หนังสืออ้างอิงสำหรับสถิติที่มี R - มีอยู่และควรมีอะไรบ้าง

พื้นหลัง

มีการถกเถียงกันมากมายเกี่ยวกับเรื่องนี้ดังนั้นฉันคิดว่าฉันสามารถหาคำตอบของฉันจากการสำรวจก่อนหน้านี้ใน StackExchange และโดย googling กราดเกรี้ยว หลังจากใช้เวลาครึ่งวันพยายามค้นหาหนังสืออ้างอิงเพียงเล่มเดียวสำหรับสถิติ (ชีวภาพ) กับ R ฉันสับสนอย่างที่สุดและต้องยอมแพ้ บางทีเนื้อหาฟรีที่รวมกันอาจดีกว่าหนังสือใด ๆ ที่คุณสามารถซื้อได้ในขณะนี้ ลองดูสิ

อินเทอร์เน็ตเต็มไปด้วยวรรณกรรมฟรีที่ดีสำหรับภาษา Rดังนั้นจึงไม่มีประเด็นที่จะต้องจ่ายเงินสำหรับหนังสือธรรมดา ๆ ซึ่งจบลงด้วยการใช้เป็นของตกแต่งสำนักงานเกือบตลอดเวลา เว็บไซต์ R home แสดงรายการหนังสือที่เกี่ยวข้องกับ Rและมีหนังสือจำนวนมาก เพื่อให้ตรงตามจริงมากขึ้น: 115 โฆษณาเพียงรายการเดียวที่มีคำว่า " หนังสืออ้างอิงสถิติแบบสแตนด์อโลน " ตอนนี้มีอายุ 8 ปีและอาจล้าสมัย ฉบับที่สี่ของสถิติประยุกต์สมัยใหม่กับ Sนั้นเก่ากว่า หนังสือ Rนั้นมักจะถูกบดเคี้ยวเป็นพื้นฐานเกินไปและไม่แนะนำเนื่องจากขาดการอ้างอิงรหัสที่มีการจัดรูปแบบไม่ดีและเสร็จสิ้นการเลอะเทอะ

อย่างไรก็ตามฉันกำลังมองหาหนังสือเล่มหนึ่งซึ่งฉันสามารถใช้เป็นข้อมูลอ้างอิงแบบสแตนด์อโลนกับสถิติที่ใช้งานจริง (แรกและสำคัญที่สุด) กับ R (รอง) หนังสือควรอยู่บนโต๊ะทำงานของฉันเพื่อเก็บคำอธิบายประกอบคราบกาแฟและลายนิ้วมือเลี่ยนแทนที่จะเป็นฝุ่นบนชั้นวางหนังสือ มันควรแทนที่คอลเลกชันของ pdf ฟรีที่ฉันใช้มาจนถึงตอนนี้อย่าลืมว่า R มาพร้อมกับห้องสมุดอ้างอิงที่ยอดเยี่ยม “ แนวทางที่ถูกต้องคืออะไร? "," ทำไม "และ" ในทางเทคนิคแล้วมันทำงานอย่างไร? "มักจะมีคำถามที่เผาไหม้มากกว่า" จะทำอย่างไรกับ R "

ตั้งแต่ฉันเป็นนักนิเวศวิทยาฉันมักสนใจเกี่ยวกับการประยุกต์ใช้กับชีวสถิติ อย่างไรก็ตามเนื่องจากสิ่งเหล่านี้มักจะเชื่อมโยงการอ้างอิงสหวิทยาการทั่วไปจะมีค่ามากที่สุดสำหรับฉัน

งาน

หากหนังสือเล่มนั้นมีอยู่ (ฉันสงสัย) โปรดระบุชื่อของหนังสือ (เพียงหนึ่งคำตอบต่อหนึ่ง) และการทบทวนสั้น ๆ ของหนังสืออธิบายว่าทำไมมันควรจะตั้งชื่อเป็นหนังสืออ้างอิงสำหรับหัวข้อ เนื่องจากคำถามนี้ไม่แตกต่างจากคำถามที่มีอยู่โปรดใช้ดอกยางนี้สำหรับคำตอบของคุณ นอกจากนี้คุณยังสามารถระบุข้อบกพร่องของหนังสือเพื่อให้เราสามารถระบุว่าคุณสมบัติดังกล่าวเป็นหนังสืออ้างอิงที่เหมาะสมที่สุด

