คำถามติดแท็ก publications

เอกสารทางวิชาการในการคำนวณทางวิทยาศาสตร์ (และสาขาอื่น ๆ ในปัจจุบัน) มักจะเกี่ยวข้องกับรหัสจำนวนหนึ่งหรือแม้แต่ชุดซอฟต์แวร์ทั้งหมดที่เขียนขึ้นเป็นพิเศษสำหรับกระดาษนั้นหรือถูกนำมาใช้เพื่อให้ได้ผลลัพธ์ในกระดาษ วิธีที่ดีที่สุดในการช่วยให้ผู้อ่านกระดาษเข้าถึงรหัสคืออะไร วิธีการปัจจุบันของฉันคือการใส่ลิงค์ไปยังที่เก็บ Github (พร้อมกับแท็กเวอร์ชันเฉพาะ) ในกระดาษหรือในการอ้างอิง

40 publications 

ซอฟต์แวร์เป็นส่วนพื้นฐานของวิทยาศาสตร์การคำนวณและได้รับการยอมรับมากขึ้นว่าเป็นส่วนสำคัญของบันทึกทางวิทยาศาสตร์ เมื่อพิจารณาถึงมูลค่าของการใช้รหัสที่มีอยู่และได้รับการทดสอบอย่างดีแล้วดูเหมือนว่าคุ้มค่าที่จะสื่อสารถึงการมีอยู่ของรหัสที่มีประโยชน์อย่างกว้างขวางที่สุดเท่าที่จะเป็นไปได้และให้เครดิตแก่ผู้สร้าง ในการตั้งค่าเชิงวิชาการหมายถึงการเผยแพร่เอกสารบางอย่างที่เน้นไปที่ซอฟต์แวร์เป็นหลัก เราสามารถเผยแพร่ผลงานทางวิชาการที่มีจุดสนใจหลักคือซอฟต์แวร์คอมพิวเตอร์ได้ที่ไหน เพื่อความชัดเจนอย่างสมบูรณ์ฉันหมายถึงงานที่อาจไม่มีคณิตศาสตร์อัลกอริธึมใหม่ ๆ - พวกเขาให้ความสำคัญกับซอฟต์แวร์ ฉันยังสนใจที่จะได้ยินจากผู้ที่ส่งเอกสารดังกล่าวไปยังวารสารเหล่านี้ว่าประสบการณ์เป็นอย่างไรและสถานที่ใดที่พวกเขาแนะนำ สรุปคำตอบที่ได้รับ: การทำธุรกรรมเกี่ยวกับซอฟต์แวร์ทางคณิตศาสตร์ การเขียนโปรแกรมทางวิทยาศาสตร์ SIAM Journal ในส่วนของซอฟต์แวร์คำนวณทางวิทยาศาสตร์ (SISC) ที่เก็บถาวรของซอฟต์แวร์เชิงตัวเลข การคำนวณการวิจัยแบบเปิด การสื่อสารฟิสิกส์คอมพิวเตอร์ ความก้าวหน้าในซอฟต์แวร์วิศวกรรม วารสารซอฟต์แวร์เชิงสถิติ วารสารทฤษฎีเคมีและการคำนวณ รหัสที่มาสำหรับชีววิทยาและการแพทย์ กรุณาหนึ่ง วารสารควอนตัมเคมีนานาชาติ ระบาดวิทยา การคำนวณทางวิทยาศาสตร์และวิศวกรรม วารสารเคมีเชิงคำนวณ การพัฒนาแบบจำลองธรณีศาสตร์ วารสารการวิจัยการเรียนรู้ของเครื่อง การคำนวณการโปรแกรมเชิงคณิตศาสตร์ วารสารซอฟต์แวร์โอเพนซอร์ซ

