การคำนวณความน่าจะเป็นของรายการยีนที่ทับซ้อนกันระหว่าง RNA seq และชุดข้อมูลชิป ChIP
หวังว่าใครบางคนในฟอรัมเหล่านี้สามารถช่วยฉันแก้ปัญหาพื้นฐานนี้ในการศึกษาการแสดงออกของยีน ฉันจัดลำดับการลึกของเนื้อเยื่อทดลองและเนื้อเยื่อควบคุม จากนั้นฉันได้รับการเพิ่มคุณค่าการพับของยีนในตัวอย่างทดลองมากกว่าการควบคุม จีโนมที่อ้างอิงมียีนประมาณ 15,000 ยีน 3,000 จาก 15,000 ยีนนั้นได้รับการยกระดับให้สูงกว่าตัวอย่างที่ผมสนใจเมื่อเปรียบเทียบกับการควบคุม ดังนั้น: A = ประชากรยีนทั้งหมด = 15,000 B = ประชากรย่อยที่ได้รับการเสริม RNA-Seq = 3,000 ในการทดลองชิป ChIP ก่อนหน้านี้ฉันพบ 400 ยีนที่อุดมไปด้วยชิป ChIP ของยีน 400 ชิปชิพนั้น 100 ยีนอยู่ในกลุ่มของยีน RNA-Seq ที่ได้รับการเสริม 3,000 รายการ ดังนั้น: C = จำนวนทั้งหมดของยีนที่อุดมด้วยชิป ChIP = 400 ความน่าจะเป็นที่ยีน 100 ชิปชิปของฉันจะเพิ่มขึ้นด้วย RNA-Seq โดยบังเอิญเพียงอย่างเดียวคืออะไร อะไรคือวิธีที่ชาญฉลาดที่สุดในการคำนวณว่าการซ้อนทับที่สังเกตระหว่าง …