คำถามของฉันคือหนังสืออ้างอิงสำหรับสถิติ (ที่ใช้มากที่สุด) ที่มี R ควรมีอะไรบ้าง

ความคิดเริ่มต้นบางอย่างกำลังติดตามคุณสมบัติทั่วไป (โปรดอัปเดต):

• หนาเป็นอิฐ
• กระชับ แต่เข้าใจได้
• เต็มไปด้วยตัวเลข (พร้อมรหัส R ที่ให้ไว้)
• ตารางและไดอะแกรมที่เข้าใจง่ายซึ่งอธิบายรายละเอียดที่สำคัญที่สุดจากข้อความ
• ข้อความอธิบายที่เข้าใจง่ายเกี่ยวกับสถิติ / วิธีการที่มีสมการที่สำคัญที่สุด
• ตัวอย่างที่ดีสำหรับแต่ละวิธี (พร้อมรหัส R)
• รายการอ้างอิงที่กว้างขวางและทันสมัย
• จำนวนตัวพิมพ์น้อยที่สุด

สารบัญ

เนื่องจากฉันไม่ใช่นักสถิติและต้องการหนังสือเล่มนี้ (ไม่มีอยู่จริง) เพื่อตอบคำถามมันยากสำหรับฉันที่จะเขียนเกี่ยวกับเนื้อหา เนื่องจากหนังสือ Rตั้งใจชัดเจนว่าเป็นหนังสืออ้างอิงสำหรับสถิติที่มี R แต่บ่อยครั้งถูกวิพากษ์วิจารณ์ฉันจึงคัดลอกสารบัญจากหนังสือเป็นจุดเริ่มต้นสำหรับสารบัญสำหรับหนังสืออ้างอิงสถิติแบบสแตนด์อโลน งานเพิ่มเติม: โปรดให้ข้อมูลเพิ่มเติมคำแนะนำการลบ ฯลฯ สำหรับสารบัญ

1. เริ่มต้นใช้งาน
2. สิ่งจำเป็นสำหรับภาษา R
3. ป้อนข้อมูล
4. Dataframes
5. กราฟิก
6. ตาราง
7. คณิตศาสตร์
8. การทดสอบคลาสสิก
9. การสร้างแบบจำลองทางสถิติ
10. การถอยหลัง
11. การวิเคราะห์ความแปรปรวน
12. การวิเคราะห์ความแปรปรวนร่วม
13. โมเดลเชิงเส้นทั่วไป
14. นับข้อมูล
15. นับข้อมูลในตาราง
16. ข้อมูลสัดส่วน
17. ตัวแปรตอบกลับแบบไบนารี
18. โมเดลสารเติมแต่งทั่วไป
19. โมเดลผสมผลกระทบ
20. การถดถอยแบบไม่เชิงเส้น
21. โมเดลต้นไม้
22. การวิเคราะห์อนุกรมเวลา
23. สถิติหลายตัวแปร
24. สถิติเชิงพื้นที่
25. การวิเคราะห์การอยู่รอด
26. แบบจำลองสถานการณ์
27. การเปลี่ยนรูปลักษณ์ของกราฟิก
28. การอ้างอิงและการอ่านเพิ่มเติม
29. ดัชนี

สิ่งที่ได้กล่าวไปก่อนหน้านี้?

StackExhange มีดอกยางหลายชุดที่ขอสถิติและคำแนะนำหนังสือ R หนังสือสำหรับการเรียนรู้ภาษา Rถามเกี่ยวกับหนังสืออ้างอิงการเรียนรู้ภาษา R โดยไม่มีสถิติ Art of R Programmingได้รับการจัดอันดับให้เป็นคำแนะนำเดียวที่ดีที่สุด หนังสือเพื่อเรียนรู้สถิติโดยใช้ Rขอหนังสือแนะนำเบื้องต้นเกี่ยวกับสถิติซึ่งไม่เหมือนกันกับหนังสืออ้างอิง ตำราสถิติโอเพ่นซอร์สจัดอันดับสถิติหลายตัวแปรด้วย Rเป็นทางเลือกที่ดีที่สุด คุณจะแนะนำหนังสือเล่มใดสำหรับนักวิทยาศาสตร์ที่ไม่ใช่นักสถิติ ถามเกี่ยวกับหนังสืออ้างอิงสถิติที่ดีที่สุดโดยไม่ระบุโปรแกรมที่ต้องการการอ้างอิงหรือหนังสือเกี่ยวกับการจำลองข้อมูลการออกแบบการทดลองในคะแนนRอาจใกล้เคียงกับคำถามของฉัน รู้เบื้องต้นเกี่ยวกับการเขียนโปรแกรมและการจำลองทางวิทยาศาสตร์โดยใช้ Rเป็นหนังสือที่แนะนำมากที่สุดที่นี่และอาจใกล้เคียงกับสิ่งที่ฉันกำลังมอง อย่างไรก็ตามหนังสือเล่มนี้อาจไม่พอเพียงเป็นหนังสืออ้างอิงเล่มเดียวสำหรับสถิติที่มี R