35 software  publications 

สมุดรายวันของฟิสิกส์เชิงคำนวณเป็นทางออกสำคัญสำหรับวิทยาศาสตร์การคำนวณในอดีตและฉันได้เผยแพร่ก่อนหน้านี้ เพื่อประโยชน์ของเหล่านั้น (เช่นฉัน) ที่ได้ลงนามในคว่ำบาตรเอลส์ , สิ่งที่ไม่ใช่เอลส์วารสารจะเป็นสถานที่ที่เหมาะสมในการเผยแพร่บทความที่จะได้รับการส่งไปยังวารสารฟิสิกส์? ทางเลือกที่ดีควร: ทับซ้อน (อย่างน้อยบางส่วน) ในเนื้อหาของ JCP มีชื่อเสียงที่ดี ไม่ถูกเผยแพร่โดย Elsevier หมายเหตุ : เมื่อฉันพูดว่า "ชื่อเสียง" ฉันไม่ได้หมายถึงปัจจัยกระทบ โปรดดูบทความนี้ที่แสดงให้เห็นว่าทั้งสองมีความสัมพันธ์ไม่ดีในด้านนี้

29 publications 

ความสามารถในการทำซ้ำมีความสำคัญมากขึ้นเรื่อย ๆ ในการวิจัยทางวิทยาศาสตร์คอมพิวเตอร์ (ตัวอย่างเช่นดูบทความนี้โดย Roger Peng in Science ; ฉันทราบถึงบทความและเว็บไซต์อื่น ๆ ด้วยเช่นกัน) อย่างไรก็ตามไม่ชัดเจนว่าฉันควรรวมข้อมูลจำนวนเท่าใดในบทความวารสาร (หรือออนไลน์) การวิจัยการคำนวณของฉันทำซ้ำได้ (สมมติว่าไม่มีอุปสรรคอื่น ๆ เช่นข้อตกลงด้านทรัพย์สินทางปัญญา) มีแนวทางใดบ้างหรือไม่หากผู้คนสามารถแนะนำขั้นตอนที่นักวิจัยควรทำเพื่อให้การวิจัยทางวิทยาศาสตร์การคำนวณของพวกเขาสามารถทำซ้ำได้? การใช้คำตอบโดยเฉพาะจะเป็นวิธีที่เป็นไปได้ในการใช้คำแนะนำเหล่านั้น - เวิร์กโฟลว์ เวิร์กโฟลว์ที่ไม่เชื่อเรื่องระบบหรือใช้ Linux เป็นที่ต้องการ นอกจากนี้การพูดคุยเกี่ยวกับประสบการณ์ส่วนตัวที่เกี่ยวข้องที่คุณมีก็จะเป็นประโยชน์เช่นกัน ในกรณีเฉพาะของฉันฉันกำลังเขียนบทความเชิงทฤษฎีพร้อมตัวอย่างการคำนวณสองอย่างที่ง่ายพอที่จะทำได้ใน MATLAB ฉันคิดว่าในกรณีนี้รวมถึงสคริปต์ MATLAB รวมถึงการสังเกตรุ่นเฉพาะของ MATLAB บนเครื่องของฉันก็น่าจะเพียงพอที่จะรับรองการทำซ้ำ อย่างไรก็ตามฉันมั่นใจว่ามีสถานการณ์ที่ซับซ้อนกว่านั้นและคำแนะนำเกี่ยวกับวิธีการทำวิจัยที่ทำซ้ำได้จะเป็นประโยชน์อย่างมากสำหรับโครงการในอนาคต

