับกราฟมากเท่าที่ควร ในทางตรงกันข้ามอัลกอริทึมทางทฤษฎีอาจจะยากเกินกว่าที่จะนำมาใช้ ดูเหมือนว่าจะเป็นพื้นที่เปิดโล่งที่มีศักยภาพ

ดังนั้นนี่คือคำถามของฉัน:

มีภาพรวม (หรือการอ้างอิงเล็กน้อย) ที่กล่าวถึงทฤษฎีและการนำไปใช้ (หวังว่า) อัลกอริทึมของฐานข้อมูลของกราฟที่มีข้อมูลตัวชี้วัดหรือไม่? (แต่ละขอบเป็นระยะทางและแต่ละจุดสุดยอดมีปริมาตร) คำอธิบายที่เป็นเคมีของปัญหาตัวอย่างคือ: ให้ฐานข้อมูลของกราฟหาพวกเขาทั้งหมดที่มีกราฟย่อยเฉพาะ


ฐานข้อมูลมีข้อมูลสำคัญอย่างไร มีงานมากมายในการค้นหาฐานข้อมูลกราฟแม้ในอาณาจักรชีวภาพ แต่ฉันไม่รู้เกี่ยวกับปัญหาฉลาก / ระยะทาง
Suresh Venkat

ฉันจะรู้คำตอบสำหรับคำถามของคุณในหนึ่งหรือสองสัปดาห์ ความคล้ายคลึงกันและความแตกต่างของปัญหาด้านชีวสารสนเทศนั้นยังไม่ชัดเจนสำหรับฉัน
Aaron Sterling

คำตอบ:


2

สิ่งนี้ดูเหมือนจะเกี่ยวข้องกับปัญหามอร์ฟกราฟย่อยซึ่งโดยทั่วไปแล้วเป็นปัญหา NP-complete แม้ว่าจะไม่มีน้ำหนักก็ตาม แม้ว่าบทความ Wikipedia ที่เกี่ยวข้องอ้างว่าสามารถแก้ไขได้อย่างมีประสิทธิภาพในบางกรณี

ถ้าคีโมเป็นอะไรที่เหมือนกับชีวสารสนเทศศาสตร์คุณอาจสนใจอัลกอริธึมการประมาณเพื่อที่จะจัดการกับเสียงได้ นอกจากนี้เมื่อค้นหาฐานข้อมูลเป็นแอปพลิเคชันอาจมีแนวคิดที่ฉลาดสำหรับการประมวลผลล่วงหน้าที่ให้รันไทม์ที่มีค่าตัดจำหน่ายที่ดี

พบ (ไม่ได้อ่าน) เหล่านั้น:

http://www.springerlink.com/content/4751121q3575v041/

http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/23/2/232.full

http://portal.acm.org/citation.cfm?id=1368898

คำเตือน : อีกครั้งขอโทษสำหรับคำตอบสไตล์ความคิดเห็น; ฉันยังไม่ได้รับอนุญาตให้แสดงความคิดเห็น

โดยการใช้ไซต์ของเรา หมายความว่าคุณได้อ่านและทำความเข้าใจนโยบายคุกกี้และนโยบายความเป็นส่วนตัวของเราแล้ว
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.