คำแนะนำสำหรับหนังสืออ้างอิงและข้อบกพร่อง

R ในการดำเนินการได้รับความคิดเห็นดีกว่า R หนังสือ แต่ก็เห็นได้ชัดคือค่อนข้างเบื้องต้น

การออกแบบและการวิเคราะห์ทางชีวภาพโดยใช้ R: คู่มือที่ใช้งานได้จริงอาจใกล้เคียงกับสิ่งที่ฉันกำลังมองหา มันได้รับการตรวจสอบที่ดีแต่เห็นได้ชัดว่าอันนี้มีการพิมพ์ผิดมากมาย นอกจากนี้หนังสือเล่มนี้ไม่ได้มุ่งเน้นไปที่การอธิบายสถิติ แต่ให้การวิเคราะห์ทางสถิติเป็นสูตรสำเร็จรูปสำหรับนักวิจัยที่จะใช้

แบบจำลองเชิงนิเวศน์และข้อมูลใน Rข้ามระดับเกริ่นนำ นี่เป็นคุณสมบัติที่มีประโยชน์มากที่เห็นคำว่า "แนะนำ" เกิดขึ้น 43 คะแนนในรายการหนังสือ Rแต่อาจไม่พอใจทั้งหมดถ้าเราอยู่หลังหนังสืออ้างอิงสำหรับสถิติ ... ?

รู้เบื้องต้นเกี่ยวกับการเขียนโปรแกรมทางวิทยาศาสตร์และการจำลองโดยใช้ Rได้รับการตรวจสอบในเชิงบวกอย่างมากแต่ จำกัด เฉพาะการจำลองข้อมูล

Richiemorrisroe ชี้ให้เห็นว่าสถิติประยุกต์สมัยใหม่กับ Sนั้นเพียงพอสำหรับหนังสืออ้างอิงสถิติแบบสแตนด์อโลนกับ R หนังสือเล่มนี้ได้รับการวิจารณ์ที่ยอดเยี่ยม ( 1 , 2 ) และน่าจะเป็นผู้สมัครที่ดีที่สุดในตอนนี้? เวอร์ชันล่าสุดออกมาเมื่อ 10 ปีที่แล้วซึ่งค่อนข้างนานในการพิจารณาการพัฒนาโปรแกรม

Dimitriy วี Masterov แสดงให้เห็นการวิเคราะห์ข้อมูลโดยใช้การถดถอยและหลายระดับ / โมเดลลำดับชั้น ยังไม่ได้ตรวจสอบหนังสือเล่มนี้

หลังจากอ่านบทวิจารณ์หนังสือจำนวนมากดูเหมือนว่าหนังสือที่สมบูรณ์แบบที่ถามที่นี่ยังไม่มีอยู่ อย่างไรก็ตามอาจเป็นไปได้ที่จะเลือกอันที่ใกล้สวย ดอกยางนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อเป็นวิกิชุมชนสำหรับผู้ใช้สถิติในการค้นหาหนังสืออ้างอิงที่ดีที่สุดที่มีอยู่และเป็นแรงบันดาลใจสำหรับนักเขียนหนังสือทั้งเก่าและใหม่เพื่อปรับปรุงการทำงานของพวกเขา

ฉันเองคิดว่าสถิติประยุกต์สมัยใหม่กับ S-Plus จะทำเครื่องหมายในกล่องที่คุณได้ระบุไว้ทั้งหมด ทุกตัวอย่างมีรหัส R พวกเขาให้การอ้างอิงที่ดีกับแหล่งข้อมูลอื่น ๆ และ Venables และ Ripley มีรูปแบบการเขียนและอธิบายที่ยอดเยี่ยมซึ่งฉันชื่นชมจริงๆ ฉันมักจะอ่านหนังสือใหม่ทุก ๆ ครั้งและทุกครั้งที่ฉันได้รับประโยชน์มากขึ้น แน่นอนว่าระยะทางของคุณอาจแตกต่างกันไป