23 software  publications  documentation  reproducibility 

การทำซ้ำการวิจัยในการคำนวณมีจุดมุ่งหมายที่จะทำให้รหัสที่จำเป็นในการสร้างผลลัพธ์ในกระดาษคำนวณที่มีให้กับนักวิจัยคนอื่น ๆ เพื่อให้พวกเขาสามารถเรียกใช้รหัสนี้เพื่อทำซ้ำผลลัพธ์ในกระดาษนั้น ฉันต้องการให้การวิจัยทั้งหมดของฉันทำซ้ำได้ แต่ฉันพบอุปสรรคเล็กน้อย: มีเอกสารสองฉบับที่ฉันใช้งานโดยใช้แพ็คเกจสร้างความแตกต่างโดยอัตโนมัติ (เรียกว่า DAEPACK ) ในห้องสมุดที่เป็นกรรมสิทธิ์ ( CHEMKIN- II ; ข้อกำหนดสิทธิการใช้งานไม่ชัดเจน) มันจะใช้เวลานานเกินไปในการแทนที่ส่วนประกอบซอฟต์แวร์เหล่านี้ด้วยเวอร์ชันโอเพ่นซอร์ส การแทนที่โอเพนซอร์สสำหรับ CHEMKIN-II เรียกว่าCanteraแต่ Cantera อยู่ใน C ++ ในขณะที่ CHEMKIN-II อยู่ใน Fortran 77 มันต้องใช้ความพยายามอย่างมากในการปรับเปลี่ยนรหัส Cantera ให้เพียงพอเพื่อให้สามารถประมวลผลได้โดยอัตโนมัติ เครื่องมือสร้างความแตกต่างสำหรับ C ++ เนื่องจากฉันต้องการแพ็คเกจที่เป็นกรรมสิทธิ์เหล่านี้วิธีที่ดีที่สุดในการทำวิจัยของฉันให้ทำซ้ำได้มากที่สุดคือสมมติว่านักวิจัยอาจไม่สามารถเข้าถึง CHEMKIN-II ได้ เนื่องจาก DAEPACK เป็นนักแปลที่มาจากแหล่งที่มาฉันไม่จำเป็นต้องแจกจ่าย DAEPACK ฉันอาจรวมเอาท์พุทของมันซึ่งจะเป็นไฟล์ต้นฉบับของ Fortran ที่คำนวณอนุพันธ์ โดยทั่วไปหากคุณต้องการซอฟต์แวร์ที่เป็นกรรมสิทธิ์ในการทำงานของคุณและซอฟต์แวร์ที่เป็นกรรมสิทธิ์นั้นไม่สามารถใช้ได้อย่างกว้างขวาง (เช่นไม่ใช่ MATLAB, Mathematica และอื่น ๆ …

19 software  publications  documentation  reproducibility 

สมมติว่าฉันมีโค้ดบางเวอร์ชันที่ช้าและเร็วและต้องการรายงานตัวเลขเร่งความเร็วเปรียบเทียบกับทั้งสอง ผมใช้รุ่นช้าครั้งและรวดเร็วรุ่นมครั้งครั้งการผลิต( s 1 , ... , s n )และ( ฉ1 , ... , ฉม ) วิธีที่ง่ายที่สุดในการสร้างความเร็วคือการเฉลี่ยค่าเฉลี่ย: ˉ snnnmmm(s1,…,sn)(s1,…,sn)(s_1, \ldots, s_n)(f1,…,fm)(f1,…,fm)(f_1, \ldots, f_m) อย่างไรก็ตามสิ่งนี้ไม่ได้คำนึงถึงค่าผิดปกติs¯f¯=m∑i&lt;nsin∑j&lt;mfjs¯f¯=m∑i&lt;nsin∑j&lt;mfj\frac{\bar{s}}{\bar{f}} = \frac{m \sum_{i<n} s_i}{n \sum_{j<m} f_j} คำถาม : สถิติที่ดีที่สุดที่จะใช้เมื่อรายงานตัวเลขการเร่งความเร็วคืออะไร

12 statistics  publications 

ตอนนี้ฉันกำลังผลิตภาพ 1d และ 2d โดยใช้ Matlab เพื่อเปรียบเทียบความแม่นยำกับรุ่นที่กำหนด ฉันต้องเปรียบเทียบวิธีการของฉันกับแบบจำลอง. wfn แบบ Gaussian มาตรฐานและฉันจะทำเช่นนั้นโดยการวิเคราะห์ความหนาแน่นของโมเลกุลเช่นเดียวกับ laplacian ฉันสนใจที่จะสร้างภาพสองมิติที่มีความแตกต่างในการประมาณของฉันไปยังการประมาณ. wfn (อาจผ่านทางแผนที่เส้นโค้ง) และฉันก็สนใจในคุณสมบัติ (ความหนาแน่น, laplacian ฯลฯ ) ตามเส้นทางพันธบัตรและเส้นตรงระหว่างสองอะตอม ตามที่ฉันได้กล่าวไปก่อนหน้านี้ฉันกำลังใช้ Matlab เพื่อสร้างภาพของฉันแม้ว่าภาพเหล่านี้ส่วนใหญ่จะเป็นของฉันและผู้ร่วมงานของฉัน พวกเขาดูเหมือนจะไม่เป็นประเภทของภาพที่ฉันมักจะเห็นในเอกสารและสิ่งพิมพ์อื่น ๆ ซอฟต์แวร์ประเภทใดที่ฉันควรใช้ (หรือผู้อื่นใช้) เพื่อสร้างกราฟและภาพสิ่งพิมพ์คุณภาพ?

11 matlab  computational-chemistry  publications 

มีรายการของแนวปฏิบัติที่ดีที่สุดที่เผยแพร่เพื่อให้แน่ใจว่าอายุการใช้งานของโค้ดยาวนานขึ้นพร้อมกับผลลัพธ์ทางวิทยาศาสตร์ที่ทำซ้ำได้หรือไม่? (เช่นโอเพ่นซอร์สแนวทางปฏิบัติด้านเอกสารการเลือกการพึ่งพาการเลือกภาษาเครื่องเสมือน ฯลฯ ) รู้จากการศึกษาใด ๆ (หรือขาดตัวอย่าง / เกร็ดเล็กเกร็ดน้อย) ที่พยายามประเมินครึ่งชีวิตของรหัสทางวิทยาศาสตร์ทั่วไปหรือซอฟต์แวร์อื่น ๆ (ถ้านั่นเป็นคำถามที่สมเหตุสมผล)

11 software  publications  reproducibility 

(ฉันหวังว่าคำถามนี้เหมาะกับเว็บไซต์นี้ถ้าไม่ยอมรับคำขอโทษของฉัน) ฉันรันการจำลองบางอย่างและมีอนุกรมเวลา y (t), t = 0, 1, ... 20. หลังจากลองฟังก์ชั่นบางอย่างฉันพบว่า: y(t) =~ 1 / (A t + B) เมื่อ A และ B เป็นสัมประสิทธิ์ฉันคำนวณโดยใช้การถดถอยเชิงเส้นด้วย R ^ 2&gt; 0.99 วิธีมาตรฐานในการรายงานผลลัพธ์ดังกล่าวในรายงานทางวิทยาศาสตร์คืออะไร? โดยเฉพาะ: A. ฉันไม่มีคำอธิบายเชิงเหตุผลว่าทำไมผลลัพธ์ที่ออกมาเป็นแบบนี้ (ฉันรู้ว่ามันควรจะลดลงและมันถูก จำกัด จากด้านล่าง แต่ไม่มากไปกว่านั้น) มันเป็นเพียงการคาดเดาที่ประสบความสำเร็จ ฉันควรอธิบายการเดาที่ไม่ประสบความสำเร็จอื่น ๆ ทั้งหมดที่ฉันพยายามหรือไม่ B. เมื่อใดก็ตามที่ฉันรันสถานการณ์จำลองฉันจะได้รับค่าแตกต่างกันเล็กน้อยจาก A และ B ฉันควรรายงานการวิ่งแบบสุ่มหรือฉันควรจะทำการจำลองหลายครั้งและเฉลี่ยผลลัพธ์? ถ้าเป็นเช่นนั้นกี่ครั้งก็เพียงพอแล้ว

11 regression  publications 

ฉันแก้ตัวเลข PDE ได้มากมาย แต่การใช้คณิตศาสตร์ไม่ใช่สาขาของฉัน ฉันยังไม่ได้เลือกวารสารทางคณิตศาสตร์ที่ฉันควรอ่านเพื่อให้ทันกับพัฒนาการล่าสุดในสาขานี้ วารสารดีๆที่ควรอ่านเพื่อติดตามพัฒนาการล่าสุดในการแก้ปัญหาพีดีเอเป็นตัวเลขคืออะไร

10 pde  publications 

ฉันได้ยินมาว่าวารสารบางฉบับได้รับการจัดอันดับสูงกว่าวารสารอื่น ๆ มันเป็นเรื่องจริงเหรอ? และถ้าเป็นเช่นนั้นเกณฑ์ในการตัดสินคุณค่าของวารสารที่มีการทบทวนโดยเพื่อนคนหนึ่งคืออะไร? ฉันจะหาคะแนนได้อย่างไร สิ่งพิมพ์ของฉันจะมีค่า "น้อยลง" หรือไม่ถ้าได้รับการยอมรับในวารสารที่มีชื่อเสียงน้อยกว่าบทวิจารณ์ SIAM

9 publications