ขอบคุณสำหรับคำถามที่ดีและโดยเฉพาะอย่างยิ่งการรวบรวมข้อมูลทั้งหมด น่าเสียดายที่หนังสือที่คุณอธิบายไม่มีอยู่จริงและอาจเป็นไปได้ว่ามันไม่มีอยู่จริง หากสิ่งที่คุณต้องการเป็นหนังสืออ้างอิงสำหรับสถิติเป็นหลักฉันจะเริ่มต้นด้วยหนังสือที่ดีมากสำหรับโมเดลเชิงเส้น คำแนะนำของฉันคือKutner และคณะมันเป็นไปตามเกณฑ์ของการเป็นอิฐที่ยิ่งใหญ่กว่าทั้งในเชิงปริมาณและมวลมีความครอบคลุมชัดเจนและมีตัวอย่างมากมาย ในความเป็นจริงถ้าคุณกำจัดข้อกำหนด R มันจะทำเครื่องหมายปิดรายการทั้งหมดของคุณ ฉันอ้างถึงมันบ่อยครั้ง อย่างไรก็ตามใน ~ 1,500 หน้ามันครอบคลุมเฉพาะโมเดลเชิงเส้น - เช่นการถดถอยและ ANOVA - มีบทสั้น ๆ ในหัวข้ออื่น ๆ สองสามหัวข้อ แต่คุณจะต้องการหนังสือเล่มอื่น ๆ ถัดไปฉันจะได้รับหนังสืออ้างอิงทางสถิติระดับแนวหน้าในระดับที่เหมาะสมสำหรับคุณสำหรับเทคนิคอื่น ๆ ที่คุณอาจจำเป็นต้องใช้ในการทำงานกับ (เช่นการวิเคราะห์การอยู่รอดการวิเคราะห์เชิงพื้นที่ ฯลฯ ) หากหนังสือเหล่านั้นไม่ได้ใช้ R สำหรับตัวอย่างของพวกเขาคุณอาจต้องการรับหนังสือเฉพาะ R เช่นหนึ่งใน use-R! หนังสือ แต่ระหว่างเอกสาร vignettes รายการส่งจดหมาย R-help StackOverflow และ CV คุณอาจไม่จำเป็นต้อง หากคุณต้องการเรียนรู้การเขียนโปรแกรมด้วยวิธีที่ถูกต้องคุณควรได้รับหนังสือเหล่านั้นด้วย ณ จุดนี้คุณมีหนังสืออย่างน้อย 4 เล่ม ฉันขอโทษ แต่นั่นเป็นวิธีที่มันเป็น ไม่มีใครที่ทำงานอย่างกว้างขวางกับสถิติมีเพียงเล่มเดียวที่ครอบคลุมทุกอย่าง

ฉันไม่คิดว่าหนังสือเล่มนี้จะมีอยู่จริง หนังสือที่ผมคิดว่ามาอยู่ใกล้ที่สุดคือGelman และการวิเคราะห์ข้อมูลของเขาใช้การถดถอยและหลายระดับ / โมเดลลำดับชั้น

จุดด้อย:

• มันมีอายุประมาณ 5 ขวบและมุ่งเป้าไปที่นักสังคมศาสตร์

• มันไม่มีทุกสิ่งในรายการ TOC ของคุณ (ไม่มีสิ่งใดเป็นพื้นที่ไม่มีข้อมูลตามลำดับเวลา ฯลฯ )

ข้อดี:

• ดีเขียน

• มันมีรายการของ errata และ TOC ที่ลิงค์

• มันครอบคลุมสิ่งสำคัญเช่นข้อมูลที่หายไปซึ่งไม่ได้อยู่ในรายการหมายเลขของคุณ

• มันตีรายการส่วนใหญ่ในรายการหัวข้อย่อยของคุณ

• กราฟและรหัส R จำนวนมาก (บางรหัสข้อบกพร่องสำหรับหลายระดับ)

• ข้อมูล / รหัสทั้งหมดสามารถดาวน์โหลดได้

ฉันทำงานทางของฉันผ่านองค์ประกอบของการเรียนรู้ทางสถิติ หนังสือเล่มนี้ครอบคลุมเทคนิคที่น่าทึ่งมากมาย (เช่น 700+ หน้า) แต่แต่ละวิธีมีการอธิบายอย่างชัดเจนในทางปฏิบัติมากกว่าในทางทฤษฎี มันไม่ได้มีอะไรที่ชัดเจนเกี่ยวกับ R อย่างไรก็ตามพล็อตและกราฟทั้งหมดทำอย่างชัดเจนกับ R และมีแพ็คเกจบน CRAN สำหรับหัวข้อทั้งหมดที่กล่าวถึง ผู้เขียนได้มีส่วนเกี่ยวข้องกับการพัฒนาของ R (รวมถึงเทคนิคการเรียนรู้ของเครื่องจักรที่ทันสมัย)

ฉันเห็นด้วยกับคำตอบที่ได้รับการโหวตในขณะนี้ว่า MASS4 นั้นเหมาะสมกับคำขอและมีประสบการณ์เช่นเดียวกับผู้ตอบอีกคนที่มีความยากลำบากในการตอบสนองความต้องการด้านความซับซ้อนทางสถิติระดับสูง MASS3 ในความเป็นจริง "Rbook" ครั้งแรกของฉันและมันทำหน้าที่ฉันค่อนข้างดีในความสามารถนั้น ฉันซื้อ "The R Book" ของ Crawley และพบว่ามันไม่เป็นที่น่าพอใจสำหรับทั้งคำอธิบายที่ไม่ถูกต้องของภาษา R และเป็นมากกว่าตัวอย่างชุดทำงานที่ดูเหมือนจะไม่มีทฤษฎีเชิงสถิติที่ลึกซึ้ง

อย่างไรก็ตามเมื่อเวลาผ่านไปฉันได้ค้นพบ "กลยุทธ์การสร้างแบบจำลองการถดถอย" ของ Harrell (RMS) ที่เหมาะสำหรับการโฟกัส "ชีวสถิติ" ของคำถามนี้และมีความลึกที่ดี มันไม่ใช่ข้อความเกริ่นนำเกี่ยวกับ R สำหรับสิ่งนั้นต้องการดูที่อื่นและสำหรับฉันแนะนำหนึ่งในบทนำของการเขียนโปรแกรมทางวิทยาศาสตร์และการจำลองโดยใช้ R [ http://www.crcpress.com/product/isbn/9781420068726]หรือ (แม้จะมี ชื่อของมัน) "R for Dummies" เขียนโดยผู้มีส่วนร่วมมานานในแท็กการโพสต์ R ของ StackOverflow ฉันเพิ่งมี RMS ในรุ่นแรกเมื่อมันมุ่งเน้นที่ S มากขึ้น แต่เนื่องจากเวลานั้น Harrell ได้เปลี่ยนไปใช้ R และสนับสนุนอย่างเต็มที่rms/HmiscR แพ็คเกจคู่ ฉันเชื่อว่าเป็นไปตามข้อเสนอแนะของ @ gung สำหรับความครอบคลุมพิเศษในหลาย ๆ โดเมนที่ระบุไว้แม้ว่าจะไม่ใช่การวิเคราะห์เชิงพื้นที่หรือโมเดลผสม

หากคุณต้องการแปล ... (หนังสือเล่มนี้เป็นหนังสือเชิงทฤษฎีที่มี 4,900 หน้า):

Big R Book

หนังสือเล่มนี้ (ซึ่งฉันเป็นผู้เขียนร่วม) เป็นการรวบรวมประสบการณ์การให้คำปรึกษาและการสอนในระดับปริญญาตรีและสูงกว่า 15 ปีและแสดงตัวอย่างของสิ่ง R ที่มีรายละเอียดของคณิตศาสตร์ (หลักฐาน) ให้ในหน้า 4,900 ของฉัน หนังสือสหายที่คำนวณด้วยมือด้วยค่าตัวเลข (หน้า 500 ที่จะมีในรุ่นถัดไป) หนังสือเล่มนี้ยังให้ความเป็นไปได้ในการตรวจสอบว่าซอฟต์แวร์ให้คุณค่าที่ถูกต้องและสนุกกว่าการคำนวณด้วยมือหรือใน MS Excel เกี่ยวกับวิชาที่สอนตามปกติในหลักสูตรระดับบัณฑิตศึกษาในโรงเรียนในยุโรป วัตถุประสงค์ของหนังสือเล่มนี้ก็เพื่อแสดงให้เห็นว่าคุณสามารถใช้ 1 ซอฟต์แวร์แทนซอฟต์แวร์หลายตัวสำหรับผลลัพธ์เดียวกันโดยไม่มีค่าใช้จ่าย (แทนที่จะใช้ JMP + Minitab + SPSS + SAS + MATLAB ด้วยกัน) หนังสือเล่มนี้ยังแสดงถึงจุดอ่อนของ R (ไม่รับประกันการบำรุงรักษาแพ็คเกจ) นอกจากนี้ยังเป็นบทสรุปของคำถามที่มีค่าสูงในฟอรัม R และบล็อกต่างๆ มันฟรีและเป็นสี!